genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102853635--102853683	21	2.3	21	100	0	98	18	14	30	36	1.90
102857012--102857050	17	2.2	18	86	4	53	5	25	0	69	1.09
102860555--102860579	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
102862560--102863063	262	1.9	262	81	5	599	27	24	25	22	2.00
102871336--102871361	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
102872503--102872848	45	7.9	45	75	7	304	24	17	27	31	1.97
102872512--102872848	131	2.6	130	87	3	455	24	17	27	30	1.97
102874585--102874684	6	16.3	6	74	15	89	49	15	16	20	1.80
102874605--102874684	31	2.6	31	95	0	142	48	15	16	20	1.81
102874816--102874917	27	3.8	26	85	5	123	37	21	22	18	1.94
102875567--102876120	27	20.6	27	90	0	840	24	20	19	35	1.96
102875567--102876120	54	10.3	54	95	0	948	24	20	19	35	1.96
102876415--102876582	85	2.0	86	90	1	266	31	29	20	17	1.96
102876850--102876991	71	2.0	71	98	0	275	33	27	9	29	1.89
102880117--102880236	43	2.8	43	80	5	136	30	25	15	29	1.95
102884449--102884550	37	2.8	37	93	0	168	26	28	18	26	1.98
102884669--102884985	47	6.7	47	96	0	562	29	30	8	32	1.86
102895402--102895572	85	2.0	85	100	0	342	26	26	8	38	1.84
102906559--102906603	22	2.0	22	100	0	90	24	17	35	22	1.95
102906573--102907451	46	18.9	46	98	0	1589	30	8	30	30	1.88
102907193--102907271	25	3.3	25	64	10	74	32	5	27	34	1.79
102907569--102907646	36	2.1	37	90	2	122	24	19	32	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102924097--102924172	38	2.0	39	92	2	127	46	3	18	31	1.67
102924856--102924902	22	2.1	22	100	0	94	38	0	17	44	1.48
102928012--102928195	40	4.6	40	83	5	237	25	26	23	25	2.00
102936912--102937129	40	5.5	40	90	2	307	24	28	23	22	2.00
102952191--102952309	46	2.5	46	82	10	143	26	16	31	25	1.97
102952191--102952354	46	3.6	44	81	9	134	28	16	29	26	1.97
102956197--102956229	15	2.2	15	100	0	66	33	9	39	18	1.82
102959604--102959766	46	3.5	45	75	12	143	28	17	28	25	1.98
102963658--102963769	43	2.6	43	83	5	129	25	16	24	33	1.95
102974855--102975118	85	3.1	85	98	0	510	26	26	8	39	1.84
102977203--102977599	198	2.0	198	92	0	668	26	24	16	31	1.97
102989739--102989765	11	2.5	11	100	0	54	22	0	11	66	1.22
102997875--102997936	30	2.1	30	96	0	115	32	8	38	20	1.82
103003281--103003334	17	3.1	17	79	12	56	55	5	27	11	1.57
103006501--103006657	43	3.7	43	76	9	151	26	18	23	31	1.97
103006501--103006661	85	1.9	86	83	8	213	26	18	23	31	1.97
103014927--103015097	93	1.8	93	93	0	297	27	28	21	22	1.99
103014919--103015094	46	3.8	46	76	12	198	28	28	21	22	1.99
103025702--103025744	17	2.4	17	84	7	59	13	37	30	18	1.90
103025701--103025744	19	2.4	19	81	7	56	13	38	29	18	1.89
103032834--103032886	28	1.9	27	84	3	70	20	22	15	41	1.89
103037628--103037669	19	2.3	19	88	8	61	19	30	35	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103048096--103048299	40	5.1	40	87	3	268	26	27	21	24	1.99
103056131--103056334	40	5.1	40	88	1	268	25	27	24	23	2.00
103063023--103063113	30	3.1	30	71	7	87	29	26	16	27	1.97
103064784--103064827	11	3.9	11	88	5	70	70	9	4	15	1.30
103064786--103064839	12	4.5	12	86	6	65	72	7	5	14	1.26
103064784--103064839	23	2.4	23	87	3	76	69	8	5	16	1.32
103065752--103065806	16	3.5	16	80	14	69	78	1	14	5	1.02
103065871--103065907	6	6.0	6	90	3	56	78	2	16	2	0.98
103065877--103065932	12	4.8	12	82	2	60	73	1	19	5	1.12
103065894--103065964	30	2.4	31	79	11	76	63	1	23	11	1.35
103065871--103065934	24	2.7	24	82	4	76	70	3	18	7	1.25
103068075--103068173	30	3.3	30	70	12	87	27	28	15	29	1.96
103074338--103074584	40	6.2	40	74	12	190	24	22	26	26	2.00
103074381--103074562	79	2.3	80	85	0	240	25	21	25	26	2.00
103074381--103074584	79	2.6	80	81	3	225	25	22	25	26	2.00
103075231--103075318	45	1.9	46	95	2	160	34	11	22	31	1.90
103082514--103082760	40	6.2	39	79	10	215	23	21	27	27	1.99
103082554--103082737	79	2.3	80	87	0	253	22	21	27	27	1.99
103082514--103082737	119	1.9	120	83	2	290	22	21	28	27	1.99
103082554--103082760	79	2.6	78	81	6	229	23	21	27	27	1.99
103083102--103083194	47	2.0	47	91	0	150	19	13	25	40	1.89
103085322--103085360	20	1.9	20	84	5	51	28	28	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103090929--103091003	6	11.8	6	73	9	51	8	22	0	69	1.14
103093111--103093155	21	2.1	23	88	12	69	31	22	15	31	1.95
103094884--103094962	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
103095081--103095227	47	3.1	47	83	3	195	26	31	9	31	1.88
103098397--103098469	27	2.7	27	86	0	92	30	15	20	34	1.93
103098455--103098587	27	4.9	27	86	4	153	29	6	17	46	1.73
103098601--103098686	27	3.2	27	80	3	84	32	10	18	38	1.85
103098611--103098708	27	3.7	26	75	8	81	28	10	20	40	1.85
103098722--103098797	27	2.8	27	89	0	107	30	22	13	34	1.92
103108266--103108322	30	1.9	30	96	0	105	26	12	28	33	1.92
103113687--103113739	27	2.0	27	84	0	70	39	20	13	26	1.89
103114166--103114231	28	2.4	28	84	2	89	18	22	22	36	1.95
103123902--103123945	22	2.0	22	95	0	79	22	20	27	29	1.99
103128337--103128393	11	5.5	11	76	16	68	28	29	31	10	1.90
103128336--103128401	20	3.3	20	100	0	132	28	28	31	10	1.90
103128348--103128401	9	5.6	9	75	16	54	25	29	33	11	1.91
103133770--103133971	40	5.1	39	80	5	192	24	21	27	26	1.99
103133821--103133985	79	2.1	79	82	4	199	25	20	27	26	1.99
103141846--103142030	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
103141846--103142028	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
103141899--103142063	79	2.1	79	84	4	208	24	20	27	26	1.99
103153495--103153616	46	2.6	46	87	7	158	23	28	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103153488--103153647	46	3.5	45	79	10	157	23	28	18	29	1.98
103161123--103161287	47	3.5	46	72	13	131	22	29	18	29	1.97
103166059--103166132	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
103173050--103173231	42	4.3	42	83	4	179	25	21	24	29	1.99
103173097--103173275	42	4.2	42	79	3	164	27	21	23	27	1.99
103173095--103173252	84	1.9	84	86	0	226	24	22	25	27	1.99
103177371--103177471	40	2.5	40	81	7	109	26	26	22	23	2.00
103185258--103185353	39	2.5	39	81	5	106	26	30	23	19	1.98
103185335--103185448	39	2.9	39	83	5	149	28	28	18	24	1.98
103191488--103191719	40	5.8	40	81	7	249	25	25	21	27	2.00
103191495--103191719	79	2.8	81	84	6	264	25	25	22	26	2.00
103198776--103198918	40	3.5	40	79	11	150	27	27	20	24	1.99
103204908--103204939	16	2.0	16	93	0	55	46	37	9	6	1.61
103207059--103207243	40	4.7	40	80	7	200	24	22	28	25	1.99
103207112--103207276	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
103209786--103209899	28	4.0	28	76	10	106	28	14	28	28	1.96
103221153--103221210	30	2.0	30	82	3	73	44	10	10	34	1.73
103229029--103229131	51	2.0	51	96	0	188	35	13	25	25	1.92
103229960--103231103	47	23.9	47	94	3	1946	33	8	28	29	1.87
103230849--103230969	64	1.9	62	94	3	215	33	11	28	27	1.91
103230802--103231016	111	2.0	109	96	1	394	33	10	28	28	1.90
103230755--103231048	158	1.9	158	98	0	570	32	9	28	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103230708--103231100	205	1.9	203	93	1	678	32	9	29	28	1.89
103232569--103232642	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
103233034--103233270	40	5.9	40	90	0	330	24	22	28	24	2.00
103232955--103233257	80	3.8	80	83	3	326	24	22	28	24	2.00
103237240--103237607	184	2.0	184	97	0	700	33	10	21	34	1.87
103237796--103238012	47	4.6	47	91	1	335	32	8	29	29	1.86
103239469--103239542	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
103239855--103240090	40	5.9	40	79	4	192	24	22	27	25	2.00
103248735--103248907	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
103248732--103248902	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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