genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65120400--65120518	47	2.5	47	93	0	202	26	26	11	36	1.90
65120494--65120535	18	2.3	18	95	0	75	19	21	14	45	1.85
65120672--65120757	43	2.0	43	86	4	120	24	24	13	37	1.92
65121296--65121352	30	1.9	30	89	7	89	31	26	7	35	1.83
65126067--65126186	46	2.6	46	84	5	143	28	20	28	22	1.99
65126116--65126232	46	2.6	43	82	10	119	28	19	27	24	1.99
65126207--65126433	50	4.6	50	80	11	220	28	21	27	22	1.99
65138760--65139066	46	6.5	46	73	14	195	28	17	28	25	1.97
65148329--65148396	24	2.9	24	80	8	77	44	19	16	20	1.87
65158082--65158128	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
65158176--65158259	25	3.4	25	85	6	100	28	20	23	27	1.99
65158468--65158529	31	2.0	31	87	0	88	35	12	24	27	1.92
65166078--65166121	20	2.2	20	88	8	63	36	13	18	31	1.90
65166172--65166254	25	3.4	25	85	8	91	30	22	20	26	1.98
65166497--65166547	26	2.0	26	92	7	86	23	11	25	39	1.89
65175389--65175442	6	8.8	6	76	11	56	50	12	20	16	1.78
65175560--65175675	27	4.3	27	89	5	155	37	22	21	18	1.95
65175877--65176017	27	5.2	27	84	5	178	29	20	14	35	1.93
65181247--65181320	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
65190514--65192130	522	3.1	522	98	0	3090	42	20	8	27	1.82
65192253--65192355	43	2.4	43	82	10	115	30	29	19	21	1.97
65197256--65197286	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65197253--65197292	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65197483--65197672	53	3.7	50	85	4	159	20	26	17	35	1.95
65197553--65197787	53	4.4	53	78	12	214	22	26	16	34	1.95
65205281--65205549	53	5.0	54	84	5	296	22	26	15	34	1.94
65205312--65205549	108	2.2	108	82	7	295	22	26	16	35	1.95
65206299--65206326	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
65206802--65206833	14	2.3	14	100	0	64	50	28	0	21	1.49
65210854--65210965	42	2.6	42	81	6	120	27	26	17	27	1.98
65210854--65211017	43	3.8	44	77	11	135	29	26	17	26	1.97
65211912--65211967	27	2.1	27	100	0	112	51	12	0	35	1.40
65214742--65214817	37	2.1	37	100	0	152	57	15	15	10	1.64
65219206--65219265	29	2.1	29	87	6	86	15	5	15	65	1.44
65230022--65230085	31	2.1	31	82	5	76	34	12	14	39	1.83
65230669--65230711	18	2.4	18	100	0	86	13	4	18	62	1.48
65233829--65234010	27	6.7	27	88	0	238	29	23	9	37	1.87
65234034--65234158	27	4.6	27	86	4	155	37	24	10	28	1.88
65234003--65234158	81	1.9	81	81	2	188	39	22	8	28	1.84
65234034--65234180	54	2.7	54	86	2	197	38	21	9	29	1.85
65234055--65234180	27	4.7	27	87	0	180	38	19	10	30	1.85
65234034--65234211	54	3.3	54	81	3	173	38	21	9	30	1.86
65234268--65234444	27	6.6	27	80	6	155	36	16	21	25	1.94
65234268--65234428	54	3.0	53	81	5	180	37	18	20	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65234276--65234428	81	1.9	81	84	2	209	38	18	18	24	1.93
65234649--65234739	25	3.6	25	89	0	137	28	26	20	24	1.99
65234648--65234768	50	2.4	49	78	9	131	27	23	22	26	2.00
65237128--65237193	27	2.4	27	92	0	105	24	25	10	39	1.87
65237148--65237391	27	9.1	27	84	0	274	30	22	8	38	1.83
65237151--65237391	54	4.5	54	85	2	306	30	21	8	39	1.83
65237157--65237393	81	3.0	80	85	0	321	31	22	7	38	1.82
65237169--65237429	81	3.2	80	83	1	290	32	22	7	37	1.82
65237384--65237561	27	6.7	27	81	3	182	40	20	7	31	1.81
65237384--65237564	54	3.4	53	82	4	204	39	19	8	32	1.82
65237374--65237563	53	3.6	53	80	7	170	38	20	7	32	1.82
65237554--65237793	27	8.9	27	84	5	299	36	17	20	25	1.94
65237997--65238062	25	2.6	25	92	0	105	27	27	22	22	1.99
65262268--65262434	43	3.9	43	90	1	237	26	29	17	25	1.98
65262268--65262472	85	2.4	85	83	3	241	26	28	17	26	1.98
65262268--65262470	43	4.8	41	82	6	181	26	29	17	27	1.98
65267032--65267072	21	2.0	21	95	0	73	29	43	0	26	1.55
65267270--65267323	22	2.3	24	84	9	76	62	0	0	37	0.95
65267353--65267416	22	2.9	22	85	2	74	35	45	0	18	1.50
65267371--65267409	7	5.4	7	81	6	51	28	53	0	17	1.44
65267381--65267413	15	2.2	15	94	0	57	33	51	0	15	1.43
65267429--65267469	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65267432--65267478	15	3.3	15	82	8	53	42	29	0	27	1.56
65267703--65267818	41	2.8	40	87	7	162	28	31	20	19	1.97
65267854--65267932	39	2.0	39	90	2	122	24	17	16	41	1.89
65267860--65267949	40	2.2	40	86	5	119	24	17	18	38	1.92
65270152--65270270	52	2.3	52	92	0	202	24	23	15	36	1.94
65270152--65270267	24	4.4	27	78	15	136	24	24	15	36	1.94
65275759--65275957	51	3.9	51	88	3	278	30	25	13	31	1.94
65275981--65276099	52	2.3	52	91	0	193	27	23	14	34	1.94
65275981--65276096	24	4.4	27	79	15	136	27	24	13	34	1.93
65283154--65283197	13	3.5	13	81	12	65	27	9	13	50	1.72
65283150--65283197	24	2.0	24	100	0	96	29	8	12	50	1.69
65283150--65283188	12	3.2	12	79	13	53	30	7	10	51	1.64
65289121--65289264	47	3.1	47	88	3	202	34	10	28	27	1.90
65289150--65289221	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
65289471--65289542	37	1.9	37	91	0	117	23	19	29	27	1.98
65293961--65294156	65	3.0	65	99	0	383	41	19	6	32	1.78
65296955--65297177	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
65297030--65297212	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
65302135--65302310	46	3.7	47	82	7	171	27	19	29	22	1.98
65304549--65304577	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
65311857--65312041	79	2.3	80	81	7	207	25	26	22	25	2.00
65311857--65312041	40	4.7	40	81	7	216	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65313998--65314031	16	2.1	17	88	5	52	11	0	11	76	1.02
65315271--65315315	21	2.1	21	88	8	65	51	13	15	20	1.76
65316991--65317020	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
65328195--65328248	27	2.0	27	92	0	90	37	22	7	33	1.82
65331449--65331511	15	4.1	15	75	4	63	50	14	14	20	1.77
65336504--65336537	17	2.0	17	94	0	59	73	0	26	0	0.83
65336495--65336544	21	2.4	22	70	19	52	66	0	34	0	0.92
65338632--65338762	46	2.7	47	84	8	158	41	16	23	17	1.89
65340483--65340546	31	2.1	31	96	0	119	21	7	15	54	1.66
65345230--65345264	17	2.1	17	100	0	70	28	22	0	48	1.51
65346540--65346577	20	2.0	20	84	5	51	55	0	2	42	1.14
65346697--65347200	251	2.0	252	99	0	1001	47	10	10	31	1.72
65347790--65347827	20	2.0	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
65347811--65347857	21	2.4	19	86	10	60	63	2	0	34	1.06
65357863--65357995	69	1.9	70	89	1	205	31	14	16	37	1.89
65358770--65359372	119	5.1	118	84	3	735	22	23	26	27	1.99
65358770--65359301	79	6.7	79	84	4	615	22	23	27	27	1.99
65358754--65359280	198	2.7	198	92	1	860	22	22	26	27	1.99
65362491--65362584	43	2.2	43	90	0	143	28	31	24	14	1.95
65388964--65389004	20	2.0	20	100	0	82	46	0	14	39	1.45
65393217--65393395	58	3.0	58	65	24	154	22	29	16	31	1.96
65393217--65393457	121	2.0	121	95	1	439	22	29	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65393403--65393623	67	3.4	67	89	2	324	23	31	16	28	1.96
65394357--65394417	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65398379--65398712	40	8.4	40	85	0	434	26	26	21	25	2.00
65398379--65398712	120	2.8	120	91	0	517	26	26	21	25	2.00
65401750--65401869	47	2.6	47	83	0	150	32	8	30	28	1.86
65401988--65402066	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
65402161--65402519	177	2.0	177	97	0	684	29	13	23	33	1.92
65403610--65403715	40	2.7	40	94	1	178	23	31	21	23	1.99
65403769--65403843	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
65404762--65404891	64	2.0	64	98	0	251	31	16	20	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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