genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25506734--25506823	27	3.3	27	84	0	99	35	8	25	30	1.86
25511952--25512022	37	1.9	37	85	5	99	28	14	32	25	1.94
25512005--25512183	96	1.9	94	87	9	265	29	18	29	22	1.98
25512005--25512183	47	3.8	48	77	11	167	29	18	29	22	1.98
25523432--25523515	41	2.0	42	97	2	161	32	14	19	34	1.91
25526638--25526670	9	3.3	10	88	12	50	54	6	0	39	1.25
25533039--25533109	17	3.9	18	78	10	74	66	0	2	30	1.06
25533259--25533297	19	2.0	20	90	5	62	58	2	0	38	1.12
25539347--25539603	39	6.5	39	97	1	453	28	29	23	18	1.98
25546193--25546250	30	2.0	30	86	3	82	29	13	25	31	1.94
25546642--25546860	47	4.7	47	79	12	186	29	19	28	22	1.98
25546660--25546858	46	4.2	45	79	13	172	28	19	29	23	1.98
25546660--25546861	93	2.2	96	78	11	222	29	19	28	22	1.98
25550943--25551031	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
25550943--25551025	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
25550954--25551031	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
25553975--25554146	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
25553967--25554142	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
25562783--25562905	46	2.6	46	87	7	169	26	19	30	22	1.98
25562783--25562952	47	3.6	45	83	8	157	26	18	30	24	1.98
25566032--25566056	13	1.9	13	100	0	50	16	8	0	76	1.02
25571668--25571701	14	2.4	14	95	0	59	20	0	26	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25572539--25572577	19	2.1	19	85	0	51	74	5	5	15	1.17
25573016--25573130	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
25573041--25573130	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
25573236--25573300	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
25575941--25575993	26	2.0	26	100	0	106	37	26	11	24	1.89
25579472--25579670	40	5.0	39	85	4	245	22	27	23	26	2.00
25588407--25588841	218	2.0	218	98	0	843	32	20	14	31	1.93
25594569--25594765	38	5.1	38	85	6	238	22	24	23	28	1.99
25601322--25601385	31	2.1	31	96	0	119	29	6	14	50	1.67
25602791--25602866	38	1.9	39	89	10	120	19	19	25	35	1.95
25604061--25604111	19	2.7	19	87	6	77	19	17	45	17	1.86
25604700--25604755	27	2.1	26	90	3	85	32	23	5	39	1.77
25604708--25604905	27	7.3	26	73	12	114	39	19	8	31	1.82
25606045--25606403	46	7.8	46	100	0	718	21	19	28	30	1.98
25608790--25608849	30	2.0	30	100	0	120	20	30	30	20	1.97
25612607--25613514	46	19.7	46	96	2	1662	21	19	28	30	1.98
25615448--25615582	42	3.2	42	91	0	207	29	16	20	33	1.95
25615605--25615688	31	2.7	31	90	1	134	29	17	25	27	1.98
25616809--25616892	42	2.0	42	100	0	168	45	9	4	40	1.58
25617980--25618159	70	2.6	70	100	0	360	31	21	17	29	1.96
25620213--25620256	20	2.2	20	88	4	63	29	15	27	27	1.96
25630807--25631087	40	7.1	40	86	2	368	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25636731--25637139	53	7.8	54	73	11	287	23	24	16	35	1.95
25636754--25637186	204	2.1	207	91	3	703	24	24	15	35	1.94
25637121--25637242	47	2.6	47	89	0	181	26	22	14	36	1.93
25639585--25639747	42	3.9	41	76	7	148	27	25	15	31	1.95
25643800--25643943	6	24.0	6	87	2	173	0	37	0	61	1.01
25643808--25643943	15	9.3	15	85	4	152	0	36	0	62	1.01
25643800--25643943	9	16.0	9	84	2	173	0	37	0	61	1.01
25647655--25647822	42	4.0	42	76	4	151	29	16	26	27	1.96
25647669--25647822	84	1.8	84	85	0	218	29	16	26	26	1.97
25651407--25652119	54	13.6	54	74	10	527	23	24	15	36	1.94
25651417--25652112	209	3.3	209	94	0	1178	23	24	16	35	1.94
25654328--25654392	33	2.0	33	96	0	121	46	10	29	13	1.77
25656039--25656091	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
25661893--25661944	26	2.0	26	100	0	104	30	7	26	34	1.85
25663428--25663480	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
25665958--25666094	27	5.1	27	85	2	177	29	23	7	40	1.81
25665961--25666128	81	2.1	81	86	4	232	29	22	7	40	1.81
25665972--25666128	27	5.8	27	84	3	199	30	22	6	40	1.79
25665972--25666128	54	2.9	54	89	1	226	30	22	6	40	1.79
25666161--25666284	27	4.6	27	78	5	115	41	21	8	28	1.81
25666296--25666347	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
25667275--25667344	25	2.8	25	86	4	88	27	25	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25667300--25667371	25	3.0	23	84	10	81	27	22	23	26	1.99
25667556--25667685	31	4.0	31	80	13	136	30	15	22	32	1.95
25669928--25670121	27	7.2	27	84	3	230	28	22	7	41	1.81
25669928--25670121	107	1.8	108	88	3	302	28	22	7	41	1.81
25669939--25670121	80	2.3	80	85	2	242	29	22	6	40	1.79
25669936--25670157	107	2.1	106	80	10	247	31	20	8	39	1.83
25670120--25670275	81	1.9	81	80	5	181	42	17	10	29	1.83
25670153--25670248	27	3.6	27	84	8	124	43	18	8	29	1.79
25670153--25670275	27	4.5	26	80	11	115	43	19	8	28	1.79
25670153--25670331	54	3.3	53	77	9	137	42	17	8	30	1.80
25670254--25670339	27	3.1	27	73	17	77	38	15	10	36	1.81
25671266--25671332	25	2.7	24	88	4	89	25	26	23	23	2.00
25671546--25671677	31	4.3	31	85	3	169	31	14	21	31	1.93
25671877--25672000	31	4.0	30	80	14	128	28	15	25	31	1.95
25671589--25672158	294	1.9	297	95	2	1038	24	18	25	32	1.97
25685985--25686188	40	5.1	39	82	5	214	24	21	27	26	1.99
25685985--25686202	79	2.7	79	81	7	246	25	21	27	26	1.99
25687628--25687712	44	1.9	44	80	4	100	27	22	12	37	1.91
25688249--25688309	30	2.0	30	84	6	79	31	21	8	39	1.82
25699905--25699933	8	3.6	8	100	0	58	37	34	0	27	1.57
25703125--25703169	23	1.9	24	86	13	67	55	17	4	22	1.60
25709185--25709357	46	3.7	45	77	16	185	30	19	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25710730--25710992	46	5.6	45	76	8	161	22	28	20	28	1.99
25713155--25714649	749	2.0	749	98	0	2891	24	20	25	30	1.98
25722826--25722944	42	2.8	42	75	5	123	31	14	26	27	1.95
25725322--25725379	29	2.0	29	96	0	107	24	12	24	39	1.89
25726162--25726192	14	2.2	14	100	0	62	22	16	35	25	1.94
25726122--25726232	54	2.1	54	96	0	204	24	18	30	27	1.97
25726176--25726267	40	2.3	40	90	3	141	23	19	28	28	1.98
25734334--25734519	40	4.7	40	86	5	234	23	22	28	25	1.99
25734334--25734552	80	2.7	79	80	8	221	25	21	27	25	1.99
25738316--25738588	46	5.8	46	87	6	257	27	20	30	21	1.98
25738323--25738632	47	6.6	46	86	6	238	27	19	30	22	1.98
25741914--25741957	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
25741981--25742017	16	2.3	17	81	13	51	59	2	0	37	1.12
25742036--25742106	15	4.6	15	74	16	65	50	1	0	47	1.09
25745690--25745788	49	2.0	49	90	0	153	29	13	18	39	1.88
25759258--25759302	20	2.2	20	100	0	90	53	8	11	26	1.65
25761868--25761902	16	2.2	16	94	0	61	14	5	28	51	1.65
25764720--25764771	24	2.3	23	75	15	54	28	3	5	61	1.37
25765520--25766037	131	3.9	132	77	3	458	27	20	17	34	1.95
25768117--25768288	46	3.7	46	79	13	199	22	19	29	28	1.98
25768110--25768279	93	1.8	93	93	0	295	22	20	28	28	1.99
25768432--25768540	55	2.0	55	98	0	209	33	14	21	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25769587--25769634	23	2.1	23	100	0	96	16	31	16	35	1.92
25771290--25771358	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
25771281--25771368	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
25785930--25786539	131	4.6	132	89	1	830	28	18	24	27	1.98
25785930--25786539	263	2.3	263	87	1	846	28	18	24	27	1.98
25789451--25789970	131	4.0	131	81	3	539	27	19	18	35	1.95
25789460--25789979	262	2.0	263	80	4	602	26	19	17	35	1.95
25791058--25791150	44	2.1	46	88	8	138	35	25	5	33	1.79
25791132--25791185	16	3.4	16	89	0	81	33	25	1	38	1.67
25791223--25791304	35	2.4	34	82	6	94	42	2	30	24	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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