genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84428912--84429208	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
84440021--84440069	24	2.0	24	100	0	98	24	18	0	57	1.41
84441348--84441390	20	2.1	20	86	4	59	62	0	20	16	1.32
84442146--84442170	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
84442718--84442895	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
84442719--84442874	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
84442715--84442895	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
84445635--84445711	25	3.1	23	67	14	55	35	31	14	19	1.92
84445644--84445724	25	3.2	25	72	6	83	34	33	14	17	1.90
84445640--84445803	50	3.3	50	87	1	249	34	28	14	22	1.93
84452529--84452583	28	2.0	28	92	0	92	32	21	14	30	1.93
84457793--84457823	16	1.9	16	93	0	53	41	0	19	38	1.51
84458524--84458549	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
84464798--84464830	13	2.6	13	90	4	50	75	0	0	24	0.80
84464799--84464830	9	3.8	9	84	16	50	78	0	0	21	0.76
84466487--84466524	18	2.1	18	95	0	67	15	13	26	44	1.83
84467192--84467327	37	3.6	36	71	14	121	35	17	22	24	1.95
84467207--84467377	77	2.2	77	100	0	342	36	17	22	23	1.95
84467649--84467680	8	4.0	8	95	0	55	15	37	21	25	1.93
84468000--84468053	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
84468054--84468253	27	7.4	27	87	0	283	25	21	19	35	1.96
84479215--84479250	18	2.0	18	100	0	72	50	5	5	38	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84479217--84479258	18	2.3	18	87	0	57	57	4	7	30	1.47
84483220--84483290	11	6.5	11	79	6	63	45	0	32	22	1.53
84484610--84484658	15	3.3	15	79	0	53	32	14	2	51	1.54
84486709--84486745	19	1.9	19	100	0	74	54	0	2	43	1.14
84486738--84486829	38	2.4	38	85	7	114	64	2	0	33	1.06
84487039--84487101	10	6.5	10	77	14	69	28	1	0	69	0.97
84487037--84487112	29	2.7	27	82	10	89	30	1	0	68	0.98
84487051--84487107	19	3.2	17	81	16	62	29	1	0	68	1.00
84486965--84487101	19	7.1	19	65	18	77	32	5	1	60	1.29
84487181--84487405	89	2.5	90	85	4	312	30	8	23	37	1.85
84492579--84492688	55	2.0	55	96	0	202	28	10	22	39	1.86
84493712--84493759	18	2.8	17	87	3	60	22	12	0	64	1.27
84493713--84493759	17	2.7	18	86	3	60	23	12	0	63	1.28
84502476--84502512	17	2.2	17	100	0	74	24	16	21	37	1.93
84505177--84505335	27	5.9	27	80	5	146	33	22	25	19	1.97
84505199--84505338	54	2.6	54	88	2	210	34	22	25	17	1.96
84510899--84511057	27	5.9	26	81	10	169	33	20	25	20	1.97
84510917--84511057	54	2.6	54	88	2	212	34	21	24	19	1.97
84512640--84512903	26	10.2	26	92	0	447	35	23	7	33	1.83
84512640--84512903	52	5.1	52	99	0	510	35	23	7	33	1.83
84514434--84514511	40	1.9	42	84	5	106	51	3	17	26	1.63
84515000--84515057	29	2.0	29	100	0	116	44	0	20	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84517365--84517533	43	4.0	43	76	3	162	35	25	13	26	1.92
84518969--84519101	56	2.4	56	89	2	196	27	16	24	32	1.96
84520677--84520753	38	2.0	38	100	0	154	38	0	15	45	1.46
84520924--84520957	15	2.3	15	100	0	68	35	0	20	44	1.52
84522730--84522771	19	2.2	19	87	12	59	28	33	4	33	1.78
84523571--84523617	24	2.0	24	83	8	60	46	17	4	31	1.67
84530229--84530256	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
84539691--84539778	28	3.1	28	90	3	131	25	13	32	28	1.94
84539699--84539778	29	2.8	28	88	3	115	23	15	33	27	1.94
84557089--84557127	17	2.3	17	86	0	51	38	25	12	23	1.90
84558780--84558844	25	2.7	23	84	11	78	29	10	15	44	1.80
84558804--84558851	25	1.9	25	86	0	69	31	10	18	39	1.85
84559304--84559330	14	1.9	14	100	0	54	62	7	7	22	1.46
84562939--84563180	48	5.0	48	95	0	412	34	6	28	30	1.82
84563321--84563423	37	2.8	37	92	0	170	24	19	31	25	1.98
84569765--84569818	28	1.9	28	85	7	74	29	25	24	20	1.99
84574932--84575081	49	3.0	50	82	7	196	25	20	24	29	1.99
84576393--84576511	20	5.9	20	80	5	125	37	23	21	16	1.93
84577199--84577225	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
84581134--84581163	6	5.0	6	91	0	51	16	3	13	66	1.37
84584233--84584336	51	2.0	51	96	0	190	36	9	10	43	1.72
84584825--84584859	15	2.3	15	95	0	61	5	22	34	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84592607--84592853	49	5.0	50	83	2	309	24	18	27	28	1.98
84592712--84592795	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
84598319--84598376	27	2.2	26	80	20	66	34	1	29	34	1.68
84598321--84598376	28	2.0	27	83	16	71	35	1	28	33	1.68
84599964--84599989	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
84601710--84601785	38	2.0	38	97	0	143	17	18	19	44	1.87
84609875--84610083	38	5.0	39	73	19	172	30	14	24	30	1.95
84609912--84610043	48	2.8	48	85	1	185	31	15	22	30	1.95
84616329--84616486	37	4.2	36	73	14	124	43	15	18	23	1.88
84616433--84617007	77	7.5	76	74	8	321	44	15	15	25	1.85
84616611--84616908	76	3.9	77	78	8	245	44	15	14	25	1.84
84616570--84616921	153	2.3	151	80	5	343	45	15	14	24	1.83
84616718--84617005	153	1.9	153	84	6	386	43	16	14	25	1.85
84624543--84624767	40	5.7	40	82	6	233	25	27	20	25	1.99
84624699--84624776	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
84628025--84628122	40	2.5	40	83	3	117	41	15	16	26	1.88
84628435--84628483	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
84659522--84659580	20	3.1	19	76	14	59	40	16	15	27	1.89
84660046--84660152	52	2.1	52	96	0	196	37	7	15	39	1.76
84661179--84661244	27	2.4	28	82	12	84	33	4	1	60	1.26
84663590--84663628	19	2.0	19	85	5	51	41	2	2	53	1.28
84666366--84666409	17	2.7	16	80	16	54	22	2	0	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84666371--84666404	18	1.9	17	94	5	59	20	2	0	76	0.92
84666363--84666417	27	2.0	27	92	0	92	21	3	0	74	0.97
84666367--84666427	27	2.3	27	85	0	77	21	8	0	70	1.13
84666421--84666463	17	2.5	17	81	11	52	6	16	0	76	0.99
84667491--84667538	14	3.4	14	85	11	62	70	6	0	22	1.09
84667500--84667550	16	3.3	16	84	13	63	72	9	0	17	1.11
84668155--84668185	16	1.9	16	100	0	62	38	25	6	29	1.81
84670154--84670205	20	2.5	20	87	3	68	50	9	3	36	1.54
84673254--84673436	90	2.0	90	93	0	312	51	7	7	33	1.59
84676670--84676716	23	2.1	22	84	11	60	59	2	2	36	1.21
84677141--84677180	21	1.9	21	84	0	53	50	20	7	22	1.73
84678922--84678947	6	4.3	6	100	0	52	53	30	0	15	1.42
84678922--84678960	18	2.2	18	85	0	51	48	33	0	17	1.48
84679013--84679078	29	2.2	29	80	15	73	60	0	3	36	1.12
84679544--84679592	20	2.4	21	83	6	57	38	4	2	55	1.31
84680921--84680965	12	3.8	11	85	8	54	71	4	2	22	1.15
84681145--84681202	20	2.9	19	77	7	53	68	8	5	17	1.33
84681953--84682143	99	1.9	99	90	2	303	17	20	23	39	1.92
84682689--84682820	66	2.0	66	82	2	158	15	29	15	39	1.88
84682810--84682919	45	2.5	45	81	1	123	29	18	17	35	1.93
84682951--84683165	96	2.2	96	87	1	315	27	20	19	33	1.96
84683315--84683436	45	2.7	45	73	13	117	29	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84683926--84684049	65	1.9	65	86	0	176	49	9	20	20	1.77
84684492--84684558	1	67.0	1	75	0	62	0	11	0	88	0.53
84684492--84684558	7	9.4	7	83	16	77	0	11	0	88	0.53
84684491--84684558	29	2.4	27	85	9	100	0	13	0	86	0.56
84689568--84689597	16	1.9	15	93	6	51	73	0	3	23	0.98
84690244--84690306	24	2.7	24	85	2	74	68	7	4	19	1.33
84690871--84690900	2	15.5	2	93	6	53	0	50	0	50	1.00
84706021--84706164	46	3.1	44	70	21	107	29	28	20	21	1.98
84706924--84707021	49	2.0	49	97	0	187	41	18	22	17	1.90
84708581--84708669	30	3.0	30	77	8	92	56	15	17	10	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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