Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  26  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7648019--7648075
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0
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2.0
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3
73
41
0
37
20
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7734536--7734570
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1.9
18
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0
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2.00
7745741--7745823
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7746030--7746112
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2.7
31
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7748591--7749059
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2
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2.3
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7.0
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7762959--7763028
25
2.8
25
91
0
104
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25
2.00
7762959--7763041
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21
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2.7
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152
28
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1.9
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21
23
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27
1.99
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24
1.96
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104
2.0
102
84
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267
46
10
22
21
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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4.0
43
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9.6
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32
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1.93
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3.1
104
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2
309
31
25
14
29
1.94
7768133--7768464
139
2.4
139
82
1
378
31
25
13
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1.94
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2.1
35
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0
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2.0
23
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0
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2
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0
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1.62
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3.7
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18
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16
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0
4
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1.17
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11
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0
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2
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26
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0
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1.10
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3
236
27
22
18
31
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7818824--7818878
20
2.7
21
77
11
60
18
5
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1.73
7833380--7833413
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4
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0
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2
23
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2.5
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2
123
44
13
6
36
1.70
7840969--7841034
22
3.0
22
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1.37
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24
1.9
24
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0
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0
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1.97
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5.0
41
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0
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31
22
26
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1.98
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16
2.1
17
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50
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2.0
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0
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21
29
19
1.98
7883999--7884032
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
7884886--7884965
7
11.3
7
72
11
56
73
2
0
23
0.95
7884889--7884980
15
6.4
14
83
5
78
70
3
0
26
1.02
7884910--7884980
8
9.4
8
80
11
78
70
1
0
28
0.96
7884910--7884984
15
5.1
15
79
12
84
69
1
0
29
0.97
7884909--7884984
22
3.5
22
84
10
102
68
1
0
30
0.98
7884903--7884984
7
11.3
7
80
7
92
70
1
0
28
0.95
7888706--7888753
20
2.4
21
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10
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22
2
6
68
1.23
7895617--7895641
12
2.1
12
100
0
50
16
0
0
84
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7906212--7906254
21
2.0
21
90
0
68
13
27
37
20
1.91
7908922--7909147
50
4.5
50
90
1
328
34
15
23
26
1.95
7909123--7909238
31
3.7
31
88
0
160
26
18
28
25
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7909309--7909563
42
5.6
47
84
7
266
28
14
27
29
1.95
7909309--7909516
48
4.5
48
86
5
261
27
14
28
29
1.95
7911761--7911788
3
9.3
3
100
0
56
32
32
0
35
1.58
7911791--7912585
3
265.0
3
100
0
1590
0
33
0
66
0.92
7916955--7917065
60
1.9
57
88
5
168
40
4
4
50
1.43
7917094--7917118
9
2.8
9
100
0
50
32
36
0
32
1.58
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12
2.1
12
100
0
50
36
0
16
48
1.46
7922072--7922246
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46
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13
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29
29
20
21
1.98
7922080--7922250
93
1.8
93
92
0
288
28
29
21
21
1.98
7928767--7928823
28
2.0
28
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12
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57
3
5
33
1.38
7947891--7948235
45
7.6
45
72
11
215
29
21
18
30
1.97
7947891--7947998
44
2.4
44
86
7
139
29
25
16
27
1.97
7948013--7948327
93
3.4
93
75
9
347
30
19
18
32
1.96
7948074--7948328
45
5.6
44
69
13
160
30
19
18
32
1.95
7947898--7948346
183
2.5
182
87
2
616
29
20
18
31
1.96
7948330--7948362
16
2.1
16
100
0
66
18
21
18
42
1.89
7948407--7948533
44
2.9
44
85
0
164
33
25
14
25
1.95
7956687--7956730
19
2.2
20
84
4
54
50
2
18
29
1.59
7960421--7960477
22
2.5
22
83
10
71
59
7
7
26
1.49
7960651--7960707
18
3.2
17
76
9
53
61
1
8
28
1.36
7960612--7960730
61
1.9
61
83
8
152
61
2
6
29
1.35
7964146--7964260
44
2.7
44
76
8
121
34
26
14
23
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7966662--7966713
26
2.0
26
100
0
104
26
23
15
34
1.94
7966666--7966723
26
2.2
26
87
6
82
31
22
12
34
1.91
7968385--7968435
21
2.4
22
78
18
54
45
3
3
47
1.40
7968385--7968436
20
2.4
23
75
21
58
44
3
3
48
1.39
7970078--7970112
13
2.5
15
86
13
56
77
0
22
0
0.78
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45
1.9
45
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0
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18
22
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1.97
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18
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18
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19
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40
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2.3
53
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0
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20
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17
1.88
7985598--7985634
16
2.4
16
86
4
58
0
29
0
70
0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322