genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68782555--68782630	29	2.6	29	97	0	143	32	26	11	28	1.92
68787507--68787667	42	3.8	42	76	4	135	30	26	14	27	1.95
68790863--68791004	57	2.5	56	82	11	155	27	18	21	32	1.97
68791873--68791939	31	2.1	32	81	8	75	19	29	29	20	1.97
68806137--68806351	48	4.5	48	88	1	306	24	16	31	28	1.96
68813488--68813556	17	3.9	18	74	10	63	37	1	1	59	1.15
68813493--68813556	25	2.4	27	84	10	96	35	1	1	60	1.15
68813488--68813557	8	8.2	8	74	21	54	37	1	1	60	1.15
68817144--68817259	58	2.0	58	89	0	178	38	24	20	16	1.92
68836071--68836136	24	2.8	24	74	4	62	56	6	0	37	1.24
68838985--68839031	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
68841714--68841796	40	2.1	40	100	0	166	37	27	9	25	1.87
68846775--68846850	5	14.8	5	72	20	59	2	19	3	73	1.11
68846777--68846850	22	3.3	21	73	21	62	2	20	4	72	1.13
68847011--68847044	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
68853729--68854041	84	3.7	84	99	0	617	31	12	14	41	1.82
68855412--68855504	29	3.2	29	73	3	89	23	17	22	36	1.94
68859926--68860196	44	5.8	45	78	12	250	27	18	30	23	1.97
68859977--68860185	92	2.3	92	93	0	346	28	17	31	23	1.97
68874264--68874303	18	2.3	18	86	4	55	25	30	35	10	1.88
68892900--68893013	52	2.2	52	95	0	201	19	26	34	20	1.96
68898880--68898938	30	2.0	30	82	0	73	33	11	23	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68899323--68899495	46	3.7	47	79	12	164	27	17	29	25	1.98
68906780--68907069	146	2.0	146	98	0	562	31	10	25	32	1.89
68925583--68925809	48	4.8	48	73	7	169	29	24	19	25	1.98
68929977--68930009	6	5.7	6	89	7	50	12	3	0	84	0.72
68933241--68933388	67	2.2	69	78	10	162	32	16	28	22	1.96
68940840--68940961	50	2.4	52	79	8	142	33	13	13	38	1.85
68941087--68941169	40	2.1	40	100	0	166	24	4	20	50	1.67
68941165--68941199	18	1.9	18	94	0	61	22	14	11	51	1.74
68948287--68948325	19	2.1	19	95	0	69	46	5	12	35	1.65
68949191--68949359	46	3.7	46	76	13	184	28	27	20	22	1.99
68949192--68949362	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
68949189--68949378	46	4.1	46	70	17	126	28	27	20	22	1.99
68952198--68952227	15	2.0	15	93	0	51	40	13	16	30	1.87
68956281--68956442	24	6.8	24	64	6	78	26	14	27	32	1.94
68960659--68960731	29	2.5	28	82	14	87	28	15	30	26	1.96
68960714--68960987	145	1.9	145	96	0	512	29	15	23	31	1.95
68962790--68962819	15	2.0	15	93	0	51	40	13	16	30	1.87
68963839--68963978	43	3.3	43	83	2	165	32	23	15	28	1.95
68965764--68965862	32	3.1	32	92	4	173	30	19	15	35	1.92
68965977--68966063	45	1.9	45	84	9	115	25	34	21	18	1.96
68968059--68968262	40	5.1	40	85	5	173	26	28	23	22	1.99
68968085--68968262	80	2.2	80	91	0	293	25	28	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68972454--68972518	27	2.5	26	73	12	69	46	4	1	47	1.32
68973074--68973121	24	2.0	25	88	12	73	8	41	0	50	1.33
68980772--68980923	43	3.5	43	91	0	241	32	31	24	11	1.91
68989935--68990029	41	2.3	41	81	1	111	37	28	18	14	1.91
69004866--69004898	12	2.8	12	86	4	50	27	0	0	72	0.85
69005655--69005722	10	7.3	9	74	12	50	27	4	2	64	1.27
69006150--69006183	12	2.9	11	87	12	50	11	0	11	76	1.02
69010909--69010954	25	1.9	25	86	8	69	15	6	17	60	1.55
69016468--69016520	23	2.3	22	75	9	52	30	7	16	45	1.75
69025231--69025390	44	3.7	44	73	12	136	28	18	23	29	1.98
69025247--69025368	42	2.8	44	73	13	117	28	19	23	27	1.98
69027639--69027778	60	2.3	60	95	0	244	25	13	27	34	1.93
69027756--69028536	54	14.5	54	97	1	1478	27	18	22	31	1.97
69045468--69045514	20	2.3	20	89	7	69	38	8	19	34	1.82
69045563--69045643	25	3.2	25	84	3	101	25	20	24	28	1.99
69045878--69045972	31	3.1	31	87	0	136	36	14	23	25	1.93
69054906--69054984	39	2.0	39	95	0	140	22	30	25	21	1.99
69065358--69065831	47	10.1	47	98	0	903	32	8	29	29	1.87
69066011--69066092	41	2.0	41	100	0	164	39	14	19	26	1.90
69072037--69072115	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
69072234--69074102	49	38.8	48	97	1	3211	29	29	9	32	1.88
69078400--69078584	40	4.7	40	86	6	216	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69078452--69078616	80	2.1	79	84	5	208	26	20	26	26	1.99
69081443--69081755	39	8.0	39	99	0	608	23	30	25	20	1.98
69081859--69081944	43	2.0	43	97	0	163	40	19	11	27	1.86
69084097--69084146	26	2.0	26	84	4	66	48	0	0	52	1.00
69086018--69086173	79	2.0	80	92	1	260	48	5	15	30	1.68
69087761--69087814	15	3.6	15	76	18	67	18	31	24	25	1.97
69087762--69087819	30	1.9	30	100	0	116	20	32	22	24	1.98
69102740--69102773	17	2.0	17	100	0	68	17	11	29	41	1.85
69118928--69119079	27	5.6	27	91	2	232	30	28	14	26	1.95
69118928--69119079	55	2.8	54	89	2	232	30	28	14	26	1.95
69118928--69119079	82	1.9	82	91	0	250	30	28	14	26	1.95
69118930--69119107	55	3.2	54	84	4	205	31	28	13	26	1.94
69118930--69119107	82	2.1	84	83	6	220	31	28	13	26	1.94
69122286--69122357	28	2.6	28	84	0	99	33	12	25	29	1.92
69124134--69124264	27	4.9	27	89	0	172	29	19	8	41	1.81
69124242--69124515	27	10.2	27	77	8	175	40	21	8	29	1.82
69124242--69124599	54	6.6	54	73	7	233	39	20	9	31	1.84
69124256--69124488	81	2.9	80	87	1	297	41	20	9	29	1.83
69124526--69124577	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
69124631--69124722	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
69125523--69125670	26	5.8	26	87	2	203	26	20	23	29	1.99
69125523--69125670	51	2.9	51	88	5	219	26	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69125815--69125906	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
69125930--69126006	31	2.5	31	86	0	118	31	19	22	27	1.98
69130784--69130808	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
69132232--69132759	263	2.0	262	97	1	995	39	17	20	23	1.93
69135984--69136032	10	4.6	11	76	16	50	14	2	0	83	0.73
69135975--69136030	6	9.8	6	80	7	64	14	3	0	82	0.81
69135975--69136036	27	2.3	26	84	10	81	14	3	0	82	0.80
69135976--69136046	20	3.3	20	75	20	65	16	4	0	78	0.90
69135986--69136052	26	2.4	27	76	13	66	19	4	0	76	0.96
69141804--69141892	27	3.3	27	75	6	81	42	17	17	21	1.89
69141882--69142017	27	5.0	27	79	3	148	25	15	19	39	1.91
69141857--69142017	81	2.0	81	80	4	182	27	16	18	38	1.91
69145701--69145818	29	4.2	29	78	7	118	26	28	14	30	1.95
69145706--69145814	58	1.9	57	86	1	155	24	30	15	29	1.96
69146026--69146070	24	1.9	23	86	4	63	15	17	13	53	1.73
69153717--69154633	43	21.3	43	98	0	1674	32	28	23	15	1.95
69159996--69160151	43	3.6	43	89	0	231	33	30	24	12	1.92
69163613--69163640	12	2.3	12	100	0	56	32	21	21	25	1.98
69164561--69164598	20	1.9	20	88	0	58	57	5	7	28	1.49
69171413--69171633	46	4.7	47	75	13	168	30	18	27	23	1.97
69191850--69192104	55	4.8	53	78	9	231	21	24	17	35	1.95
69198513--69198558	20	2.3	20	84	0	56	32	13	4	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69202648--69202762	43	2.7	43	82	5	117	28	27	17	26	1.97
69206005--69206065	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
69210454--69210513	30	2.0	30	83	0	75	30	23	8	38	1.84
69217930--69218002	29	2.5	29	88	4	103	26	16	31	26	1.96
69218316--69218590	40	6.9	40	77	10	199	25	22	27	24	2.00
69221230--69221412	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
69221231--69221414	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
69221283--69221447	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
69223497--69223567	35	2.0	35	94	0	124	35	14	11	39	1.81
69226876--69227032	43	3.7	43	79	3	172	31	23	15	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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