genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75157503--75157554	26	2.0	27	92	3	88	32	13	15	38	1.86
75159827--75159869	19	2.3	18	76	4	50	46	6	11	34	1.67
75166458--75166487	13	2.3	13	94	0	51	60	0	33	6	1.23
75172454--75172634	40	4.6	39	79	10	165	24	20	28	25	1.99
75172485--75172667	79	2.3	78	78	11	192	26	20	26	25	1.99
75184248--75184366	39	3.1	39	93	0	202	28	23	21	26	1.99
75185430--75185534	53	2.0	53	98	0	201	37	17	12	33	1.87
75186284--75186314	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
75191408--75191486	37	2.2	36	88	2	122	41	10	37	10	1.73
75194749--75195126	89	4.2	89	97	0	702	30	19	23	26	1.98
75195325--75195573	44	5.7	43	87	4	338	30	14	28	26	1.95
75195325--75195606	88	3.2	88	83	9	337	30	14	29	26	1.95
75195325--75195566	132	1.8	132	90	1	387	31	14	28	26	1.94
75203664--75203707	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
75210965--75211156	40	4.8	40	94	1	314	23	22	27	26	1.99
75216354--75216406	25	2.2	24	89	3	79	18	20	22	37	1.94
75218090--75218264	46	3.8	48	80	9	170	28	20	29	21	1.98
75222260--75222303	22	1.9	23	86	9	63	56	0	9	34	1.31
75222291--75222332	23	1.9	21	85	9	57	50	2	4	42	1.36
75222394--75222422	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
75222567--75222670	52	2.0	52	94	0	181	44	15	18	22	1.87
75229816--75229915	37	2.7	37	95	0	173	24	32	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75230090--75230498	48	8.5	48	94	0	665	30	26	6	36	1.82
75231852--75231962	54	2.1	54	100	0	222	46	18	1	33	1.59
75234415--75234678	103	2.5	104	90	3	406	29	29	20	19	1.97
75236791--75236859	28	2.5	28	90	0	111	31	24	21	21	1.98
75236891--75236985	40	2.4	40	96	0	172	26	25	21	27	1.99
75239533--75239675	43	3.3	44	77	13	129	34	26	16	23	1.95
75239552--75239676	44	2.9	41	75	12	110	33	28	16	21	1.95
75240386--75240426	17	2.4	17	91	0	73	58	17	9	14	1.62
75248169--75248391	47	4.8	47	75	9	179	27	18	29	24	1.98
75248171--75248393	94	2.4	93	79	7	236	26	19	29	24	1.98
75250729--75250907	79	2.2	81	82	7	215	25	22	26	24	2.00
75250725--75250909	40	4.7	40	80	6	207	24	23	27	24	2.00
75250778--75250942	79	2.1	79	80	6	183	26	21	26	24	2.00
75258701--75258885	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
75258702--75258885	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
75258754--75258918	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
75264306--75264364	29	2.0	29	83	6	75	15	37	27	20	1.92
75272779--75272956	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75272800--75272955	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75288439--75288610	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
75288432--75288607	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
75293256--75293291	18	2.0	18	94	0	63	27	8	27	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75295116--75295306	62	3.1	62	98	0	364	37	10	3	48	1.55
75297898--75298047	41	3.7	40	78	11	153	24	22	26	26	2.00
75304150--75304257	55	2.0	55	96	0	198	27	10	21	40	1.85
75306003--75306035	14	2.4	14	85	15	50	33	3	21	42	1.68
75306059--75306137	41	1.9	41	92	0	131	22	21	27	27	1.99
75306059--75306159	41	2.5	41	80	6	123	22	20	29	26	1.99
75313952--75314127	46	3.8	46	79	12	189	22	21	27	28	1.99
75313948--75314119	93	1.8	93	91	0	281	22	21	28	27	1.99
75317060--75317139	15	5.4	15	76	7	74	8	18	13	58	1.60
75317051--75317126	30	2.5	30	79	12	84	10	18	15	55	1.68
75319526--75319701	46	3.8	46	78	10	187	22	21	27	29	1.99
75319522--75319693	93	1.8	93	89	0	272	22	21	27	28	1.99
75333207--75333314	40	2.7	40	95	0	189	21	26	20	31	1.98
75340643--75340772	71	1.9	70	84	7	176	20	30	16	33	1.94
75340641--75340798	68	2.3	70	80	7	171	20	27	15	35	1.94
75353890--75354183	148	2.0	148	90	0	462	35	12	13	38	1.83
75357322--75358209	445	2.0	443	95	1	1609	33	18	15	32	1.93
75361289--75361416	63	2.0	63	86	0	175	36	12	14	35	1.84
75368345--75368402	18	3.2	18	65	0	53	31	8	12	48	1.70
75370693--75371176	241	2.0	241	94	0	844	34	24	15	26	1.95
75376371--75376465	27	3.5	26	79	11	111	33	23	24	18	1.97
75378089--75378248	26	6.2	26	93	2	259	38	25	5	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75382675--75382711	14	2.4	16	82	13	51	27	0	2	70	1.01
75383626--75383666	7	5.2	8	77	16	50	60	0	0	39	0.96
75385196--75385242	17	2.5	19	80	19	55	68	4	2	25	1.19
75385816--75385871	27	2.0	28	82	6	69	28	1	0	69	0.98
75385898--75385941	17	2.5	17	85	3	52	54	0	2	43	1.12
75389061--75389102	22	1.9	22	90	0	66	35	14	26	23	1.93
75389123--75389185	22	2.9	22	87	0	81	41	11	26	20	1.86
75389133--75389220	22	4.0	22	85	2	97	44	14	25	15	1.85
75392212--75392292	41	2.0	41	97	0	153	45	20	19	13	1.84
75397381--75397426	21	2.2	21	96	0	83	36	0	0	63	0.95
75397874--75397927	26	2.1	26	85	0	72	46	12	14	25	1.81
75398012--75398046	15	2.3	15	90	9	54	85	2	11	0	0.69
75398205--75398243	19	2.1	19	85	9	53	23	0	7	69	1.14
75398384--75398422	19	2.1	19	85	4	53	51	0	0	48	1.00
75404138--75404207	29	2.3	31	78	14	74	38	10	2	48	1.51
75415557--75415591	18	1.9	18	88	0	52	34	0	5	60	1.21
75417247--75417286	17	2.4	17	100	0	80	27	7	17	47	1.74
75417352--75417387	18	2.0	18	100	0	72	38	5	5	50	1.49
75417552--75417585	10	3.3	10	88	8	50	17	0	0	82	0.67
75417552--75417583	15	2.2	14	94	5	55	18	0	0	81	0.70
75417556--75417599	21	2.2	20	84	12	54	15	0	4	79	0.89
75425255--75425298	21	2.1	21	91	0	70	38	9	20	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75432480--75432833	46	7.7	46	83	3	442	30	28	18	22	1.97
75432534--75432787	139	1.8	139	100	0	508	29	29	18	22	1.97
75432488--75432843	185	1.9	185	88	0	532	29	28	18	22	1.98
75434440--75434520	41	2.0	41	97	0	153	30	6	19	43	1.76
75461630--75461770	57	2.5	56	79	6	142	32	16	21	29	1.95
75472638--75472898	85	3.1	85	98	0	497	45	16	9	28	1.78
75473908--75474025	43	2.7	43	79	10	125	27	27	16	27	1.97
75474161--75474201	15	2.8	14	82	10	55	41	14	0	43	1.45
75479209--75479336	27	4.7	27	77	5	116	32	12	24	30	1.92
75479291--75479377	26	3.3	26	68	17	63	31	16	24	28	1.96
75485970--75486011	21	2.0	21	95	0	75	14	16	28	40	1.88
75494883--75494965	29	2.9	29	92	0	139	28	16	27	26	1.97
75495877--75495908	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
75497831--75498685	46	18.6	46	100	0	1710	28	28	21	21	1.99
75498620--75499282	331	2.0	331	95	0	1191	31	23	14	29	1.95
75499499--75499552	16	3.5	16	72	10	58	25	22	9	42	1.83
75499862--75499893	15	2.1	15	100	0	64	43	18	6	31	1.75
75502268--75502304	11	2.9	14	76	23	53	16	0	62	21	1.33
75502272--75502300	11	2.6	11	100	0	58	13	0	65	20	1.26
75505820--75505886	20	3.3	20	89	0	107	37	10	17	34	1.85
75505822--75505877	9	5.8	9	76	15	58	35	7	19	37	1.79
75507244--75507419	46	3.8	45	78	10	176	22	19	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75507240--75507411	93	1.8	93	89	0	272	22	20	29	27	1.98
75508983--75509065	38	2.4	33	68	21	80	32	16	26	24	1.96
75516693--75516779	20	4.3	20	97	0	165	35	11	19	33	1.88
75516704--75516779	11	7.5	11	74	16	83	35	11	19	32	1.88
75516800--75516875	26	3.0	25	86	9	102	25	23	21	30	1.99
75517085--75517174	38	2.7	31	76	22	101	34	16	24	24	1.95
75517421--75517502	38	2.1	40	93	4	141	18	9	6	65	1.42
75520934--75520958	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
75523504--75523538	3	11.7	3	87	0	52	25	0	40	34	1.56
75523503--75523540	12	3.2	12	88	0	58	23	0	42	34	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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