genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11399595--11399707	38	3.3	33	81	14	124	53	5	1	39	1.34
11399621--11399709	38	2.4	38	92	1	153	56	4	2	37	1.32
11399786--11399831	15	3.0	15	80	3	56	60	4	0	34	1.16
11400538--11400773	125	1.9	127	83	6	300	38	14	13	33	1.85
11400541--11400799	125	2.0	127	80	7	287	38	15	12	33	1.85
11400817--11400851	15	2.2	16	90	5	54	68	0	8	22	1.16
11400960--11401011	21	2.5	21	83	0	68	61	0	7	30	1.24
11401042--11401184	24	5.5	25	69	22	73	60	4	9	25	1.46
11401090--11401306	3	71.0	3	66	17	65	60	3	8	27	1.41
11401042--11401101	25	2.3	25	80	8	66	60	5	8	26	1.47
11401214--11401271	23	2.6	23	86	2	73	62	1	5	31	1.27
11401239--11401304	23	2.9	23	80	8	64	63	0	9	27	1.24
11401362--11401393	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
11401858--11401905	13	3.8	13	83	5	62	14	0	43	41	1.45
11401869--11401902	12	2.8	12	90	4	50	17	0	38	44	1.49
11402157--11402203	22	2.1	22	92	0	76	53	17	0	29	1.44
11403930--11403968	20	2.1	19	90	9	62	46	12	0	41	1.42
11404132--11404196	27	2.4	27	94	2	112	44	15	13	26	1.84
11405343--11405411	34	2.0	33	83	10	86	39	0	2	57	1.13
11408139--11408177	19	2.1	19	90	9	62	56	0	5	38	1.22
11408136--11408231	10	10.0	10	69	15	69	55	0	7	37	1.28
11408258--11408293	11	3.3	11	88	0	54	27	0	2	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11408938--11408988	26	2.0	26	92	0	84	41	11	17	29	1.85
11410696--11410757	30	2.1	30	100	0	124	24	12	37	25	1.91
11412310--11412632	127	2.5	126	88	3	468	26	15	20	36	1.93
11415903--11415943	19	2.2	19	86	8	57	31	19	7	41	1.79
11418639--11418750	27	4.2	26	83	7	125	37	23	22	16	1.94
11427463--11427795	45	7.6	45	73	10	222	28	20	24	26	1.99
11427452--11427842	89	4.4	89	85	2	407	28	20	24	25	1.99
11427450--11427943	44	11.2	44	71	4	280	29	20	24	25	1.99
11427813--11427935	46	2.7	46	83	3	151	31	19	21	26	1.97
11430465--11430783	127	2.5	127	86	2	435	27	14	20	36	1.92
11431290--11431326	19	2.0	19	94	5	67	37	0	10	51	1.37
11431296--11431337	19	2.2	20	87	8	61	38	0	9	52	1.34
11432101--11432128	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
11436003--11436044	20	2.1	20	100	0	84	69	0	11	19	1.19
11436005--11436041	11	3.5	11	78	14	51	72	0	8	18	1.08
11439859--11439904	20	2.2	21	81	14	60	34	2	13	50	1.53
11443891--11443924	16	2.2	16	90	10	54	5	23	5	64	1.38
11443874--11443927	26	2.1	25	82	3	63	3	22	3	70	1.19
11444108--11444138	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
11444591--11444627	19	2.0	20	84	10	51	32	21	0	45	1.52
11446550--11446660	51	2.2	51	78	0	123	48	5	11	34	1.63
11447241--11447295	16	3.2	16	75	25	51	34	0	1	63	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11447264--11447290	8	3.4	8	100	0	54	40	0	0	59	0.98
11456203--11456227	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
11456888--11457052	43	3.8	43	76	12	169	24	18	26	31	1.97
11460727--11460773	22	2.1	23	88	4	69	70	4	21	4	1.22
11460718--11460772	27	1.9	30	82	17	73	72	3	18	5	1.18
11462272--11462346	21	3.4	23	78	14	86	14	21	25	38	1.91
11466260--11466306	17	2.6	19	83	13	71	31	0	31	36	1.58
11469140--11469173	14	2.5	14	85	4	52	47	2	5	44	1.42
11469103--11469233	65	2.0	67	88	8	196	47	6	13	32	1.70
11475570--11475613	21	2.1	21	95	0	79	43	18	11	27	1.84
11476364--11476421	22	2.6	23	79	17	61	58	0	5	36	1.20
11476354--11476417	18	3.4	17	76	19	56	56	0	4	39	1.20
11480660--11480756	25	3.9	24	74	14	81	19	26	21	31	1.97
11480711--11480772	25	2.4	25	84	10	81	22	25	24	27	2.00
11480889--11480927	17	2.4	16	86	4	51	38	5	17	38	1.72
11490008--11490079	24	2.9	25	72	8	67	15	27	18	38	1.90
11493482--11493822	51	6.8	51	80	3	397	27	23	19	28	1.99
11493482--11493818	100	3.4	100	99	0	665	27	23	19	29	1.98
11498902--11498983	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
11505865--11506726	26	33.2	26	99	0	1697	30	4	26	38	1.75
11507142--11507402	41	6.4	41	90	0	380	35	27	18	18	1.95
11507142--11507402	123	2.1	123	92	2	427	35	27	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11507559--11507598	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
11508511--11508561	24	2.1	24	82	7	59	58	1	1	37	1.20
11509525--11509566	18	2.3	18	83	0	57	23	4	28	42	1.74
11510013--11510193	61	3.0	61	97	0	344	18	7	18	55	1.64
11512767--11512822	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
11512927--11513078	9	17.0	9	81	1	162	46	17	1	35	1.56
11522751--11522906	68	2.4	64	78	13	163	26	28	15	30	1.96
11534828--11535006	47	3.8	47	88	1	250	28	31	7	32	1.85
11542488--11542731	44	5.5	44	69	5	132	28	25	15	29	1.96
11542457--11542730	89	3.1	89	67	8	232	28	25	15	30	1.96
11542364--11542823	178	2.6	176	83	4	573	26	25	18	29	1.98
11544051--11544144	47	2.0	47	97	0	179	8	30	19	41	1.81
11556157--11556309	35	4.3	35	75	10	116	18	11	28	42	1.84
11559561--11559714	43	3.6	43	79	11	172	22	16	27	33	1.96
11559558--11559722	85	1.9	86	84	8	221	22	16	26	34	1.95
11567025--11567160	44	3.2	43	80	11	129	25	17	25	32	1.97
11567025--11567183	43	3.7	43	76	10	155	25	18	25	31	1.97
11568397--11568518	21	5.8	21	81	3	147	18	19	16	45	1.85
11568397--11568521	42	3.0	42	86	2	171	18	19	16	46	1.84
11569827--11569917	30	3.0	30	88	0	137	19	35	27	17	1.95
11570778--11571091	106	3.0	106	81	3	382	26	25	29	18	1.98
11571236--11571273	20	1.9	20	88	0	58	36	15	0	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11574058--11574327	143	1.9	143	91	0	441	33	16	17	32	1.92
11574407--11574613	69	3.0	68	82	3	236	22	6	24	45	1.76
11581112--11581177	33	2.0	33	96	0	123	34	36	12	16	1.86
11585351--11585396	21	2.2	21	88	0	65	43	2	13	41	1.55
11587846--11588048	41	5.0	40	76	8	153	30	16	25	28	1.97
11596289--11596419	38	3.2	38	74	17	136	31	24	15	29	1.95
11596334--11596467	48	2.8	48	88	3	191	30	22	14	32	1.94
11599142--11599213	28	2.6	28	80	4	74	20	27	30	20	1.98
11599392--11599472	27	3.1	26	78	15	85	38	19	17	24	1.93
11599609--11599780	27	6.4	27	81	4	186	25	22	18	34	1.96
11599608--11599780	54	3.2	54	87	0	220	24	21	18	34	1.96
11599596--11599780	81	2.3	81	84	5	223	25	21	18	33	1.97
11605502--11605544	22	2.0	22	100	0	86	41	13	16	27	1.86
11612432--11612539	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
11612646--11613269	312	2.0	312	99	0	1239	31	10	24	33	1.90
11616577--11616621	22	2.0	23	86	4	65	44	22	17	15	1.86
11616792--11616909	28	4.7	23	75	18	76	50	31	3	15	1.60
11616824--11616909	28	3.0	28	93	1	145	48	29	3	18	1.64
11617913--11617969	29	2.0	29	92	0	96	31	35	12	21	1.90
11622347--11622372	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
11626000--11626096	40	2.4	40	84	8	135	26	27	15	29	1.96
11633519--11633608	40	2.2	40	82	9	112	27	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11638749--11638802	28	1.9	28	92	0	90	44	1	1	51	1.22
11639591--11639840	124	2.0	124	98	0	482	24	11	10	52	1.69
11651128--11651165	12	3.0	13	85	14	53	36	0	7	55	1.29
11656156--11656223	35	1.9	35	84	0	91	50	19	14	16	1.79
11656191--11656271	39	2.1	39	80	0	90	51	14	13	19	1.75
11659537--11659567	15	2.1	15	100	0	62	25	19	12	41	1.87
11669322--11669399	37	2.1	38	87	2	113	29	26	21	21	1.99
11671828--11672050	43	5.2	43	80	1	216	39	21	16	22	1.92
11671828--11672050	86	2.6	86	82	2	252	39	21	16	22	1.92
11673188--11673252	29	2.2	29	83	10	78	47	12	16	23	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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