genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13498253--13498558	40	7.7	40	89	0	459	22	21	29	26	1.99
13501976--13502179	47	4.3	47	89	4	320	34	7	27	29	1.84
13501976--13502179	96	2.1	95	91	3	331	34	7	27	29	1.84
13502107--13502250	71	2.0	71	91	0	234	32	8	31	27	1.86
13502156--13502203	24	2.0	24	100	0	96	33	8	33	25	1.86
13502178--13502361	47	3.9	47	83	2	224	31	8	30	28	1.87
13502178--13502350	96	1.8	95	89	0	256	30	8	31	28	1.87
13502011--13502346	167	2.0	167	91	1	548	32	8	30	28	1.86
13506192--13506369	51	3.5	51	87	6	238	26	15	30	26	1.96
13509737--13509785	23	2.1	23	96	0	89	40	26	6	26	1.79
13520791--13520982	34	5.4	34	68	11	141	36	19	17	26	1.94
13520768--13521001	73	3.2	73	98	0	441	34	20	19	25	1.96
13521997--13522095	42	2.3	42	82	5	128	34	23	16	26	1.95
13521986--13522134	43	3.5	42	79	8	142	33	25	16	24	1.95
13525552--13525689	27	5.1	27	84	5	154	35	15	22	26	1.94
13525552--13525675	27	4.6	27	88	1	169	37	16	20	25	1.93
13526345--13526396	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
13535739--13535896	68	2.3	68	77	13	153	20	27	15	35	1.94
13543040--13543197	68	2.3	68	77	13	153	20	27	16	34	1.94
13556063--13556088	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
13556536--13556663	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
13556536--13556663	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13564668--13564765	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
13564696--13564778	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
13564668--13564779	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
13569423--13569680	40	6.5	40	88	2	351	25	27	22	25	2.00
13576141--13576194	27	2.0	27	96	0	99	38	3	25	31	1.74
13576951--13577125	67	2.6	66	76	0	179	34	16	20	29	1.94
13578763--13578819	26	2.2	26	87	0	78	40	3	22	33	1.71
13579096--13579173	39	2.0	39	97	0	147	24	11	17	46	1.82
13580137--13580205	34	2.0	34	100	0	138	42	5	26	26	1.78
13586513--13586604	28	3.3	28	85	0	121	20	16	38	25	1.93
13586921--13587394	27	17.7	27	77	9	366	39	18	9	32	1.84
13586930--13587394	54	8.7	54	80	5	410	38	18	10	32	1.84
13586921--13587394	81	5.9	81	79	6	412	39	18	9	32	1.84
13586921--13587328	134	3.0	132	82	5	446	38	18	10	32	1.84
13587346--13587407	27	2.3	27	91	0	97	40	16	11	32	1.83
13587585--13587682	50	2.0	50	91	0	160	30	20	19	29	1.97
13592330--13592507	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
13592351--13592506	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
13600279--13600456	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
13600300--13600455	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
13606219--13606293	38	2.0	38	91	0	123	48	10	21	20	1.79
13613755--13613854	27	3.8	27	80	4	105	34	22	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13614020--13614489	27	17.6	27	79	4	407	32	10	19	37	1.87
13614007--13614477	81	5.9	81	79	6	449	31	11	19	37	1.87
13614701--13614738	19	2.0	19	90	10	60	21	47	18	13	1.82
13616868--13616897	6	5.0	6	91	0	51	0	46	0	53	1.00
13622828--13622988	41	3.9	40	71	18	141	29	27	21	22	1.99
13625833--13625876	11	3.7	11	80	16	52	52	4	22	20	1.65
13625827--13625877	25	2.0	25	96	0	93	47	9	21	21	1.79
13625827--13625865	11	3.0	14	78	21	57	46	10	23	20	1.81
13630463--13630542	41	2.0	41	87	9	119	12	40	25	22	1.89
13632711--13632929	46	4.7	46	79	10	173	25	28	17	28	1.98
13632711--13632974	140	1.9	140	81	4	318	25	27	18	29	1.98
13640666--13640886	46	4.8	46	95	1	381	30	28	19	20	1.97
13642057--13642109	27	2.0	27	96	0	97	41	24	3	30	1.72
13645908--13646010	51	2.0	52	94	1	181	25	20	19	34	1.96
13647436--13647571	67	2.0	68	94	1	238	41	13	11	33	1.81
13648436--13648794	46	7.8	44	79	13	318	30	28	18	22	1.97
13648440--13648798	93	3.9	91	77	15	360	30	28	18	22	1.97
13648435--13648798	139	2.6	138	88	5	543	30	28	18	21	1.97
13649669--13649785	58	2.0	58	98	0	225	32	10	17	40	1.83
13658655--13658790	70	1.9	70	95	0	245	31	16	27	23	1.96
13661985--13662439	40	11.4	40	95	0	732	26	17	30	24	1.97
13674415--13674460	20	2.3	20	82	14	60	26	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13679574--13679625	24	2.2	24	100	0	104	3	30	46	19	1.68
13679574--13679625	12	4.3	12	85	0	68	3	30	46	19	1.68
13686867--13687031	42	3.9	42	80	3	170	27	23	17	32	1.97
13694830--13695014	93	2.0	93	91	0	298	25	20	23	30	1.99
13699466--13699617	40	3.8	40	89	2	207	25	28	21	24	1.99
13701335--13701372	14	2.7	14	95	0	67	18	21	26	34	1.96
13710763--13710881	43	2.8	42	81	7	150	27	26	16	29	1.97
13716783--13716836	23	2.3	23	87	6	74	20	18	20	40	1.91
13721673--13721745	36	2.0	36	97	0	137	38	10	12	38	1.78
13723533--13723568	13	2.6	15	79	20	51	22	8	5	63	1.43
13725747--13725800	26	2.1	26	92	0	90	27	24	22	25	2.00
13726923--13727168	40	6.2	40	89	0	384	22	20	28	28	1.99
13726923--13727166	80	3.0	80	98	0	461	22	20	27	28	1.99
13728522--13729446	39	23.6	39	96	1	1646	23	28	22	25	2.00
13745228--13745283	18	3.1	18	74	20	53	19	5	5	69	1.28
13745378--13745411	15	2.3	15	89	0	50	14	17	11	55	1.68
13752010--13757753	552	10.4	552	99	0	11470	23	20	18	37	1.94
13760539--13760573	17	2.0	18	88	5	54	34	11	11	42	1.77
13761440--13761474	9	3.9	9	100	0	70	22	0	0	77	0.78
13768619--13768658	20	1.9	19	85	14	53	40	0	35	25	1.56
13771308--13771347	11	3.5	11	90	6	62	40	2	0	57	1.12
13772894--13772918	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13775508--13775579	27	2.7	26	82	6	90	36	16	6	40	1.76
13775841--13775883	20	2.2	20	91	0	68	44	11	4	39	1.62
13776886--13776919	5	6.8	5	100	0	68	0	38	0	61	0.96
13776973--13777009	19	2.0	18	89	5	56	45	0	2	51	1.15
13784380--13784436	29	1.9	30	85	3	80	66	8	10	14	1.44
13785845--13785882	20	1.9	20	88	0	58	55	5	5	34	1.45
13793031--13793272	50	4.7	50	77	6	184	26	21	27	24	1.99
13795645--13795707	31	2.1	30	93	3	108	38	9	17	34	1.82
13798033--13798094	27	2.3	27	88	0	97	30	22	30	16	1.96
13797954--13798207	137	1.8	136	87	5	375	29	16	28	25	1.97
13798325--13798373	14	3.5	15	82	17	61	65	0	34	0	0.93
13798322--13798368	17	2.8	17	75	12	51	63	0	36	0	0.94
13798504--13798722	120	1.8	121	90	5	354	31	0	14	53	1.47
13798544--13798734	101	1.9	99	88	8	289	30	0	14	54	1.41
13798672--13798798	27	5.1	25	78	19	142	32	0	14	52	1.47
13798672--13798851	49	3.7	48	83	6	222	31	1	15	52	1.49
13798519--13798722	19	10.2	19	75	18	182	31	0	13	53	1.46
13798995--13799076	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
13799115--13799154	15	2.5	15	84	8	53	42	2	2	52	1.28
13800776--13800828	6	8.8	6	97	0	88	37	30	32	0	1.58
13804156--13804201	22	2.1	23	80	12	60	2	30	2	65	1.16
13804266--13804341	27	2.8	27	72	4	73	23	30	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13806836--13806892	29	2.0	29	82	0	69	49	10	8	31	1.68
13807451--13807481	10	3.1	10	90	0	53	35	22	12	29	1.91
13810017--13810064	20	2.4	20	96	0	87	20	41	0	37	1.53
13810774--13810882	57	1.9	58	88	1	166	53	5	15	25	1.64
13822724--13822782	31	1.9	31	92	0	100	27	28	6	37	1.82
13830353--13830391	20	1.9	21	89	5	62	43	12	0	43	1.42
13831623--13831660	14	2.6	15	84	16	53	0	39	2	57	1.12
13837571--13837718	74	2.0	74	93	0	251	31	29	20	19	1.97
13841426--13841465	20	2.0	20	100	0	80	45	30	5	20	1.72
13843062--13843283	45	4.9	44	78	8	151	30	17	22	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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