genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19428891--19428965	20	3.4	20	70	22	69	56	9	5	29	1.53
19430483--19431080	299	2.0	299	99	0	1178	25	20	20	33	1.97
19432363--19432412	8	6.5	8	76	17	52	2	16	0	82	0.77
19432367--19432426	6	9.7	6	75	12	50	1	15	1	81	0.85
19432369--19432425	31	1.9	30	85	7	80	1	15	1	80	0.87
19435073--19435170	42	2.3	43	82	1	126	24	16	24	34	1.95
19435100--19435182	43	2.0	42	83	7	105	25	16	24	33	1.96
19448082--19448131	20	2.5	20	80	0	55	22	10	34	34	1.87
19454971--19455028	20	2.9	20	73	0	62	18	12	34	34	1.88
19459197--19459368	43	4.0	43	78	8	172	22	17	26	33	1.96
19459205--19459383	86	2.1	86	79	10	197	21	17	26	34	1.96
19460097--19460140	23	1.9	23	90	0	70	18	4	20	56	1.58
19462698--19462740	20	2.3	19	85	14	63	48	11	11	27	1.74
19462747--19462795	25	2.0	25	95	0	89	34	12	18	34	1.88
19462752--19462807	25	2.2	25	84	6	69	42	8	16	32	1.79
19462798--19462961	47	3.5	47	79	6	145	48	10	10	30	1.72
19462841--19462931	27	3.6	27	65	24	72	46	9	10	32	1.72
19463483--19463531	24	2.0	24	100	0	98	44	34	4	16	1.66
19466306--19466528	40	5.6	40	96	1	385	26	28	23	21	1.99
19471491--19471666	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
19471488--19471658	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
19474854--19474910	30	1.9	30	82	7	71	50	5	19	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19475265--19475438	49	3.5	49	83	1	240	25	17	27	28	1.98
19475257--19475438	99	1.8	99	92	0	310	25	18	28	28	1.98
19486361--19486459	28	3.5	28	88	1	135	29	13	25	32	1.93
19491290--19491392	37	2.8	37	89	0	161	27	32	17	23	1.97
19491525--19492174	48	13.2	48	89	6	971	29	27	7	35	1.84
19491828--19492140	56	6.0	56	82	12	368	29	28	6	35	1.83
19492032--19492118	26	3.2	26	65	23	70	29	29	5	34	1.81
19493685--19493850	40	4.2	40	96	0	296	27	30	22	19	1.98
19495988--19496137	56	2.7	56	85	5	171	26	12	29	32	1.92
19496013--19496137	28	4.5	28	90	2	182	28	12	28	30	1.93
19496013--19496137	55	2.3	55	90	2	189	28	12	28	30	1.93
19496922--19497011	43	2.1	43	100	0	180	26	13	21	38	1.90
19498621--19498647	6	4.5	6	100	0	54	37	29	33	0	1.58
19498609--19498647	18	2.2	18	85	0	51	35	25	35	2	1.70
19504088--19504240	28	5.5	28	91	1	229	25	13	29	31	1.94
19504088--19504240	83	1.8	83	88	2	236	25	13	29	31	1.94
19505184--19505263	39	2.1	39	95	0	142	45	0	21	33	1.52
19506384--19506416	16	2.1	16	100	0	66	36	6	27	30	1.81
19511594--19511771	28	6.4	28	89	2	234	25	13	28	32	1.94
19515874--19516018	40	3.6	40	83	4	175	24	26	24	24	2.00
19516371--19516446	38	2.0	38	97	0	143	31	25	13	30	1.93
19517261--19517522	45	5.9	45	88	2	370	22	20	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19522920--19522998	34	2.3	34	91	2	122	25	18	24	31	1.98
19526300--19526465	40	4.2	40	87	6	223	25	20	27	26	1.99
19527759--19527788	7	4.3	7	100	0	60	86	0	0	13	0.57
19535057--19535272	50	4.3	50	78	6	222	30	9	19	40	1.84
19535057--19535272	100	2.2	100	83	4	265	30	9	19	40	1.84
19554466--19554636	93	1.8	93	93	2	299	30	28	19	21	1.98
19554461--19554633	46	3.7	46	78	14	203	31	27	19	21	1.97
19555055--19555114	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
19555187--19555285	50	2.0	50	95	0	180	30	18	10	41	1.83
19568269--19568484	50	4.3	51	75	9	185	30	11	18	39	1.86
19568273--19568484	100	2.1	100	81	1	237	31	10	18	39	1.86
19569477--19569510	17	2.0	17	88	0	50	29	0	14	55	1.40
19570405--19570452	22	2.2	22	100	0	96	27	20	0	52	1.47
19572651--19572733	41	2.0	41	95	0	148	44	26	4	24	1.73
19572670--19572737	21	3.3	21	65	19	61	47	25	2	25	1.66
19574009--19574075	25	2.7	24	79	4	71	37	14	26	20	1.92
19581707--19581811	27	3.9	28	79	9	110	18	23	20	37	1.94
19601263--19601291	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
19611860--19611950	42	2.2	42	82	7	105	28	25	18	27	1.98
19611903--19612275	48	7.6	48	87	3	548	28	25	20	26	1.99
19611903--19612281	150	2.6	144	90	3	553	28	25	20	26	1.99
19616475--19616569	33	2.9	33	83	0	109	27	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19616758--19616838	27	3.0	28	82	8	89	35	22	20	20	1.96
19616979--19617095	27	4.3	27	86	2	137	23	17	20	38	1.93
19617074--19617214	27	5.3	27	79	4	106	33	11	19	36	1.87
19617006--19617110	54	1.9	54	82	3	131	26	13	20	39	1.90
19617073--19617208	54	2.5	53	77	3	155	35	11	16	36	1.86
19617419--19617454	17	2.1	18	89	5	56	19	41	25	13	1.88
19620556--19620641	43	2.0	43	86	4	120	27	30	19	22	1.98
19638152--19638246	27	3.5	26	80	8	93	41	20	8	30	1.81
19638249--19638627	27	14.0	27	89	0	560	28	20	8	41	1.82
19638624--19638832	27	7.8	26	82	8	161	42	17	7	32	1.78
19638629--19638832	107	1.9	107	83	6	261	42	17	7	31	1.78
19638656--19638844	27	7.0	26	81	8	175	41	17	8	32	1.80
19638618--19638844	54	4.2	53	80	7	235	40	18	8	33	1.81
19638629--19638863	80	2.9	79	79	9	224	40	18	8	32	1.81
19638629--19638860	107	2.2	107	80	7	258	41	18	8	32	1.80
19638851--19639227	27	14.0	27	93	0	623	33	20	22	23	1.97
19639629--19639716	6	14.3	6	71	17	56	20	18	12	48	1.80
19639629--19639732	31	3.4	31	77	4	104	20	17	12	50	1.78
19651810--19651985	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
19651807--19651978	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
19654569--19654819	63	4.0	63	99	0	493	38	18	21	20	1.93
19665921--19665971	25	2.1	23	80	16	59	37	1	1	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19666854--19666893	21	1.9	21	85	10	55	50	17	27	5	1.67
19670692--19670857	83	2.0	83	92	4	282	47	10	19	22	1.79
19670968--19671175	55	3.8	54	75	2	184	21	23	16	38	1.92
19680951--19681112	40	4.1	39	76	12	141	25	20	27	25	1.99
19681318--19681698	47	7.6	47	77	14	368	32	7	30	28	1.86
19681318--19681534	119	1.8	119	100	0	434	32	7	30	29	1.85
19681428--19681698	94	2.9	94	95	0	470	32	8	30	28	1.86
19681428--19681698	141	1.9	141	93	0	470	32	8	30	28	1.86
19685146--19685234	43	2.0	44	93	2	153	34	26	19	19	1.95
19686664--19686828	46	3.6	46	85	6	176	30	18	27	23	1.98
19686762--19686924	48	3.4	49	78	12	164	30	17	27	23	1.97
19689541--19689711	80	2.1	80	95	0	315	39	9	19	31	1.83
19694416--19694792	40	9.4	40	94	2	609	22	27	20	29	1.98
19694970--19695069	52	1.9	52	91	0	164	23	29	22	26	1.99
19696118--19696295	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19696139--19696294	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19699776--19699969	97	2.0	97	93	0	334	31	22	19	26	1.97
19703597--19703682	43	2.0	43	86	0	118	32	30	16	20	1.95
19712117--19712187	35	2.0	35	86	0	97	26	28	12	32	1.93
19715514--19715664	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
19725981--19726032	26	2.0	26	100	0	104	30	23	19	26	1.98
19727772--19727828	30	1.9	30	89	7	89	17	17	35	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19739076--19739175	6	16.3	6	68	15	62	49	14	16	21	1.80
19739096--19739175	31	2.6	31	87	0	115	48	13	16	21	1.80
19739307--19739406	27	3.8	26	84	7	114	37	21	22	20	1.95
19739307--19739406	54	1.9	51	83	6	128	37	21	22	20	1.95
19739564--19739625	22	2.8	23	80	7	74	33	19	22	24	1.97
19742472--19742594	22	5.3	22	64	30	69	31	13	29	25	1.94
19742400--19742664	47	5.6	47	91	0	406	33	10	28	27	1.90
19742658--19742748	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
19744125--19744426	27	11.3	27	87	1	376	24	20	20	34	1.96
19744195--19744453	81	3.2	80	78	9	274	24	19	21	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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