Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   

This is table  179  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3.0
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2.0
22
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56
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
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19
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58771299--58771411
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10
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Period
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Copy
Number
Consensus
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Percent
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Percent
Indels
Score
A
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Entropy
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1.00
Indices
Period
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Score
A
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(0-2)
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52
55
14
16
12
1.69
58899507--58899949
46
9.6
46
90
5
707
30
27
19
22
1.98
58914135--58914287
42
3.6
42
85
0
198
29
17
26
26
1.98
58917116--58917264
43
3.5
42
73
13
117
27
16
25
30
1.97
58919765--58919931
43
3.9
43
77
10
164
32
24
13
29
1.94
58922544--58922642
17
5.8
17
67
17
53
42
6
3
48
1.43
58931695--58932047
179
2.0
179
87
2
512
29
10
23
36
1.88
58933031--58933162
28
4.8
28
82
1
167
42
12
21
24
1.86
58933032--58933161
55
2.3
57
85
3
167
43
11
20
24
1.85
58934542--58934666
62
2.0
62
96
0
232
40
10
9
40
1.72
58935221--58935326
44
2.4
43
80
6
133
33
23
15
27
1.94
58940077--58940472
40
9.9
41
83
4
341
24
22
27
25
2.00
58941413--58941528
58
2.0
58
98
0
223
24
30
30
15
1.96
58943465--58943640
47
3.7
47
87
1
192
32
8
31
27
1.87
58943465--58943640
94
1.9
94
83
2
228
32
8
31
27
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58943759--58943837
37
2.1
37
88
4
115
25
18
30
25
1.98
58949308--58949342
18
1.9
18
88
0
52
17
5
2
74
1.14
58952107--58952586
27
17.6
27
97
1
852
25
14
29
30
1.95
58952107--58952586
82
5.9
82
96
1
874
25
14
29
30
1.95
58961145--58961202
30
2.0
29
96
3
107
31
25
17
25
1.97
58961579--58961658
39
2.1
39
95
0
142
30
25
2
42
1.68
58963539--58963593
28
2.0
28
96
0
101
36
18
5
40
1.74
58965249--58965280
12
2.7
12
100
0
64
62
6
0
31
1.20
58965237--58965301
25
2.7
23
72
13
60
66
4
0
29
1.12
58965293--58965329
4
9.8
4
88
11
51
54
2
0
43
1.14
58968517--58968559
4
9.8
4
85
14
50
20
4
4
69
1.25
58970101--58970146
15
3.0
15
84
12
58
15
0
2
82
0.76
58970102--58970144
20
2.2
20
87
8
61
13
0
2
83
0.74
58973474--58973556
36
2.3
37
77
8
91
10
16
2
69
1.27
58975628--58975667
19
2.1
19
90
0
62
52
12
7
27
1.66
58981476--58981525
24
2.1
24
84
0
64
28
24
14
34
1.93
58985389--58985436
21
2.3
22
78
10
55
4
20
4
70
1.21
58985383--58985434
21
2.5
20
81
12
52
7
19
5
67
1.36
58987334--58987383
24
2.1
24
92
0
82
30
24
16
30
1.96
59000856--59000946
43
2.1
43
97
0
173
27
16
20
35
1.94
59001511--59002006
250
2.0
250
98
0
965
31
23
14
30
1.95
59001816--59002229
208
2.0
208
99
0
810
32
24
14
28
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59004297--59004334
20
1.9
20
84
10
51
47
13
5
34
1.65
59004450--59004474
12
2.1
12
100
0
50
36
16
16
32
1.90
59005083--59005219
40
3.4
40
88
0
193
33
27
16
23
1.95
59006515--59006687
46
3.7
46
80
13
219
21
21
28
28
1.98
59006512--59006682
93
1.8
93
96
0
315
21
21
29
28
1.98
59009625--59009694
35
2.0
35
91
0
113
28
2
22
45
1.67
59009855--59010123
46
5.8
46
76
14
284
21
20
28
28
1.98
59009905--59010069
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3.5
47
81
14
232
22
20
29
28
1.98
59009852--59010116
93
2.8
93
97
0
494
21
21
29
27
1.99
59013047--59013115
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322