genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64393964--64394837	49	18.3	49	95	3	1488	32	8	29	29	1.87
64394064--64394135	22	3.3	22	64	24	62	29	11	31	27	1.91
64394956--64395034	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
64408411--64408555	73	2.0	73	98	0	281	28	23	22	24	1.99
64416217--64416341	64	2.0	64	88	3	189	42	16	24	17	1.88
64420061--64420244	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
64420061--64420244	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
64422650--64422748	50	2.0	50	90	2	155	34	10	34	21	1.87
64427213--64427249	17	2.2	17	90	9	58	45	18	0	35	1.50
64428695--64428833	56	2.5	56	90	0	206	32	24	13	29	1.94
64443404--64443536	41	3.2	40	85	6	142	30	15	28	25	1.95
64444384--64444411	12	2.3	12	100	0	56	32	10	7	50	1.64
64446355--64446577	39	5.7	40	84	8	257	25	21	27	25	2.00
64446355--64446577	79	2.8	81	82	9	273	25	21	27	25	2.00
64446355--64446610	79	3.3	79	80	10	208	26	21	27	24	1.99
64471503--64471581	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
64471700--64472251	47	11.7	47	97	0	989	28	30	8	32	1.87
64484953--64485012	29	2.0	29	83	3	75	31	23	8	36	1.84
64493868--64493928	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
64497646--64497706	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
64498783--64498954	88	2.0	88	97	0	326	28	20	6	44	1.77
64505039--64505154	58	2.0	58	98	0	223	31	15	19	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64505224--64506605	691	2.0	691	98	0	2656	29	23	15	31	1.95
64506582--64507409	40	20.7	40	99	0	1602	22	25	20	32	1.98
64510878--64510945	25	2.7	25	83	0	82	45	13	19	22	1.84
64510900--64510974	6	12.0	6	71	18	55	49	14	16	20	1.80
64510903--64510974	31	2.3	32	95	2	128	50	13	15	20	1.78
64510878--64510963	25	3.2	25	73	17	73	45	13	18	22	1.85
64511111--64511212	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
64511371--64511435	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
64511767--64511920	27	5.7	27	83	0	182	25	20	20	33	1.97
64512026--64512295	107	2.5	107	89	4	418	33	7	18	40	1.79
64511947--64512287	27	12.7	27	85	1	346	32	8	19	39	1.81
64513229--64513271	22	2.0	22	90	0	68	34	20	23	20	1.96
64516760--64516833	29	2.6	29	84	4	87	25	31	14	28	1.95
64518564--64518773	28	7.5	28	97	0	377	34	28	11	26	1.91
64519723--64519898	46	3.8	46	78	10	187	21	19	28	31	1.97
64519720--64519891	93	1.8	93	89	0	272	21	19	28	30	1.98
64526456--64526517	32	1.9	32	81	12	74	22	24	24	29	1.99
64527195--64527237	22	2.0	22	95	0	77	30	16	32	20	1.95
64530970--64531065	40	2.4	40	89	1	140	21	18	27	32	1.97
64540894--64541077	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
64540894--64541077	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
64549778--64550118	40	8.5	40	84	3	384	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64550424--64550502	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
64552400--64552477	37	2.1	37	90	0	120	25	32	17	24	1.97
64552596--64552928	47	7.1	47	95	0	558	27	31	9	31	1.89
64557056--64557565	48	10.6	47	74	10	228	25	29	18	27	1.98
64557057--64557575	96	5.4	95	80	5	467	25	29	18	26	1.98
64557057--64557575	144	3.6	142	84	4	589	25	29	18	26	1.98
64562459--64562565	43	2.5	42	70	8	108	28	16	25	29	1.97
64570501--64570540	21	2.0	20	85	14	55	35	12	22	30	1.91
64578302--64579003	49	14.6	49	90	5	1067	29	28	8	33	1.86
64578302--64579003	194	3.6	191	91	4	1049	29	28	8	33	1.86
64584788--64584903	40	2.9	40	94	2	207	23	18	30	28	1.97
64586219--64586393	45	3.8	49	79	14	183	28	28	21	22	1.99
64586224--64586393	93	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.99
64586812--64586872	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
64595754--64595941	40	4.7	40	81	9	141	26	19	27	27	1.99
64595807--64595963	80	2.0	80	88	3	235	24	19	29	26	1.99
64601282--64601316	14	2.6	13	86	8	52	65	5	0	28	1.15
64606182--64606230	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
64606467--64606514	18	2.7	18	90	3	71	29	12	4	54	1.56
64609176--64609332	59	2.7	59	90	1	244	23	15	15	45	1.85
64613174--64613204	15	2.1	15	93	0	53	22	12	9	54	1.67
64618217--64618562	47	7.4	47	72	16	317	24	18	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64618158--64618608	93	4.8	93	97	0	823	23	18	30	27	1.98
64632013--64632081	25	2.8	25	84	0	75	18	27	20	33	1.96
64641962--64642689	48	15.0	48	94	1	1240	35	5	26	32	1.80
64641962--64642689	194	3.8	194	95	0	1271	35	5	26	32	1.80
64641962--64642689	242	3.0	242	95	0	1298	35	5	26	32	1.80
64642830--64642974	37	3.9	37	93	2	247	23	19	31	25	1.98
64642921--64643136	106	2.0	106	99	0	423	27	18	27	26	1.98
64645380--64645677	40	7.5	40	88	1	404	25	28	23	22	1.99
64649026--64649105	33	2.4	35	77	12	87	28	22	18	30	1.98
64658578--64658680	37	2.8	37	95	0	179	25	31	20	23	1.98
64658838--64658909	35	2.1	35	100	0	144	29	31	8	30	1.87
64658873--64659371	48	10.5	48	95	2	909	30	29	6	33	1.83
64663821--64664328	55	9.6	54	82	7	396	35	16	24	23	1.95
64663977--64664098	47	2.6	47	97	0	226	36	12	24	27	1.91
64663768--64664262	256	1.9	258	93	1	852	35	15	24	24	1.94
64669244--64669274	15	2.1	15	93	0	53	64	12	0	22	1.27
64673025--64673302	46	6.0	46	90	0	387	21	23	13	41	1.89
64675139--64675164	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
64677445--64677512	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
64677334--64677808	174	2.7	174	97	0	878	31	24	14	29	1.94
64677619--64677686	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
64679707--64679774	27	2.5	27	90	9	120	29	26	4	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64679766--64679935	27	6.3	26	78	11	114	36	22	11	29	1.90
64679773--64679928	54	2.9	54	82	3	163	38	20	11	29	1.88
64679806--64679955	81	1.9	81	85	5	214	40	22	8	28	1.83
64679806--64679956	27	5.6	26	82	6	160	40	22	8	28	1.83
64679806--64680039	54	4.3	54	76	6	177	39	20	9	30	1.84
64679922--64680019	27	3.6	27	76	15	101	39	18	9	32	1.82
64679808--64680039	110	2.1	108	81	4	261	38	21	9	30	1.85
64681157--64681209	26	2.0	27	85	7	74	22	18	24	33	1.97
64682698--64682805	26	4.2	26	90	0	171	37	24	5	32	1.78
64687952--64688059	26	4.2	26	90	0	171	37	24	5	32	1.78
64689703--64689781	37	2.1	37	85	0	104	25	29	20	25	1.99
64689900--64690398	47	10.6	47	97	0	908	29	30	8	32	1.87
64700038--64700216	85	2.1	85	98	0	349	38	8	26	26	1.85
64702532--64702717	41	4.6	41	89	3	261	24	24	26	24	2.00
64702534--64702687	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
64713070--64713520	47	9.6	46	81	12	378	27	20	29	22	1.98
64713257--64713520	94	2.8	94	93	2	431	26	21	30	21	1.99
64713257--64713520	141	1.9	143	91	4	435	26	21	30	21	1.99
64715293--64715332	13	3.1	13	85	0	62	17	32	32	17	1.93
64719374--64719479	55	1.9	55	80	0	122	26	33	23	16	1.95
64725328--64725905	48	12.0	48	92	0	931	34	6	27	30	1.83
64726046--64726148	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64728192--64728217	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
64729637--64729676	21	2.0	20	85	5	53	15	40	22	22	1.91
64734989--64735209	46	4.7	48	77	12	194	27	19	31	21	1.97
64736958--64736989	12	2.7	12	100	0	64	21	31	0	46	1.52
64737232--64737387	68	2.2	70	79	9	160	20	28	17	33	1.95
64743671--64743787	62	1.9	62	100	0	234	30	19	11	37	1.88
64750069--64750169	46	2.2	46	100	0	202	27	29	22	19	1.98
64754356--64754511	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
64757591--64757713	22	5.3	22	65	27	76	31	13	29	25	1.94
64757519--64757783	47	5.6	47	91	0	406	33	10	28	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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