genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  221  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73085701--73085737	18	2.1	18	90	10	58	59	0	35	5	1.20
73100336--73100425	45	2.0	44	86	2	126	30	18	23	27	1.98
73104290--73104473	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
73104290--73104473	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
73107009--73107072	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
73107281--73107388	25	4.4	24	83	8	128	27	22	22	27	1.99
73107436--73107482	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
73111691--73111813	45	2.7	45	82	3	140	31	17	22	27	1.97
73111691--73111776	22	3.9	22	86	6	120	26	18	25	29	1.98
73116428--73116464	17	2.2	17	90	0	56	24	18	29	27	1.98
73116413--73116553	51	2.8	51	73	8	126	27	19	26	26	1.99
73117799--73117880	40	2.0	40	86	4	112	35	15	25	23	1.94
73119023--73119164	60	2.4	60	77	7	137	28	19	19	33	1.95
73119609--73119681	38	1.9	38	94	2	130	38	8	2	50	1.47
73123750--73123838	28	3.1	28	85	7	126	28	12	29	30	1.93
73128722--73128756	14	2.4	15	90	4	54	28	14	0	57	1.38
73129046--73129091	24	1.9	24	86	8	67	36	10	2	50	1.50
73129426--73129510	41	2.1	41	95	0	152	24	23	24	27	2.00
73134192--73134226	16	2.3	15	90	5	52	25	0	2	71	1.00
73136622--73136778	43	3.7	43	77	12	153	31	22	17	28	1.97
73143871--73143909	20	2.0	20	89	0	60	17	12	28	41	1.87
73165987--73166048	15	4.1	15	83	4	72	58	16	14	11	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73180668--73180742	26	2.9	26	83	13	84	29	20	24	26	1.99
73180681--73180752	26	2.8	26	89	2	101	27	20	25	26	1.99
73183065--73183089	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
73193176--73193283	29	3.8	29	83	1	128	31	28	12	27	1.92
73196845--73197151	40	7.5	40	81	9	316	23	22	28	25	1.99
73196831--73197091	89	3.0	89	85	7	362	23	21	28	26	1.99
73197275--73197503	114	2.0	114	98	0	440	30	10	24	35	1.89
73198247--73198364	58	2.0	58	95	0	209	33	11	22	33	1.89
73209908--73210202	47	6.3	47	73	14	200	28	17	30	23	1.97
73209948--73210171	92	2.4	95	77	15	223	29	17	30	22	1.97
73210043--73210170	50	2.6	48	85	6	161	28	17	31	21	1.97
73211032--73211207	46	3.8	46	77	14	191	21	20	28	29	1.98
73211029--73211200	93	1.8	93	92	2	292	22	20	28	28	1.99
73213578--73213656	35	2.2	36	93	2	142	30	22	20	26	1.98
73220769--73221069	47	6.4	47	92	0	476	32	8	29	28	1.88
73221194--73221267	37	2.0	37	86	5	105	22	16	31	29	1.96
73222660--73222840	6	29.3	6	71	17	122	18	18	14	48	1.81
73222663--73222727	25	2.6	25	90	0	94	15	20	16	47	1.82
73222688--73222813	19	6.4	19	72	20	107	17	20	14	47	1.82
73222682--73222764	37	2.2	37	89	0	130	16	20	16	45	1.85
73222725--73222789	25	2.6	25	92	0	103	20	20	13	46	1.84
73222660--73222826	62	2.7	62	90	0	262	18	18	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73222744--73222831	37	2.4	37	88	0	131	20	18	12	48	1.80
73224801--73224977	27	6.6	27	82	2	160	38	22	9	28	1.86
73224977--73225081	27	3.9	27	86	2	113	32	20	7	39	1.81
73224970--73225084	54	2.1	54	79	10	128	30	24	6	38	1.82
73224994--73225082	27	3.3	27	90	0	133	31	24	5	38	1.79
73225318--73225369	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
73225299--73225438	69	2.1	68	84	2	183	19	27	22	30	1.98
73225584--73225739	6	25.3	6	71	19	99	20	17	12	49	1.79
73225612--73225682	19	3.8	19	80	10	92	19	21	11	47	1.80
73225584--73225725	25	5.7	25	76	12	107	20	17	12	49	1.79
73225606--73225730	37	3.4	37	85	4	162	20	19	12	48	1.79
73230539--73230587	21	2.3	21	100	0	98	22	30	26	20	1.98
73230539--73230596	21	2.8	21	92	5	82	20	29	27	22	1.99
73236674--73236707	13	2.5	14	90	4	52	11	55	20	11	1.67
73238630--73238752	48	2.6	48	82	2	140	27	13	26	31	1.94
73238714--73238837	42	3.0	42	85	0	158	28	16	25	29	1.96
73242382--73242531	41	3.7	41	83	1	203	28	28	22	20	1.99
73250491--73250595	40	2.6	40	73	1	111	29	27	22	20	1.98
73252823--73253330	89	5.7	89	76	4	402	32	16	19	31	1.94
73252827--73253235	133	3.1	133	86	3	538	32	16	19	31	1.94
73252823--73253293	44	10.6	44	73	7	333	32	16	19	31	1.94
73253341--73253512	52	3.3	52	91	0	290	34	18	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73253305--73253508	104	2.0	104	90	1	320	35	18	19	26	1.95
73253470--73253562	44	2.1	45	87	2	134	34	19	17	29	1.94
73257612--73257666	22	2.6	21	76	21	60	20	5	1	72	1.13
73257622--73257667	22	2.0	23	87	8	67	21	6	2	69	1.22
73257858--73257886	13	2.3	13	94	5	51	17	6	3	72	1.21
73262980--73263342	182	2.0	182	98	0	708	46	18	16	18	1.84
73263395--73263446	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
73265177--73265277	52	2.0	51	86	4	132	35	22	19	20	1.95
73272342--73272384	15	2.8	15	82	13	52	32	4	2	60	1.30
73272350--73272391	20	2.2	19	83	12	50	30	7	0	61	1.22
73272511--73272578	13	4.7	15	74	20	65	33	2	0	63	1.10
73272669--73272705	14	2.4	16	86	8	51	29	5	0	64	1.15
73273076--73273122	24	2.0	24	87	8	69	34	4	2	59	1.29
73276922--73277551	47	13.4	47	98	0	1197	31	8	30	29	1.87
73277670--73277748	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
73281158--73281549	44	8.8	44	73	10	244	31	15	21	31	1.94
73281158--73281549	133	2.9	132	84	3	520	31	15	21	31	1.94
73281154--73281576	89	4.8	88	74	8	322	31	15	21	31	1.94
73281547--73281672	52	2.4	52	89	0	180	34	19	19	26	1.95
73282101--73282135	18	2.0	17	94	5	61	85	11	2	0	0.69
73283270--73283329	10	5.6	10	75	14	57	18	8	1	71	1.19
73283279--73283344	34	1.9	34	81	6	80	24	7	3	65	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73285478--73285641	46	3.5	46	70	14	147	23	19	27	29	1.98
73286046--73286092	23	2.0	23	83	4	58	53	0	17	29	1.44
73306654--73306758	47	2.2	47	86	0	138	31	9	31	27	1.89
73306881--73306994	37	3.1	37	90	0	165	26	16	30	26	1.97
73309625--73309783	42	3.8	42	81	3	178	30	13	25	31	1.93
73318552--73318604	23	2.3	23	90	0	79	75	0	11	13	1.05
73318534--73318590	23	2.7	20	79	15	60	70	0	19	10	1.16
73318555--73318612	23	2.6	23	86	2	73	74	0	13	12	1.08
73326281--73326334	27	2.0	26	89	3	81	38	14	9	37	1.79
73326333--73326507	27	6.5	27	82	3	122	41	23	8	27	1.82
73326349--73326502	54	2.8	53	82	11	179	41	22	8	27	1.82
73326349--73326502	81	1.9	81	81	5	186	41	22	8	27	1.82
73326540--73326655	27	4.3	27	87	0	151	38	18	18	24	1.93
73327316--73327414	27	3.7	26	82	6	90	23	23	15	38	1.92
73327534--73327658	6	20.3	6	70	22	82	18	18	15	48	1.82
73327534--73327637	31	3.4	31	71	24	101	18	19	15	47	1.83
73327564--73327632	19	3.7	18	77	12	77	17	18	17	46	1.85
73327534--73327598	25	2.6	25	82	4	78	20	16	15	47	1.82
73327865--73327968	6	17.0	6	70	21	65	18	18	15	48	1.82
73327874--73327942	19	3.7	18	77	12	77	17	18	17	46	1.85
73327556--73328175	310	2.0	310	99	0	1213	22	18	18	40	1.91
73330668--73330797	47	2.8	46	84	2	152	26	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73334879--73334959	40	2.0	40	95	0	144	32	8	23	35	1.85
73337538--73337588	7	7.3	7	100	0	102	27	0	27	45	1.54
73339676--73339724	18	2.8	17	81	9	62	38	0	0	61	0.96
73339770--73339818	21	2.7	18	80	20	57	46	0	2	51	1.12
73340356--73340402	14	3.4	14	76	5	60	34	12	4	48	1.61
73340351--73340392	14	3.1	14	72	6	50	45	9	2	42	1.49
73340351--73340404	27	2.0	27	100	0	108	40	11	3	44	1.58
73351541--73351566	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
73358767--73358792	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
73372062--73372232	93	1.8	93	94	2	308	29	30	19	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322