genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79892954--79892985	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
79903439--79903515	29	2.6	28	84	10	93	27	15	28	28	1.96
79903468--79903795	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
79910414--79910447	17	2.0	17	88	0	50	55	2	5	35	1.39
79911765--79911893	24	5.4	24	84	3	143	22	15	31	31	1.95
79913013--79913076	30	2.2	29	91	2	101	26	15	21	35	1.94
79920236--79920292	30	1.9	30	96	0	105	28	15	24	31	1.96
79929464--79929651	49	3.8	49	85	2	268	25	18	27	29	1.98
79929459--79929646	100	1.9	100	94	0	331	24	19	27	29	1.98
79933934--79933966	16	2.0	17	88	5	50	30	3	9	57	1.45
79934062--79934145	44	1.9	44	85	2	116	25	16	25	33	1.96
79941311--79941428	42	2.8	44	78	11	127	22	19	27	30	1.98
79944083--79944138	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
79946529--79946885	47	7.6	47	86	10	484	25	19	28	27	1.98
79946532--79946931	93	4.3	92	86	8	412	24	19	28	28	1.98
79947887--79948003	6	18.8	6	71	16	78	48	11	17	22	1.79
79947887--79948003	19	6.3	18	69	17	78	48	11	17	22	1.79
79947892--79948003	31	3.6	31	85	1	125	48	12	16	22	1.80
79948140--79948249	27	4.2	26	80	9	98	38	20	21	20	1.94
79948140--79948249	54	2.1	52	81	3	121	38	20	21	20	1.94
79948400--79948464	22	3.0	21	73	13	60	32	21	24	21	1.98
79948892--79949220	27	12.2	27	85	2	394	25	22	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79948919--79949220	81	3.7	81	86	0	442	25	22	19	32	1.97
79949270--79949361	27	3.4	27	81	3	105	33	9	17	39	1.83
79949324--79949572	27	9.2	27	85	0	309	32	10	18	38	1.85
79949241--79949572	54	6.1	54	79	2	281	32	9	19	37	1.85
79953421--79953573	56	2.8	56	81	5	179	18	16	33	30	1.94
79959920--79960050	39	3.3	39	84	5	165	45	16	24	13	1.84
79959913--79960050	59	2.3	59	86	4	181	45	17	23	13	1.83
79959913--79960050	20	7.0	20	81	6	156	45	17	23	13	1.83
79985372--79985447	39	1.9	39	91	0	125	27	11	30	30	1.92
79995110--79995259	24	6.2	24	82	6	146	34	20	23	22	1.97
79995110--79995259	71	2.1	74	83	8	193	34	20	23	22	1.97
79997048--79997286	40	6.0	40	83	2	270	25	23	26	24	2.00
79999924--80000130	53	3.8	53	76	3	207	36	18	23	20	1.95
80003430--80003481	27	1.9	27	88	0	77	34	19	23	23	1.96
80003434--80003508	27	2.8	27	80	9	73	34	17	24	24	1.96
80003662--80003795	27	5.0	27	89	0	187	25	19	20	35	1.96
80019981--80020093	53	2.1	53	86	0	154	24	25	24	24	2.00
80022039--80022118	20	4.0	20	80	0	97	12	23	18	45	1.84
80022141--80022188	20	2.4	20	82	0	60	20	27	20	31	1.98
80025891--80025978	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
80031093--80031216	61	2.0	61	95	0	221	14	29	8	47	1.73
80033437--80033524	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80037567--80037609	23	1.9	23	85	4	61	48	20	0	30	1.50
80042244--80042301	20	2.9	20	86	0	71	20	22	12	44	1.84
80043480--80043519	20	2.0	20	95	0	71	27	15	25	32	1.95
80044544--80044580	17	2.2	18	85	9	51	48	32	0	18	1.49
80052218--80052279	31	2.0	31	100	0	124	35	12	25	25	1.92
80053427--80053787	50	7.5	49	82	5	294	24	30	17	27	1.97
80053465--80053699	99	2.4	97	81	6	269	23	29	17	29	1.97
80060326--80060405	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
80060525--80061678	47	24.6	47	97	0	2076	25	28	10	35	1.89
80061539--80061613	22	3.3	22	65	17	62	26	33	10	29	1.90
80068202--80068267	28	2.4	27	92	2	105	37	27	9	25	1.86
80068369--80068480	27	4.2	26	85	7	134	19	23	20	36	1.95
80070380--80070464	44	1.9	44	87	0	125	24	11	23	40	1.88
80070767--80070847	40	2.0	40	100	0	162	37	14	19	28	1.92
80081027--80081056	6	4.8	6	92	8	51	86	0	0	13	0.57
80081027--80081056	13	2.4	12	94	5	51	86	0	0	13	0.57
80082159--80082274	58	2.0	58	89	0	178	29	18	16	35	1.93
80096240--80096290	26	2.0	26	92	0	84	17	13	33	35	1.89
80096926--80096971	13	3.5	13	87	0	56	26	8	15	50	1.73
80097321--80097345	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
80099132--80099173	21	2.0	21	86	9	59	26	4	16	52	1.63
80100168--80100266	44	2.3	42	81	8	110	23	13	27	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80101926--80102103	27	6.6	27	83	3	196	30	27	15	26	1.96
80116295--80116342	20	2.3	22	82	10	57	37	10	8	43	1.69
80117112--80117157	23	2.0	23	95	0	83	17	17	32	32	1.93
80130480--80131001	49	10.9	49	94	2	866	28	30	9	31	1.88
80130480--80130998	192	2.7	192	92	1	898	28	30	9	31	1.89
80133527--80133634	56	1.9	55	94	1	189	40	12	8	37	1.74
80139653--80139740	28	3.1	28	63	18	65	40	11	9	38	1.73
80139874--80139923	26	1.9	26	95	0	91	52	18	2	28	1.56
80144970--80145145	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
80144966--80145137	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
80146446--80146660	48	4.5	48	79	6	224	29	19	26	25	1.98
80150856--80151023	40	4.1	40	87	4	212	36	22	20	20	1.95
80151184--80151223	14	2.9	14	80	0	53	25	0	27	47	1.52
80151190--80151274	21	3.7	21	71	19	71	27	3	28	41	1.72
80151194--80151290	49	2.0	46	90	5	149	29	4	25	40	1.74
80155202--80155248	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
80157722--80157787	32	2.1	32	94	0	114	33	13	13	39	1.84
80160765--80160972	54	4.0	51	73	12	154	42	0	30	26	1.62
80161001--80161037	9	4.1	9	89	0	56	27	0	13	59	1.35
80163108--80163137	15	2.0	15	93	0	51	36	0	13	50	1.42
80163871--80164129	43	6.0	43	86	4	344	27	14	25	31	1.95
80163871--80164121	128	2.0	129	86	4	355	27	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80169964--80170135	26	6.5	27	84	7	219	42	19	18	19	1.90
80169964--80170135	27	6.5	26	84	6	204	42	19	18	19	1.90
80169961--80170135	80	2.2	79	89	5	264	41	19	18	20	1.90
80170534--80170607	34	2.2	34	85	0	103	31	21	20	27	1.98
80173277--80173438	27	6.0	27	86	1	227	42	22	15	19	1.88
80173277--80173438	80	2.0	81	86	3	229	42	22	15	19	1.88
80178153--80178221	33	2.1	33	91	0	111	40	1	4	53	1.30
80178163--80178216	23	2.2	25	84	15	69	38	1	3	55	1.28
80190430--80191231	2	401.0	2	100	0	1604	50	50	0	0	1.00
80200318--80200397	28	2.9	28	86	1	108	27	22	21	28	1.99
80201563--80201619	25	2.2	26	81	3	71	43	12	14	29	1.81
80202812--80202850	19	2.1	19	95	4	71	61	0	10	28	1.28
80205054--80205102	23	2.0	25	88	7	75	26	8	0	65	1.20
80210687--80210738	27	2.0	26	92	7	88	48	3	3	44	1.39
80210944--80210978	6	5.8	6	100	0	70	34	0	0	65	0.93
80210946--80210991	18	2.6	18	86	3	58	36	4	0	58	1.18
80212248--80212293	20	2.3	21	78	17	53	45	2	15	36	1.58
80215141--80215182	22	2.0	22	85	4	59	38	4	14	42	1.66
80219532--80219628	27	3.5	28	91	2	142	27	13	26	31	1.94
80219532--80219642	27	4.0	27	85	4	98	30	12	24	32	1.92
80219532--80219643	28	4.0	27	87	4	107	30	12	24	33	1.92
80224082--80224162	31	2.6	31	78	2	90	50	13	17	18	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80224298--80224407	27	4.2	26	85	6	123	38	20	22	19	1.94
80224558--80224621	22	2.9	22	72	9	58	35	20	20	23	1.96
80225049--80225512	27	17.3	27	88	0	671	24	20	20	34	1.96
80225417--80225774	27	13.2	27	80	6	203	29	12	20	37	1.89
80225496--80225774	54	5.1	54	82	3	290	31	8	20	39	1.84
80225725--80225785	27	2.3	27	80	5	70	36	6	21	36	1.79
80225792--80225886	27	3.5	27	79	11	104	30	8	20	41	1.81
80227839--80227949	31	3.5	31	85	1	123	50	13	18	18	1.78
80228086--80228187	27	3.8	26	87	5	123	37	21	22	18	1.94
80228346--80228410	22	3.0	22	73	13	62	33	23	23	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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