genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  55  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17159432--17159478	24	2.0	24	83	4	60	65	0	21	12	1.25
17169045--17169104	19	3.2	19	97	0	111	43	11	5	40	1.63
17173605--17173701	42	2.3	41	84	8	133	48	14	4	32	1.63
17173718--17173757	19	2.2	18	86	4	53	47	12	2	37	1.55
17180817--17180869	25	2.2	25	86	3	72	24	15	26	33	1.95
17182545--17182709	51	3.1	51	62	19	120	26	23	15	34	1.95
17182527--17182742	108	2.0	108	99	0	423	26	25	16	32	1.96
17182953--17183009	10	5.6	10	79	4	60	29	14	24	31	1.94
17182949--17183009	20	3.1	19	82	15	70	32	13	22	31	1.92
17185109--17185143	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
17186037--17186086	16	3.6	14	80	20	52	6	16	6	72	1.25
17186015--17186087	30	2.6	28	81	10	85	9	15	5	69	1.33
17186066--17186103	12	3.2	12	84	0	58	15	7	2	73	1.17
17186079--17186128	14	3.4	14	76	10	55	16	6	4	74	1.17
17187155--17187372	109	2.0	109	98	0	418	31	19	16	31	1.95
17187874--17187920	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
17189664--17189769	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
17190419--17190515	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
17198976--17199005	9	3.4	9	95	4	53	6	10	20	63	1.47
17200592--17200654	15	4.2	15	75	0	63	50	15	17	15	1.78
17202291--17202507	40	5.5	40	86	3	271	25	29	23	22	1.99
17206163--17206241	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17206360--17206519	47	3.4	47	97	0	302	30	30	8	31	1.86
17214455--17214517	15	4.2	15	79	0	72	52	12	17	17	1.75
17218654--17218679	9	2.9	9	100	0	52	7	11	23	57	1.59
17230020--17230048	13	2.2	13	100	0	58	24	0	20	55	1.44
17234954--17234978	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
17237106--17237212	43	2.5	43	81	1	126	32	21	14	30	1.94
17246626--17246726	40	2.5	40	84	7	118	24	27	22	24	2.00
17250317--17250579	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
17250317--17250579	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
17250511--17250588	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17258306--17258490	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
17258273--17258490	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
17268329--17268368	13	3.1	12	83	16	53	22	7	5	65	1.38
17268334--17268368	14	2.5	14	90	9	54	17	5	5	71	1.25
17273284--17273390	43	2.5	43	81	4	119	33	14	23	28	1.93
17280585--17280626	16	2.6	16	88	0	57	50	16	21	11	1.77
17280886--17280963	29	2.7	28	82	2	84	32	11	32	24	1.91
17280971--17281005	17	2.1	17	94	0	61	14	0	45	40	1.45
17288958--17289086	26	4.8	26	73	11	68	60	3	3	33	1.28
17289041--17289136	12	7.6	12	71	18	70	59	0	5	35	1.20
17289042--17289193	7	21.3	7	67	19	66	55	1	4	38	1.29
17289041--17289193	41	4.0	37	70	20	93	55	1	4	38	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17290690--17291152	44	10.5	44	90	0	676	27	26	14	31	1.95
17306966--17307006	21	2.0	21	85	9	57	60	0	12	26	1.31
17308725--17308870	57	2.5	55	79	9	150	27	13	32	26	1.93
17308725--17308876	29	5.3	29	81	4	159	26	13	32	26	1.93
17311088--17311204	36	3.1	36	87	8	144	31	17	23	28	1.96
17311084--17311240	43	3.9	41	79	12	164	31	17	24	27	1.97
17311323--17311369	20	2.3	20	81	0	58	29	2	27	40	1.68
17323708--17323768	27	2.3	27	94	0	104	40	19	22	16	1.90
17328061--17328134	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
17328447--17328629	40	4.6	40	87	2	233	25	21	26	26	2.00
17334596--17334628	15	2.2	16	89	10	52	66	0	30	3	1.06
17337376--17337400	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17339406--17339466	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17366797--17367016	27	8.1	27	79	11	164	32	8	18	40	1.81
17366884--17367025	53	2.6	54	82	4	171	29	9	21	39	1.84
17367005--17367133	27	4.8	27	85	0	141	40	7	21	30	1.81
17366978--17367105	54	2.4	54	83	0	148	39	7	20	33	1.79
17366975--17367133	54	2.9	54	79	1	140	38	7	22	32	1.82
17366993--17367171	81	2.2	81	76	0	187	36	7	21	34	1.81
17369876--17369951	31	2.4	31	91	2	116	21	26	18	34	1.96
17370170--17370308	47	3.0	47	86	1	190	28	22	23	26	1.99
17370167--17370309	23	6.1	23	84	2	187	27	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17370146--17370310	70	2.3	71	86	4	226	26	22	22	28	1.99
17370360--17370426	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
17371671--17371735	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
17371793--17372098	27	11.3	27	79	8	158	33	8	18	39	1.81
17371872--17372003	54	2.5	54	87	8	198	29	7	19	43	1.79
17372021--17372128	27	4.0	27	88	0	144	43	8	18	29	1.79
17372032--17372152	27	4.5	27	84	4	136	42	9	20	27	1.82
17372022--17372179	54	2.9	54	80	1	138	39	8	21	30	1.84
17374158--17374303	40	3.7	40	83	7	172	26	27	21	23	1.99
17380669--17380724	21	2.6	21	82	5	76	19	25	37	17	1.94
17382307--17382445	48	2.9	48	82	1	172	30	15	23	30	1.95
17382413--17382485	38	1.9	38	94	0	128	27	15	28	28	1.96
17388013--17388345	167	2.0	167	99	0	657	26	17	25	30	1.97
17392388--17392517	47	2.8	47	83	2	163	23	15	26	33	1.95
17394984--17395053	24	2.9	24	78	4	70	18	37	4	40	1.71
17395011--17395065	24	2.3	24	87	6	76	12	38	5	43	1.66
17397039--17397330	139	2.1	140	92	2	482	44	4	9	41	1.58
17397305--17397446	75	1.9	75	91	5	234	31	13	9	45	1.75
17402185--17402284	43	2.3	42	85	8	130	24	26	22	28	1.99
17409705--17409807	27	3.5	27	68	21	80	27	11	26	34	1.91
17409687--17409811	63	2.0	63	98	0	241	26	11	28	34	1.90
17410352--17410543	38	5.0	38	91	0	294	16	22	26	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17415408--17415502	25	3.8	25	84	1	129	28	14	21	35	1.93
17416290--17416361	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
17417124--17417156	8	4.1	8	85	14	50	51	24	21	3	1.62
17417571--17417682	27	4.2	26	76	14	102	17	23	21	37	1.94
17430928--17431105	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17430949--17431104	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17434333--17434556	40	5.6	40	84	7	285	26	26	22	24	2.00
17434333--17434556	83	2.8	80	83	6	274	26	26	22	24	2.00
17443015--17443079	21	3.2	20	73	20	64	38	24	26	10	1.88
17442997--17443097	39	2.6	39	93	0	166	35	25	26	11	1.91
17444851--17444944	46	2.0	46	97	0	179	22	28	11	37	1.89
17446570--17446596	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
17453123--17453203	4	19.8	4	77	5	72	65	3	25	4	1.30
17454281--17454632	176	2.0	176	98	0	686	29	14	21	34	1.93
17462279--17462345	31	2.2	30	83	2	80	19	11	25	43	1.85
17470058--17470107	6	8.3	6	79	0	55	76	6	2	16	1.08
17477665--17477824	47	3.4	47	90	0	266	28	31	7	33	1.85
17478109--17478217	47	2.3	47	91	0	173	27	28	9	34	1.87
17477380--17478217	444	1.9	444	98	0	1613	31	23	12	31	1.93
17493442--17493547	29	3.7	29	81	10	119	25	26	16	31	1.97
17493547--17493592	18	2.6	17	83	6	56	36	26	4	32	1.76
17493781--17493832	8	6.5	8	81	0	68	7	21	25	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17493773--17493826	16	3.4	16	89	0	81	7	18	27	46	1.76
17493780--17493832	16	3.3	16	89	0	79	7	20	24	47	1.76
17497038--17497112	15	5.0	15	76	0	69	14	17	14	53	1.73
17497039--17497112	30	2.5	30	79	0	85	14	16	14	54	1.72
17502246--17502457	75	2.8	75	83	0	271	33	19	16	29	1.95
17503626--17503859	116	2.0	117	98	0	452	31	19	18	30	1.96
17519541--17519565	7	3.6	7	100	0	50	56	0	44	0	0.99
17522805--17522865	32	1.9	32	100	0	122	22	8	13	55	1.64
17523867--17523999	35	3.8	35	76	5	126	27	7	20	45	1.78
17532801--17532853	26	2.0	26	100	0	106	26	0	37	35	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322