genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70188289--70189111	40	20.6	40	99	0	1594	27	20	27	24	1.99
70189626--70189925	150	2.0	150	99	0	591	26	9	29	34	1.88
70192786--70192830	20	2.2	20	100	0	90	35	11	17	35	1.86
70192790--70192835	20	2.5	17	78	18	56	39	8	19	32	1.82
70194125--70194153	15	1.9	15	100	0	58	20	24	0	55	1.44
70207695--70207764	32	2.2	32	97	0	131	24	5	24	45	1.74
70210316--70210360	20	2.2	20	100	0	90	35	11	17	35	1.86
70210320--70210365	20	2.5	17	78	18	56	39	8	19	32	1.82
70216933--70217094	46	3.5	44	76	8	144	24	30	17	26	1.97
70222004--70222073	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
70222004--70222101	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
70229889--70230014	60	2.1	59	85	1	162	38	8	12	40	1.74
70230859--70230904	24	1.9	24	86	0	65	43	4	2	50	1.34
70234502--70234540	19	2.1	19	100	0	78	48	5	20	25	1.70
70238012--70238095	42	2.0	42	88	0	123	41	2	5	50	1.40
70249584--70249614	5	6.0	5	92	7	53	38	0	0	61	0.96
70249649--70249709	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
70255410--70255780	48	7.7	48	90	3	516	28	32	16	22	1.96
70265935--70266060	43	2.8	44	72	11	121	30	23	19	26	1.98
70265936--70266080	48	3.1	48	70	13	149	28	24	20	26	1.99
70272879--70272918	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
70278933--70279155	46	4.8	47	76	12	201	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70279011--70279089	27	3.2	27	62	29	66	25	30	20	24	1.98
70278987--70279109	47	2.6	47	96	0	228	27	30	20	21	1.98
70278933--70279158	93	2.4	96	77	12	238	27	29	20	21	1.98
70278938--70279174	47	5.1	44	76	16	155	27	29	20	21	1.98
70280334--70280360	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
70286593--70286632	20	2.0	20	90	0	62	30	17	2	50	1.59
70287861--70288045	40	4.6	40	82	7	223	24	23	28	23	2.00
70287861--70288045	80	2.3	81	86	4	250	24	23	28	23	2.00
70300449--70300494	24	2.0	24	87	8	69	23	0	8	67	1.18
70307169--70307219	5	10.0	5	95	4	93	60	0	0	39	0.97
70310564--70310698	60	2.2	59	82	8	148	27	26	19	26	1.99
70322262--70322393	63	2.1	64	97	2	248	54	6	18	20	1.65
70326549--70326724	84	2.1	84	93	0	298	48	15	7	28	1.72
70330050--70330338	55	5.5	54	74	11	253	23	24	17	35	1.95
70330225--70330400	47	3.6	47	75	13	192	27	23	11	36	1.90
70330062--70330394	101	3.2	101	86	5	411	24	24	15	35	1.94
70341398--70341495	27	3.5	28	87	2	126	26	12	28	32	1.92
70341426--70341508	27	3.0	27	84	5	87	30	10	25	33	1.90
70341398--70341510	28	4.0	27	81	6	91	29	11	25	33	1.91
70350469--70350653	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
70350470--70350653	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
70350470--70350686	79	2.7	79	80	7	192	26	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70352090--70352130	13	3.2	13	82	0	55	14	34	31	19	1.92
70353517--70353702	55	3.4	54	78	6	164	23	22	18	36	1.95
70353637--70354271	101	6.3	101	97	0	1117	27	22	13	37	1.91
70355031--70355091	30	2.0	31	83	3	79	37	21	4	36	1.75
70356213--70356278	32	2.1	32	100	0	132	40	10	15	33	1.81
70364240--70364389	57	2.6	58	80	6	178	33	19	16	30	1.94
70366352--70366380	15	1.9	15	100	0	58	37	20	0	41	1.53
70370313--70370376	32	2.0	32	96	0	119	20	12	15	51	1.75
70371815--70371935	43	2.8	43	82	5	129	29	14	23	31	1.95
70379330--70379472	48	3.0	48	84	0	178	30	26	18	24	1.98
70386709--70386772	32	2.0	32	96	0	119	21	10	15	51	1.74
70389077--70389124	22	2.2	22	85	3	62	20	35	31	12	1.90
70389556--70389619	31	2.1	31	93	0	110	53	17	4	25	1.63
70390333--70390471	58	2.4	58	80	4	147	31	18	17	32	1.94
70417031--70417085	22	2.5	22	82	8	67	47	7	7	38	1.59
70417422--70417977	3	183.7	3	67	21	224	60	3	4	31	1.34
70417469--70417505	19	1.9	19	94	0	65	62	5	5	27	1.39
70417644--70417825	86	2.1	85	87	6	258	64	4	3	27	1.30
70417476--70417829	87	4.0	87	73	15	314	61	4	3	29	1.33
70418003--70418035	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
70421423--70421504	25	3.3	25	87	0	110	25	25	13	35	1.93
70421444--70421539	25	3.8	25	84	0	102	25	23	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70421475--70421548	25	3.0	25	87	0	85	22	25	14	36	1.93
70432549--70432621	25	3.0	25	84	9	96	17	26	23	32	1.97
70439421--70439490	34	2.1	34	94	0	122	45	7	22	24	1.77
70440201--70440326	39	3.2	39	94	0	207	21	20	30	27	1.98
70440201--70440370	39	4.4	39	85	3	200	22	21	28	27	1.99
70444302--70444369	24	3.1	24	66	24	67	38	7	8	45	1.63
70444305--70444391	42	2.1	42	95	0	156	36	9	6	47	1.62
70444312--70444378	21	3.2	21	67	23	59	38	5	7	47	1.56
70444844--70444874	16	1.9	16	100	0	62	32	6	25	35	1.82
70446144--70446188	23	1.9	24	90	4	74	46	13	6	33	1.69
70448639--70448834	102	1.9	102	88	0	293	22	10	24	42	1.84
70452114--70452158	5	9.0	5	95	0	81	77	0	2	20	0.87
70452416--70452502	9	9.7	9	80	5	95	44	21	8	25	1.79
70452527--70452575	6	7.8	6	86	8	71	18	0	4	77	0.92
70453909--70454111	102	2.0	102	99	0	397	29	21	15	33	1.94
70458053--70458125	30	2.4	30	83	0	92	12	34	31	21	1.91
70458361--70458441	42	1.9	42	82	5	101	22	34	25	17	1.95
70463242--70463322	30	2.5	31	84	9	110	16	6	22	55	1.62
70463392--70463461	15	4.7	15	70	7	52	21	11	22	44	1.84
70466361--70466397	16	2.3	16	95	0	65	10	18	40	29	1.85
70479828--70479937	43	2.6	42	78	9	125	30	24	13	30	1.94
70486216--70486262	24	1.9	25	91	4	78	27	4	21	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70493316--70493423	26	4.2	26	89	0	171	33	6	23	37	1.80
70500151--70500215	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
70504068--70504114	24	1.9	25	91	4	78	27	4	21	46	1.69
70504717--70504837	45	2.7	45	78	5	127	25	14	23	36	1.93
70505643--70505692	16	3.2	16	75	10	50	22	2	22	54	1.55
70509329--70509640	54	5.8	52	81	4	293	28	13	22	35	1.92
70509361--70509640	27	10.4	27	85	2	316	28	12	22	35	1.92
70518914--70519096	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
70518893--70519096	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
70519402--70519480	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
70519462--70519564	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
70521430--70521508	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
70521627--70522601	47	20.7	47	98	0	1828	29	30	8	31	1.87
70526200--70526435	40	5.9	40	79	5	221	25	27	22	24	2.00
70526200--70526435	120	2.0	120	81	11	279	25	27	22	24	2.00
70526743--70526821	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
70526803--70526905	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
70531857--70532027	3	56.7	3	87	3	245	0	29	3	66	1.13
70532041--70532101	24	2.5	24	97	0	113	26	8	29	36	1.85
70533839--70533992	43	3.6	44	80	7	172	29	28	17	24	1.97
70534601--70534628	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
70540425--70540512	30	2.9	30	75	10	81	39	5	4	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70546260--70546412	42	3.6	42	80	4	155	28	23	16	30	1.97
70552674--70552811	40	3.3	43	81	7	167	28	19	16	34	1.94
70552757--70552853	42	2.3	42	85	0	122	27	23	14	34	1.94
70553954--70553985	13	2.3	15	89	10	50	56	18	0	25	1.42
70558588--70558627	21	1.9	21	85	10	55	35	7	20	37	1.81
70567058--70567489	215	2.0	214	88	2	634	32	18	15	33	1.92
70569630--70569892	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
70577576--70577840	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
70577543--70577840	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
70577772--70577849	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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