genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  49  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14949120--14949318	103	1.9	105	86	6	287	49	10	9	30	1.69
14952735--14953018	43	6.7	43	85	5	364	24	18	28	28	1.98
14952735--14953020	85	3.4	84	85	4	371	24	18	28	28	1.98
14952747--14953018	128	2.1	129	88	6	410	24	18	29	27	1.98
14958836--14958896	27	2.3	27	86	5	81	45	21	16	16	1.85
14962480--14962542	22	2.9	21	73	15	65	9	23	22	44	1.82
14968222--14968422	43	4.7	43	73	6	151	38	20	19	20	1.94
14971340--14971485	26	5.8	24	71	9	96	17	26	22	33	1.96
14975843--14975943	50	2.0	50	98	0	193	28	9	13	47	1.75
14980121--14980345	40	5.7	40	87	5	296	24	22	28	25	2.00
14988140--14988324	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
14988141--14988324	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
14988141--14988357	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
14996337--14996382	16	3.0	15	81	12	58	80	0	4	15	0.86
15003199--15003380	67	2.7	67	86	1	256	37	17	22	22	1.93
15006295--15006327	5	6.6	5	100	0	66	42	0	0	57	0.98
15013287--15013336	26	1.9	26	100	0	100	34	16	26	24	1.95
15017216--15017266	26	2.0	26	88	0	75	29	11	11	47	1.76
15018734--15018785	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
15018873--15018905	17	1.9	18	88	11	52	57	0	0	42	0.98
15024184--15024256	23	3.1	25	68	20	66	45	15	9	30	1.78
15031219--15031316	49	2.0	49	100	0	196	40	12	20	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15034794--15034821	10	2.8	10	100	0	56	78	0	0	21	0.75
15034798--15034836	18	2.2	17	86	4	51	79	0	2	17	0.84
15036491--15036524	18	1.9	18	88	5	52	14	0	2	82	0.79
15036812--15037429	218	2.8	218	90	0	959	27	23	18	30	1.98
15037204--15037625	173	2.4	173	90	0	666	27	22	19	30	1.98
15036984--15037753	391	2.0	392	92	0	1292	27	22	19	30	1.98
15037650--15037797	41	3.5	41	76	7	163	32	22	18	26	1.97
15037644--15037838	85	2.3	85	95	1	347	29	23	18	28	1.98
15036813--15037838	44	23.7	44	69	9	324	27	23	18	30	1.98
15037930--15038034	44	2.4	45	80	1	122	24	22	23	28	1.99
15038152--15038374	44	5.1	44	65	9	123	21	26	26	24	1.99
15038175--15038396	44	5.1	43	65	4	129	21	26	26	25	1.99
15038123--15038480	88	4.1	87	85	2	430	23	25	24	25	2.00
15038147--15038466	44	7.3	44	62	12	111	24	26	25	24	2.00
15038150--15038538	88	4.4	87	82	5	392	24	26	23	25	2.00
15038168--15038538	176	2.1	176	82	4	453	23	26	22	26	2.00
15043146--15043329	40	4.6	39	80	9	194	25	22	27	24	2.00
15043198--15043362	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
15054676--15054703	10	2.8	10	100	0	56	78	0	0	21	0.75
15054680--15054718	18	2.2	17	86	4	51	79	0	2	17	0.84
15056112--15056160	19	2.6	19	100	0	98	12	28	40	18	1.86
15056369--15056418	17	2.9	16	82	11	55	14	0	6	80	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15059621--15059675	27	2.0	27	89	6	85	47	0	1	50	1.11
15065885--15066126	121	2.0	121	90	1	387	30	14	20	33	1.93
15070147--15070261	25	4.6	25	74	14	103	23	19	20	36	1.95
15070146--15070261	50	2.3	50	83	2	144	23	19	20	36	1.95
15070388--15070472	37	2.2	37	87	4	125	43	10	14	31	1.79
15078243--15078338	50	1.9	50	89	0	147	26	25	19	29	1.99
15078239--15078337	25	4.0	25	75	12	96	27	24	20	28	1.99
15090161--15090205	3	15.0	3	90	0	72	66	0	4	28	1.11
15090854--15090988	70	1.9	70	90	0	216	40	25	21	12	1.88
15090976--15091038	29	2.2	29	85	0	81	23	30	30	15	1.96
15098144--15098240	27	3.6	27	91	2	149	29	28	13	27	1.94
15116782--15116828	18	2.6	18	83	16	62	31	0	36	31	1.58
15116798--15116828	9	3.4	9	100	0	62	35	0	35	29	1.58
15128251--15128302	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
15130502--15130538	3	12.3	3	94	0	65	2	29	0	67	1.04
15130569--15131265	308	2.3	305	79	6	710	38	9	14	37	1.79
15133535--15133575	17	2.4	16	84	11	55	36	0	4	58	1.20
15133601--15133630	15	1.9	16	93	6	53	23	0	6	70	1.11
15134461--15134494	18	1.9	17	88	5	50	61	0	0	38	0.96
15137223--15137778	77	7.2	77	96	0	983	35	21	18	24	1.96
15137854--15137904	14	3.6	14	77	12	50	64	3	11	19	1.41
15137884--15138128	76	3.2	76	91	2	377	34	20	16	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15138118--15138145	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
15138037--15138221	89	2.1	88	84	7	248	37	19	17	25	1.93
15138127--15138295	73	2.3	74	85	2	232	36	19	17	26	1.94
15138294--15138476	78	2.4	76	87	5	262	38	21	15	24	1.92
15138426--15138529	53	2.0	52	88	7	158	40	12	16	30	1.85
15138477--15138747	78	3.6	76	83	8	347	35	16	15	32	1.90
15138841--15139298	77	5.9	77	78	12	431	34	21	16	28	1.94
15139149--15139290	72	2.0	73	90	1	223	39	23	15	21	1.91
15138882--15139304	160	2.7	157	82	8	465	34	21	15	28	1.93
15139444--15139861	76	5.5	75	89	4	574	31	20	15	32	1.93
15139914--15140056	73	1.9	74	88	4	218	35	21	14	27	1.93
15152428--15152460	14	2.2	16	89	10	52	18	6	12	63	1.48
15156372--15156433	24	2.6	24	90	7	92	22	20	16	40	1.91
15160937--15161055	41	2.9	41	87	0	148	19	22	26	31	1.98
15162900--15162925	10	2.6	10	100	0	52	50	7	0	42	1.31
15163246--15163404	75	2.1	75	97	0	300	45	2	16	35	1.62
15163274--15163404	41	3.4	41	73	14	159	43	2	19	35	1.63
15163580--15163644	26	2.4	27	84	2	78	49	4	7	38	1.52
15163838--15164264	114	3.8	112	80	6	446	24	22	25	28	1.99
15164187--15164330	73	2.0	73	87	2	209	28	20	20	30	1.98
15164237--15164657	114	3.7	112	84	5	497	25	22	24	27	2.00
15164004--15164558	301	1.8	303	85	1	792	24	21	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15164260--15164727	228	2.0	228	85	4	622	24	22	25	27	2.00
15167543--15167616	22	3.4	22	73	3	78	44	16	2	36	1.62
15167792--15168248	9	53.3	9	77	12	430	45	19	0	34	1.55
15167938--15167962	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
15167792--15168255	50	9.4	51	71	20	225	46	19	0	34	1.55
15168210--15168255	7	6.0	7	90	9	56	52	17	0	30	1.45
15179347--15179531	40	4.7	40	79	7	191	23	21	28	26	1.99
15179347--15179531	79	2.3	81	81	7	209	23	21	28	26	1.99
15179400--15179564	79	2.1	79	80	6	183	25	20	28	25	1.99
15186744--15186785	16	2.7	16	81	3	50	78	4	0	16	0.91
15187344--15187376	16	2.1	16	100	0	66	24	18	6	51	1.68
15196632--15196696	26	2.5	26	90	2	105	16	12	10	60	1.59
15198256--15198382	63	2.0	63	84	6	168	25	17	27	29	1.97
15204566--15204921	174	2.0	174	95	0	631	17	14	17	50	1.78
15208597--15208626	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
15214004--15214155	40	3.8	41	85	3	193	24	30	22	23	1.99
15218353--15218456	44	2.4	43	82	4	122	29	24	20	25	1.99
15235642--15235668	6	4.5	6	100	0	54	29	51	0	18	1.46
15241946--15241970	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
15245684--15245782	49	2.0	51	84	4	130	22	15	29	33	1.94
15246095--15246152	28	2.0	29	80	9	66	24	5	15	55	1.61
15248714--15248765	18	2.9	18	77	5	61	42	9	7	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15250443--15250559	62	1.9	61	86	5	166	52	4	2	40	1.34
15250464--15250877	204	2.0	203	94	0	720	51	5	4	38	1.45
15252277--15252307	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
15255190--15255286	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
15260684--15260734	15	3.3	16	84	13	63	60	0	0	39	0.97
15260676--15260730	26	2.2	26	83	3	67	56	0	0	43	0.99
15260768--15260824	24	2.4	24	80	8	64	61	0	1	36	1.07
15261322--15261456	68	2.0	68	86	1	189	49	3	3	42	1.38
15262956--15263043	44	2.0	44	97	0	167	22	19	11	46	1.81
15264492--15264546	29	1.9	28	85	3	74	40	20	16	23	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322