genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11169703--11169767	29	2.2	29	100	0	130	44	23	10	21	1.83
11170751--11170781	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
11170938--11170976	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
11171718--11171747	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
11175109--11175139	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
11175296--11175334	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
11176939--11176989	19	2.9	17	83	11	66	37	9	17	35	1.83
11182099--11182141	23	1.9	23	85	4	61	39	4	13	41	1.66
11182543--11182618	36	2.1	36	100	0	152	36	27	22	13	1.91
11184316--11184373	27	2.1	27	90	9	91	55	0	34	10	1.34
11184441--11184673	114	2.0	115	82	2	281	32	19	16	31	1.94
11185332--11185364	16	2.1	16	100	0	66	18	12	27	42	1.85
11188860--11188886	12	2.2	12	100	0	54	7	0	33	59	1.25
11189088--11189152	32	2.0	32	90	0	103	52	6	24	16	1.67
11193420--11193513	44	2.1	44	88	4	134	35	26	5	32	1.79
11193495--11193550	16	3.5	16	90	0	85	28	33	5	32	1.80
11193756--11193808	15	3.7	15	80	7	65	39	43	0	16	1.49
11193714--11193808	43	2.2	43	83	1	111	38	42	0	18	1.51
11193705--11193790	14	5.9	14	72	13	59	37	43	1	18	1.58
11193722--11193804	22	3.9	22	73	4	71	38	43	0	18	1.50
11193756--11193798	7	5.9	7	81	8	50	39	44	0	16	1.48
11193842--11193888	14	3.4	14	77	11	51	46	29	0	23	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11193819--11193888	28	2.4	30	80	13	85	47	27	1	24	1.61
11194191--11194402	114	1.9	114	83	7	279	31	22	15	30	1.95
11194429--11194556	40	3.2	40	78	6	143	22	19	23	34	1.97
11196601--11196627	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
11198712--11198760	17	3.1	17	72	22	61	48	6	8	36	1.58
11198851--11198897	14	3.1	15	79	14	53	68	0	6	25	1.13
11203020--11203324	89	3.4	90	78	4	303	50	12	6	30	1.66
11205119--11205153	16	2.1	17	89	5	54	54	2	0	42	1.15
11205777--11206006	97	2.4	92	80	9	237	35	6	10	46	1.65
11207231--11207270	17	2.4	17	86	0	53	50	0	2	47	1.14
11207238--11207295	22	2.7	21	86	5	80	46	3	1	48	1.29
11215399--11215537	72	2.0	70	88	4	208	42	12	8	35	1.74
11215863--11215927	31	2.1	31	82	0	76	35	3	9	52	1.49
11225890--11225915	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
11231451--11231505	27	2.0	27	100	0	110	30	21	18	29	1.97
11240118--11240162	23	2.0	23	86	0	63	48	8	4	37	1.55
11240125--11240169	23	1.9	23	86	4	63	53	8	0	37	1.32
11240222--11240272	8	6.4	8	76	14	52	64	1	0	33	1.05
11240226--11240273	24	2.0	23	88	8	69	66	2	0	31	1.03
11242363--11242427	22	3.2	22	71	24	79	38	6	1	53	1.35
11242363--11242439	38	2.0	38	100	0	154	38	5	2	53	1.37
11246401--11246444	21	2.1	21	91	0	70	29	20	29	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11251500--11251549	16	3.0	16	88	5	73	70	4	0	26	1.05
11253398--11253433	17	2.1	17	90	10	56	33	11	16	38	1.84
11254256--11254319	29	2.2	30	86	8	87	42	0	3	54	1.16
11260892--11261038	75	2.0	75	88	0	222	34	8	12	44	1.74
11262947--11263004	31	1.9	31	82	10	75	17	13	5	63	1.47
11264200--11264578	135	2.8	133	81	5	390	30	19	17	33	1.95
11264384--11264622	131	1.8	131	81	3	302	27	19	17	35	1.94
11282050--11282145	40	2.5	40	77	3	106	33	35	13	17	1.89
11286833--11286899	25	2.7	24	74	4	62	44	1	0	53	1.09
11294008--11294061	26	2.1	26	82	6	65	44	9	12	33	1.75
11294644--11294707	12	4.8	13	73	21	53	50	1	1	46	1.20
11295005--11295039	17	2.1	17	88	0	52	45	0	25	28	1.54
11295877--11295933	22	2.6	22	77	8	71	15	24	19	40	1.90
11299885--11299928	3	14.7	3	80	0	52	25	2	65	6	1.28
11300378--11300408	5	6.2	5	92	0	53	77	0	22	0	0.77
11302937--11303022	42	2.0	42	100	0	172	31	9	26	32	1.88
11307544--11307585	21	2.0	21	100	0	84	9	9	0	80	0.89
11307548--11307585	9	3.7	10	80	19	51	5	7	0	86	0.69
11312625--11312668	21	2.2	19	84	8	52	4	20	0	75	0.98
11331641--11331701	31	2.0	31	93	0	104	32	19	16	31	1.94
11331771--11331932	42	3.9	42	80	2	182	27	29	17	24	1.98
11331769--11331957	42	4.5	42	78	6	123	30	28	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11337004--11337078	37	2.0	37	94	0	132	53	14	17	14	1.73
11338624--11338653	14	2.1	14	100	0	60	36	0	36	26	1.57
11338721--11338751	14	2.2	14	100	0	62	16	0	38	45	1.47
11339787--11339850	22	3.0	21	86	2	83	34	42	1	21	1.63
11339821--11339850	14	2.1	14	93	0	51	36	43	0	20	1.52
11339895--11339933	14	2.8	14	88	0	51	51	28	0	20	1.48
11340267--11340382	40	2.9	40	90	2	171	27	23	20	28	1.99
11340413--11340586	81	2.2	80	83	5	215	24	22	21	30	1.99
11340413--11340586	40	4.3	40	80	3	179	24	22	21	30	1.99
11342392--11342433	22	1.9	22	85	0	57	26	2	7	64	1.32
11344002--11344136	41	3.3	41	84	2	164	20	17	22	39	1.92
11348185--11348271	45	1.9	45	97	0	165	26	29	12	31	1.93
11349599--11349638	21	2.0	20	85	5	53	25	25	37	12	1.91
11350778--11351142	47	7.6	47	73	13	198	24	29	19	26	1.98
11350782--11351142	96	3.8	95	80	8	319	24	29	19	26	1.98
11350976--11351192	94	2.3	95	91	3	357	23	29	19	28	1.98
11350976--11351188	47	4.5	47	79	15	226	23	29	19	28	1.98
11353822--11353871	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
11354179--11354209	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
11354181--11354217	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
11354192--11354326	63	2.2	64	82	7	163	63	5	4	25	1.36
11356082--11356154	18	4.0	18	71	16	60	17	0	54	27	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11356093--11356183	37	2.8	30	71	21	76	20	0	48	30	1.50
11356096--11356170	37	2.0	37	94	0	132	18	0	52	29	1.46
11356460--11356897	133	3.3	133	88	0	615	27	22	19	30	1.98
11356779--11356987	90	2.3	90	91	1	330	28	22	21	28	1.99
11356646--11357122	223	2.1	224	90	2	744	27	22	21	28	1.99
11356869--11357302	135	3.2	135	92	1	687	26	22	21	29	1.99
11358574--11358648	25	2.9	25	83	16	91	1	20	0	78	0.82
11358573--11358647	13	5.8	13	72	13	57	1	20	0	78	0.82
11358573--11358644	38	1.9	37	88	2	108	1	20	0	77	0.84
11361165--11361209	21	2.1	21	87	0	63	17	20	22	40	1.92
11364942--11364993	21	2.5	21	84	6	61	59	1	0	38	1.08
11365374--11365446	18	4.0	18	71	16	69	17	0	54	27	1.43
11365391--11365476	37	2.7	30	80	14	75	20	0	50	29	1.49
11365388--11365462	37	2.0	37	94	0	132	18	0	52	29	1.46
11369848--11369893	24	2.0	23	87	12	67	43	2	0	54	1.12
11370000--11370057	28	2.2	26	84	9	73	55	3	0	41	1.17
11377092--11377382	145	2.0	145	97	0	555	38	8	16	36	1.79
11383887--11383920	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
11384034--11384098	29	2.2	29	83	5	76	50	6	12	30	1.64
11389181--11389624	26	16.7	26	73	12	323	61	4	4	29	1.37
11389291--11389622	51	6.4	51	74	13	266	60	4	4	29	1.37
11389605--11389646	19	2.3	19	87	4	59	69	0	4	26	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11392405--11392441	18	2.1	18	89	0	56	40	10	27	21	1.86
11396066--11396108	22	2.0	22	100	0	86	32	27	27	11	1.92
11396585--11396621	18	2.1	18	89	0	56	45	13	13	27	1.81
11396723--11396747	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
11396772--11396815	6	7.0	6	85	10	61	77	4	0	18	0.94
11396838--11396914	9	8.6	9	85	0	100	25	7	20	45	1.78
11396838--11396914	36	2.1	36	90	0	118	25	7	20	45	1.78
11397845--11397895	18	2.8	18	88	5	68	43	13	5	37	1.69
11397912--11397964	18	2.9	18	86	5	72	33	13	15	37	1.86
11399239--11399268	15	1.9	16	93	6	53	3	13	3	80	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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