genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71760657--71760774	45	2.6	46	94	4	211	30	21	20	27	1.98
71760825--71760885	20	3.0	20	95	0	113	34	19	11	34	1.88
71760825--71760880	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
71777092--71777274	101	1.8	100	84	9	255	30	24	18	27	1.98
71777043--71777323	150	1.9	150	85	4	388	31	25	17	26	1.97
71780055--71780095	3	13.7	3	90	10	66	29	0	2	68	1.03
71781764--71781821	30	2.0	29	93	3	98	25	13	24	36	1.92
71791593--71792006	180	2.3	180	99	0	810	35	5	19	39	1.76
71791717--71791998	90	3.1	92	62	22	214	36	6	19	37	1.77
71792125--71792162	20	1.9	20	88	0	58	23	31	31	13	1.93
71792605--71792653	25	2.0	25	95	0	89	36	8	24	30	1.85
71812809--71812853	20	2.2	20	88	4	63	44	13	8	33	1.75
71812818--71812857	20	2.0	20	100	0	80	40	15	10	35	1.80
71821146--71821373	114	2.0	114	99	0	447	39	21	11	27	1.88
71829871--71829984	43	2.7	43	71	15	101	36	22	15	24	1.94
71830660--71830767	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
71832381--71832509	27	4.8	28	85	6	176	17	24	24	34	1.95
71832381--71832538	27	5.9	26	77	11	133	18	23	22	36	1.95
71832381--71832504	54	2.3	54	97	0	230	15	25	25	34	1.94
71836792--71836834	21	2.0	21	86	0	59	41	9	16	32	1.80
71839530--71839641	43	2.6	43	95	0	197	30	33	25	11	1.91
71839639--71839713	38	2.0	38	86	0	105	32	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71848507--71848597	42	2.2	42	90	4	139	34	14	20	30	1.93
71850984--71851088	40	2.6	40	86	0	129	20	17	27	34	1.95
71851080--71851125	24	1.9	24	90	0	74	26	8	36	28	1.86
71855213--71855244	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
71855214--71855504	50	5.8	50	76	4	221	24	15	27	32	1.96
71855261--71855441	101	1.8	100	83	1	245	25	17	26	30	1.97
71856468--71856699	50	4.6	50	75	4	198	27	16	24	31	1.97
71858026--71858204	46	3.7	46	79	15	209	21	20	29	29	1.98
71867503--71867581	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
71867699--71868063	47	7.7	47	98	0	685	29	29	8	31	1.87
71871750--71872051	40	7.6	40	85	0	390	25	25	22	26	2.00
71871750--71872047	80	3.7	80	93	1	483	25	25	21	27	2.00
71871750--71872047	159	1.9	160	90	2	483	25	25	21	27	2.00
71873208--71873286	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
71873405--71873817	47	8.7	47	95	1	727	29	30	7	32	1.86
71873405--71873817	190	2.2	188	95	0	727	29	30	7	32	1.86
71878649--71878884	50	4.7	50	78	4	235	24	16	26	32	1.96
71878654--71878835	101	1.8	101	91	0	301	25	17	25	31	1.97
71878620--71878884	50	5.3	50	77	5	214	24	15	27	32	1.95
71889134--71889181	20	2.4	20	89	0	78	33	10	2	54	1.46
71895475--71895801	29	11.4	28	74	9	189	25	15	22	36	1.94
71895630--71895799	57	3.0	57	81	4	157	26	14	21	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71898757--71898789	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
71904487--71904584	28	3.5	28	88	5	128	27	13	27	31	1.94
71904515--71904597	27	3.0	27	86	8	89	31	12	24	32	1.91
71904487--71904598	28	4.0	27	82	9	91	29	12	25	33	1.92
71908185--71908516	40	8.7	40	79	12	344	23	27	18	30	1.98
71916901--71917088	40	4.7	40	92	0	313	21	27	20	30	1.98
71921318--71921358	6	7.0	6	83	10	50	17	4	0	78	0.93
71921322--71921358	17	2.2	17	90	9	58	16	5	0	78	0.93
71925354--71925528	46	3.8	46	89	1	244	20	18	28	33	1.96
71938437--71938524	44	2.0	44	97	0	167	36	19	9	35	1.83
71944370--71944411	20	2.1	20	100	0	84	40	4	14	40	1.67
71944492--71944605	40	2.8	39	81	5	129	26	15	23	34	1.95
71946879--71947707	275	3.0	275	70	15	890	38	20	15	24	1.92
71948016--71948200	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
71947997--71948200	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
71956453--71956625	45	3.9	45	91	3	271	23	20	28	28	1.99
71965904--71966158	55	4.8	54	81	9	287	36	18	24	20	1.95
71965911--71966111	108	1.8	110	90	4	327	34	18	24	22	1.96
71974376--71974679	40	7.7	40	90	4	431	25	21	27	25	1.99
71976300--71976480	48	3.8	48	88	0	254	29	27	19	23	1.98
71976442--71976540	37	2.7	37	82	3	110	26	28	20	25	1.99
71978139--71978455	46	6.7	47	72	10	218	29	19	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71983218--71983320	40	2.6	40	75	3	100	25	17	23	33	1.96
71987921--71987965	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
72003476--72003770	119	2.5	118	82	6	380	29	27	21	22	1.99
72003404--72003792	39	9.9	39	80	3	357	29	26	21	22	1.99
72003384--72003792	119	3.5	117	77	8	378	29	26	21	22	1.99
72006002--72006088	27	3.2	26	85	7	111	39	20	24	16	1.92
72006194--72006258	27	2.4	27	86	0	85	33	23	24	18	1.96
72015232--72015344	55	2.1	55	81	6	131	21	26	27	24	1.99
72020095--72020132	19	2.0	19	89	0	58	44	2	26	26	1.67
72020487--72020515	9	3.2	9	100	0	58	24	0	0	75	0.80
72021647--72021874	47	4.8	46	74	12	187	25	21	31	21	1.98
72021651--72021874	94	2.4	95	84	2	292	25	21	31	21	1.98
72024083--72024260	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72024104--72024259	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72039036--72039062	12	2.2	12	100	0	54	7	0	33	59	1.25
72043451--72043585	58	2.3	57	82	5	155	45	2	2	49	1.29
72045217--72045461	88	2.8	88	81	5	278	32	17	11	39	1.85
72045511--72045745	9	25.0	9	67	18	81	61	3	4	30	1.31
72045563--72045729	19	8.8	19	68	18	89	62	4	4	29	1.33
72045541--72045656	10	12.1	10	73	15	77	61	2	2	33	1.23
72045524--72045701	57	3.1	57	77	8	159	61	3	3	30	1.32
72045981--72046051	28	2.5	29	81	9	74	35	1	1	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72046194--72046543	89	3.9	90	79	10	346	36	10	16	37	1.83
72047931--72048039	56	1.9	56	84	0	146	51	12	13	22	1.75
72052430--72052463	17	2.0	17	88	0	50	35	8	20	35	1.84
72056173--72056250	6	13.5	6	75	12	74	15	1	6	76	1.04
72056173--72056249	17	4.5	17	81	15	72	15	1	6	76	1.05
72056190--72056250	24	2.7	23	87	5	88	14	1	4	78	0.99
72056190--72056274	12	6.9	12	69	21	52	18	1	4	75	1.04
72061200--72061267	33	2.1	33	94	0	118	36	22	14	26	1.93
72063349--72063388	20	2.0	20	90	0	62	25	27	32	15	1.95
72063393--72063444	21	2.5	21	100	0	104	17	25	42	15	1.88
72067985--72068019	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
72069698--72069866	20	8.6	20	71	10	73	40	6	10	43	1.64
72069662--72069770	20	5.6	19	72	7	67	38	7	14	39	1.74
72069662--72069770	39	2.8	39	81	4	132	38	7	14	39	1.74
72074295--72074350	21	2.7	21	88	0	76	46	19	23	10	1.81
72074900--72074932	16	1.9	18	88	11	52	51	6	0	42	1.26
72076275--72076342	9	7.6	9	90	6	111	45	19	10	25	1.81
72076427--72076451	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
72076555--72076589	18	1.9	18	94	0	61	20	14	17	48	1.81
72077795--72077836	8	5.5	8	80	8	52	52	0	0	47	1.00
72077795--72077852	15	3.9	15	82	10	59	46	1	0	51	1.11
72082631--72082689	22	2.6	23	79	12	68	74	3	3	18	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72082634--72082667	14	2.4	14	80	0	50	82	0	2	14	0.79
72083489--72083551	13	5.3	13	71	17	57	47	12	0	39	1.42
72083489--72083560	23	3.1	23	91	0	108	48	12	0	38	1.41
72084348--72084418	14	5.0	15	70	13	60	32	19	15	32	1.93
72084348--72084438	28	3.2	28	86	6	130	32	18	15	32	1.92
72085511--72085543	9	3.7	9	88	11	50	36	6	0	57	1.23
72085533--72085623	34	2.8	31	79	14	94	46	1	1	51	1.15
72085549--72085584	18	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
72085700--72085742	13	3.2	13	83	9	52	53	0	2	44	1.13
72087395--72087428	10	3.3	10	95	4	59	11	20	17	50	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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