genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  153  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50151674--50151739	29	2.2	28	81	10	69	42	1	4	51	1.31
50152365--50152403	19	2.1	19	85	9	53	38	5	5	51	1.46
50154567--50154620	19	2.7	20	78	18	67	68	7	5	18	1.33
50159909--50160028	60	2.0	60	85	3	161	25	15	24	34	1.95
50162946--50163474	131	4.0	131	79	3	515	37	12	15	33	1.85
50166123--50166183	26	2.3	26	77	0	68	29	16	22	31	1.96
50166174--50166281	24	4.5	24	82	2	101	24	6	23	46	1.75
50166407--50166460	26	2.1	26	82	6	65	20	18	20	40	1.91
50168502--50168567	27	2.5	27	76	11	73	42	12	22	22	1.87
50171006--50171047	18	2.3	18	100	0	84	40	14	19	26	1.89
50173336--50173385	25	2.0	25	100	0	100	16	16	24	44	1.86
50176535--50176565	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
50188324--50188570	50	4.9	50	84	3	275	27	21	29	21	1.98
50190587--50190613	12	2.2	12	100	0	54	33	0	22	44	1.53
50194650--50194745	44	2.2	44	96	1	174	40	12	21	25	1.88
50194763--50194995	50	4.7	50	83	1	279	25	21	31	21	1.98
50209282--50209331	6	8.3	6	84	8	57	78	2	18	2	0.95
50212635--50212801	86	1.9	86	97	0	316	37	11	10	41	1.75
50212962--50213131	86	2.0	85	97	1	322	37	10	11	41	1.75
50212561--50213220	326	2.0	327	97	0	1241	31	15	14	38	1.88
50213465--50213558	41	2.2	43	81	5	120	24	1	29	44	1.61
50213574--50213666	34	2.9	32	78	7	91	37	2	12	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50213843--50214070	124	1.8	123	93	0	393	39	15	19	26	1.91
50216799--50216855	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
50225189--50225246	20	2.9	21	87	5	75	50	0	27	22	1.50
50233758--50233806	22	2.4	22	80	10	59	59	10	8	22	1.56
50253224--50253347	64	1.9	64	83	0	158	19	21	25	33	1.97
50253345--50253400	24	2.3	24	96	0	103	16	26	21	35	1.94
50255359--50255403	23	2.0	23	91	8	74	26	11	13	48	1.75
50256876--50256927	11	4.3	11	77	18	50	23	1	1	73	1.04
50259807--50259843	19	1.9	19	100	0	74	32	27	10	29	1.90
50260524--50260571	19	2.6	18	83	9	69	18	0	10	70	1.15
50260527--50260611	23	3.7	22	80	14	77	22	1	3	72	1.06
50260566--50260616	3	17.3	3	76	11	52	25	1	0	72	0.95
50260566--50260619	13	4.2	13	84	13	67	25	1	0	72	0.95
50260527--50260616	29	3.2	26	80	10	90	23	1	3	72	1.06
50260779--50260811	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
50269100--50269370	23	11.7	23	82	2	310	40	20	12	26	1.88
50270353--50270452	43	2.3	43	77	13	107	31	25	22	22	1.98
50270353--50270464	43	2.6	43	74	16	106	33	24	20	22	1.97
50273235--50273267	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
50273364--50273406	23	2.0	23	90	9	72	86	2	11	0	0.67
50273364--50273407	17	2.6	17	82	13	56	84	2	13	0	0.73
50274402--50274710	92	3.4	90	72	11	279	30	15	22	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50274494--50274980	44	10.8	44	70	11	218	30	16	22	30	1.96
50274452--50274736	85	3.2	84	71	12	255	28	16	21	33	1.95
50274343--50274748	181	2.2	181	89	0	596	30	15	21	32	1.95
50274627--50274839	41	4.9	41	70	16	133	30	18	21	30	1.97
50274539--50274892	136	2.6	136	86	0	474	31	16	21	30	1.95
50274768--50274980	45	4.9	44	76	5	166	30	17	22	29	1.97
50274713--50274971	89	2.9	88	78	7	245	31	18	20	29	1.96
50274768--50274996	89	2.6	89	80	3	223	30	19	20	29	1.97
50275105--50275141	17	2.2	17	90	0	56	72	10	0	16	1.10
50276785--50276837	27	1.9	28	85	11	74	18	5	9	66	1.41
50278855--50278987	72	1.9	71	90	1	212	35	23	18	23	1.96
50286923--50287080	45	3.5	44	78	11	167	17	20	15	45	1.85
50287049--50287263	45	4.8	45	93	2	317	24	22	18	34	1.96
50287232--50287396	46	3.6	46	86	4	219	21	19	16	42	1.89
50288159--50288250	31	2.8	34	79	12	95	28	14	11	45	1.80
50288226--50288397	50	3.4	50	78	9	172	31	14	12	41	1.83
50290776--50290817	17	2.5	18	81	11	54	33	0	2	64	1.07
50293519--50293596	31	2.5	31	79	8	86	47	2	6	43	1.42
50305422--50305687	28	9.5	28	95	0	453	34	26	11	27	1.91
50316528--50316563	4	8.8	4	87	6	54	50	0	0	50	1.00
50316507--50316553	16	3.0	15	82	14	51	48	0	4	46	1.21
50316525--50316569	12	3.5	13	87	9	65	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50318096--50318173	40	1.9	40	82	12	97	29	1	12	56	1.45
50318977--50319011	18	1.9	18	100	0	70	20	17	11	51	1.75
50319166--50319210	18	2.3	20	81	14	58	53	4	2	40	1.33
50319172--50319244	18	4.1	17	74	8	65	52	1	2	43	1.24
50319219--50319270	18	2.7	19	82	8	61	63	0	5	30	1.18
50327550--50327586	17	2.2	17	90	9	58	70	2	16	10	1.27
50329667--50330210	272	2.0	272	100	0	1088	41	8	5	43	1.59
50333481--50333525	19	2.4	19	96	3	83	28	15	8	46	1.76
50345454--50345526	37	2.0	37	88	0	110	39	24	17	17	1.91
50351728--50351767	20	2.0	20	85	0	53	12	10	5	72	1.26
50354661--50356131	502	3.0	502	94	1	2542	29	15	21	34	1.94
50362386--50362414	14	2.1	14	93	6	51	44	0	20	34	1.52
50375870--50375908	17	2.3	17	90	0	60	38	5	20	35	1.75
50378758--50378805	25	1.9	25	95	0	87	35	16	25	22	1.95
50385315--50385358	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
50385513--50385689	51	3.5	50	81	4	221	31	28	16	23	1.96
50387401--50387439	2	19.5	2	94	0	69	53	46	0	0	1.00
50388127--50388173	21	2.2	22	77	11	53	31	6	4	57	1.43
50396028--50396063	18	1.9	19	88	5	56	33	19	2	44	1.65
50396403--50396533	40	3.3	40	80	3	147	33	15	19	31	1.93
50398656--50398801	46	3.2	46	83	5	136	27	17	20	34	1.95
50417438--50417528	45	2.0	45	91	0	146	31	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50417530--50417673	51	2.8	51	81	6	175	33	27	16	22	1.95
50417531--50417700	51	3.3	49	74	11	137	32	27	15	25	1.95
50420195--50420292	49	2.0	50	83	2	126	34	28	13	23	1.92
50423299--50423387	45	2.0	45	93	0	151	32	23	17	25	1.97
50423398--50423584	51	3.7	50	79	5	189	31	25	16	26	1.96
50423443--50423582	50	2.8	51	82	3	167	30	25	18	25	1.98
50423396--50423580	101	1.8	101	85	3	264	31	25	16	25	1.96
50425868--50425901	16	2.1	17	88	5	52	38	0	20	41	1.53
50428438--50428573	50	2.7	49	85	4	175	22	14	30	31	1.94
50428581--50428675	45	2.1	45	90	0	154	26	17	24	31	1.97
50432436--50432574	46	3.1	46	93	2	237	36	29	5	28	1.78
50432556--50432608	16	3.3	16	94	0	88	22	33	3	39	1.72
50439040--50439069	12	2.5	12	88	0	51	30	40	23	6	1.80
50439822--50439864	19	2.3	19	96	4	79	41	4	13	39	1.66
50448820--50448889	29	2.5	28	86	4	104	54	17	0	28	1.43
50449373--50449412	20	2.0	20	90	5	62	57	17	0	25	1.40
50458241--50458350	32	3.5	32	79	1	123	40	16	20	22	1.91
50458518--50458574	24	2.4	24	84	0	69	45	26	10	17	1.81
50458557--50458605	24	2.0	24	84	0	62	40	22	12	24	1.88
50458638--50458807	81	2.1	81	82	6	202	27	20	17	35	1.94
50458642--50458807	27	6.1	27	75	4	147	28	19	15	36	1.93
50458642--50458789	54	2.7	54	85	4	183	28	19	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50467656--50467758	42	2.5	42	84	7	131	22	17	27	33	1.96
50468904--50469085	49	3.7	50	78	3	172	25	28	19	26	1.99
50475342--50475377	17	2.2	16	90	5	54	13	47	0	38	1.44
50478840--50478904	27	2.4	27	79	7	69	23	13	12	50	1.75
50480740--50480933	51	3.8	51	82	2	230	23	18	28	29	1.97
50480742--50480926	101	1.8	102	88	3	284	23	17	28	30	1.97
50480930--50481021	45	2.0	45	85	0	121	27	20	20	31	1.98
50489212--50489236	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
50494932--50494979	22	2.2	22	96	0	87	29	27	6	37	1.81
50499741--50499777	13	2.7	14	87	8	58	70	2	0	27	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322