genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  280  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92988486--92988650	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
92991500--92991617	26	4.8	24	77	10	96	24	23	18	33	1.97
92991535--92991593	23	2.5	23	86	8	75	22	23	18	35	1.96
92994022--92994079	29	2.0	29	96	0	107	34	18	13	32	1.91
93005922--93006014	24	3.8	24	77	8	82	26	23	16	33	1.95
93005968--93006011	23	1.9	23	86	9	63	27	29	11	31	1.91
93007937--93008153	99	2.2	99	87	1	292	21	9	29	39	1.85
93007921--93008130	33	6.4	33	90	0	321	19	9	30	40	1.83
93011428--93011607	100	1.8	100	81	2	227	32	24	17	26	1.97
93011367--93011620	47	5.2	47	76	9	206	32	27	15	24	1.95
93020628--93020792	46	3.7	44	81	4	161	24	28	18	28	1.98
93020718--93020840	46	2.6	46	82	5	131	22	30	17	28	1.97
93025591--93026064	47	9.8	49	94	2	716	33	8	28	29	1.86
93026181--93026261	37	2.2	37	90	0	126	23	18	32	25	1.97
93031338--93031399	27	2.3	26	81	8	72	27	16	20	35	1.94
93035353--93035587	100	2.4	96	80	7	244	32	25	15	26	1.96
93035353--93035584	47	4.8	48	78	8	202	32	25	15	26	1.96
93041082--93041132	23	2.3	21	84	15	68	58	1	3	35	1.28
93041082--93041133	22	2.3	23	84	12	65	59	1	3	34	1.27
93041768--93041850	43	1.9	43	95	0	148	26	21	1	50	1.56
93042213--93042237	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
93042714--93042750	18	2.1	18	89	0	56	0	56	2	40	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93044995--93045022	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
93047582--93047621	19	2.1	19	100	0	80	20	27	25	27	1.99
93054393--93054422	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
93054442--93054474	14	2.2	16	89	10	52	21	18	6	54	1.64
93062505--93062799	44	6.7	44	71	12	196	31	17	23	27	1.97
93062519--93062799	132	2.1	132	91	2	449	29	17	23	28	1.97
93062809--93063310	205	2.4	205	90	2	758	30	19	22	28	1.98
93065094--93065258	20	8.4	20	65	21	57	30	5	2	61	1.31
93065219--93065261	20	2.0	20	86	8	59	32	11	0	55	1.36
93065278--93065361	25	3.2	24	77	9	69	33	7	0	59	1.25
93066335--93066392	24	2.3	26	80	17	68	48	5	8	37	1.56
93080702--93080823	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
93085373--93085549	45	4.0	45	87	3	218	25	27	20	25	1.99
93085386--93085549	90	1.8	88	87	5	240	26	27	21	24	1.99
93085526--93085571	24	1.9	24	95	0	83	36	23	23	15	1.93
93085628--93085703	37	2.1	37	97	0	143	32	22	6	38	1.80
93090858--93090916	22	2.6	22	86	10	84	23	22	18	35	1.96
93104989--93105223	122	1.9	122	96	1	436	45	20	11	21	1.83
93106420--93106595	50	3.5	49	85	3	199	28	27	18	25	1.98
93106420--93106603	101	1.8	99	87	2	269	27	28	18	25	1.98
93109083--93109189	55	1.9	55	84	0	142	17	28	27	27	1.98
93117500--93117623	61	2.0	61	96	1	230	37	23	12	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93119238--93119287	20	2.9	17	76	21	50	70	2	6	22	1.20
93121446--93121519	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
93136943--93136976	11	2.9	12	86	8	52	29	5	0	64	1.17
93137057--93137228	92	1.9	92	86	2	247	44	12	9	34	1.74
93137881--93138196	156	2.0	156	87	6	460	44	10	5	39	1.63
93142003--93142161	44	3.6	44	81	2	140	32	19	17	30	1.95
93142098--93142215	45	2.7	44	78	6	123	28	18	22	30	1.97
93142282--93142493	44	4.8	44	79	1	192	32	19	19	28	1.96
93144228--93144355	26	5.0	26	69	15	88	33	3	2	60	1.28
93144378--93144431	25	2.2	24	87	9	74	25	3	1	68	1.16
93144246--93144435	49	3.8	49	71	15	140	29	5	3	61	1.35
93144516--93144557	21	2.0	22	90	4	68	28	2	4	64	1.26
93144512--93144562	20	2.5	19	82	14	59	27	1	3	66	1.20
93147298--93147333	8	4.3	9	96	3	51	38	0	13	47	1.44
93147302--93147334	8	4.1	8	100	0	66	36	0	12	51	1.39
93149849--93149895	21	2.3	20	79	13	51	6	10	10	72	1.28
93155517--93155564	24	2.0	24	95	0	87	39	0	12	47	1.41
93156710--93156771	29	2.1	31	82	11	76	43	8	0	48	1.32
93156765--93156798	18	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
93162263--93162290	13	2.2	13	100	0	56	53	0	32	14	1.41
93162274--93162357	43	2.0	43	95	0	150	47	7	20	25	1.75
93162767--93162810	21	2.0	22	82	13	54	31	4	2	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93164659--93164689	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
93164656--93164695	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
93166299--93166402	27	3.9	27	76	7	95	22	24	19	34	1.96
93167496--93167703	55	3.8	53	77	8	197	23	25	16	34	1.95
93171902--93172378	228	2.1	228	94	0	837	25	29	21	23	1.99
93177373--93177404	16	2.1	15	94	5	55	25	21	18	34	1.96
93179024--93179066	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
93179538--93179717	28	6.5	28	92	2	267	27	14	27	30	1.95
93179538--93179717	55	3.3	55	92	1	272	27	14	27	30	1.95
93179538--93179717	83	2.2	82	90	1	279	27	14	27	30	1.95
93195052--93195093	19	2.2	20	80	16	54	16	23	35	23	1.95
93195304--93195455	27	5.8	27	75	7	125	37	19	10	32	1.86
93195435--93195496	27	2.3	27	77	5	72	41	14	12	30	1.83
93196314--93196373	27	2.2	27	79	5	68	21	20	26	31	1.98
93197049--93197116	29	2.3	31	85	12	90	35	0	2	61	1.11
93197094--93197118	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
93197066--93197119	21	2.7	20	72	11	56	29	0	1	68	1.00
93199197--93199363	27	6.2	27	80	8	162	38	19	10	31	1.85
93199204--93199364	54	3.0	54	81	5	193	39	17	9	33	1.83
93199197--93199363	81	2.1	80	82	8	196	38	19	10	31	1.85
93199342--93199403	27	2.3	27	80	0	70	37	17	16	29	1.92
93199207--93199387	54	3.4	54	78	7	136	39	16	11	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93199211--93199389	81	2.2	79	79	9	184	39	17	10	31	1.84
93199758--93199817	22	2.7	22	78	0	66	21	25	21	31	1.98
93202834--93203028	43	4.6	42	75	6	133	29	17	27	26	1.97
93210091--93210131	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
93210542--93210601	28	2.1	28	87	0	84	28	25	10	36	1.88
93214267--93214377	43	2.6	43	75	1	116	29	17	25	27	1.97
93217522--93217743	109	2.0	111	92	1	376	38	16	10	34	1.83
93218152--93218198	23	2.0	25	87	8	71	51	4	6	38	1.47
93221212--93221264	25	2.1	25	96	0	97	37	0	16	45	1.48
93224185--93224447	46	5.6	45	76	8	199	29	18	28	23	1.98
93224190--93224447	140	1.8	140	85	3	358	29	18	28	24	1.98
93224184--93224453	47	5.8	47	75	9	191	28	18	28	24	1.98
93225235--93225362	23	5.5	23	71	12	84	35	6	3	55	1.41
93225310--93225439	25	5.2	25	74	10	95	33	6	4	55	1.45
93225605--93225634	16	1.9	15	93	6	51	33	0	3	63	1.11
93234726--93234973	126	2.0	126	99	0	487	33	14	26	26	1.94
93235947--93236063	38	3.2	37	63	31	90	41	20	25	11	1.86
93235944--93236085	71	2.0	71	97	0	266	40	21	24	12	1.88
93237252--93237536	75	3.8	72	82	7	306	29	16	22	31	1.96
93238862--93238989	23	5.5	23	71	12	84	35	6	3	55	1.41
93238927--93239078	25	6.0	25	71	15	89	32	6	4	56	1.45
93238954--93239062	28	4.0	28	72	13	95	30	5	4	59	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93239007--93239114	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
93239056--93239114	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
93239229--93239263	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
93253042--93253264	39	5.7	40	84	8	257	26	22	26	24	2.00
93253042--93253264	79	2.8	81	82	9	273	26	22	26	24	2.00
93253042--93253297	79	3.3	79	80	10	199	26	21	26	24	1.99
93260823--93261105	142	2.0	142	98	0	548	37	12	25	25	1.90
93261219--93261441	112	2.0	112	99	0	437	27	16	26	29	1.97
93261379--93261758	39	9.6	40	89	5	514	25	22	27	25	2.00
93261379--93261758	118	3.2	119	88	5	526	25	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322