genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  111  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36032270--36032457	100	1.9	100	91	2	306	29	26	18	25	1.98
36049075--36050198	40	28.1	40	95	0	1809	28	15	27	28	1.96
36057379--36057742	40	9.1	40	95	0	602	30	19	27	22	1.98
36061911--36062165	73	3.5	73	99	0	501	43	18	7	30	1.77
36066087--36066168	40	2.0	40	97	0	155	31	23	14	30	1.94
36073283--36073314	13	2.5	13	94	0	55	40	18	25	15	1.90
36076403--36076530	49	2.6	48	84	7	152	24	29	19	26	1.98
36076450--36076721	46	5.7	46	74	12	171	22	27	21	29	1.99
36076409--36076676	48	5.6	48	75	12	212	23	25	20	30	1.99
36076439--36076730	94	3.1	94	77	8	288	23	26	20	29	1.99
36085636--36085782	40	3.6	39	87	7	188	33	25	17	24	1.96
36087189--36087275	45	1.9	45	92	0	147	26	13	24	35	1.93
36094055--36094420	48	7.6	48	80	5	265	25	30	18	26	1.98
36094100--36094420	48	6.7	48	84	0	381	24	31	18	25	1.98
36101447--36101514	33	2.1	33	100	0	136	30	11	10	47	1.74
36105185--36105296	58	1.9	58	87	1	163	27	28	16	27	1.97
36105188--36105296	29	3.8	29	84	6	132	27	27	16	28	1.97
36106820--36106851	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
36109487--36109590	29	3.6	28	76	5	109	27	28	16	26	1.97
36111058--36111090	16	2.1	16	94	0	57	21	6	24	48	1.72
36113319--36113536	40	5.5	40	85	3	264	22	22	28	25	1.99
36117625--36117658	9	3.7	9	88	4	50	11	2	23	61	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36124088--36124271	40	4.7	40	82	8	209	25	22	27	24	2.00
36124088--36124271	79	2.3	81	82	10	220	25	22	27	24	2.00
36124140--36124304	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
36130938--36131037	50	2.0	50	96	0	182	35	19	21	25	1.96
36131553--36131736	40	4.7	40	80	8	200	26	21	27	24	1.99
36131607--36131769	79	2.1	79	81	6	188	26	20	28	24	1.99
36136344--36138008	331	5.0	331	98	0	3213	37	12	18	32	1.87
36136344--36138008	663	2.5	663	98	0	3224	37	12	18	32	1.87
36138491--36138607	58	2.0	58	94	0	207	28	11	29	30	1.92
36157743--36158022	136	2.1	136	97	0	524	42	19	3	33	1.70
36160606--36160689	27	3.1	27	88	5	125	21	23	26	28	1.99
36168391--36168482	27	3.4	27	85	4	123	23	23	22	29	1.99
36179303--36179391	34	2.6	34	83	0	106	29	21	20	29	1.98
36179340--36179404	34	1.9	34	87	6	96	24	24	26	24	2.00
36184844--36184870	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
36187179--36187243	21	3.2	21	73	20	75	10	26	23	40	1.87
36187161--36187261	39	2.6	38	92	3	157	11	25	24	37	1.90
36190024--36190050	12	2.2	12	100	0	54	85	0	0	14	0.61
36199258--36199304	16	3.1	16	87	6	71	42	2	0	55	1.12
36207389--36207443	23	2.4	23	70	11	58	41	9	1	47	1.46
36212205--36212254	20	2.4	22	80	6	59	26	4	16	54	1.59
36214240--36214331	46	2.0	46	82	4	114	25	19	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36217320--36217370	21	2.5	20	84	9	68	29	0	23	47	1.52
36222303--36222332	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
36222430--36222476	23	2.0	25	87	8	71	25	0	8	65	1.20
36222996--36223062	30	2.2	31	84	7	84	44	8	5	40	1.60
36223182--36223214	14	2.3	15	89	5	50	33	0	0	66	0.92
36223173--36223218	15	3.0	16	78	9	60	32	0	0	67	0.91
36244253--36244327	24	3.3	23	78	12	66	69	2	4	24	1.19
36244792--36244848	26	2.3	24	85	8	80	38	3	0	57	1.16
36247912--36247953	22	2.0	21	85	4	57	50	0	2	47	1.14
36251768--36251928	58	2.8	58	99	0	313	45	6	12	34	1.68
36252033--36252086	26	2.1	26	89	0	81	51	22	5	20	1.67
36252118--36252151	17	2.0	17	94	0	59	41	14	14	29	1.86
36252512--36252599	21	4.3	21	69	13	76	57	10	2	29	1.44
36252512--36252663	30	5.3	30	75	12	158	57	11	1	28	1.45
36252529--36252603	15	5.0	15	69	21	59	58	12	1	28	1.42
36252550--36252661	28	4.2	25	75	16	98	58	13	1	26	1.46
36256366--36256400	18	1.9	18	94	0	61	28	8	22	40	1.84
36256537--36256598	30	2.0	30	81	6	70	22	45	0	32	1.53
36256832--36256861	16	1.9	16	93	6	53	26	33	0	40	1.57
36261117--36261178	28	2.3	27	82	2	79	33	3	0	62	1.11
36265967--36266020	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
36279787--36279942	27	5.8	26	81	4	159	41	21	7	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36279789--36280020	54	4.3	55	76	5	175	41	18	8	31	1.80
36279816--36280005	27	7.0	27	74	10	118	42	19	7	31	1.79
36280059--36280150	27	3.4	27	89	3	123	34	19	26	19	1.96
36280951--36281079	52	2.5	51	90	3	190	30	22	20	27	1.98
36280951--36281073	26	4.8	26	83	1	151	28	23	21	26	1.99
36282539--36282587	16	2.8	18	78	12	57	77	2	0	20	0.87
36283461--36283490	13	2.3	13	94	0	51	46	13	0	40	1.43
36285834--36285872	16	2.4	16	82	0	51	30	0	38	30	1.58
36288342--36288370	14	2.0	15	93	6	51	62	13	10	13	1.55
36288543--36288577	18	1.9	18	100	0	70	17	37	22	22	1.94
36296593--36296729	60	2.3	60	89	1	202	18	9	38	32	1.84
36302728--36302860	55	2.4	55	83	2	178	27	29	21	21	1.98
36303503--36303550	22	2.2	22	96	0	87	18	25	14	41	1.88
36309584--36309620	20	1.9	19	89	10	58	24	16	5	54	1.63
36316662--36316715	22	2.5	22	93	3	92	46	11	9	33	1.71
36317136--36317179	21	2.0	21	86	4	61	63	0	0	36	0.95
36317477--36317532	16	3.6	16	78	7	53	17	8	12	60	1.57
36327066--36327102	16	2.2	17	86	13	51	35	0	2	62	1.10
36330615--36330695	39	2.1	37	84	4	108	41	4	30	20	1.74
36339348--36339414	30	2.2	30	94	0	116	32	7	4	55	1.48
36342276--36342317	19	2.2	19	86	0	57	14	2	23	59	1.47
36342573--36342603	5	6.2	5	92	0	53	19	16	19	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36342640--36342793	44	3.6	42	72	11	123	33	24	17	25	1.96
36346241--36346304	21	3.0	21	69	0	56	39	17	26	17	1.91
36356930--36356961	10	3.2	10	100	0	64	50	9	9	31	1.66
36356957--36357064	26	4.2	26	95	0	198	31	6	25	36	1.82
36362929--36363151	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
36363004--36363186	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
36367448--36367474	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
36371603--36371682	38	2.1	38	92	0	133	33	27	21	17	1.96
36379415--36379538	43	2.9	43	76	4	135	31	24	14	29	1.94
36387218--36387263	18	2.6	18	100	0	92	43	21	23	10	1.84
36388760--36388786	12	2.2	12	100	0	54	37	48	0	14	1.45
36399748--36399801	23	2.6	19	83	13	63	38	14	7	38	1.75
36402144--36402174	15	2.0	15	93	6	53	25	3	0	70	1.02
36405713--36405747	16	2.2	16	89	0	52	20	5	17	57	1.60
36406676--36406724	16	3.1	16	72	0	53	77	0	12	10	0.99
36408491--36408626	39	3.5	40	79	7	138	26	29	23	20	1.99
36408488--36408644	39	4.0	39	79	6	133	28	28	22	21	1.99
36414254--36414550	148	2.0	150	85	3	404	40	12	17	29	1.85
36421535--36421570	18	2.0	18	94	0	63	22	19	27	30	1.98
36421843--36421882	20	2.0	20	85	0	53	72	7	0	20	1.08
36421900--36421958	9	6.6	9	82	0	64	28	11	18	40	1.86
36421900--36421958	18	3.3	18	80	0	73	28	11	18	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36424056--36424106	25	2.0	25	96	0	93	49	17	7	25	1.74
36426697--36426749	25	2.1	25	92	0	88	18	7	32	41	1.79
36430489--36430539	24	2.1	24	81	0	57	23	5	1	68	1.22
36430535--36430576	21	2.0	22	90	4	68	21	16	0	61	1.34
36432397--36432485	37	2.4	36	81	5	108	49	2	29	19	1.60
36433287--36433375	37	2.4	36	83	5	117	49	1	29	20	1.56
36442554--36442762	41	5.1	41	82	1	233	19	28	17	33	1.95
36445420--36445585	46	3.6	45	80	8	160	24	29	18	27	1.98
36451394--36451469	38	2.0	38	81	0	89	14	35	26	23	1.93
36461648--36461832	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322