Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  314  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
104148660--104148763
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39
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90
32
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18
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1.97
104154164--104154206
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1.43
104154261--104154302
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0
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10
3.0
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9
0
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1.24
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3.5
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104
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2
3
22
1.13
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3.1
19
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68
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1.9
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2
30
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104156239--104156412
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1.9
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2
28
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104156330--104156536
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1.30
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1.27
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0
0
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62
0
0
38
0.96
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63
0
0
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39
2
58
0
1.10
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2.6
22
94
0
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1.53
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2.0
46
95
0
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34
1.72
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13
2.1
13
100
0
54
55
0
14
29
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
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5
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38
0
38
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22
1.9
22
95
0
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30
1.72
104196698--104196755
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21
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15
15
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44
1.85
104198629--104198695
34
1.9
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3
118
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10
44
1.63
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18
2.9
18
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0
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13
41
1.82
104202068--104202404
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4.7
72
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2
412
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5
13
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13.7
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89
0
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65
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35
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28
5.1
28
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4
231
26
13
30
29
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2.2
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1
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16
27
1.96
104225372--104225511
66
2.1
66
87
0
199
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19
2.2
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59
47
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19
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1.74
104240967--104241008
18
2.3
19
83
4
59
66
7
0
26
1.17
104240965--104241042
9
8.1
9
70
14
50
67
3
2
25
1.20
104242124--104242178
25
2.1
27
83
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69
43
1
1
52
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2
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94
0
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50
0
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0
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0
0
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2.0
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14
14
57
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104261850--104261886
15
2.4
16
82
13
51
72
0
5
21
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
32
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41
10
15
32
1.81
104264321--104264382
21
3.2
20
72
14
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33
6
4
54
1.47
104267162--104267223
27
2.3
27
80
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72
62
8
1
27
1.32
104267775--104267804
15
2.0
15
93
0
51
63
0
6
30
1.20
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2
24
1.24
104269674--104270102
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279
26
22
20
29
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2.1
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3.6
14
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20
12
2
66
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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104284370--104284403
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16
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20
35
1.95
104285855--104285923
30
2.3
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97
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2
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0
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0
50
0
1.00
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0
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1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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(0-2)
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17
31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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37
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322