genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86765833--86765961	39	3.4	39	90	3	201	42	0	4	51	1.28
86766158--86766404	9	27.7	9	85	2	311	44	22	0	32	1.59
86772915--86772957	21	2.0	21	90	0	68	27	20	51	0	1.48
86773156--86773198	21	2.0	21	90	0	68	27	20	51	0	1.48
86772838--86773317	241	2.0	242	97	1	901	34	20	28	16	1.94
86774651--86774693	21	2.0	21	90	0	68	27	20	51	0	1.48
86776408--86776529	40	3.1	39	78	5	120	28	28	17	25	1.97
86778103--86778142	21	1.9	21	94	0	71	50	15	12	22	1.77
86783081--86783298	39	5.5	39	88	3	312	27	26	18	27	1.98
86783110--86783298	79	2.4	78	91	1	297	26	26	19	26	1.99
86783081--86783298	118	1.8	118	91	1	357	27	26	18	27	1.98
86785054--86785106	24	2.2	25	86	3	72	20	26	22	30	1.98
86793251--86793315	34	1.9	34	96	0	121	32	30	10	26	1.90
86793282--86793383	42	2.5	42	87	7	147	30	27	12	29	1.93
86793255--86793332	34	2.3	33	84	4	93	30	28	11	29	1.92
86793342--86793465	47	2.7	46	86	2	167	29	27	16	27	1.97
86793490--86793636	31	4.7	31	91	0	222	25	27	20	26	1.99
86793614--86793895	50	5.5	50	86	6	395	27	20	15	36	1.93
86793614--86793895	105	2.8	100	88	5	420	27	20	15	36	1.93
86793614--86793895	155	1.8	156	91	2	469	27	20	15	36	1.93
86796455--86796529	23	3.3	23	83	10	84	22	25	20	32	1.98
86797342--86797391	22	2.3	22	96	0	91	30	10	18	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86797599--86797795	108	1.8	108	80	4	236	22	27	27	22	1.99
86798407--86798557	43	3.5	43	85	0	203	24	16	28	30	1.97
86799343--86799383	21	2.0	21	85	9	57	75	2	0	21	0.92
86799493--86799644	81	1.9	81	97	1	288	40	10	13	34	1.79
86800328--86800383	28	2.0	28	96	0	103	41	17	8	32	1.81
86802358--86802411	27	2.1	25	83	10	65	31	1	3	62	1.23
86807182--86807224	17	2.6	17	92	3	70	27	16	39	16	1.90
86807808--86807857	22	2.2	22	89	3	73	70	6	8	16	1.32
86807821--86807873	22	2.4	22	81	6	54	73	5	3	16	1.17
86807931--86807960	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
86808192--86808301	3	37.7	3	74	12	95	60	0	6	31	1.28
86808156--86808301	29	5.0	28	69	17	84	60	0	8	30	1.32
86808210--86808301	41	2.2	41	88	0	130	63	1	6	29	1.27
86822093--86822221	51	2.5	51	80	0	168	37	6	13	41	1.70
86822535--86822802	134	2.0	134	99	0	527	33	17	26	23	1.96
86827403--86827537	51	2.7	50	81	1	171	37	6	13	42	1.70
86827434--86827510	19	4.4	19	70	21	60	38	6	11	42	1.67
86829552--86829596	17	2.6	17	96	0	81	42	0	11	46	1.39
86832652--86832825	45	3.9	45	90	0	249	25	18	15	40	1.90
86835298--86835666	185	2.0	185	98	0	711	23	23	17	34	1.96
86836277--86836398	45	2.7	45	93	0	199	27	18	15	39	1.90
86842757--86842825	34	2.0	34	97	0	129	37	14	5	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86851792--86851845	26	2.1	26	100	0	108	33	7	27	31	1.84
86860210--86860273	18	3.5	18	79	10	67	3	34	1	60	1.22
86860209--86860254	17	2.5	17	86	10	56	2	34	0	63	1.07
86860312--86860341	5	5.8	5	92	7	51	36	0	0	63	0.95
86864516--86864619	51	2.0	51	90	0	163	26	24	27	21	1.99
86866352--86866463	40	2.8	40	86	2	145	27	21	24	26	1.99
86866368--86866508	40	3.5	40	84	5	151	24	19	26	29	1.99
86879111--86879157	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
86886173--86886233	27	2.3	26	78	13	70	32	1	0	65	1.02
86886173--86886233	25	2.4	26	80	20	67	32	1	0	65	1.02
86887174--86887267	8	10.8	8	73	15	55	71	1	2	25	1.04
86887175--86887263	19	4.9	18	70	13	58	69	1	2	26	1.07
86887194--86887240	17	2.6	18	83	6	60	76	0	4	19	0.95
86887217--86887267	10	5.2	10	74	11	52	72	1	1	23	1.05
86887261--86887286	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
86887981--86888064	40	2.1	40	82	4	98	65	10	3	20	1.38
86889771--86889799	14	2.1	14	93	6	51	68	0	3	27	1.05
86896966--86897053	40	2.2	39	80	6	95	40	10	2	46	1.50
86897366--86897449	43	1.9	45	85	4	118	34	26	19	20	1.96
86901589--86901621	9	3.8	9	88	4	50	15	6	0	78	0.93
86901583--86901621	18	2.2	17	90	4	60	17	5	0	76	0.96
86901709--86901752	7	6.0	7	84	10	61	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86901711--86901755	23	2.0	23	100	0	90	22	0	0	77	0.76
86901708--86901778	8	8.6	8	79	11	56	30	0	1	67	0.99
86902879--86902978	40	2.5	41	86	4	150	23	27	19	31	1.98
86903809--86903887	38	2.0	40	92	4	135	44	17	8	29	1.79
86910365--86910395	9	3.4	9	95	0	53	25	6	0	67	1.14
86910867--86910909	22	2.0	22	86	9	61	74	2	13	9	1.16
86911693--86911749	6	9.5	6	79	7	53	49	0	17	33	1.47
86911693--86911749	17	3.2	18	75	7	62	49	0	17	33	1.47
86911855--86911919	21	3.2	20	82	6	85	18	23	24	33	1.96
86916329--86916357	14	2.1	14	93	6	51	68	0	3	27	1.05
86921437--86921472	18	2.1	17	89	5	54	22	5	5	66	1.34
86928808--86928838	6	5.2	6	96	0	53	32	3	64	0	1.09
86929584--86929608	13	1.9	13	100	0	50	32	12	0	56	1.36
86932529--86932580	27	1.9	27	92	0	86	21	30	36	11	1.89
86932706--86932747	3	14.7	3	82	9	52	66	0	30	2	1.04
86932783--86932813	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
86932785--86932831	18	2.7	18	83	3	60	72	0	27	0	0.85
86932783--86932816	12	2.8	12	95	0	59	79	0	20	0	0.73
86932865--86932920	27	2.1	27	83	12	71	42	0	8	48	1.34
86933247--86933278	13	2.5	13	94	0	55	46	0	6	46	1.27
86934037--86934256	50	4.4	50	62	19	134	60	7	5	26	1.45
86933462--86934308	150	5.8	148	91	4	1239	59	7	6	26	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86933277--86934308	300	3.6	296	86	8	1253	59	7	6	26	1.47
86946114--86946171	25	2.3	25	87	0	80	29	13	24	32	1.94
86946298--86946370	27	2.7	28	72	6	78	39	0	17	42	1.50
86946298--86946365	14	5.0	13	77	10	57	39	0	17	42	1.50
86947423--86947465	21	2.0	21	86	4	59	20	6	4	67	1.33
86959210--86959241	17	1.9	16	93	6	55	62	9	0	28	1.26
86960975--86961034	30	2.0	29	83	3	75	36	8	26	28	1.85
86961516--86961737	67	3.4	64	77	9	232	31	15	29	23	1.95
86964281--86964357	25	3.1	25	79	7	77	40	20	20	18	1.92
86964340--86964459	64	1.9	64	80	3	143	33	19	22	25	1.97
86965360--86965394	12	2.9	12	100	0	70	57	0	17	25	1.40
86970545--86970581	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
86970663--86970719	30	1.9	30	85	7	80	47	3	22	26	1.67
86973168--86973334	46	3.7	45	85	3	212	26	19	28	24	1.99
86973165--86973371	46	4.6	44	81	8	170	26	19	28	25	1.99
86973117--86973371	90	2.8	92	79	5	232	26	19	30	24	1.98
86981921--86981970	15	3.4	14	76	17	57	36	22	16	26	1.94
86981908--86981993	29	3.0	29	85	0	118	33	22	17	26	1.96
86983949--86983996	25	1.9	25	83	8	62	33	2	16	47	1.58
86984749--86984789	16	2.6	16	88	3	57	34	26	14	24	1.94
86996423--86996640	47	4.7	45	78	12	210	29	19	27	24	1.98
86996421--86996722	47	6.4	45	73	15	177	30	18	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86996419--86996640	95	2.4	94	82	7	267	28	18	27	24	1.98
87003636--87003952	47	6.7	47	73	13	235	27	20	29	22	1.98
87004724--87004838	55	2.1	54	82	6	133	19	16	33	30	1.94
87010699--87010840	38	3.7	38	84	2	178	35	33	19	11	1.88
87010821--87010901	41	2.0	41	90	0	126	37	33	14	14	1.88
87019042--87019138	42	2.3	42	89	3	151	23	15	24	36	1.94
87031281--87031332	12	4.2	12	76	13	61	50	3	0	46	1.20
87031287--87031337	25	2.1	24	88	3	75	49	3	0	47	1.20
87031890--87031919	15	2.0	15	93	0	51	30	3	6	60	1.39
87034257--87034292	3	11.3	3	88	11	54	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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