genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56111157--56111206	25	2.0	25	92	4	82	78	0	4	18	0.91
56117717--56117747	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
56117734--56117802	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
56119337--56119369	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
56128196--56128523	164	2.0	164	100	0	656	33	6	26	33	1.81
56160390--56160428	20	2.0	20	100	0	78	15	10	20	53	1.70
56175474--56175511	17	2.2	17	95	0	67	63	13	5	18	1.48
56195804--56195920	43	2.7	42	85	5	137	25	12	24	36	1.91
56202743--56202866	43	2.9	43	81	11	157	29	15	24	31	1.95
56204768--56204894	33	3.8	33	87	0	182	35	20	8	35	1.83
56204934--56205111	31	5.7	31	85	4	216	27	24	17	30	1.97
56204905--56205111	62	3.4	62	81	4	233	26	26	16	30	1.97
56204940--56205111	93	1.8	93	90	2	274	27	25	16	30	1.97
56208514--56208808	148	2.0	148	99	0	581	34	22	10	31	1.89
56209036--56209323	144	2.0	144	98	0	558	23	23	14	37	1.93
56211088--56212254	42	28.1	42	94	1	2025	25	29	21	23	1.99
56221616--56221646	15	2.1	15	93	0	53	6	45	25	22	1.76
56223651--56223814	43	3.9	41	75	10	143	31	22	15	30	1.95
56228363--56228603	50	4.8	50	77	8	238	25	17	26	29	1.98
56232873--56232932	15	4.0	15	80	8	68	13	18	16	51	1.76
56232872--56232930	30	2.0	30	86	0	82	13	18	15	52	1.74
56235211--56235269	30	2.0	30	86	0	82	42	6	25	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56235877--56236118	50	4.8	50	75	3	216	26	16	25	31	1.96
56246837--56246978	55	2.6	53	82	8	151	16	24	29	29	1.96
56247192--56247278	44	2.0	43	93	0	138	20	20	22	34	1.96
56252275--56252432	54	3.1	51	82	8	205	39	6	23	31	1.80
56252281--56252432	48	3.0	48	83	9	205	38	6	23	31	1.81
56252573--56252675	37	2.8	37	89	0	161	23	21	32	23	1.98
56255756--56255850	43	2.2	43	81	3	111	31	25	16	26	1.97
56256354--56256381	8	3.5	8	100	0	56	28	14	0	57	1.38
56270551--56270610	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
56279318--56279398	41	2.0	41	97	0	153	17	20	20	40	1.91
56283181--56283313	27	5.0	27	78	0	142	37	18	11	32	1.87
56283303--56283364	27	2.3	27	83	5	81	33	22	20	22	1.97
56286274--56286379	43	2.5	42	80	7	124	28	18	23	29	1.98
56293108--56293145	20	2.0	19	85	10	51	44	5	18	31	1.72
56295781--56295923	39	3.6	39	80	8	119	25	21	27	25	1.99
56295781--56295923	40	3.6	39	79	6	144	25	21	27	25	1.99
56303664--56303873	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
56303611--56303873	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
56303612--56303908	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
56306213--56306254	21	1.9	23	90	9	70	38	23	9	28	1.86
56309854--56310142	48	6.0	48	89	0	425	35	7	26	29	1.85
56309854--56310134	96	2.9	96	95	0	490	35	8	26	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56310284--56310428	37	3.9	37	94	0	245	23	19	31	25	1.98
56311354--56311964	40	15.0	40	88	3	826	23	20	28	26	1.99
56311354--56311966	82	7.5	82	90	2	878	23	20	28	26	1.99
56312128--56312178	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
56315575--56316209	48	13.2	48	98	0	1234	35	6	26	31	1.81
56316277--56316374	48	2.0	48	92	0	160	34	6	28	30	1.82
56316515--56316654	37	3.8	37	94	0	235	24	18	31	25	1.98
56329063--56329108	20	2.4	19	81	3	56	39	2	58	0	1.10
56329720--56329781	21	3.0	21	81	13	58	11	3	41	43	1.56
56330315--56330416	52	2.0	52	92	0	168	68	5	18	6	1.33
56330300--56330431	52	2.7	48	80	9	147	66	4	20	8	1.36
56331561--56331624	31	2.1	31	96	0	119	43	14	18	23	1.86
56339302--56339348	20	2.2	21	85	7	60	59	2	2	36	1.21
56344587--56344629	14	3.1	13	83	12	50	44	2	0	53	1.13
56344592--56344629	14	2.7	14	88	8	51	42	2	0	55	1.14
56351537--56351732	39	5.0	39	86	6	254	28	34	14	23	1.94
56359108--56359150	22	2.0	21	86	8	61	46	0	0	53	1.00
56361681--56361777	48	2.0	48	93	0	167	50	5	12	31	1.62
56362257--56362329	31	2.4	31	83	0	83	50	9	16	23	1.74
56362448--56362496	15	3.2	16	80	11	59	59	2	0	38	1.09
56365778--56365840	29	2.2	29	86	5	85	26	4	7	60	1.45
56371059--56371100	16	2.6	16	88	7	59	40	2	28	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56371390--56371454	33	2.0	33	90	0	103	38	3	0	58	1.14
56371394--56371465	33	2.2	33	82	0	81	41	2	0	55	1.14
56377489--56377580	43	2.1	44	88	6	143	38	5	18	38	1.74
56377503--56377587	43	2.0	43	100	0	170	36	4	16	42	1.69
56378373--56378495	38	3.2	38	89	0	165	21	20	25	32	1.98
56378489--56378600	46	2.5	46	84	8	144	22	23	28	25	1.99
56381256--56381579	46	6.8	46	87	7	380	21	21	15	41	1.90
56381292--56381563	148	1.8	148	89	0	427	22	22	15	39	1.91
56387085--56387220	55	2.5	55	98	0	263	33	24	19	23	1.97
56390169--56390198	15	2.0	15	100	0	60	46	13	6	33	1.69
56390932--56390985	28	1.9	28	100	0	108	29	25	9	35	1.87
56397229--56397289	31	2.0	30	83	3	77	47	8	4	39	1.55
56397670--56397708	19	2.1	19	100	0	78	53	0	10	35	1.35
56398932--56399008	29	2.5	31	76	12	79	46	14	12	25	1.80
56402176--56402200	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
56404092--56404220	68	1.9	68	95	0	231	31	15	18	34	1.92
56417152--56417186	18	1.9	18	88	0	52	14	0	5	80	0.89
56418714--56418755	18	2.4	18	92	4	68	19	4	0	76	0.96
56418726--56418755	6	5.0	6	91	0	51	16	3	0	80	0.85
56418726--56418762	18	2.1	18	89	0	56	21	5	0	72	1.04
56424669--56424726	29	2.0	29	100	0	116	17	17	0	65	1.27
56424949--56424988	2	20.0	2	89	0	62	47	2	2	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56427381--56427770	130	3.0	130	90	1	593	30	19	15	34	1.93
56439456--56439805	132	2.7	132	90	0	558	28	18	24	29	1.98
56442542--56442913	130	2.9	130	86	0	503	30	18	17	33	1.94
56442542--56443020	130	3.7	129	81	5	398	29	18	18	34	1.95
56457520--56457566	22	2.1	23	84	7	62	53	0	12	34	1.39
56462890--56462972	33	2.6	32	76	3	85	25	20	18	36	1.95
56464364--56464410	7	6.7	7	100	0	94	72	0	0	27	0.85
56464975--56465003	5	5.8	5	100	0	58	58	0	41	0	0.98
56465523--56465547	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
56469856--56469885	16	1.9	15	93	6	51	26	0	3	70	1.03
56477089--56477516	214	2.0	214	100	0	856	30	23	14	32	1.94
56481336--56481381	17	2.7	17	75	0	56	32	19	30	17	1.95
56481434--56481494	26	2.3	26	85	0	86	19	14	31	34	1.92
56486175--56486226	27	1.9	27	88	0	77	19	26	21	32	1.97
56491272--56491335	17	3.6	17	83	8	83	35	12	14	37	1.83
56491265--56491334	35	1.9	37	91	8	117	34	11	15	38	1.84
56491265--56491335	19	3.9	19	85	10	112	35	11	15	38	1.83
56491623--56491658	17	2.1	17	90	10	56	33	0	0	66	0.92
56501613--56501639	12	2.2	12	100	0	54	0	14	40	44	1.46
56507191--56507222	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
56512416--56512453	18	2.1	18	85	14	51	23	5	0	71	1.07
56527369--56527544	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56527366--56527536	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
56532479--56532903	45	8.9	50	66	14	159	36	16	17	28	1.92
56532521--56532903	96	4.0	96	77	3	270	37	16	17	28	1.92
56532951--56533242	44	6.6	43	76	9	259	34	18	18	29	1.94
56532954--56533242	133	2.2	133	81	7	331	34	18	18	29	1.95
56532950--56533148	89	2.3	87	82	7	240	34	18	17	30	1.93
56533837--56533878	21	2.0	21	86	9	59	69	7	9	14	1.37
56534737--56534780	21	2.0	21	87	12	63	22	6	0	70	1.11
56534804--56534851	3	15.7	3	78	4	51	35	6	2	56	1.36
56534814--56534851	18	2.1	18	95	0	67	36	5	0	57	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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