genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  247  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82104140--82104211	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
82104000--82104240	94	2.6	94	84	4	290	27	28	9	33	1.89
82108513--82108873	47	7.7	47	72	11	213	21	29	20	27	1.98
82108513--82108870	94	3.8	96	80	8	375	22	29	20	28	1.98
82108513--82108827	141	2.2	140	81	8	363	21	30	20	27	1.98
82108513--82108870	141	2.6	137	75	12	334	22	29	20	28	1.98
82109214--82109271	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
82114116--82114285	43	4.0	42	71	6	126	27	18	21	32	1.96
82119324--82119585	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
82127340--82127562	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
82127340--82127562	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
82127340--82127595	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
82133047--82133195	42	3.5	41	76	13	133	24	18	26	31	1.97
82133069--82133195	43	3.0	43	77	11	136	23	18	25	32	1.97
82133042--82133217	86	2.0	86	80	10	191	22	17	25	34	1.95
82135081--82135150	32	2.2	32	92	0	113	41	11	1	45	1.49
82136374--82136445	20	3.6	20	88	0	99	18	29	29	23	1.97
82140084--82140116	17	1.9	17	100	0	66	27	24	12	36	1.91
82142806--82143031	40	5.7	40	90	4	314	26	27	21	24	1.99
82150420--82150481	28	2.2	27	82	5	70	38	0	37	24	1.56
82153138--82153183	23	2.0	24	86	4	67	26	6	47	19	1.73
82153919--82153960	22	1.9	22	85	0	57	42	14	0	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82153970--82154055	15	5.8	15	68	8	59	27	2	26	43	1.67
82154594--82154705	41	2.7	41	84	2	136	25	23	18	33	1.97
82166472--82166553	42	2.0	42	80	4	94	29	34	21	14	1.93
82167322--82167479	42	3.7	42	85	6	194	29	25	15	29	1.96
82167322--82167479	85	1.9	84	84	6	212	29	25	15	29	1.96
82176609--82176673	32	2.0	32	88	5	96	49	10	15	24	1.76
82178025--82178083	29	2.0	30	90	3	93	37	8	25	28	1.85
82181670--82181746	36	2.2	36	95	2	138	49	18	14	18	1.80
82191032--82191146	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
82191057--82191146	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
82191252--82191316	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
82198090--82198128	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
82198567--82198681	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
82198592--82198681	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
82198787--82198851	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
82205439--82205468	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
82205666--82205908	50	4.8	50	79	4	245	30	26	17	25	1.98
82205679--82205861	101	1.8	101	97	0	348	27	26	20	25	1.99
82206251--82206307	25	2.2	26	84	9	73	29	15	1	52	1.53
82211639--82211667	12	2.3	13	94	5	51	37	0	17	44	1.49
82218608--82218796	38	4.9	38	87	6	211	21	22	26	30	1.99
82218608--82218785	76	2.3	77	85	5	234	22	23	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82224736--82224897	82	2.0	82	97	0	306	43	4	12	39	1.62
82226863--82227025	38	4.2	38	81	4	150	23	20	23	32	1.98
82233561--82233625	31	2.1	31	91	5	105	27	21	23	27	1.99
82235552--82235694	38	3.7	38	87	6	191	20	23	25	30	1.99
82241168--82241217	20	2.5	20	90	0	73	28	10	4	58	1.49
82244304--82244347	21	2.0	21	86	4	61	47	4	4	43	1.44
82249185--82249215	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
82249372--82249410	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
82249848--82249971	51	2.5	51	86	1	169	40	5	12	41	1.66
82249879--82249956	19	4.4	19	71	21	62	39	6	11	42	1.67
82250925--82250968	21	2.1	21	91	8	72	34	18	34	13	1.90
82254440--82254476	16	2.2	17	86	13	51	16	0	8	75	1.02
82254441--82254501	6	10.3	6	75	16	56	13	0	8	78	0.95
82254441--82254504	29	2.2	29	83	5	76	14	0	7	78	0.96
82264360--82264427	18	3.7	18	73	23	54	41	2	1	54	1.24
82264355--82264431	19	4.3	18	70	14	61	45	2	1	50	1.23
82266428--82266527	27	3.7	27	75	15	91	62	1	5	32	1.24
82266434--82266565	8	14.9	8	68	20	50	62	0	4	31	1.20
82266467--82266632	19	8.8	19	69	11	74	61	2	6	29	1.34
82266424--82266572	27	5.5	26	72	15	88	61	0	4	33	1.19
82266655--82266687	11	3.1	11	86	4	50	33	3	0	63	1.10
82266913--82267077	84	2.0	84	81	4	199	35	6	16	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82268603--82268637	17	2.0	18	88	5	54	17	14	5	62	1.49
82268939--82269485	281	1.9	281	100	0	1094	34	16	18	30	1.93
82272662--82272723	30	2.1	30	100	0	124	27	22	9	40	1.85
82276994--82277035	20	2.1	20	100	0	84	47	14	9	28	1.75
82279365--82279395	15	2.1	15	93	0	53	29	12	22	35	1.91
82291446--82291771	48	6.8	48	73	16	171	26	17	30	25	1.97
82291446--82291621	94	1.9	94	86	4	257	27	18	30	23	1.97
82296952--82297286	47	7.1	47	95	0	571	31	8	30	28	1.87
82299483--82299507	11	2.3	11	100	0	50	48	0	16	36	1.46
82300560--82300773	6	35.7	6	100	0	428	33	0	16	50	1.46
82300889--82301065	48	3.7	48	83	1	221	32	19	23	24	1.98
82300889--82301064	96	1.8	96	86	2	255	32	19	23	25	1.97
82300889--82301100	48	4.4	48	78	5	196	33	19	22	25	1.97
82300889--82301092	96	2.1	96	82	3	250	32	19	23	25	1.97
82311522--82311744	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
82311522--82311744	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
82319716--82320020	72	4.2	73	73	4	253	34	6	13	45	1.69
82320173--82320197	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
82320206--82320274	35	2.0	35	82	5	86	37	2	2	56	1.29
82323622--82323653	5	6.4	5	100	0	64	0	0	37	62	0.95
82323860--82323906	24	2.0	24	84	16	62	34	0	14	51	1.43
82324068--82324197	40	3.3	39	76	7	129	30	16	21	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82325988--82326039	21	2.5	21	100	0	104	38	17	11	32	1.85
82328154--82328210	5	11.4	5	100	0	114	40	0	0	59	0.97
82328265--82328320	19	3.0	19	92	7	89	69	0	28	1	0.98
82329980--82330167	54	3.5	54	97	0	340	31	23	17	27	1.97
82334173--82334423	43	5.9	43	79	6	260	24	18	27	28	1.98
82336442--82336474	5	6.6	5	96	0	57	15	0	3	81	0.80
82341451--82341596	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
82341560--82341828	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
82341603--82341822	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
82341560--82341828	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
82344954--82345157	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
82345038--82345156	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
82345047--82345137	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
82346410--82346555	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
82346519--82346787	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
82346562--82346781	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
82346519--82346787	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
82355695--82355733	17	2.4	16	86	4	51	66	2	2	28	1.18
82356443--82356490	23	2.1	23	96	0	87	29	12	18	39	1.88
82357633--82357836	82	2.5	82	87	0	300	50	15	5	27	1.66
82357913--82358338	157	2.7	158	81	6	463	34	14	16	34	1.89
82363239--82363276	20	2.0	20	90	10	62	23	2	0	73	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82363360--82363422	30	2.1	30	90	0	99	26	3	12	57	1.51
82363546--82363578	11	2.8	12	86	9	50	63	0	0	36	0.95
82364159--82364229	34	2.1	34	94	0	124	40	4	26	28	1.74
82364262--82364302	14	2.9	15	82	17	52	29	0	2	68	1.03
82364705--82364735	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
82365879--82365981	46	2.2	46	98	1	197	50	5	1	41	1.37
82365899--82365973	23	3.3	23	62	7	62	56	6	2	34	1.40
82367845--82367934	41	2.2	41	97	2	171	45	15	12	26	1.81
82370521--82370582	27	2.3	27	80	0	70	16	30	19	33	1.94
82374982--82375020	20	1.9	21	89	5	62	35	0	5	58	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322