Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  257  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85263371--85263399
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0
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60
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0
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1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
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51
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0
0
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1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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27
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10
39
34
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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0
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2.6
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31
2
0
65
1.05
85492448--85492508
23
2.7
23
76
0
68
27
4
6
60
1.42
85508658--85508691
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
85513297--85513330
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
85514886--85514931
21
2.1
22
84
4
58
43
8
4
43
1.55
85526081--85526153
32
2.4
31
86
11
105
16
17
0
65
1.27
85526080--85526157
6
12.8
6
88
6
97
15
17
0
66
1.25
85531218--85531259
15
2.6
16
77
11
50
47
4
0
47
1.23
85543301--85543331
14
2.2
14
94
0
53
12
0
35
51
1.40
85548732--85548770
20
1.9
21
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5
62
33
7
15
43
1.75
85561853--85561883
16
1.9
16
93
0
53
41
0
3
54
1.16
85561963--85561993
12
2.6
12
94
0
53
74
0
25
0
0.82
85563873--85563913
20
2.0
20
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0
64
31
12
12
43
1.79
85564009--85564047
20
2.0
20
94
0
69
48
2
0
48
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85564269--85564355
43
2.0
44
84
2
113
45
18
6
28
1.75
85585935--85586042
39
2.7
39
87
5
146
34
16
9
39
1.81
85586179--85586234
26
2.2
25
90
3
85
25
21
3
50
1.65
85586186--85586234
25
1.9
26
95
4
91
24
20
4
51
1.65
85588431--85588487
24
2.4
23
78
18
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61
3
5
29
1.35
85588729--85588821
37
2.4
37
85
8
114
53
9
1
35
1.41
85592465--85592507
20
2.2
20
83
8
52
39
0
2
58
1.11
85593887--85594172
143
2.0
143
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0
563
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9
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1.69
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131
2.9
130
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4
429
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19
18
33
1.95
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1.9
100
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3
7
28
1.39
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39
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23
1.99
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5
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2
133
60
0
0
39
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2.0
30
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0
100
27
5
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1.71
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33
2.1
33
100
0
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14
14
17
1.73
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19
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18
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10
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19
0
0
80
0.71
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17
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16
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55
21
0
0
78
0.76
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20
2.4
19
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3
74
17
0
0
82
0.67
85622853--85622887
3
11.3
3
93
6
61
31
0
2
65
1.07
85624417--85624562
37
4.0
37
89
1
215
23
21
16
37
1.93
85624533--85624929
52
7.8
52
87
7
539
28
22
14
34
1.93
85624526--85624947
98
4.3
98
84
7
493
28
22
13
34
1.93
85624533--85624947
150
2.8
150
94
1
710
28
22
14
34
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85628072--85628275
49
4.0
50
83
10
241
32
29
13
24
1.94
85628156--85628274
58
2.0
59
98
1
231
31
31
13
23
1.93
85628165--85628255
28
3.2
28
66
22
80
27
31
15
25
1.95
85628632--85628931
150
2.0
150
100
0
600
34
19
6
40
1.76
85629748--85630654
46
19.6
46
97
1
1697
28
20
14
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1.92
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3.3
46
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139
24
28
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1.99
85642588--85642677
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4
119
27
32
13
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1.94
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4.8
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292
29
29
20
19
1.97
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2.4
95
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6
311
29
29
20
19
1.97
85658276--85658333
29
2.0
29
96
0
107
29
17
18
34
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322