genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80228837--80229382	27	20.3	27	86	1	747	25	19	20	34	1.96
80228877--80229574	27	25.9	26	84	3	239	26	15	21	36	1.93
80228863--80229382	108	4.8	108	95	0	889	25	19	20	34	1.96
80229364--80229627	81	3.3	81	82	3	282	30	8	21	39	1.83
80229364--80229632	54	5.0	54	82	0	295	30	8	21	39	1.83
80229364--80229632	27	10.0	27	83	0	250	30	8	21	39	1.83
80229502--80229652	81	1.9	81	83	2	196	29	5	24	40	1.77
80229620--80229681	27	2.3	27	94	0	106	35	4	24	35	1.77
80229510--80229679	81	2.1	81	80	2	189	31	5	24	38	1.79
80229686--80229779	27	3.5	26	81	7	116	30	7	20	41	1.80
80233055--80233101	3	15.7	3	100	0	94	65	0	34	0	0.93
80235021--80235119	50	2.0	50	93	0	171	48	7	6	38	1.55
80235102--80235153	27	2.0	26	92	7	88	48	3	3	44	1.39
80253953--80254065	43	2.6	44	80	5	124	25	15	25	32	1.96
80253957--80254066	42	2.6	43	77	11	118	25	16	25	32	1.96
80256532--80256569	20	2.0	20	90	10	62	5	39	0	55	1.23
80258961--80259057	28	3.5	28	95	1	169	32	28	12	25	1.92
80278265--80278437	46	3.7	46	79	9	190	28	20	28	21	1.98
80278272--80278485	46	4.6	46	77	8	139	29	20	27	22	1.98
80278270--80278527	140	1.8	140	80	4	306	31	19	26	22	1.98
80285852--80286074	47	4.8	46	78	8	184	28	20	28	22	1.98
80285852--80286025	94	1.9	94	87	2	260	28	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80285859--80286073	94	2.3	95	81	7	226	28	20	27	22	1.99
80291932--80292043	33	3.4	33	78	7	111	33	21	11	33	1.89
80291979--80292043	32	2.0	33	87	3	96	36	24	10	27	1.89
80299483--80299583	33	3.1	33	82	1	123	38	24	7	28	1.84
80303250--80303278	6	4.8	6	100	0	58	34	17	17	31	1.93
80305956--80305980	13	1.9	13	100	0	50	8	0	20	72	1.10
80308715--80308754	21	1.9	21	84	0	53	20	17	10	52	1.72
80310916--80311020	51	2.1	51	98	0	201	54	7	4	33	1.50
80315545--80315622	39	2.0	39	87	5	113	14	20	23	42	1.88
80318612--80318784	46	3.7	47	77	13	187	23	19	26	30	1.98
80318609--80318779	93	1.8	93	89	2	272	22	19	27	29	1.98
80321182--80321241	30	2.0	30	93	0	102	26	25	25	23	2.00
80325764--80325936	46	3.7	46	74	13	174	20	20	28	29	1.98
80329774--80330003	79	2.9	79	84	1	257	46	9	12	31	1.73
80329807--80330006	79	2.5	79	86	1	258	44	9	13	33	1.75
80332194--80332314	43	2.8	42	85	3	154	27	17	23	31	1.97
80334016--80334276	46	5.6	47	76	14	204	24	29	16	29	1.97
80334104--80334276	94	1.9	92	81	7	215	24	29	16	29	1.96
80336233--80336405	93	1.9	93	96	0	319	34	5	21	38	1.76
80338161--80338192	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
80340370--80340436	34	2.0	34	90	3	100	17	14	19	46	1.83
80344841--80344969	67	1.9	67	98	0	249	42	10	25	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80346419--80346589	49	3.6	48	94	4	301	34	7	27	30	1.83
80348693--80348882	40	4.8	40	95	1	328	28	21	26	22	1.99
80355939--80356323	40	9.6	40	91	1	601	27	20	28	24	1.99
80359745--80359797	21	2.5	22	76	11	56	32	16	9	41	1.81
80363742--80363892	42	3.6	41	81	3	176	31	15	22	30	1.95
80363742--80363898	85	1.9	84	86	4	226	31	15	22	30	1.95
80375018--80375055	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
80375331--80375453	47	2.6	47	90	0	210	28	26	20	25	1.99
80375279--80375495	47	4.7	45	81	10	192	29	26	19	24	1.99
80377444--80377484	19	2.2	19	86	0	55	12	29	31	26	1.92
80393277--80393333	20	2.8	20	91	0	87	22	31	0	45	1.53
80397207--80397319	43	2.7	42	84	5	156	29	17	26	26	1.98
80400639--80400842	46	4.4	45	90	3	300	19	23	14	43	1.87
80403045--80403146	50	2.1	50	87	5	145	31	8	11	48	1.71
80408097--80408136	19	2.1	19	100	0	80	30	35	25	10	1.88
80412092--80412265	50	3.7	47	78	11	151	25	17	31	25	1.97
80412092--80412215	46	2.7	47	78	10	139	25	16	33	25	1.96
80419710--80419864	42	3.7	43	75	12	126	25	21	28	24	1.99
80419757--80419864	43	2.5	42	78	10	121	24	23	27	25	2.00
80429888--80430105	47	4.7	47	82	7	286	33	12	27	26	1.92
80430310--80430422	37	3.1	37	96	0	199	22	19	30	27	1.98
80431696--80432840	40	28.6	40	97	0	2020	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80433016--80433065	25	2.0	25	84	7	66	30	12	32	26	1.92
80437015--80437089	23	3.2	23	66	23	66	29	10	32	28	1.90
80437016--80437093	25	3.2	25	64	29	69	28	10	32	29	1.90
80437041--80437115	22	3.3	22	64	29	57	29	13	32	25	1.93
80436930--80437161	47	4.9	47	91	0	347	32	12	28	26	1.92
80437369--80437441	37	2.0	37	94	0	128	21	17	31	28	1.97
80440535--80440604	35	2.0	35	97	0	131	31	4	25	38	1.75
80459191--80459257	33	2.0	33	88	5	100	25	26	23	23	2.00
80459220--80459286	28	2.4	28	82	7	75	31	23	19	25	1.98
80459435--80459521	27	3.2	26	80	6	93	36	18	21	22	1.95
80459662--80459766	27	3.9	27	75	2	86	24	16	21	37	1.93
80462151--80462320	43	4.0	42	72	9	130	25	15	25	33	1.95
80472416--80472640	40	5.7	40	87	4	269	25	27	22	24	2.00
80472416--80472640	119	1.9	120	82	6	287	25	27	22	24	2.00
80473769--80473888	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
80479603--80479867	40	6.7	40	88	4	349	24	21	27	25	2.00
80479603--80479900	119	2.5	118	82	6	334	25	21	27	25	1.99
80482417--80482464	23	2.1	23	92	7	80	45	2	16	35	1.59
80502343--80502377	15	2.2	16	95	5	63	40	0	0	60	0.97
80502343--80502377	8	4.5	8	92	7	63	40	0	0	60	0.97
80508074--80508116	21	2.0	21	82	8	52	48	2	9	39	1.48
80508497--80508651	38	4.1	38	89	1	222	14	18	30	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80512064--80512326	40	6.6	40	88	3	316	24	20	28	26	1.99
80512103--80512361	80	3.3	80	84	3	247	25	20	28	25	1.99
80520068--80520277	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
80520015--80520277	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
80520068--80520312	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
80521992--80522234	48	5.1	48	84	2	317	35	27	17	19	1.94
80524945--80525210	96	2.8	96	84	5	339	25	27	18	28	1.98
80524893--80525217	48	6.9	47	71	12	193	25	26	18	29	1.98
80534860--80534893	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
80545698--80545814	59	2.0	59	96	0	216	12	36	11	38	1.81
80549351--80549384	17	2.1	17	88	5	52	20	14	5	58	1.57
80550794--80550872	40	2.0	40	85	5	106	34	32	17	15	1.91
80556126--80556302	72	2.5	73	80	3	189	32	25	16	24	1.96
80563021--80563222	72	2.8	72	82	6	225	27	26	19	26	1.99
80565321--80565345	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
80571943--80572261	96	3.3	96	86	1	424	27	27	17	27	1.98
80571935--80572264	144	2.3	145	79	4	362	27	27	18	26	1.98
80571939--80572265	48	6.8	48	75	6	295	26	27	18	27	1.98
80580149--80580246	27	3.6	27	76	0	97	38	21	7	32	1.81
80580239--80580372	27	5.0	27	87	0	187	35	17	22	25	1.95
80580352--80580415	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
80580679--80580896	96	2.2	98	84	1	287	20	16	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80581093--80581186	6	15.3	6	72	16	77	17	19	14	48	1.81
80581093--80581165	31	2.4	31	92	0	119	16	20	15	47	1.82
80583241--80583379	27	5.2	27	83	5	174	36	15	20	27	1.93
80583241--80583377	53	2.6	53	86	4	179	36	15	21	27	1.93
80583747--80583787	20	2.0	20	95	0	73	14	12	29	43	1.82
80584084--80584177	6	15.3	6	68	16	59	18	20	13	47	1.82
80584084--80584156	31	2.4	31	92	0	119	17	21	13	46	1.83
80585150--80585563	96	4.3	96	90	1	591	34	26	17	21	1.95
80585150--80585563	144	2.9	144	87	2	591	34	26	17	21	1.95
80585150--80585563	48	8.6	47	85	5	510	34	26	17	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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