genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  57  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18050882--18050932	20	2.5	20	90	3	84	9	19	33	37	1.85
18050973--18051046	27	2.7	27	85	4	78	20	22	18	37	1.94
18051171--18051262	25	3.7	25	88	5	141	16	19	16	47	1.82
18051218--18051262	6	7.3	6	80	14	56	15	22	15	46	1.83
18055961--18056174	46	4.6	45	76	9	164	23	31	18	26	1.97
18058744--18058785	20	2.0	21	86	4	59	38	7	0	54	1.28
18060331--18060505	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
18067930--18068047	46	2.6	46	91	2	184	31	30	18	19	1.96
18067976--18068122	75	2.0	75	90	2	233	31	31	18	18	1.95
18068051--18068272	46	4.8	46	83	11	267	30	29	19	20	1.97
18068058--18068226	93	1.8	93	92	2	286	29	30	20	20	1.97
18084439--18084619	40	4.5	41	82	8	214	24	22	28	24	1.99
18084488--18084642	79	2.0	79	84	7	208	25	20	28	25	1.99
18089240--18089288	5	10.0	5	75	20	50	63	0	0	36	0.95
18089244--18089292	8	5.9	8	90	9	80	63	0	0	36	0.95
18089240--18089288	13	3.8	13	84	10	73	63	0	0	36	0.95
18092620--18092725	22	5.0	21	66	23	53	35	7	18	37	1.80
18092600--18092726	63	2.0	63	98	0	245	34	7	20	37	1.80
18093298--18093402	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
18094655--18094777	61	2.0	61	98	0	237	37	14	18	29	1.91
18095904--18096027	40	3.2	40	81	2	99	22	27	25	24	2.00
18095940--18096084	40	3.6	40	84	0	182	22	25	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18110909--18111236	50	6.7	49	84	1	367	28	20	25	25	1.99
18117544--18117604	30	2.0	30	84	6	79	27	22	8	40	1.82
18121269--18121319	25	2.0	25	84	0	66	60	1	7	29	1.36
18121351--18121396	24	2.0	23	86	4	65	28	4	6	60	1.40
18122603--18122642	16	2.4	17	87	4	55	35	2	0	62	1.09
18125723--18125769	18	2.6	18	100	0	94	27	27	17	27	1.97
18130274--18130357	32	2.6	32	96	0	150	42	29	2	25	1.67
18136846--18136969	62	2.0	62	98	0	239	27	25	16	30	1.97
18141824--18142176	177	2.0	177	98	0	688	28	23	17	29	1.97
18145670--18145854	40	4.7	40	81	11	184	26	28	21	24	1.99
18145670--18145854	79	2.3	80	79	8	198	26	28	21	24	1.99
18150949--18151050	28	3.5	28	70	19	82	24	27	19	28	1.99
18151079--18151124	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
18151091--18151134	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
18157853--18158168	46	6.7	48	78	12	275	27	19	29	23	1.98
18171219--18171667	47	9.5	47	95	0	781	33	8	28	29	1.86
18171606--18171880	137	2.0	137	97	0	514	29	16	25	28	1.97
18174848--18175742	149	6.0	149	100	0	1790	39	18	10	30	1.85
18176014--18176080	33	2.0	34	94	2	118	50	17	7	23	1.71
18176996--18177090	42	2.3	42	86	0	136	28	21	15	34	1.94
18177200--18177304	49	2.1	49	84	8	133	49	6	20	22	1.72
18179989--18180400	137	3.0	135	86	4	573	47	6	7	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18183195--18183262	28	2.4	28	90	0	100	33	23	7	35	1.83
18183368--18183459	29	3.2	29	89	7	136	21	23	22	31	1.98
18184541--18184574	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
18188154--18188218	32	2.0	32	100	0	130	35	9	33	21	1.85
18191108--18191175	28	2.4	28	95	0	118	33	26	7	32	1.84
18191281--18191343	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
18191291--18191354	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
18202494--18202623	66	1.9	68	84	7	174	31	16	31	20	1.95
18207987--18208020	17	2.0	17	100	0	68	29	11	11	47	1.76
18208231--18208503	48	5.6	48	87	5	384	25	27	21	25	1.99
18208231--18208487	102	2.6	102	89	3	382	25	28	21	25	1.99
18208231--18208503	150	1.8	150	91	0	456	25	27	21	25	1.99
18220239--18220316	37	2.1	37	85	0	102	28	30	16	24	1.97
18220435--18221080	47	13.7	47	98	0	1213	29	29	8	32	1.87
18226014--18226239	40	5.7	40	87	4	280	26	21	26	26	1.99
18230120--18230286	84	2.0	84	96	0	307	25	26	14	32	1.95
18233505--18233545	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
18235855--18235922	3	22.7	3	87	0	100	29	35	0	35	1.58
18238758--18238798	14	3.0	14	83	16	59	70	0	0	29	0.87
18239235--18239268	18	1.9	18	88	5	52	50	14	11	23	1.76
18239602--18239662	17	3.4	17	76	15	61	22	29	0	47	1.52
18239844--18239890	18	2.5	19	75	3	51	40	12	0	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18250813--18250872	27	2.2	27	88	5	86	25	15	25	35	1.94
18252763--18252914	40	3.8	40	87	2	198	26	28	21	24	1.99
18252734--18252914	80	2.3	80	81	2	204	27	27	20	24	1.99
18259319--18259378	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
18259325--18259372	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
18259662--18259688	7	3.9	7	100	0	54	44	0	55	0	0.99
18263464--18263651	40	4.7	40	91	0	315	25	28	21	24	1.99
18265359--18265444	29	3.0	29	86	6	106	24	15	33	26	1.95
18269207--18269292	43	2.0	43	86	0	118	23	24	23	29	1.99
18269299--18269343	20	2.2	20	100	0	90	28	28	4	37	1.77
18290217--18290302	44	1.9	45	86	6	122	31	27	17	23	1.97
18290217--18290397	45	4.0	45	79	6	127	33	28	15	23	1.95
18290286--18290401	45	2.6	45	83	2	153	32	29	14	23	1.94
18294756--18294867	37	2.9	37	85	5	125	23	24	25	26	2.00
18294784--18294878	37	2.5	37	87	1	127	23	21	26	29	1.99
18294859--18295079	43	4.9	43	69	18	146	10	23	33	32	1.89
18294896--18294958	27	2.3	27	94	0	108	6	25	34	33	1.81
18294872--18295071	70	2.9	70	93	0	346	9	24	34	32	1.87
18294966--18295028	27	2.3	27	94	0	108	9	25	31	33	1.88
18294998--18295092	43	2.2	43	88	0	136	12	22	34	30	1.91
18301913--18301985	15	4.8	15	77	8	58	12	15	17	54	1.70
18304360--18304526	39	4.3	39	90	0	244	23	19	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18304362--18304564	78	2.6	78	82	5	207	23	20	28	27	1.99
18306712--18306888	31	5.7	31	89	0	266	29	24	15	29	1.95
18307094--18307200	25	4.4	24	92	3	144	24	23	24	28	2.00
18307107--18307200	25	3.8	25	95	1	163	24	23	26	25	2.00
18307993--18308064	27	2.7	27	79	12	71	20	23	22	33	1.97
18308008--18308072	27	2.4	27	86	0	94	18	24	20	36	1.94
18308126--18308223	27	3.6	27	81	13	110	33	9	17	39	1.81
18308200--18308339	27	5.2	27	80	6	142	30	8	20	40	1.82
18308123--18308292	54	3.1	54	81	5	175	33	10	17	39	1.83
18308188--18308339	54	2.8	53	84	2	178	30	8	20	40	1.82
18308370--18308486	27	4.3	27	88	0	144	38	7	24	29	1.83
18308370--18308486	54	2.2	54	85	0	162	38	7	24	29	1.83
18313825--18313874	21	2.5	20	78	12	57	36	24	12	28	1.91
18315011--18315063	22	2.4	22	96	0	97	37	26	5	30	1.79
18318942--18319144	53	3.8	53	76	7	194	37	18	22	20	1.94
18326341--18326547	53	3.8	53	77	5	209	37	17	24	21	1.94
18328095--18328194	39	2.6	38	82	4	112	48	9	6	37	1.60
18329274--18329331	31	1.9	30	86	10	82	20	3	8	67	1.33
18341573--18341598	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
18347897--18347933	16	2.3	16	95	0	65	59	18	13	8	1.58
18348163--18348240	28	2.8	27	80	3	84	26	16	26	29	1.97
18349079--18349103	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18350300--18350447	40	3.7	40	89	0	242	24	23	27	24	2.00
18351996--18352180	63	2.9	63	100	0	370	19	15	34	30	1.93
18355215--18355257	16	2.7	16	89	7	61	58	18	16	6	1.60
18355469--18355558	29	3.1	28	81	7	110	28	13	27	30	1.94
18360244--18360290	23	2.0	23	100	0	94	23	8	25	42	1.82
18361142--18361167	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
18362634--18362682	15	3.2	15	77	5	53	40	8	16	34	1.78
18363659--18363703	22	2.0	22	100	0	90	33	17	17	31	1.94
18369905--18369952	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
18369989--18370075	20	4.3	20	95	0	156	34	11	20	33	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322