genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27605042--27605281	48	5.0	48	86	2	293	26	15	28	29	1.96
27605050--27605313	48	5.5	46	77	12	192	28	14	28	28	1.95
27605042--27605313	96	2.8	95	84	3	269	27	15	28	29	1.96
27605042--27605317	144	1.9	143	82	4	340	27	15	28	28	1.96
27607015--27607048	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
27609326--27609366	19	2.2	19	100	0	82	34	9	24	31	1.88
27610386--27610505	53	2.3	53	79	5	127	40	17	22	19	1.91
27620381--27620583	40	5.1	40	80	9	191	26	28	21	24	1.99
27620428--27620584	79	2.0	80	82	6	194	27	28	20	23	1.99
27627804--27627940	55	2.6	53	82	3	159	39	20	20	19	1.93
27627804--27627947	52	2.7	54	82	3	166	38	19	20	21	1.94
27632108--27632228	43	2.8	43	82	9	149	31	28	18	22	1.97
27640002--27640074	29	2.6	29	82	6	87	26	16	31	26	1.96
27647699--27647773	29	2.6	29	89	2	98	25	14	33	26	1.94
27648878--27648926	19	2.6	19	90	0	71	24	8	26	40	1.83
27651801--27652073	46	6.0	46	90	3	372	40	14	23	21	1.90
27651816--27652096	137	2.1	137	86	4	388	41	15	22	20	1.89
27652359--27652391	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
27654170--27654297	43	3.0	42	82	8	125	32	28	17	22	1.96
27657155--27657277	48	2.5	50	85	5	153	34	28	18	18	1.95
27663043--27663132	46	2.0	46	97	0	171	23	20	27	28	1.99
27663024--27663215	46	4.1	46	67	18	153	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27666759--27666863	42	2.5	41	80	7	111	26	22	16	34	1.95
27678240--27678264	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
27679161--27679280	56	2.2	55	89	1	177	26	12	23	37	1.90
27686251--27686501	27	9.3	26	80	7	109	30	11	19	39	1.86
27686291--27686631	27	12.7	27	84	4	370	32	9	19	38	1.85
27686947--27687002	28	2.0	28	86	3	78	25	37	16	21	1.93
27687060--27687093	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
27688166--27688282	29	4.0	29	87	0	144	27	28	15	29	1.96
27692582--27692849	27	10.0	28	77	7	227	31	10	20	37	1.86
27692627--27692869	54	4.5	54	83	5	251	32	12	18	37	1.88
27692595--27692849	81	3.2	81	82	2	291	31	10	19	37	1.87
27695100--27695174	20	3.8	20	89	6	102	38	8	18	34	1.80
27695101--27695157	9	5.8	10	76	15	57	38	7	19	35	1.79
27695224--27695334	26	4.4	26	89	3	165	28	19	22	28	1.98
27703125--27703199	20	3.8	20	87	6	102	38	9	17	34	1.82
27703249--27703358	26	4.4	26	92	4	174	29	19	22	29	1.98
27703248--27703358	51	2.2	50	88	6	172	28	19	22	28	1.98
27703933--27703968	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
27705196--27705226	14	2.2	14	94	0	53	54	0	19	25	1.44
27705722--27705746	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
27707514--27707591	27	2.8	27	86	3	102	34	19	25	20	1.96
27707707--27707939	28	8.3	28	98	0	441	31	7	26	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27715525--27715639	55	2.1	56	80	11	130	34	21	24	19	1.96
27715550--27715639	28	3.2	27	86	10	112	32	23	24	20	1.98
27715550--27715639	27	3.2	28	81	13	114	32	23	24	20	1.98
27715745--27716593	28	30.3	28	99	0	1673	31	7	25	35	1.83
27716840--27717329	266	1.8	266	96	0	908	29	24	15	30	1.95
27718655--27718775	56	2.2	56	95	0	215	28	14	23	33	1.94
27721510--27721629	62	1.9	62	96	0	222	31	17	26	24	1.97
27726412--27726632	40	5.6	40	86	5	288	24	21	28	25	1.99
27732581--27732685	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
27733748--27733853	53	2.0	53	96	0	194	21	25	11	41	1.86
27742048--27742170	23	5.4	24	74	16	102	35	17	21	25	1.95
27742037--27742160	45	2.7	44	79	12	135	35	16	23	24	1.95
27742044--27742147	22	4.6	22	79	12	106	34	17	22	25	1.95
27747443--27747587	43	3.4	43	74	10	136	24	19	23	32	1.97
27758630--27758771	50	2.9	50	83	5	180	29	28	16	25	1.96
27765227--27765399	40	4.3	39	86	5	222	28	25	20	25	1.99
27765242--27765404	80	2.0	80	89	4	249	28	25	20	25	1.99
27772688--27772773	43	2.0	43	93	0	145	33	23	13	29	1.93
27779005--27779152	43	3.4	43	84	3	156	30	25	15	29	1.96
27779046--27779162	43	2.7	43	87	0	162	33	25	15	25	1.95
27780718--27780775	29	2.0	29	96	0	107	60	0	6	32	1.23
27794450--27794527	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27799308--27799343	18	2.0	18	100	0	72	33	22	0	44	1.53
27812631--27812785	43	3.6	41	77	9	132	25	20	23	30	1.98
27812628--27812764	42	3.2	41	77	11	116	24	18	24	31	1.98
27818019--27818184	43	3.9	43	74	7	133	30	16	22	30	1.96
27822724--27822889	40	4.2	40	91	2	246	27	27	22	22	1.99
27824600--27824653	28	1.9	28	88	7	83	24	25	22	27	2.00
27840660--27840718	30	2.0	29	83	12	75	52	16	13	16	1.75
27853188--27853372	79	2.3	81	81	8	218	25	27	22	23	2.00
27853169--27853372	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	2.00
27858411--27858566	56	2.8	54	84	3	177	30	32	19	18	1.96
27874427--27874477	24	2.2	24	83	13	63	33	1	23	41	1.66
27881238--27881269	11	2.9	11	90	0	55	34	34	9	21	1.86
27881332--27881420	30	3.0	31	78	4	94	29	24	16	29	1.97
27883988--27884026	15	2.6	14	84	15	51	79	2	17	0	0.84
27884160--27884198	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
27891059--27891469	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
27893082--27893106	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27894364--27894423	23	2.6	23	86	5	86	28	31	30	10	1.89
27903516--27903550	7	5.0	7	100	0	70	28	0	0	71	0.86
27903516--27903557	21	2.0	21	85	0	57	33	0	2	64	1.07
27909870--27910092	69	3.2	69	78	1	189	19	21	22	36	1.95
27915989--27916030	15	2.8	15	85	10	59	21	9	0	69	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27919580--27919621	21	2.0	21	90	0	66	40	4	9	45	1.58
27919829--27919871	20	2.2	20	91	0	68	39	4	11	44	1.62
27920136--27920205	27	2.6	27	86	4	97	40	8	12	38	1.74
27925117--27925198	43	1.9	43	92	0	137	31	30	17	20	1.95
27927637--27927686	23	2.2	23	100	0	100	8	30	0	62	1.24
27929902--27930079	43	4.2	43	75	6	157	28	13	25	32	1.94
27930496--27930587	33	2.8	33	83	0	112	43	18	18	19	1.88
27932164--27932210	20	2.3	20	85	0	58	29	25	4	40	1.75
27932177--27932236	20	3.0	20	82	0	75	28	23	5	43	1.74
27938807--27938860	20	2.6	22	77	19	62	31	20	0	48	1.50
27944777--27944824	23	2.1	23	100	0	96	58	4	12	25	1.52
27951365--27951444	27	2.9	27	84	1	106	45	13	21	20	1.85
27955091--27955123	16	2.1	16	88	11	50	36	6	18	39	1.75
27970946--27970993	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
27971653--27971681	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
27972597--27972648	15	3.3	15	76	21	52	76	0	1	21	0.87
27972605--27972648	22	2.2	19	88	12	61	77	0	2	20	0.88
27972609--27972647	15	2.8	14	84	7	53	76	0	2	20	0.90
27980898--27980950	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
27982432--27982591	26	6.2	26	93	0	275	35	23	7	33	1.83
27983701--27983749	24	2.0	24	96	0	89	28	22	14	34	1.93
27984820--27985489	335	2.0	332	94	1	1180	27	11	17	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27989134--27989253	43	2.8	42	84	5	143	27	15	25	31	1.95
27998660--27998708	19	2.6	19	96	0	89	6	34	30	28	1.82
28000751--28000962	46	4.6	46	78	8	200	23	30	18	27	1.98
28003071--28003109	20	2.0	20	100	0	78	41	0	2	56	1.13
28003713--28003819	54	2.0	53	98	0	196	39	7	27	25	1.82
28005528--28005556	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
28006849--28007278	86	5.0	87	81	3	450	27	17	26	28	1.98
28006846--28007278	129	3.4	129	81	4	459	27	17	27	28	1.98
28006849--28007167	43	7.4	43	89	1	442	26	17	28	28	1.98
28015188--28015368	94	1.9	95	95	1	328	27	8	21	43	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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