genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19744162--19744484	54	6.0	56	84	3	267	25	17	20	35	1.95
19744411--19744815	27	15.1	27	79	7	197	32	7	24	35	1.84
19744623--19744791	81	2.1	81	91	2	268	37	6	26	29	1.82
19744623--19744791	54	3.1	54	88	1	259	37	6	26	29	1.82
19746429--19746480	26	2.0	26	85	7	70	38	3	25	32	1.74
19750355--19750464	42	2.6	42	75	5	107	28	16	25	30	1.97
19760809--19760995	55	3.5	54	79	7	193	21	24	18	35	1.95
19760984--19761120	47	2.9	47	87	2	184	29	23	13	33	1.93
19775691--19775823	45	3.0	45	92	0	212	21	13	28	36	1.91
19785344--19785495	37	4.1	37	93	0	250	25	32	20	21	1.97
19785658--19785868	47	4.5	48	85	3	252	26	27	13	33	1.93
19785839--19786310	48	9.5	48	84	9	610	32	28	6	33	1.82
19786004--19786032	14	2.1	14	100	0	58	41	31	0	27	1.56
19785956--19786089	62	2.1	62	91	1	214	35	29	4	31	1.77
19790887--19791035	43	3.5	44	74	11	139	26	16	25	30	1.97
19795318--19795372	26	2.1	26	100	0	110	41	14	7	36	1.74
19810742--19810783	18	2.3	18	84	8	59	16	40	26	16	1.90
19817699--19817785	45	1.9	45	95	0	156	35	25	13	25	1.93
19825386--19825493	37	2.9	37	94	1	182	26	31	18	23	1.97
19825712--19825944	47	5.0	47	88	2	317	26	28	11	33	1.91
19829240--19829292	21	2.6	20	79	8	54	35	3	18	41	1.69
19832086--19832149	31	2.1	31	100	0	128	35	23	9	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19841143--19841182	15	2.4	17	88	12	57	47	12	0	40	1.41
19842269--19842308	20	2.0	21	85	5	55	15	10	0	75	1.05
19851720--19852700	40	24.6	40	97	0	1808	24	25	22	27	2.00
19855584--19855693	46	2.4	46	92	0	175	29	28	20	21	1.98
19864674--19864723	24	2.1	24	96	0	91	50	18	4	28	1.65
19868030--19868118	24	3.7	24	77	7	92	26	30	14	28	1.95
19870329--19870353	8	3.1	8	100	0	50	48	28	0	24	1.52
19875636--19875747	24	4.6	24	76	2	89	27	28	15	28	1.96
19876799--19876837	20	1.9	21	85	15	55	20	5	0	74	1.01
19881563--19881599	19	2.0	18	89	5	56	35	2	18	43	1.65
19881563--19881610	19	2.6	19	80	9	55	35	2	16	45	1.59
19881624--19881716	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
19884853--19884932	40	2.0	40	97	0	151	31	20	20	28	1.97
19886320--19886367	19	2.6	19	83	3	62	37	2	12	47	1.53
19886381--19886473	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
19888529--19888614	3	28.7	3	81	9	104	30	0	37	32	1.58
19898807--19898991	40	4.6	40	98	0	352	22	23	28	25	1.99
19900531--19900569	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
19904324--19904357	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
19905420--19905623	40	5.1	40	89	2	286	21	23	28	26	1.99
19908561--19908631	37	1.9	37	88	0	106	40	18	26	14	1.88
19909778--19909962	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19909779--19909962	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
19909779--19909995	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
19913075--19913203	65	2.0	65	92	3	215	33	23	21	21	1.97
19917242--19917464	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
19917242--19917464	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
19917242--19917497	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
19922475--19922515	19	2.2	19	100	0	82	36	19	9	34	1.85
19926996--19927065	27	2.6	27	100	0	140	35	35	15	12	1.86
19929716--19930907	49	24.6	49	97	1	2210	30	29	8	32	1.86
19934258--19934390	64	2.1	64	95	2	241	22	21	10	45	1.82
19936915--19936953	19	2.1	19	95	0	69	48	5	12	33	1.63
19940822--19941050	40	5.7	40	89	2	343	27	20	28	23	1.99
19946291--19946461	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
19946288--19946458	46	3.7	46	79	14	192	29	28	21	21	1.98
19946885--19946944	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
19950050--19950157	48	2.2	48	91	4	182	30	31	16	21	1.95
19950137--19950172	18	2.0	18	94	0	63	27	30	11	30	1.91
19950089--19950220	66	2.0	66	90	0	210	30	31	15	22	1.95
19950155--19950262	48	2.2	48	86	0	153	31	28	15	24	1.96
19953890--19953941	19	2.7	19	90	0	86	26	9	11	51	1.68
19953928--19953961	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
19958520--19958571	19	2.7	19	88	11	88	28	9	13	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19958558--19958591	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
19958817--19958854	10	3.7	10	96	3	67	23	0	18	57	1.40
19962252--19962563	152	2.1	152	98	0	597	20	22	33	22	1.97
19974123--19974390	48	5.6	48	74	11	237	28	25	19	26	1.99
19978351--19978448	27	3.6	27	80	5	101	43	18	8	29	1.79
19978403--19978455	27	2.0	27	96	0	97	41	16	9	32	1.81
19978835--19978899	28	2.3	27	84	2	76	23	21	26	29	1.99
19978863--19978927	32	2.0	33	87	3	96	29	21	23	26	1.99
19980629--19980815	6	30.3	6	72	17	143	49	13	17	19	1.80
19980650--19980815	31	5.5	31	77	13	170	48	13	18	19	1.81
19980693--19980815	25	4.7	25	80	11	147	47	13	18	20	1.81
19980629--19980709	43	1.9	42	85	7	110	53	13	14	18	1.73
19981231--19981445	27	8.0	27	83	5	222	24	20	19	36	1.95
19981232--19981445	54	4.0	53	83	4	268	24	20	18	36	1.94
19981235--19981446	81	2.6	81	87	2	302	24	20	18	37	1.94
19981235--19981473	27	8.9	27	80	6	209	24	20	18	37	1.94
19981235--19981474	81	3.0	81	84	6	292	24	20	18	37	1.94
19981519--19981695	27	6.5	26	80	8	131	29	10	21	38	1.86
19981464--19981648	81	2.3	80	81	5	203	32	9	20	37	1.85
19981570--19981677	54	2.0	54	85	5	148	32	12	19	36	1.88
19981512--19981695	81	2.3	81	82	6	203	30	10	21	37	1.87
19981584--19981689	54	2.0	54	94	0	185	32	9	18	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19985746--19985843	27	3.6	27	80	5	101	43	18	8	29	1.79
19985798--19985850	27	2.0	27	96	0	97	41	16	9	32	1.81
19986230--19986294	28	2.3	27	84	2	76	23	21	26	29	1.99
19986258--19986322	32	2.0	33	87	3	96	29	21	23	26	1.99
19988024--19988938	12	73.7	12	68	19	222	46	12	19	21	1.82
19988088--19988938	56	15.2	56	99	0	1684	46	12	19	21	1.82
19989354--19990432	27	40.0	27	86	3	1206	23	20	19	36	1.95
19989354--19990432	108	10.0	108	98	0	2052	23	20	19	36	1.95
19990451--19990716	81	3.3	80	81	6	207	32	9	19	38	1.84
19990587--19991710	54	20.8	54	90	0	1699	31	7	19	41	1.79
19990587--19991717	216	5.2	217	94	0	1905	31	7	19	41	1.79
20000551--20000662	27	4.2	26	84	7	134	35	22	25	16	1.95
20000554--20000660	54	2.0	54	87	3	153	35	21	25	17	1.95
20000768--20000830	26	2.3	26	84	10	74	28	11	25	34	1.90
20004575--20004690	56	2.1	57	86	1	162	25	16	21	37	1.94
20007834--20007899	31	2.1	31	88	5	98	54	21	9	15	1.68
20008155--20008230	21	3.6	21	77	13	84	3	46	17	32	1.66
20008636--20008664	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
20013772--20013938	9	19.0	9	68	14	55	35	1	17	46	1.56
20013796--20013864	36	1.9	36	93	0	120	39	1	13	46	1.52
20013795--20013875	36	2.3	35	87	4	119	37	1	13	48	1.51
20013822--20013930	43	2.5	43	86	0	155	35	0	16	47	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20013831--20013953	43	2.8	43	82	3	140	34	0	16	48	1.46
20013999--20014030	11	2.9	11	95	0	55	59	0	0	40	0.97
20016599--20016635	19	1.9	19	100	0	74	21	27	24	27	1.99
20016666--20016709	19	2.2	20	84	8	63	36	0	36	27	1.57
20017788--20017825	15	2.6	15	91	4	60	23	2	23	50	1.62
20017887--20018300	108	3.8	108	99	0	801	23	3	29	42	1.72
20018872--20019029	80	2.0	82	83	9	209	22	17	18	41	1.90
20018790--20019029	41	5.9	40	75	8	184	24	18	18	37	1.93
20019444--20019768	27	12.0	26	85	3	328	42	20	12	24	1.86
20019446--20019771	81	4.0	81	83	2	361	42	20	12	24	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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