Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  176  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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1.73
Indices
Period
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Copy
Number
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Size
Percent
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Indels
Score
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22
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1.68
57731031--57731098
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0
100
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8
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26
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1956
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7
57
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Matches
Percent
Indels
Score
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1.54
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2.8
13
86
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54
22
0
2
74
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1
439
23
23
28
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57792948--57793028
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2.0
40
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0
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18.5
10
65
26
56
35
2
1
60
1.19
57798520--57798634
42
2.8
42
78
10
112
33
1
1
63
1.15
57798588--57798635
25
2.0
25
87
4
71
29
2
2
66
1.14
57798659--57798704
22
2.1
22
88
8
67
23
2
0
73
0.94
57798650--57798711
31
2.0
32
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15
85
25
4
0
69
1.08
57798502--57798711
9
23.3
9
68
20
86
31
3
1
63
1.19
57799341--57799401
32
1.9
32
96
0
113
31
21
21
26
1.98
57799646--57799686
20
2.0
20
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4
55
41
0
0
58
0.98
57806342--57806366
12
2.1
12
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0
50
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24
1.80
57809971--57810040
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24
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37
15
27
20
1.93
57810943--57810972
14
2.2
14
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5
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20
13
0
66
1.24
57814237--57814278
20
2.0
22
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9
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52
19
4
23
1.65
57815709--57815870
43
3.8
42
79
8
148
32
26
16
25
1.96
57815747--57815874
44
2.9
44
78
8
120
35
27
14
21
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57830443--57830478
17
2.1
17
94
0
63
11
8
22
58
1.59
57833571--57833636
25
3.0
21
75
16
78
28
1
15
54
1.50
57834874--57834932
28
2.1
28
90
0
91
57
1
1
38
1.19
57835858--57836463
43
14.1
43
71
2
374
21
17
21
39
1.92
57835866--57836482
86
7.2
86
80
2
637
22
17
21
39
1.92
57839921--57839958
18
2.1
18
90
0
58
7
39
5
47
1.55
57841067--57841189
60
2.1
60
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7
144
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4
15
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1.68
57845611--57845646
15
2.3
16
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4
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2
0
38
1.13
57846159--57846216
30
2.0
29
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10
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1
44
1.40
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21
2.8
21
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57
22
1
6
68
1.22
57849436--57849562
38
3.4
38
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1
157
36
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15
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1.90
57851282--57851592
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46
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18
164
27
18
28
25
1.98
57851282--57851456
92
1.9
93
83
7
221
29
18
28
24
1.98
57854443--57854480
12
3.2
12
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3
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0
18
0
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2.0
51
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0
204
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7
1.70
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2
25.0
2
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0
100
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0
50
0
1.00
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2.3
27
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63
3
1
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1.20
57873611--57873679
31
2.2
31
82
7
86
30
7
11
50
1.65
57874097--57874156
30
2.2
28
83
16
81
55
10
10
25
1.64
57875127--57875167
22
1.9
21
85
5
55
53
2
2
41
1.27
57879818--57879910
39
2.4
39
92
1
150
36
25
4
33
1.76
57890284--57890468
79
2.3
81
84
7
236
24
22
27
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57890285--57890468
40
4.6
40
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9
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24
22
27
25
2.00
57890337--57890501
79
2.1
79
84
6
210
26
21
27
25
1.99
57898250--57898434
79
2.3
81
84
7
236
24
22
27
25
2.00
57898251--57898434
40
4.6
40
83
9
216
24
22
27
25
2.00
57898303--57898467
79
2.1
79
84
6
210
26
21
27
25
1.99
57901444--57901539
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2.4
39
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1
147
34
26
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33
1.81
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2.0
24
84
0
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32
22
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1.79
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2
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1.71
57902831--57902995
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8
190
26
16
13
43
1.85
57903084--57903227
59
2.4
59
80
13
163
27
17
13
42
1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322