genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90260298--90260459	47	3.4	47	91	1	252	29	30	8	32	1.87
90263241--90263470	91	2.5	92	82	5	266	22	21	13	41	1.89
90263241--90263470	46	4.9	46	85	4	266	22	21	13	41	1.89
90263505--90263749	54	4.5	54	100	0	490	30	23	19	26	1.98
90266547--90266709	82	2.0	82	93	0	281	31	21	12	34	1.90
90267216--90267254	16	2.5	15	84	12	51	0	30	2	66	1.05
90267821--90268052	56	4.1	56	98	0	446	45	9	21	22	1.81
90269821--90269856	17	2.1	18	90	10	58	5	16	0	77	0.94
90277340--90277631	98	3.0	98	96	0	530	33	28	19	18	1.95
90277642--90277724	27	3.1	26	84	5	94	38	20	20	20	1.94
90277859--90277924	27	2.4	28	77	7	73	37	22	18	21	1.94
90277902--90278289	27	14.4	27	84	1	438	26	18	17	37	1.93
90277903--90278289	81	4.8	81	83	4	494	26	18	17	37	1.93
90278269--90278447	27	6.7	27	81	7	177	30	9	19	40	1.83
90278267--90278447	54	3.4	53	79	6	195	30	9	19	39	1.84
90278375--90278457	27	3.1	27	85	0	112	32	8	20	38	1.83
90278267--90278463	107	1.8	107	82	2	252	31	10	19	38	1.85
90279473--90279569	40	2.4	40	81	8	117	30	25	13	29	1.94
90282505--90282619	43	2.7	42	81	2	140	33	26	13	27	1.93
90287060--90287361	48	6.3	46	80	9	295	27	17	29	26	1.97
90287063--90287328	96	2.8	96	84	1	327	27	17	29	25	1.97
90287061--90287328	144	1.9	144	85	4	380	26	17	29	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90287062--90287361	144	2.1	144	81	6	358	27	17	29	26	1.97
90289625--90289692	34	2.0	34	94	0	118	33	16	22	27	1.95
90294896--90295205	48	6.5	46	81	6	302	26	17	28	28	1.98
90296766--90296924	48	3.3	48	78	3	194	22	25	18	32	1.97
90296763--90296936	96	1.8	96	88	0	267	24	26	18	31	1.98
90298787--90298837	8	6.4	8	82	14	61	52	21	19	5	1.66
90298787--90298837	24	2.1	24	88	0	75	52	21	19	5	1.66
90299047--90299132	28	3.0	28	86	3	118	27	15	29	27	1.96
90307546--90307704	39	4.1	39	91	0	255	27	20	23	28	1.99
90309354--90309483	42	3.1	42	79	6	127	31	23	13	32	1.92
90309366--90309483	43	2.8	42	82	6	130	31	22	13	33	1.92
90314315--90314362	15	2.9	15	75	21	51	20	2	4	72	1.11
90316106--90316139	13	2.6	13	100	0	68	29	26	38	5	1.80
90320143--90320195	24	2.2	25	86	3	72	35	15	20	28	1.93
90320191--90320241	23	2.3	22	89	3	75	33	19	23	23	1.97
90331025--90331135	39	2.8	40	87	5	145	27	27	21	23	1.99
90331025--90331188	40	4.1	40	82	6	190	26	27	22	23	2.00
90337242--90337315	21	3.3	22	76	16	64	44	25	14	14	1.84
90337277--90337336	23	2.6	23	86	0	75	45	28	10	16	1.80
90340643--90340820	27	6.6	27	83	3	205	27	15	28	29	1.96
90340644--90340799	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
90340640--90340820	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90342170--90342213	20	2.2	20	91	0	70	43	15	15	25	1.87
90342267--90342492	26	8.8	26	85	1	305	26	22	22	28	1.99
90342280--90342492	77	2.8	78	86	2	297	25	23	22	29	1.99
90342267--90342492	103	2.2	103	90	0	355	26	22	22	28	1.99
90342710--90342784	31	2.4	31	93	0	132	29	17	26	26	1.97
90342789--90342996	104	2.0	104	98	0	398	25	17	24	32	1.96
90345139--90345282	27	5.3	27	87	0	189	27	23	9	39	1.86
90345272--90345515	27	9.0	27	71	9	147	40	19	9	30	1.84
90345541--90345614	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
90345554--90345618	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
90346241--90346288	25	1.9	25	82	0	60	33	22	18	25	1.97
90346324--90346430	20	5.3	20	86	2	144	41	11	18	28	1.85
90346480--90346705	26	8.8	26	83	1	278	26	22	22	28	1.99
90346480--90346705	52	4.4	51	89	2	337	26	22	22	28	1.99
90346480--90346705	103	2.2	103	90	0	355	26	22	22	28	1.99
90346923--90347090	31	5.4	31	94	0	291	29	16	25	28	1.96
90346923--90347128	93	2.2	93	89	4	294	30	16	25	27	1.97
90368609--90368786	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
90368630--90368785	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90376799--90376976	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
90376820--90376975	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90377460--90377486	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90382837--90382915	22	3.6	22	75	0	86	39	25	18	16	1.91
90382837--90382941	44	2.4	44	93	0	174	38	22	20	18	1.94
90382859--90382937	22	3.6	22	72	6	79	34	21	25	18	1.96
90383292--90383376	27	3.2	26	88	5	116	28	10	17	43	1.82
90383310--90383462	80	1.9	81	86	4	220	32	11	17	38	1.85
90383305--90383482	54	3.3	53	81	8	173	30	11	20	37	1.87
90383302--90383508	27	7.7	27	77	11	147	32	12	19	35	1.89
90383330--90383502	81	2.2	80	84	3	222	31	13	19	35	1.90
90392887--90392969	43	1.9	43	83	9	107	26	27	20	25	1.99
90396629--90396740	41	2.7	41	87	0	143	18	19	24	37	1.94
90396627--90396760	41	3.3	41	82	7	121	20	20	23	36	1.95
90399183--90399366	39	4.6	41	86	9	224	24	23	27	24	2.00
90408922--90409026	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
90424683--90424737	25	2.2	26	83	9	69	34	7	10	47	1.66
90427286--90427460	46	3.8	46	76	7	158	30	23	15	30	1.95
90429474--90429634	46	3.5	46	73	14	141	32	31	18	18	1.95
90429483--90429653	93	1.8	93	84	0	234	31	29	18	20	1.96
90430986--90431063	22	3.6	22	89	1	113	28	23	16	32	1.96
90431456--90431509	19	2.9	19	86	8	67	70	0	7	22	1.12
90432366--90432397	13	2.5	13	100	0	64	50	12	0	37	1.41
90432966--90432999	15	2.3	15	89	0	50	17	0	0	82	0.67
90443498--90443553	13	4.5	13	75	20	57	46	17	0	35	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90443775--90443807	5	6.6	5	86	13	50	18	0	0	81	0.68
90449954--90450218	47	5.7	46	80	10	256	28	19	30	21	1.98
90449951--90450215	93	2.8	94	80	14	266	28	19	29	22	1.98
90451233--90451269	13	2.8	13	100	0	74	16	16	51	16	1.77
90458796--90458968	46	3.7	46	74	17	169	21	19	27	31	1.97
90471023--90471127	44	2.5	42	82	6	113	32	27	17	22	1.96
90472937--90472962	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
90473592--90473914	127	2.5	127	89	2	479	26	16	20	37	1.93
90498181--90498275	25	3.8	25	90	0	145	26	22	25	26	2.00
90498525--90498737	27	7.9	26	76	7	149	32	8	20	38	1.84
90498579--90498754	27	6.5	27	85	2	210	31	10	21	36	1.87
90512681--90512926	123	2.0	123	97	0	465	21	15	25	37	1.93
90517468--90517547	6	13.7	6	74	8	67	3	20	1	75	1.03
90517457--90517531	24	3.1	24	76	0	78	8	24	1	66	1.26
90517499--90517541	16	2.6	16	85	14	52	2	20	2	74	1.04
90519966--90520141	46	3.8	46	74	12	164	21	19	28	30	1.97
90519963--90520134	93	1.8	93	87	4	258	22	19	28	29	1.98
90522446--90522504	29	2.0	30	86	3	84	28	28	8	33	1.87
90523339--90523438	50	2.0	50	86	3	139	35	9	20	36	1.84
90529161--90529218	30	1.9	30	85	0	80	27	31	20	20	1.98
90532514--90532596	29	2.9	29	88	0	121	26	28	15	28	1.96
90533932--90533963	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90534191--90534983	48	17.1	48	65	15	281	29	7	22	41	1.81
90534191--90535025	139	6.0	139	87	0	1114	29	7	21	41	1.80
90535896--90536108	101	2.1	101	91	0	345	28	15	26	29	1.96
90535928--90536106	33	5.4	33	75	7	137	29	15	25	29	1.96
90536024--90536197	86	2.0	88	88	4	262	29	14	26	29	1.95
90544441--90544554	57	2.0	57	98	0	219	21	31	21	25	1.98
90561712--90561979	46	5.8	46	87	7	391	29	28	20	21	1.98
90574619--90574876	40	6.5	40	95	2	432	23	23	27	25	2.00
90579111--90579251	66	2.1	66	83	7	171	27	7	31	34	1.84
90581452--90581797	69	5.0	69	79	3	347	32	22	23	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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