genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14212756--14212826	32	2.2	32	85	7	92	22	19	2	54	1.57
14212889--14212913	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
14217609--14217732	44	2.7	45	83	5	151	33	23	15	27	1.95
14225107--14225188	41	2.0	41	92	0	137	47	15	6	30	1.70
14230354--14230378	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14233595--14233663	29	2.3	30	85	5	86	53	14	13	18	1.72
14234408--14234443	18	1.9	19	88	5	56	75	5	2	16	1.12
14234428--14234477	24	2.1	23	85	3	64	56	8	14	22	1.64
14235807--14235854	18	2.7	18	75	15	55	2	18	4	75	1.07
14236848--14236896	23	2.0	24	88	7	73	16	12	20	51	1.76
14240819--14240865	24	2.0	24	95	0	85	12	25	12	48	1.77
14241116--14241162	20	2.3	20	88	0	67	2	14	6	76	1.08
14243710--14243771	28	2.1	28	85	5	79	43	1	3	51	1.27
14243731--14243787	21	2.7	20	71	10	51	45	0	1	52	1.11
14245921--14246008	28	3.2	28	93	1	142	27	26	23	22	2.00
14246332--14246410	27	2.9	27	82	0	86	24	13	21	40	1.90
14246346--14246430	27	3.1	27	86	3	100	21	14	20	44	1.86
14247558--14247622	28	2.3	28	94	0	112	26	21	29	23	1.99
14247948--14248100	27	5.8	26	78	3	144	13	13	22	49	1.77
14247948--14248072	26	4.7	26	82	5	135	14	15	21	48	1.80
14247948--14248098	53	2.8	53	79	8	155	13	13	23	49	1.77
14254201--14254235	11	3.1	11	88	8	52	20	2	8	68	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14259046--14259130	43	2.0	43	83	4	109	51	4	20	23	1.65
14263152--14263245	30	3.1	30	84	1	89	29	19	6	44	1.75
14263169--14263246	30	2.6	30	87	0	102	29	16	6	47	1.71
14264744--14264782	21	1.9	19	85	10	51	30	23	10	35	1.88
14268854--14268915	31	2.0	31	93	3	108	14	6	20	58	1.59
14272412--14272458	21	2.2	22	85	11	62	23	6	0	70	1.10
14275756--14275854	52	1.9	52	85	4	137	20	17	15	47	1.83
14275760--14275875	52	2.2	52	83	4	135	20	14	15	49	1.80
14277322--14277475	28	5.5	28	89	1	220	32	25	12	29	1.92
14282415--14282447	15	2.2	15	94	0	57	15	15	0	69	1.19
14287227--14287270	20	2.2	20	100	0	88	27	25	9	38	1.86
14291456--14291542	20	4.3	20	75	10	79	45	13	9	31	1.75
14298241--14298327	20	4.2	20	75	5	68	45	9	9	35	1.68
14298252--14298336	40	2.1	41	82	6	102	48	8	10	32	1.67
14303424--14303604	28	6.3	28	71	12	125	32	16	25	25	1.96
14303450--14303783	59	5.7	59	80	5	345	34	13	24	27	1.93
14306549--14306905	178	2.0	178	100	0	714	30	8	24	37	1.85
14315595--14315643	18	2.7	18	81	9	64	44	0	14	40	1.45
14316523--14316589	28	2.3	29	82	10	84	43	23	4	28	1.73
14317952--14317999	23	2.1	23	100	0	96	50	16	8	25	1.73
14318586--14318659	38	1.9	38	81	5	87	48	5	4	41	1.45
14319250--14319291	19	2.2	19	86	0	57	59	2	11	26	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14320250--14320298	25	1.9	26	87	4	73	46	0	4	48	1.20
14320277--14320330	20	2.7	21	86	13	78	31	0	11	57	1.34
14320272--14320330	19	3.1	19	85	11	68	33	0	10	55	1.33
14324334--14324395	30	2.1	30	82	8	74	43	1	1	53	1.20
14324659--14324700	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
14327486--14327600	61	1.9	58	91	5	185	40	4	4	50	1.42
14327487--14327621	58	2.3	58	86	8	175	41	4	5	48	1.45
14338343--14338380	20	1.9	20	88	0	58	76	13	0	10	1.02
14338349--14338391	15	2.8	15	86	10	52	74	9	0	16	1.06
14346631--14346768	24	5.8	24	77	6	145	31	22	20	26	1.98
14346633--14346766	72	1.9	72	87	3	198	31	22	19	26	1.98
14346631--14346769	48	2.9	48	84	0	179	30	22	20	26	1.98
14355009--14355254	50	4.8	50	81	5	219	23	28	20	27	1.99
14357059--14357354	50	5.8	50	85	4	301	22	29	20	26	1.99
14360021--14360144	54	2.3	54	81	2	142	20	31	22	25	1.98
14361100--14361144	20	2.2	20	88	7	65	33	17	0	48	1.48
14362364--14362404	18	2.2	19	86	4	57	36	2	0	60	1.10
14362967--14363019	5	10.6	5	100	0	106	18	0	0	81	0.70
14366528--14366568	21	2.0	21	85	0	55	9	36	0	53	1.34
14370385--14370581	51	3.9	52	78	4	188	25	16	26	30	1.97
14373363--14373438	37	2.1	37	100	0	152	27	26	18	27	1.98
14383689--14383713	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14387095--14387174	18	4.8	16	72	17	58	40	0	2	57	1.12
14387131--14387172	6	7.0	6	100	0	84	33	0	0	66	0.92
14392346--14392407	13	4.8	13	83	0	88	29	8	25	37	1.85
14399231--14399260	16	1.9	15	93	6	51	53	20	26	0	1.46
14406607--14406682	26	2.9	26	88	2	107	27	28	7	35	1.85
14406621--14406694	26	2.8	26	89	0	85	29	25	9	35	1.88
14408439--14408501	5	12.8	5	86	1	83	77	1	20	0	0.85
14411076--14411250	41	4.3	41	85	8	216	26	20	28	24	1.99
14412058--14412173	62	1.9	61	89	5	182	50	3	4	41	1.39
14421114--14421261	73	2.0	73	93	0	251	44	16	18	20	1.87
14428273--14428335	25	2.5	25	84	5	74	31	17	14	36	1.90
14429621--14429695	33	2.2	34	88	2	107	29	30	21	18	1.97
14432773--14432894	57	2.1	59	87	3	176	45	7	21	26	1.78
14435621--14435738	42	2.8	42	80	2	130	14	22	17	44	1.85
14435625--14435738	21	5.4	21	76	0	102	14	22	18	43	1.87
14436540--14436701	83	1.9	84	83	1	209	23	24	23	28	2.00
14443357--14443441	21	4.0	21	76	0	80	14	23	18	43	1.87
14443362--14443453	21	4.5	21	76	8	73	14	23	20	41	1.89
14445549--14445603	10	5.6	10	79	14	53	60	3	1	34	1.25
14451421--14451604	51	3.7	49	83	5	224	30	27	16	24	1.97
14451388--14451604	51	4.3	51	80	2	222	30	28	16	24	1.96
14452553--14452577	9	2.8	9	100	0	50	8	12	24	56	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14453990--14454032	18	2.4	18	88	0	59	20	30	9	39	1.84
14457503--14457767	124	2.1	125	86	3	365	30	16	15	36	1.91
14457851--14457959	33	3.3	33	85	5	150	41	17	0	40	1.56
14465870--14465922	22	2.5	20	82	14	54	39	1	0	58	1.09
14465792--14465942	10	15.1	10	70	18	57	36	1	2	58	1.23
14466025--14466079	29	1.9	28	88	3	83	34	0	3	61	1.13
14465960--14466153	19	10.2	19	68	21	70	37	0	4	57	1.24
14465800--14466228	9	44.7	9	68	20	119	34	2	3	59	1.28
14465888--14466207	20	16.8	19	67	20	68	35	1	3	59	1.25
14466150--14466228	29	2.7	27	83	9	70	25	5	3	65	1.30
14466184--14466236	20	2.7	19	85	5	70	24	3	5	66	1.31
14466788--14466842	24	2.2	26	84	12	71	63	1	0	34	1.05
14466786--14466843	26	2.2	27	80	20	70	62	1	0	36	1.06
14472210--14472259	20	2.5	20	83	0	55	58	6	4	32	1.41
14472830--14472894	20	3.3	19	78	8	67	32	1	4	61	1.26
14473572--14473619	24	2.0	24	83	0	60	43	8	14	33	1.75
14491263--14491314	22	2.4	21	78	18	54	73	5	3	17	1.19
14491351--14491384	17	2.0	17	88	0	50	26	0	8	64	1.22
14492174--14492231	19	3.0	19	82	2	71	43	8	10	37	1.70
14492814--14492856	16	2.5	17	81	7	52	34	6	4	53	1.49
14492787--14492946	48	3.2	48	71	19	155	35	6	4	54	1.46
14492799--14492960	54	3.1	53	70	13	165	34	6	4	54	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14492850--14492895	20	2.3	20	84	0	65	36	8	0	54	1.32
14492787--14492997	102	2.1	102	96	0	386	34	7	4	54	1.47
14492952--14492990	20	2.0	20	89	0	60	35	10	0	53	1.35
14492837--14492994	48	3.2	48	69	25	155	34	8	4	52	1.51
14492831--14492997	54	3.2	54	73	19	199	35	7	4	52	1.50
14492787--14493036	102	2.5	102	88	3	319	34	7	4	54	1.48
14494815--14494860	24	1.9	24	86	0	65	45	15	26	13	1.82
14498795--14499957	132	8.8	132	93	1	1841	29	18	23	28	1.98
14499335--14499692	88	4.1	88	63	11	192	31	18	22	28	1.97
14499454--14499824	88	4.2	88	62	11	211	30	18	22	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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