genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24925434--24925471	19	2.0	19	85	10	51	15	13	7	63	1.51
24925460--24925561	13	7.8	13	71	16	68	25	11	9	52	1.68
24925467--24925590	12	9.8	12	69	14	54	26	12	8	51	1.69
24925539--24925585	25	1.9	24	82	4	58	27	14	8	48	1.73
24940554--24940604	6	8.2	6	77	16	50	21	3	0	74	0.98
24942990--24943236	42	5.8	42	90	0	377	36	22	19	21	1.96
24943638--24943686	21	2.3	21	86	6	64	4	36	20	38	1.72
24948304--24948349	7	6.0	7	90	9	56	30	0	17	52	1.45
24948311--24949097	9	89.0	9	78	5	770	32	1	18	47	1.56
24949213--24949250	7	5.6	7	82	17	53	28	0	13	57	1.36
24949198--24949270	27	2.7	26	70	6	74	36	1	13	47	1.52
24949198--24949368	53	3.4	52	72	20	166	35	2	12	48	1.57
24949255--24949312	21	2.7	22	80	15	77	39	3	13	43	1.61
24949308--24949353	7	6.6	7	78	16	51	28	2	10	58	1.43
24949166--24949365	95	2.1	96	89	0	303	35	3	14	46	1.62
24949459--24949500	19	2.2	20	83	12	52	57	2	0	40	1.12
24949487--24949634	61	2.4	61	80	4	174	46	8	4	41	1.52
24949565--24949604	16	2.6	15	76	7	53	47	7	0	45	1.31
24949613--24949645	17	1.9	17	93	0	57	51	9	3	36	1.49
24950897--24950996	50	2.0	50	92	0	164	47	15	24	14	1.81
24951338--24951377	20	2.0	20	95	0	71	42	5	42	10	1.60
24951361--24951438	39	2.0	39	92	0	129	35	6	38	19	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24961065--24961365	47	6.3	47	93	2	467	31	7	30	29	1.86
24961062--24961365	96	3.2	96	91	3	472	31	7	30	29	1.86
24961065--24961365	143	2.1	143	93	0	503	31	7	30	29	1.86
24961484--24961562	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
24977020--24977046	11	2.5	11	100	0	54	51	7	0	40	1.30
24990703--24991207	138	3.7	138	90	1	782	45	5	7	40	1.57
24991111--24991143	17	1.9	17	93	0	57	51	0	6	42	1.26
24990703--24991207	273	1.8	273	90	0	814	45	5	7	40	1.57
24993801--24993868	34	2.0	34	82	5	84	20	26	22	30	1.98
24996533--24996591	30	1.9	31	86	3	84	33	0	3	62	1.12
25003923--25003947	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
25004495--25004672	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25004496--25004651	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25004492--25004672	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25012556--25012733	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25012557--25012712	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25012553--25012733	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25014787--25014823	16	2.3	16	100	0	74	37	5	35	21	1.77
25014803--25014899	44	2.2	44	88	5	142	30	5	29	34	1.79
25015039--25015148	58	1.9	56	80	14	125	50	4	1	43	1.33
25018200--25018227	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
25018203--25018247	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25021130--25021170	20	2.1	20	86	13	59	56	0	2	41	1.13
25021138--25021184	18	2.6	19	76	10	53	63	2	0	34	1.06
25021736--25021962	93	2.5	88	76	7	213	37	15	9	37	1.80
25022067--25022142	10	7.5	10	71	12	57	69	0	2	27	1.01
25022067--25022124	20	2.9	20	79	5	64	68	0	0	31	0.89
25022134--25022173	21	1.9	21	85	10	55	57	7	0	35	1.27
25025448--25025487	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
25025436--25025502	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
25025471--25025510	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
25028656--25028699	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
25028873--25029059	51	3.7	51	78	8	220	30	25	17	26	1.97
25028871--25029055	101	1.8	101	89	3	291	30	25	17	25	1.97
25031834--25031893	30	2.0	30	86	0	84	21	45	15	18	1.86
25041415--25041547	46	2.9	46	85	0	176	31	19	21	27	1.97
25041437--25041577	46	3.1	46	83	0	156	30	16	22	30	1.96
25047428--25047482	21	2.6	21	91	5	85	32	21	21	23	1.98
25057348--25057395	18	2.7	18	80	0	60	16	0	6	77	0.97
25057870--25057901	14	2.3	15	89	10	50	75	3	3	18	1.08
25064271--25064296	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
25064381--25065050	114	5.9	114	87	2	916	26	21	24	26	2.00
25064381--25065042	229	2.9	227	88	1	968	26	22	24	26	2.00
25065270--25065323	7	7.6	7	81	4	63	20	0	29	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25065270--25065409	7	19.6	7	67	17	56	22	0	30	45	1.58
25065270--25065410	14	9.9	14	70	18	67	22	0	31	45	1.58
25067636--25068138	251	2.0	251	97	0	943	40	19	12	27	1.88
25069022--25069061	19	2.2	18	86	4	53	17	52	25	5	1.64
25075162--25075199	7	5.4	7	84	9	51	68	0	18	13	1.21
25075162--25075210	20	2.3	21	86	6	73	65	0	20	14	1.27
25076422--25076807	84	4.5	86	86	2	510	29	22	23	25	1.99
25076805--25077102	131	2.3	131	92	1	481	31	21	23	24	1.98
25076805--25077137	131	2.6	131	88	3	388	31	22	22	23	1.99
25078803--25078850	3	16.0	3	82	8	53	29	6	0	64	1.18
25084907--25084968	14	4.4	14	78	8	63	22	0	40	37	1.54
25085455--25085673	116	1.9	118	86	5	320	40	13	13	32	1.84
25085836--25086040	43	4.8	43	88	1	304	33	28	16	21	1.95
25087365--25087394	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
25090108--25090147	21	1.9	21	89	0	62	55	0	5	40	1.22
25090426--25090474	8	6.2	8	83	9	57	48	32	0	18	1.48
25090487--25090527	21	2.0	21	90	0	64	43	34	0	21	1.53
25090833--25091331	114	4.4	114	91	0	764	26	25	19	28	1.99
25090833--25091331	229	2.2	229	90	0	766	26	25	19	28	1.99
25091244--25091400	72	2.2	72	85	1	206	27	24	20	27	1.99
25092467--25092496	16	1.9	16	93	6	53	20	10	6	63	1.47
25093897--25093952	27	2.1	27	96	0	103	46	14	3	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25095353--25095609	43	6.0	43	88	0	381	21	18	30	29	1.97
25095372--25095636	128	2.1	129	83	3	329	24	18	27	29	1.98
25097162--25097206	16	2.9	15	80	9	54	28	0	2	68	1.01
25097564--25097596	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
25099044--25099091	20	2.4	20	86	6	62	64	6	6	22	1.39
25109460--25109489	6	5.0	6	100	0	60	16	0	16	66	1.25
25114385--25114419	17	2.0	18	94	5	63	17	25	5	51	1.67
25118265--25118291	12	2.2	12	100	0	54	66	7	0	25	1.17
25124238--25124334	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
25135086--25135263	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25135107--25135262	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25144176--25144325	27	5.5	27	81	3	140	28	28	15	27	1.96
25144176--25144353	54	3.3	54	78	7	173	30	26	15	26	1.96
25144176--25144352	27	6.5	27	77	8	137	30	27	15	26	1.96
25148344--25148428	42	2.0	42	88	4	127	24	10	20	44	1.82
25148400--25148537	42	3.3	42	82	7	147	24	21	18	36	1.95
25151775--25151841	31	2.2	31	91	0	107	35	16	13	34	1.88
25159646--25159692	20	2.2	21	82	17	53	59	0	2	38	1.09
25170385--25170434	8	6.5	8	81	6	59	86	10	2	2	0.75
25170385--25170421	14	2.6	14	86	4	56	89	10	0	0	0.49
25170386--25170434	22	2.2	22	89	10	73	85	10	2	2	0.76
25171744--25172502	44	17.6	43	72	13	478	28	21	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25171961--25172377	128	3.3	128	97	0	764	28	21	22	28	1.99
25171734--25172159	217	2.0	217	90	1	685	27	20	23	27	1.99
25172345--25172515	89	1.9	89	92	0	288	29	19	23	26	1.98
25173878--25173926	22	2.3	20	77	16	53	20	2	4	73	1.10
25179903--25179970	16	4.2	16	96	0	127	39	35	0	25	1.56
25188890--25189124	50	4.6	50	78	4	204	24	26	20	27	1.99
25193067--25193147	36	2.2	36	93	0	135	35	25	16	22	1.94
25223720--25223753	17	2.0	17	100	0	68	58	5	11	23	1.55
25224205--25224261	21	2.7	21	78	13	71	22	35	8	33	1.85
25230520--25230570	21	2.5	20	78	9	57	47	13	13	25	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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