genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87621091--87622913	43	42.7	43	73	8	353	18	34	31	15	1.93
87621046--87626239	85	60.8	85	71	11	792	18	33	30	16	1.93
87621543--87626247	43	108.9	43	68	13	1010	18	33	30	16	1.93
87622803--87623092	148	2.0	148	93	1	492	17	32	32	17	1.94
87623241--87624323	341	3.2	339	81	7	1107	18	33	30	17	1.94
87623380--87623947	256	2.2	256	80	4	601	18	32	31	16	1.94
87623925--87624002	34	2.3	34	86	6	106	23	33	26	16	1.96
87624058--87624323	128	2.1	127	95	2	471	18	38	27	15	1.91
87624369--87625294	341	2.7	340	87	2	1286	18	32	31	16	1.94
87625209--87625421	110	1.9	110	80	3	250	20	32	32	14	1.93
87625117--87625506	195	2.0	195	87	3	561	20	32	31	15	1.94
87625319--87632343	170	41.0	170	70	9	1813	18	32	30	15	1.92
87624369--87625266	256	3.5	255	77	4	578	18	32	31	16	1.94
87625942--87626092	76	2.0	76	89	0	230	21	35	24	19	1.96
87626129--87626248	42	2.8	43	87	3	163	16	35	35	12	1.87
87626377--87626512	43	3.2	43	72	8	125	17	34	32	15	1.91
87626377--87626548	85	2.0	85	83	4	213	18	34	33	14	1.91
87626415--87626548	42	3.2	41	76	6	133	18	34	33	13	1.90
87626529--87626648	59	2.0	59	98	0	231	17	28	32	21	1.96
87626635--87634362	85	89.8	84	72	9	1409	18	33	30	16	1.93
87626635--87634362	43	180.5	42	70	10	1855	18	33	30	16	1.93
87626757--87632768	467	12.7	465	71	10	1577	18	33	31	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87628430--87635500	128	55.5	127	71	10	3285	18	33	31	16	1.94
87629616--87629758	74	1.9	73	94	0	241	16	32	30	20	1.94
87629575--87629790	117	1.9	115	85	5	292	16	31	32	19	1.94
87630395--87635500	43	119.7	42	74	8	2608	18	33	30	16	1.93
87630724--87630885	51	3.3	50	72	21	164	19	31	31	17	1.95
87631559--87631800	42	5.8	37	91	6	216	16	37	34	10	1.84
87628430--87635611	170	42.3	169	73	9	3196	18	33	31	16	1.94
87633314--87634107	213	3.7	208	79	5	723	18	33	30	16	1.94
87630361--87634381	255	15.7	254	74	8	1620	18	34	30	16	1.93
87634675--87635500	84	9.8	85	84	5	948	17	31	34	16	1.93
87634582--87635500	127	7.3	128	80	7	948	18	31	33	17	1.94
87634582--87635578	211	4.7	211	79	8	640	18	31	32	17	1.94
87635436--87635579	42	3.4	42	77	6	132	18	34	30	17	1.94
87637279--87637308	13	2.3	13	100	0	60	13	43	43	0	1.43
87651715--87652597	85	10.4	84	81	5	873	17	34	32	15	1.92
87651695--87652597	128	7.1	126	80	6	886	17	34	31	15	1.92
87651716--87652607	213	4.2	212	81	5	949	17	34	32	15	1.92
87651718--87652470	256	2.9	253	88	2	1067	17	34	32	15	1.91
87652615--87652693	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
87652912--87653110	42	4.7	42	75	7	179	20	34	27	17	1.95
87656533--87656564	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
87661658--87661689	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87666656--87666685	14	2.1	14	100	0	60	33	46	13	6	1.69
87670936--87671002	20	3.5	20	73	6	50	62	2	2	31	1.25
87670936--87671021	38	2.3	37	80	7	102	61	2	3	32	1.25
87671391--87671419	7	4.1	7	100	0	58	0	0	13	86	0.58
87671470--87671514	10	4.2	10	81	13	54	22	4	0	73	1.01
87671595--87671769	9	18.9	9	67	14	72	30	5	2	62	1.29
87671595--87671755	19	8.7	17	69	16	63	29	4	1	63	1.26
87671729--87671767	17	2.2	17	86	4	51	25	2	2	69	1.14
87672850--87672918	31	2.2	32	94	2	122	20	50	13	15	1.77
87674961--87675056	30	3.2	28	79	7	93	36	18	5	39	1.73
87675760--87675804	20	2.2	20	80	0	54	42	0	0	57	0.98
87677362--87677408	24	2.0	24	82	0	58	40	10	10	38	1.75
87686929--87686967	15	2.6	15	87	0	51	35	2	30	30	1.71
87698626--87698677	24	2.2	24	82	6	61	40	9	11	38	1.74
87699907--87699960	4	13.5	4	96	0	90	25	3	24	46	1.69
87704496--87704549	7	7.7	7	89	0	63	70	0	5	24	1.08
87708423--87709732	656	2.0	656	99	0	2575	25	18	23	31	1.97
87711247--87711279	15	2.2	15	94	0	57	39	21	21	18	1.93
87721290--87721385	49	2.0	49	87	0	138	28	6	18	46	1.73
87725343--87725395	27	2.0	26	82	14	63	9	24	1	64	1.34
87727278--87727406	67	1.9	67	87	0	186	30	16	19	34	1.94
87729716--87729772	28	2.0	28	100	0	114	36	3	24	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87731807--87731856	17	3.1	17	72	21	61	58	0	8	34	1.28
87733560--87733605	21	2.2	21	84	7	58	39	0	0	60	0.97
87733549--87733596	13	3.6	13	77	2	51	37	0	0	62	0.95
87733565--87733614	17	2.7	20	73	23	54	44	0	0	56	0.99
87735103--87735153	10	5.2	10	76	9	52	68	1	0	29	1.00
87735117--87735162	19	2.4	19	85	10	58	60	2	2	34	1.21
87738745--87738918	33	5.3	33	88	1	235	15	34	12	37	1.85
87744749--87744787	20	2.0	20	89	0	60	17	25	2	53	1.56
87744813--87744842	14	2.1	14	93	0	51	3	26	10	60	1.45
87750203--87750383	43	4.0	43	70	12	148	25	17	27	29	1.97
87753267--87753344	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
87753297--87753624	174	1.9	174	96	0	611	30	14	24	31	1.94
87765991--87766352	43	8.3	43	81	3	375	30	29	17	21	1.97
87766214--87766309	49	2.0	49	85	4	131	30	28	15	26	1.96
87768432--87768464	10	3.4	10	91	8	59	84	0	0	15	0.61
87770096--87770374	41	6.8	41	91	0	405	31	28	18	21	1.97
87770441--87770574	40	3.3	40	84	4	164	26	19	17	36	1.94
87770607--87770786	43	4.2	43	85	5	220	22	20	26	30	1.98
87774215--87774268	3	19.0	3	74	11	51	64	3	1	29	1.21
87793234--87793388	52	3.0	52	96	0	274	20	21	12	45	1.83
87794379--87794481	52	2.0	52	94	0	179	47	13	20	18	1.82
87794625--87794660	16	2.2	16	95	0	63	33	13	19	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87800963--87800999	18	2.1	18	89	0	56	13	5	21	59	1.54
87801651--87801690	22	1.9	20	85	10	53	35	5	12	47	1.63
87802628--87802839	92	2.3	92	83	5	250	39	17	9	33	1.82
87802924--87803012	38	2.4	37	82	1	97	65	0	4	30	1.13
87802935--87803003	10	7.4	9	72	16	52	69	0	2	27	1.02
87803208--87803278	35	2.0	35	88	0	106	36	1	2	59	1.21
87803371--87803540	85	2.0	87	87	2	245	29	9	22	38	1.86
87805703--87805752	25	2.0	25	100	0	100	40	12	16	32	1.84
87810653--87810702	25	2.0	25	100	0	100	40	12	16	32	1.84
87815968--87816009	14	2.8	15	86	10	59	42	0	0	57	0.99
87815970--87816008	16	2.6	16	88	8	55	43	0	0	56	0.99
87816836--87816881	20	2.3	20	80	0	56	45	2	0	52	1.13
87821032--87821297	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
87823611--87823658	24	2.0	25	84	12	64	25	10	10	54	1.66
87829185--87829223	19	2.0	21	85	10	55	25	10	0	64	1.25
87833024--87833324	106	2.8	106	85	4	392	46	5	13	34	1.67
87852974--87853034	24	2.6	22	76	16	61	62	1	1	34	1.15
87857580--87857666	43	2.0	44	93	2	149	32	26	14	26	1.95
87865286--87865330	22	2.0	22	100	0	90	33	0	26	40	1.57
87868947--87869005	19	3.1	19	78	9	59	72	0	6	20	1.06
87869018--87869083	20	3.4	19	70	17	55	63	3	7	25	1.35
87869278--87869327	21	2.5	20	80	6	55	32	2	0	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87874321--87874421	45	2.2	45	91	3	168	41	18	16	22	1.90
87875640--87875696	30	1.9	29	82	10	71	47	5	0	47	1.24
87883697--87883740	19	2.4	19	80	3	54	36	0	4	59	1.18
87885330--87885470	25	5.8	25	71	13	98	21	26	20	31	1.98
87885428--87885489	24	2.6	24	80	10	72	19	25	19	35	1.95
87890552--87890578	14	1.9	14	100	0	54	59	0	11	29	1.32
87891972--87892045	24	3.1	24	74	14	73	51	8	2	37	1.46
87894774--87894818	21	2.1	21	83	0	54	26	37	26	8	1.86
87894876--87894915	21	1.9	21	89	0	62	35	30	17	17	1.93
87906910--87906947	19	2.1	18	85	9	51	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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