genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77437001--77437044	20	2.1	21	91	4	72	70	2	0	27	0.99
77437012--77437051	20	2.0	20	90	0	62	75	5	0	20	0.99
77437077--77437154	9	8.7	9	83	5	86	26	11	20	41	1.87
77437613--77437648	18	2.0	18	100	0	72	27	22	11	38	1.88
77440541--77440632	28	3.1	28	79	11	94	26	26	23	23	2.00
77440541--77440605	32	2.0	33	90	3	105	24	27	23	24	2.00
77440790--77440869	27	3.0	25	82	12	97	35	21	22	21	1.96
77441007--77441122	27	4.3	27	84	0	151	25	19	17	37	1.94
77443448--77443479	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
77443449--77443479	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
77447900--77447931	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
77447901--77447931	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
77452673--77452704	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
77452674--77452704	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
77474324--77474360	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
77476520--77476795	46	6.0	46	92	0	417	37	15	24	22	1.93
77476535--77476839	92	3.3	92	88	0	403	38	15	23	22	1.92
77476525--77476862	138	2.5	138	85	3	423	39	14	23	22	1.91
77476545--77476861	46	6.9	44	86	5	187	39	14	23	22	1.91
77486881--77486986	40	2.6	41	81	8	128	25	27	23	23	2.00
77487294--77487372	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
77487354--77487499	43	3.4	43	100	0	292	26	35	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77490645--77490697	25	2.1	25	100	0	106	37	11	15	35	1.83
77495071--77495152	43	1.9	43	92	0	137	34	25	15	24	1.95
77495153--77495235	43	1.9	43	90	0	130	22	22	21	32	1.98
77495158--77495250	43	2.2	43	84	3	116	25	25	22	25	2.00
77498099--77498139	4	10.2	4	100	0	82	24	0	0	75	0.80
77499034--77499123	44	2.0	44	91	0	144	48	2	7	41	1.44
77499091--77499124	17	1.9	18	88	5	52	58	2	0	38	1.13
77502938--77502976	19	2.1	19	85	9	53	33	0	2	64	1.08
77502891--77502975	28	3.1	28	72	9	77	34	0	2	63	1.07
77503835--77503894	31	1.9	31	100	0	120	60	3	6	30	1.39
77511301--77511338	18	2.1	18	90	0	58	50	0	10	39	1.37
77511859--77511909	27	1.9	27	88	4	77	5	13	3	76	1.11
77512872--77512921	24	2.2	24	85	7	68	24	10	6	60	1.51
77513176--77513218	22	2.0	22	85	0	59	30	4	6	58	1.45
77518247--77518307	30	2.0	30	96	0	113	36	8	24	31	1.85
77521028--77521073	18	2.6	18	85	0	56	10	34	32	21	1.88
77536351--77536384	11	3.2	11	87	4	52	79	0	0	20	0.73
77556179--77556404	47	4.8	47	95	2	418	31	11	30	26	1.91
77558097--77558447	48	7.3	48	79	5	379	28	18	27	25	1.98
77558097--77558447	96	3.6	96	90	1	533	28	18	27	25	1.98
77568803--77569131	48	6.8	48	80	7	373	27	19	28	24	1.98
77568803--77569125	97	3.3	98	91	3	548	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77587198--77587232	13	2.6	14	81	9	54	48	17	17	17	1.81
77587689--77587758	31	2.3	31	89	0	113	22	41	22	12	1.88
77589361--77589398	20	1.9	20	89	10	60	68	7	10	13	1.39
77593142--77593184	20	2.1	20	86	4	59	41	2	0	55	1.12
77593529--77593561	11	3.1	11	91	4	50	36	0	0	63	0.95
77594459--77594527	31	2.3	31	80	5	79	55	8	15	20	1.67
77596944--77596985	21	2.0	21	81	9	50	64	4	0	30	1.14
77596964--77597031	28	2.5	26	78	17	68	55	4	5	33	1.44
77597064--77597109	24	2.0	23	91	4	74	60	2	0	36	1.09
77612143--77612173	7	4.4	7	100	0	62	61	0	12	25	1.32
77624331--77624369	20	1.9	21	85	15	55	28	2	12	56	1.50
77624399--77624443	20	2.2	20	88	0	63	37	4	2	55	1.32
77628935--77628981	25	1.9	24	83	12	60	19	21	38	21	1.94
77633771--77633953	76	2.4	76	85	1	233	27	25	18	29	1.98
77640963--77641265	150	2.0	150	99	0	597	36	10	14	37	1.81
77644706--77644916	76	2.8	76	79	1	226	27	22	19	30	1.98
77651633--77651912	40	7.0	40	96	0	497	31	20	26	22	1.98
77665445--77665490	21	2.1	23	88	8	69	50	28	2	19	1.60
77666803--77666853	22	2.2	24	80	16	63	15	5	1	76	1.07
77666798--77666837	19	2.2	18	90	4	62	17	5	0	77	0.94
77669627--77669811	49	3.8	49	94	1	320	30	28	7	34	1.85
77671772--77671796	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77686050--77686086	18	2.1	18	100	0	74	27	21	10	40	1.86
77692316--77692721	45	8.9	45	73	7	300	29	18	23	28	1.98
77692316--77692545	89	2.6	89	80	2	291	29	19	23	27	1.98
77692808--77692914	44	2.4	44	85	0	142	36	18	14	29	1.91
77694469--77694526	17	3.5	17	73	19	52	17	6	0	75	1.01
77694606--77694655	24	2.0	27	84	11	70	26	12	4	58	1.51
77704793--77704821	15	1.9	15	100	0	58	27	20	27	24	1.99
77705720--77705782	33	1.9	33	100	0	126	47	6	6	39	1.54
77729947--77730186	50	4.8	49	76	11	211	25	15	27	32	1.95
77729952--77730142	102	1.9	102	85	2	267	25	15	26	32	1.95
77733235--77733476	49	4.9	49	78	7	245	24	18	26	29	1.98
77733239--77733476	101	2.4	98	85	3	298	24	18	26	29	1.98
77738171--77738346	89	2.0	89	97	0	334	33	14	23	28	1.94
77738335--77738582	49	5.0	50	77	7	245	26	18	24	30	1.98
77745597--77745819	40	5.6	39	85	3	250	26	27	21	24	1.99
77753509--77753771	40	6.6	40	87	3	325	26	27	20	24	1.99
77761857--77761942	10	8.3	10	75	21	79	67	4	0	27	1.10
77761857--77761942	32	2.7	32	84	8	104	67	4	0	27	1.10
77761893--77761939	23	2.0	24	87	4	69	61	2	0	36	1.08
77761913--77761955	18	2.4	18	80	0	59	55	0	0	44	0.99
77762646--77762688	10	4.3	10	78	0	50	20	0	13	65	1.27
77763477--77763512	8	4.6	8	96	3	65	0	0	8	91	0.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77765410--77765449	19	2.0	20	85	4	55	37	0	7	55	1.29
77770487--77770566	17	4.1	20	71	20	69	32	0	7	60	1.25
77773304--77773474	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
77773296--77773471	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
77775873--77775910	15	2.5	15	87	8	51	52	10	21	15	1.72
77778864--77779034	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
77778856--77779031	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
77780778--77780868	45	2.0	45	97	0	173	36	18	19	25	1.95
77782781--77783049	134	2.0	134	97	1	504	35	28	19	16	1.94
77783010--77783074	23	2.9	23	77	6	80	38	24	21	15	1.92
77783445--77783502	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
77795684--77795800	40	2.9	40	84	0	162	35	13	14	35	1.86
77801644--77801923	48	5.8	48	75	11	223	22	31	19	27	1.98
77801787--77801962	94	1.9	94	85	4	248	22	28	20	28	1.98
77801696--77801960	48	5.6	47	73	14	197	21	31	18	27	1.97
77808721--77808895	46	3.8	46	95	1	298	21	20	28	29	1.98
77814191--77814223	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
77814974--77815049	5	15.4	5	77	16	63	75	1	5	18	1.07
77815012--77815052	9	3.9	11	87	12	52	75	0	7	17	1.02
77825991--77826163	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
77825988--77826158	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
77843035--77843166	46	2.8	46	84	1	165	31	23	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77843940--77844254	157	2.0	157	100	0	630	40	14	12	32	1.84
77866184--77866218	13	2.7	13	90	0	61	5	34	28	31	1.81
77866111--77866298	99	1.9	99	89	0	295	24	28	19	27	1.99
77868284--77868339	28	2.0	28	96	0	103	51	14	8	25	1.70
77869836--77869872	18	2.1	18	94	0	65	13	29	24	32	1.93
77874731--77874791	30	2.0	30	90	6	97	29	4	9	55	1.53
77874913--77874945	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
77877711--77877760	20	2.6	19	78	15	57	32	22	2	44	1.64
77883777--77883878	50	2.0	50	96	0	186	39	11	11	37	1.79
77892091--77892131	18	2.2	19	91	4	66	41	9	9	39	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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