genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9214756--9214945	96	2.0	94	84	5	249	41	6	15	36	1.72
9214820--9214876	27	2.1	28	90	3	89	50	3	7	38	1.46
9214849--9214984	69	2.0	68	85	1	182	39	6	17	36	1.76
9217945--9218045	39	2.6	39	85	0	130	19	27	27	24	1.99
9226068--9226093	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
9242379--9242446	30	2.3	30	84	5	84	27	19	4	48	1.68
9247422--9247476	23	2.3	23	78	6	56	50	1	1	45	1.22
9247580--9247623	21	2.1	21	83	8	54	50	2	0	47	1.13
9253105--9253234	47	2.8	47	83	2	163	23	16	26	32	1.96
9255880--9256021	25	5.7	25	71	8	85	34	18	29	17	1.94
9258279--9258441	42	3.7	42	82	7	184	28	25	14	31	1.95
9258349--9258442	48	1.9	49	93	2	163	28	27	14	28	1.96
9258460--9258577	31	3.8	31	90	0	191	27	27	18	26	1.98
9258553--9258729	50	3.5	50	86	0	255	24	20	17	37	1.94
9259035--9259103	35	2.0	35	94	0	120	31	18	4	44	1.69
9264656--9264690	18	2.0	17	88	5	52	45	0	28	25	1.54
9264815--9264881	28	2.4	28	94	0	116	41	8	16	32	1.79
9272439--9272473	18	2.0	17	88	5	52	45	0	28	25	1.54
9272598--9272664	28	2.4	28	94	0	116	41	8	16	32	1.79
9277324--9277854	280	1.9	278	87	2	769	35	16	14	33	1.89
9287228--9287275	23	2.1	23	84	3	62	33	6	0	60	1.22
9287242--9287293	23	2.2	24	83	10	63	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9289445--9289503	30	2.0	30	96	0	109	42	16	10	30	1.82
9291744--9291898	57	2.8	56	93	2	265	31	7	12	48	1.68
9295109--9295408	156	1.9	157	93	0	512	27	18	19	36	1.94
9295634--9295659	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
9295752--9295786	17	2.1	17	88	0	52	54	0	2	42	1.15
9296269--9296319	21	2.5	21	90	3	77	29	7	0	62	1.23
9296723--9296752	7	4.3	7	100	0	60	46	13	13	26	1.80
9298491--9298535	24	2.0	24	86	8	67	62	2	0	35	1.08
9298574--9298610	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
9312780--9313038	73	3.5	73	99	0	509	27	6	25	41	1.79
9314028--9314156	43	2.9	44	79	6	136	36	17	20	24	1.95
9317436--9317488	21	2.7	20	82	11	65	66	3	1	28	1.20
9317535--9317572	20	2.0	20	90	10	62	52	7	5	34	1.53
9317584--9317633	20	2.5	20	76	0	55	62	0	4	34	1.14
9317552--9317651	21	4.8	22	72	18	81	57	3	3	37	1.30
9326588--9326681	48	2.0	48	83	8	120	40	23	12	23	1.89
9329392--9329480	42	2.1	42	91	0	142	50	13	5	30	1.64
9333883--9333934	26	2.0	26	82	14	63	55	1	9	32	1.43
9335904--9335928	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
9346490--9346558	24	2.8	24	74	14	68	39	2	13	44	1.58
9346490--9346592	51	2.0	51	88	0	152	38	4	10	45	1.60
9365979--9366009	16	1.9	16	93	0	53	54	12	6	25	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9370994--9371020	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
9371430--9371637	53	3.9	54	80	5	224	24	23	16	36	1.94
9371431--9371629	108	1.8	109	85	3	285	24	23	16	35	1.95
9371416--9371629	54	4.0	54	80	8	213	22	23	15	37	1.93
9371616--9371737	47	2.6	47	94	0	208	27	24	13	35	1.92
9371877--9371960	44	1.9	44	85	0	114	23	27	11	36	1.90
9384974--9385040	35	1.9	35	87	0	98	28	2	25	43	1.69
9388251--9388332	25	3.0	28	68	26	75	51	6	0	42	1.26
9388768--9388826	30	2.0	30	93	0	100	6	13	45	33	1.70
9394427--9395039	307	2.0	307	99	0	1199	38	16	13	31	1.87
9400974--9401077	39	2.7	39	86	0	145	47	22	1	28	1.62
9403245--9403941	6	116.2	6	100	0	1394	50	16	0	33	1.46
9412423--9412479	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
9412865--9412960	21	4.5	21	89	2	129	13	22	27	36	1.92
9412852--9412960	42	2.5	42	85	2	137	15	22	25	35	1.94
9418748--9418793	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
9422220--9422276	28	2.0	28	100	0	114	50	10	24	14	1.73
9438241--9438265	13	1.9	13	100	0	50	64	4	24	8	1.38
9441867--9441960	50	1.9	46	91	6	134	18	22	13	45	1.84
9445013--9445148	67	2.0	68	97	2	256	49	16	11	22	1.78
9447718--9447760	15	2.7	15	82	7	50	51	0	0	48	1.00
9451770--9451865	44	2.2	45	86	3	133	34	9	20	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9455545--9455590	23	2.0	23	100	0	92	30	13	13	43	1.81
9455862--9455904	21	2.2	19	88	12	61	25	0	18	55	1.42
9458471--9458585	58	2.0	57	83	10	144	53	3	0	42	1.17
9460878--9460923	23	2.0	23	100	0	92	43	13	13	30	1.81
9463092--9463132	20	2.1	20	90	4	66	63	17	9	9	1.51
9463145--9463204	29	2.1	29	100	0	120	36	10	23	30	1.87
9463420--9463480	25	2.5	23	80	12	68	14	29	22	32	1.94
9476230--9476254	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
9480586--9480626	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
9480878--9480918	18	2.3	18	91	0	64	34	4	51	9	1.56
9480878--9480918	12	3.4	12	86	0	55	34	4	51	9	1.56
9482147--9482182	18	2.0	18	88	0	54	50	0	8	41	1.33
9491499--9491571	25	2.7	27	85	12	89	49	9	1	39	1.44
9491505--9491557	27	2.0	27	85	3	72	52	9	1	35	1.45
9492112--9492154	19	2.3	20	80	11	56	55	0	4	39	1.20
9496047--9496200	65	2.3	65	82	5	173	21	22	24	32	1.98
9496077--9496204	65	2.0	65	87	0	184	22	21	24	31	1.98
9497671--9497716	23	2.0	23	100	0	92	30	17	17	34	1.93
9504920--9504988	28	2.5	28	90	0	102	28	13	27	30	1.94
9509289--9509361	30	2.4	30	77	8	76	26	1	8	64	1.30
9529128--9529214	26	3.1	27	85	8	113	28	4	19	47	1.69
9529963--9530023	22	2.8	22	80	2	61	18	6	6	68	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9531399--9531455	25	2.3	25	96	0	105	45	0	22	31	1.53
9532697--9532862	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
9532697--9532867	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
9535887--9535917	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
9543842--9544973	205	5.5	205	94	0	1870	30	18	21	28	1.97
9545112--9545311	44	4.6	45	75	11	175	32	16	26	24	1.96
9546602--9546644	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
9546749--9546780	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
9546792--9546823	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31
9547081--9547141	22	2.8	22	80	2	61	18	6	6	68	1.33
9546249--9547096	3	277.3	3	71	16	394	31	6	3	58	1.40
9548753--9549083	164	2.0	164	80	2	369	31	17	17	33	1.94
9549967--9550001	19	1.9	18	88	11	54	54	2	2	40	1.30
9549967--9550002	18	1.9	19	88	5	56	55	2	2	38	1.29
9550343--9550390	15	3.3	15	79	5	53	31	2	16	50	1.57
9550343--9550404	29	2.1	29	84	0	79	30	1	19	48	1.58
9564953--9565024	19	3.9	19	77	15	71	40	11	16	31	1.84
9564960--9565024	17	3.6	17	79	10	60	40	12	16	30	1.86
9570239--9570294	12	4.6	11	79	16	58	85	0	10	3	0.71
9571241--9572738	87	17.4	87	93	1	2296	33	23	21	21	1.97
9572162--9572554	43	9.3	41	65	17	146	31	23	22	22	1.98
9572773--9572860	44	2.0	44	91	4	142	27	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9572773--9572876	44	2.4	44	87	6	140	29	14	28	26	1.95
9572887--9573237	44	7.9	44	71	7	244	32	15	23	28	1.95
9572864--9573239	132	2.8	132	88	1	545	32	16	22	28	1.96
9573863--9573898	19	1.9	18	100	0	63	33	11	19	36	1.87
9573864--9573905	19	2.3	18	88	8	59	35	9	21	33	1.86
9575960--9576004	21	2.1	21	83	0	54	24	4	4	66	1.29
9576160--9576331	85	2.0	85	94	0	299	23	15	23	38	1.92
9579472--9579498	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
9587568--9588085	205	2.5	205	87	1	734	30	18	21	28	1.97
9589180--9589212	12	2.8	12	86	13	50	48	3	48	0	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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