genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6751221--6751311	17	5.2	18	76	6	80	30	17	9	41	1.82
6751251--6751328	17	4.6	18	72	22	69	33	12	7	46	1.71
6751233--6751327	34	2.8	34	87	4	120	30	15	8	45	1.76
6751256--6751309	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
6751306--6751388	21	4.0	21	76	21	95	40	7	8	43	1.63
6751166--6751582	18	23.4	17	67	19	101	34	11	9	44	1.73
6751306--6751371	22	3.0	23	86	6	82	43	7	7	40	1.61
6751359--6751403	17	2.7	17	89	3	56	33	8	11	46	1.70
6759771--6760013	122	2.0	123	86	3	337	27	13	21	36	1.92
6759926--6761162	72	17.1	72	96	0	2154	31	16	18	33	1.93
6761077--6761268	86	2.2	87	77	11	214	24	18	16	40	1.91
6765135--6765174	19	2.0	20	85	14	55	35	47	0	17	1.48
6765236--6765375	27	5.2	28	86	5	157	35	22	23	17	1.95
6766994--6767077	26	3.2	25	89	3	123	35	23	5	34	1.80
6768614--6768641	10	2.8	10	100	0	56	64	0	17	17	1.30
6768593--6768651	31	1.9	30	83	10	75	66	0	13	20	1.25
6768593--6768651	20	2.9	19	78	16	57	66	0	13	20	1.25
6770163--6770209	18	2.8	16	79	20	51	34	0	4	61	1.15
6776933--6776960	14	2.0	14	100	0	56	7	7	7	78	1.09
6784959--6785008	25	2.0	25	100	0	100	24	20	16	40	1.91
6791549--6791581	14	2.3	15	94	5	59	81	0	18	0	0.68
6793102--6793572	74	6.2	73	79	12	407	27	17	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6793124--6793593	83	6.1	78	79	10	346	27	18	22	31	1.97
6793836--6793947	54	2.0	56	87	5	165	31	13	16	39	1.87
6793619--6794091	142	3.3	142	89	3	660	31	14	17	35	1.91
6793965--6793994	13	2.3	13	94	0	51	16	10	6	66	1.41
6793978--6794147	56	3.0	57	88	4	245	32	12	18	36	1.88
6794294--6794403	44	2.5	44	96	0	202	21	21	28	28	1.99
6796449--6796499	24	2.1	24	85	7	68	37	11	0	50	1.39
6801010--6801051	17	2.5	17	82	17	52	64	0	9	26	1.24
6801106--6801302	27	7.0	27	72	12	112	61	4	6	27	1.41
6801488--6801549	22	2.9	22	79	11	74	66	0	6	27	1.16
6801554--6801652	46	2.1	45	81	9	110	60	3	11	25	1.44
6801133--6801697	3	188.0	3	66	13	130	59	3	8	27	1.43
6802042--6802108	24	2.8	24	95	0	116	25	19	25	29	1.98
6802379--6802425	21	2.2	21	92	0	76	85	0	12	2	0.70
6804631--6805339	246	2.9	246	95	0	1283	31	23	14	31	1.94
6813069--6813796	364	2.0	364	99	0	1447	36	12	21	29	1.90
6815268--6815292	6	4.2	6	100	0	50	48	16	16	20	1.82
6822840--6822871	15	2.1	15	94	0	55	53	6	3	37	1.42
6822885--6822953	31	2.2	32	82	10	90	57	11	1	28	1.42
6823096--6823137	21	2.0	20	90	9	66	59	4	0	35	1.19
6823100--6823165	30	2.3	28	82	17	82	56	4	3	36	1.35
6823231--6823281	27	2.0	26	85	14	70	52	5	5	35	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6823319--6823403	23	3.5	24	83	8	100	54	5	4	35	1.46
6823307--6823403	23	4.0	23	80	8	95	56	6	4	32	1.43
6823572--6823646	3	23.7	3	75	5	51	54	4	8	33	1.48
6823527--6823646	6	19.8	6	69	16	52	59	3	7	30	1.41
6823527--6823646	9	13.2	9	68	17	52	59	3	7	30	1.41
6826450--6826518	35	2.0	35	100	0	138	17	50	11	20	1.76
6827363--6827520	3	52.3	3	97	1	298	33	0	0	66	0.92
6827811--6827865	22	2.5	23	77	13	62	43	0	3	52	1.18
6839573--6839622	21	2.3	22	83	13	59	42	0	6	52	1.26
6840707--6840747	21	2.0	21	90	0	64	65	2	12	19	1.36
6840785--6840840	27	2.1	27	96	0	103	17	28	28	25	1.98
6841397--6841452	27	2.1	27	89	0	85	25	30	30	14	1.95
6841490--6841534	21	2.1	21	91	0	72	15	11	6	66	1.42
6841991--6842166	96	1.8	98	83	4	241	42	1	14	41	1.55
6842276--6842813	126	4.3	126	89	1	821	33	17	21	27	1.96
6845811--6846425	116	5.3	116	98	0	1167	47	9	3	39	1.53
6846815--6846854	17	2.3	18	91	4	64	45	15	20	20	1.86
6848589--6848619	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
6848646--6848692	20	2.2	22	85	14	64	42	0	25	31	1.55
6848663--6848707	20	2.1	22	88	8	67	51	0	22	26	1.49
6848663--6848707	11	4.3	11	81	13	51	51	0	22	26	1.49
6851412--6851451	20	2.0	21	90	5	64	32	30	2	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6853225--6853434	107	2.0	107	88	3	316	34	5	11	47	1.64
6857260--6857481	37	6.0	37	95	0	372	27	20	13	38	1.91
6859632--6859701	25	2.8	25	77	12	81	10	21	17	51	1.74
6862079--6862307	90	2.5	91	90	2	268	27	6	2	62	1.32
6862161--6862242	22	3.4	23	76	19	62	29	3	1	65	1.17
6862186--6862341	17	8.5	19	67	16	64	26	7	1	65	1.26
6862173--6862302	28	4.4	28	66	18	93	27	4	1	66	1.20
6862186--6862224	19	2.2	17	86	9	51	23	2	0	74	0.94
6862251--6862307	22	2.5	23	78	18	57	26	1	1	70	1.07
6868313--6868465	77	2.1	71	85	9	200	32	25	15	26	1.96
6873292--6873442	75	2.0	75	90	2	241	37	13	29	18	1.90
6873301--6873462	75	2.2	75	87	4	220	38	11	32	17	1.86
6880122--6880168	18	2.6	18	93	0	76	36	23	10	29	1.89
6881354--6881379	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
6891584--6891683	49	2.0	49	100	0	200	19	18	15	48	1.82
6892869--6892951	41	2.0	41	100	0	166	26	24	14	34	1.94
6894562--6894604	21	2.0	21	86	0	59	27	23	23	25	2.00
6898665--6898830	82	2.0	84	96	2	309	30	21	9	39	1.85
6899795--6899903	54	2.0	54	96	0	200	49	2	7	40	1.45
6902230--6902356	42	3.0	42	88	2	200	33	20	22	23	1.97
6902729--6902769	21	2.0	21	95	0	73	0	53	19	26	1.45
6903181--6903209	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6903375--6903413	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
6908416--6908728	9	33.6	9	73	11	175	38	1	12	46	1.50
6908396--6908642	43	6.1	41	71	18	180	40	0	12	46	1.47
6908416--6908728	18	17.3	18	73	12	194	38	1	12	46	1.50
6908452--6908676	87	2.6	87	98	0	432	40	1	12	46	1.49
6908833--6908888	15	3.8	15	77	13	71	53	0	1	44	1.11
6909065--6909132	24	2.8	24	89	8	111	44	7	20	27	1.78
6911417--6911518	52	2.0	52	94	0	177	39	14	16	29	1.89
6919929--6919968	14	2.9	14	81	3	55	67	2	0	30	1.04
6920511--6923650	213	14.7	213	88	2	4461	30	16	20	33	1.94
6924094--6924119	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
6924157--6925669	213	7.1	213	89	1	2199	30	16	20	33	1.94
6928142--6928222	40	2.0	40	92	0	135	20	8	22	48	1.77
6930375--6930409	16	2.2	16	90	5	54	34	5	2	57	1.37
6930759--6930829	16	4.4	16	81	10	83	33	26	1	38	1.65
6938975--6939150	83	2.0	89	87	9	256	22	9	19	48	1.77
6939090--6939123	17	1.9	18	88	5	52	20	2	23	52	1.60
6941468--6941532	32	2.0	32	100	0	130	33	15	24	26	1.95
6942129--6942160	16	2.0	16	100	0	64	50	6	18	25	1.70
6944474--6944537	30	2.1	30	82	5	76	54	3	0	42	1.16
6950282--6950320	14	2.8	14	92	0	60	69	0	7	23	1.14
6950302--6950345	24	2.0	23	86	13	65	68	0	11	20	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6950304--6950355	26	2.0	26	92	3	88	69	0	9	21	1.17
6950446--6950486	18	2.2	19	86	4	57	19	12	0	68	1.21
6954616--6955337	241	3.0	240	96	0	1354	37	7	22	32	1.82
6955368--6955420	9	5.3	10	78	14	56	43	1	0	54	1.11
6956459--6956490	16	2.0	16	93	0	55	31	3	0	65	1.08
6956504--6956544	20	2.0	20	90	9	66	60	0	4	34	1.18
6962335--6962393	30	2.0	30	86	6	84	37	5	27	30	1.78
6962807--6962983	47	3.8	47	76	12	193	22	19	27	30	1.98
6969902--6969961	30	2.0	30	83	6	77	38	8	25	28	1.84
6970383--6970514	47	2.8	48	78	13	157	22	19	26	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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