genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25235109--25235159	24	2.1	24	100	0	102	35	23	7	33	1.84
25237235--25237262	12	2.3	12	100	0	56	14	25	25	35	1.93
25246379--25246408	12	2.5	12	94	0	51	13	23	20	43	1.86
25246922--25247129	91	2.3	91	86	2	274	45	4	3	46	1.41
25247159--25247190	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
25250761--25250786	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
25251021--25251082	5	12.6	5	76	20	60	43	0	0	56	0.99
25251021--25251076	8	7.0	8	88	8	78	42	0	0	57	0.99
25251024--25251082	11	5.5	11	78	21	63	44	0	0	55	0.99
25252310--25252419	38	2.8	40	87	6	131	23	19	24	32	1.97
25252336--25252419	38	2.2	38	97	0	159	22	19	23	34	1.96
25252352--25252485	38	3.5	39	80	9	118	22	22	26	28	1.99
25256192--25256229	19	2.0	19	94	0	67	44	18	15	21	1.86
25261782--25262236	227	2.0	227	100	0	910	37	19	11	31	1.88
25263548--25263947	200	2.0	200	100	0	800	36	14	10	39	1.81
25265489--25265673	79	2.3	80	83	7	225	25	27	23	23	2.00
25265470--25265673	40	5.1	40	81	8	229	25	27	23	24	2.00
25267701--25267883	40	4.6	40	79	6	185	23	26	23	26	2.00
25268191--25268269	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
25268251--25268353	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
25268970--25269058	46	1.9	46	97	0	169	33	25	11	29	1.91
25270034--25270141	54	2.0	54	100	0	216	35	16	14	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25270319--25270434	37	3.1	37	94	0	196	25	32	18	22	1.97
25270553--25271576	47	21.7	47	97	0	1908	29	29	8	32	1.87
25273447--25273657	106	2.0	106	97	0	395	35	23	18	23	1.96
25274487--25274540	24	2.3	24	87	3	74	11	16	16	55	1.68
25274489--25274547	16	3.7	16	79	4	66	8	15	18	57	1.63
25276525--25276642	41	2.9	41	84	2	139	28	28	20	22	1.98
25276872--25276938	27	2.5	27	85	0	89	26	19	17	35	1.94
25276917--25277469	27	20.7	27	82	5	613	30	10	19	39	1.85
25276891--25277469	53	10.8	54	85	2	661	30	10	19	39	1.86
25276891--25277469	80	7.2	80	84	3	639	30	10	19	39	1.86
25277777--25277840	28	2.3	28	91	0	101	26	37	17	18	1.93
25279776--25279816	21	2.0	21	85	4	57	51	17	24	7	1.70
25282032--25282148	41	2.9	41	86	0	153	31	30	17	20	1.95
25282078--25282147	19	3.5	19	68	11	59	32	32	15	18	1.93
25282382--25282470	27	3.3	27	87	3	108	31	14	15	38	1.88
25282421--25282882	80	5.8	80	84	4	481	32	9	18	38	1.84
25282396--25282891	53	9.3	54	82	3	501	31	10	18	38	1.85
25282422--25282891	133	3.5	133	85	1	613	32	9	18	39	1.84
25285256--25285307	9	5.5	10	82	15	58	25	1	1	71	1.07
25285257--25285294	3	12.7	3	89	10	60	28	0	0	71	0.87
25285325--25285365	18	2.3	19	79	12	50	26	7	4	60	1.43
25287344--25287604	40	6.6	40	81	5	271	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25287344--25287604	80	3.3	80	82	3	303	24	26	23	25	2.00
25288200--25288737	38	14.2	38	100	0	1076	31	26	13	28	1.94
25295182--25295441	40	6.6	40	80	6	262	24	26	23	25	2.00
25295182--25295441	80	3.3	80	83	4	303	24	26	23	25	2.00
25295182--25295441	120	2.2	118	81	8	296	24	26	23	25	2.00
25307411--25307585	46	3.8	46	78	13	214	29	28	21	21	1.99
25307419--25307589	93	1.8	93	97	0	324	28	28	21	21	1.99
25308010--25308068	29	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
25316144--25316183	21	2.0	20	85	5	53	22	17	40	20	1.92
25318351--25318406	11	5.5	11	71	16	57	33	12	19	33	1.89
25318340--25318406	20	3.3	20	93	0	107	34	11	17	35	1.87
25318456--25318574	24	5.0	24	91	5	188	28	21	22	27	1.99
25332466--25332533	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
25332780--25332858	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
25332497--25332802	145	2.1	145	98	0	594	30	24	15	29	1.96
25333461--25333676	106	2.0	106	98	0	414	32	29	10	27	1.90
25344073--25344427	47	7.6	47	77	19	395	22	21	29	27	1.99
25344024--25344473	93	4.8	93	98	0	855	22	22	29	26	1.99
25358547--25358633	34	2.6	34	85	7	106	25	24	26	24	2.00
25361744--25361894	43	3.5	42	75	8	144	34	24	13	27	1.93
25373275--25373637	47	7.8	44	74	13	232	21	30	21	26	1.98
25373274--25373634	94	3.9	94	77	9	337	21	29	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25373275--25373634	141	2.6	136	80	9	361	21	30	20	27	1.98
25379425--25379474	24	2.1	24	92	0	82	18	32	28	22	1.97
25384660--25384747	33	2.7	33	75	12	90	27	26	20	26	1.99
25386249--25386277	14	2.1	14	100	0	58	58	27	0	13	1.36
25391838--25392199	47	7.7	46	73	11	209	22	29	20	27	1.99
25391833--25392199	94	3.9	94	77	10	322	22	29	20	27	1.98
25400096--25400139	23	1.9	23	81	9	54	31	2	20	45	1.64
25401735--25401774	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
25408217--25408266	20	2.3	22	80	13	59	22	0	8	70	1.13
25409077--25409109	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
25409201--25409251	24	2.1	24	82	7	59	43	7	5	43	1.57
25409875--25409972	9	10.3	9	74	16	74	54	2	2	41	1.23
25409878--25409941	30	2.1	31	85	8	87	50	1	1	46	1.20
25409875--25409960	29	3.0	27	78	11	82	54	1	1	43	1.15
25409991--25410042	9	5.7	9	72	4	50	67	1	0	30	1.02
25409991--25410051	19	3.3	18	78	17	72	65	1	0	32	1.02
25410535--25410593	28	2.1	29	83	3	75	66	1	5	27	1.22
25410557--25410599	23	2.0	22	86	9	61	67	0	4	27	1.10
25410851--25410889	16	2.5	16	87	4	53	69	2	2	25	1.14
25411006--25411292	10	30.7	9	65	19	74	30	1	3	64	1.20
25411006--25411292	19	15.9	18	66	19	93	30	1	3	64	1.20
25411006--25411278	17	14.6	19	68	20	75	30	1	3	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25411017--25411076	28	2.1	28	87	6	86	30	1	0	68	0.99
25411082--25411123	22	2.0	21	85	4	57	40	0	4	54	1.21
25413056--25413240	70	2.6	70	79	1	183	29	23	15	30	1.96
25423183--25423406	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
25423187--25423406	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
25423183--25423407	123	1.9	122	88	3	339	24	23	26	25	2.00
25429638--25429945	40	7.6	40	81	4	348	23	22	28	26	1.99
25429644--25429917	123	2.2	121	85	6	365	22	21	29	25	1.99
25429638--25429945	83	3.8	82	91	3	464	23	22	28	26	1.99
25438248--25438397	27	5.5	27	87	1	192	24	16	28	30	1.96
25438246--25438397	55	2.8	55	87	2	200	24	16	28	30	1.96
25442098--25442164	28	2.4	28	92	2	109	34	26	7	31	1.84
25442267--25442360	28	3.3	28	89	4	136	21	23	22	32	1.98
25442267--25442385	56	2.1	55	81	9	134	20	23	21	35	1.96
25442823--25442863	20	2.0	20	85	0	55	14	4	7	73	1.22
25444072--25444379	40	7.6	40	81	7	343	23	22	27	26	1.99
25444072--25444365	123	2.4	121	81	10	357	22	22	27	26	1.99
25444072--25444379	83	3.8	82	87	6	432	23	22	27	26	1.99
25448356--25448400	23	2.0	23	100	0	90	31	13	20	35	1.91
25458183--25458331	49	3.0	48	79	6	172	30	28	16	24	1.96
25458189--25458331	50	2.9	51	81	4	168	31	28	15	24	1.95
25460438--25460502	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25460438--25460506	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
25470841--25470875	17	2.0	18	88	5	54	42	2	5	48	1.41
25503767--25503853	28	3.1	29	83	3	115	26	13	28	31	1.94
25503767--25503878	28	4.0	28	82	2	109	26	14	28	30	1.95
25505364--25505446	31	2.7	31	96	3	152	27	26	16	28	1.97
25505669--25505734	25	2.7	24	83	6	87	22	22	28	25	1.99
25506540--25506694	27	5.7	27	75	7	98	34	9	16	40	1.80
25506548--25506694	56	2.7	54	75	6	127	33	7	17	41	1.78
25506634--25506702	27	2.6	27	83	0	84	30	8	18	42	1.81
25506725--25506782	27	2.2	26	79	11	64	39	8	20	31	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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