genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35063298--35063323	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
35083506--35083887	133	2.9	131	78	4	331	28	18	19	33	1.95
35084804--35084828	9	2.8	9	100	0	50	24	32	0	44	1.54
35090201--35090370	46	3.7	46	77	4	189	30	30	18	21	1.97
35090209--35090380	93	1.8	93	89	0	272	29	30	19	21	1.97
35090252--35090395	46	3.1	46	69	14	116	30	29	18	21	1.97
35097858--35098035	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
35097879--35098034	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
35100201--35100234	15	2.3	15	89	0	50	44	41	2	11	1.56
35100830--35100867	20	1.9	20	88	0	58	34	34	2	28	1.71
35100953--35101074	43	2.9	42	81	2	145	29	23	15	31	1.95
35108071--35108147	27	3.1	27	60	21	67	14	22	29	33	1.93
35108065--35108955	48	18.6	48	98	0	1692	16	22	29	31	1.96
35110435--35110510	37	2.1	37	100	0	152	30	15	23	30	1.96
35111348--35111393	22	2.1	22	95	0	83	30	6	17	45	1.73
35112854--35112983	40	3.3	39	80	4	152	43	27	16	13	1.85
35138202--35138455	46	5.5	46	78	7	214	22	29	20	27	1.99
35138202--35138455	94	2.8	92	83	3	280	22	29	20	27	1.99
35138197--35138455	140	1.9	135	83	7	333	22	29	20	27	1.98
35142814--35142974	27	6.0	27	77	7	166	35	19	12	32	1.89
35142814--35142972	54	2.9	54	85	3	187	35	19	12	32	1.89
35142953--35143097	27	5.4	27	83	0	164	37	17	17	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35142819--35143002	81	2.3	81	81	5	194	36	20	13	29	1.90
35142934--35143080	54	2.7	55	81	2	147	36	21	16	25	1.94
35142934--35143097	81	2.0	81	83	4	206	36	20	17	26	1.94
35142953--35143097	54	2.7	54	85	2	184	37	17	17	26	1.93
35143247--35143332	27	3.2	27	75	6	77	22	24	19	33	1.97
35143482--35143535	28	1.9	28	84	0	72	22	20	25	31	1.98
35143502--35143586	33	2.6	33	80	0	98	24	17	25	31	1.97
35143528--35143600	33	2.2	34	80	7	87	23	17	27	31	1.97
35147549--35147764	27	8.0	27	78	8	174	37	18	10	33	1.85
35147546--35147750	54	3.8	54	82	2	234	37	18	10	34	1.85
35147551--35147736	81	2.3	81	83	0	246	38	18	9	33	1.84
35147744--35147887	27	5.4	26	80	5	146	35	18	18	27	1.94
35147744--35147887	54	2.7	53	82	3	173	35	18	18	27	1.94
35148050--35148106	27	2.1	27	90	3	89	21	22	22	33	1.97
35148050--35148113	26	2.4	27	86	2	94	18	21	23	35	1.95
35148110--35148168	26	2.2	28	82	11	70	18	18	25	37	1.94
35148296--35148391	33	2.9	33	85	0	129	23	18	27	30	1.98
35153177--35153375	64	3.1	62	67	13	163	50	6	4	39	1.46
35153145--35153391	126	2.0	126	93	1	424	51	6	3	38	1.44
35153833--35153970	44	3.2	43	83	7	156	31	23	18	26	1.98
35161090--35161144	29	1.9	29	82	17	71	32	21	9	36	1.85
35161086--35161146	27	2.2	27	78	21	65	32	21	8	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35179168--35179247	27	3.0	27	88	0	115	25	13	27	33	1.93
35188789--35188852	18	3.6	18	77	8	67	28	25	18	28	1.98
35188959--35189011	24	2.2	24	86	6	72	28	11	7	52	1.64
35189964--35190009	20	2.3	20	78	14	51	45	2	15	36	1.58
35190069--35190107	20	2.0	20	89	0	60	51	2	10	35	1.50
35190651--35190799	56	2.6	58	79	12	175	30	18	20	30	1.96
35197679--35197725	20	2.3	21	82	10	62	42	2	19	36	1.63
35198349--35199380	518	2.0	517	91	0	1654	31	14	20	33	1.92
35204580--35204626	24	2.0	24	87	8	69	38	4	8	48	1.53
35210540--35210714	96	1.8	96	87	2	262	23	32	17	26	1.97
35210540--35210714	48	3.7	47	87	1	233	23	32	17	26	1.97
35223320--35223360	12	3.5	12	80	6	57	39	0	4	56	1.21
35223317--35223360	23	1.9	23	100	0	88	43	0	4	52	1.22
35229920--35230092	35	5.0	35	80	4	197	32	21	15	30	1.94
35240623--35240795	35	5.0	35	80	4	188	32	22	14	30	1.94
35240623--35240798	69	2.5	70	81	2	230	32	22	14	30	1.93
35251245--35251272	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
35257941--35257967	8	3.4	8	100	0	54	33	11	0	55	1.35
35258692--35258739	20	2.3	21	82	3	62	27	0	6	66	1.15
35258782--35258807	10	2.6	10	100	0	52	53	0	7	38	1.30
35259539--35259648	27	3.8	28	69	20	68	61	4	3	30	1.33
35259894--35259953	28	2.1	28	84	6	77	33	5	1	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35260985--35261020	5	7.2	5	96	0	63	16	0	2	80	0.83
35261729--35261774	19	2.2	20	85	14	67	45	17	10	26	1.81
35268889--35268947	24	2.5	23	72	13	57	18	28	20	32	1.96
35269097--35269163	24	2.8	24	93	2	107	14	22	19	43	1.87
35279380--35279445	29	2.2	31	81	8	73	45	0	7	46	1.31
35282462--35282592	69	1.9	70	90	1	210	33	12	16	37	1.86
35283338--35283601	118	2.2	117	83	1	348	21	24	25	28	1.99
35283340--35283608	39	6.9	39	88	0	349	21	24	26	28	1.99
35284321--35284384	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
35284578--35284743	23	7.0	24	86	6	214	26	20	22	30	1.98
35284578--35284743	47	3.5	47	86	6	203	26	20	22	30	1.98
35284592--35284743	71	2.1	70	92	3	250	26	20	22	30	1.98
35284793--35284831	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
35288434--35288632	68	3.0	66	71	23	193	41	2	6	49	1.42
35289191--35289220	15	2.0	15	93	0	51	26	30	0	43	1.55
35289638--35289731	49	1.9	49	93	0	161	31	18	15	34	1.92
35293463--35293576	58	2.0	58	98	0	219	18	15	24	41	1.89
35298378--35298416	20	2.0	20	84	0	51	41	7	17	33	1.79
35300958--35301008	23	2.2	23	96	0	93	31	15	9	43	1.80
35301654--35301768	42	2.7	42	87	4	160	27	25	15	31	1.96
35301739--35302049	47	6.6	47	96	0	543	30	26	15	27	1.96
35302068--35302185	31	3.8	31	87	4	184	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35302161--35303037	50	17.5	50	98	0	1682	25	23	16	34	1.95
35314711--35314758	21	2.3	21	82	10	64	39	2	0	58	1.10
35318541--35318582	21	2.0	21	100	0	84	57	23	9	9	1.60
35328525--35328559	18	2.0	18	94	5	63	11	34	31	22	1.90
35342358--35342477	61	2.0	61	96	3	224	11	30	10	46	1.75
35343953--35344002	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
35343964--35344011	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
35347218--35347410	47	4.0	49	81	9	200	30	29	17	23	1.97
35354493--35354588	48	2.0	48	100	0	192	31	18	18	31	1.95
35355558--35355582	10	2.5	10	100	0	50	52	16	0	32	1.44
35357862--35357892	15	2.1	15	100	0	62	22	6	6	64	1.40
35358170--35358216	12	3.8	12	78	10	51	25	4	0	70	1.05
35358271--35358329	30	2.0	30	96	0	109	32	11	11	44	1.78
35361750--35361909	42	3.6	42	80	12	178	27	14	28	29	1.95
35361598--35361856	47	5.2	49	81	7	240	27	14	26	31	1.95
35363060--35363104	19	2.3	20	88	7	67	26	24	6	42	1.79
35371189--35371490	44	6.9	43	77	6	223	32	15	20	31	1.93
35371189--35371377	89	2.1	88	87	0	261	31	16	19	31	1.95
35371520--35371630	44	2.5	44	83	0	132	36	15	21	26	1.93
35372300--35372362	32	2.1	28	85	11	81	68	9	14	7	1.39
35373199--35373226	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
35386913--35386962	24	2.1	24	92	0	82	44	6	16	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35395683--35395749	34	2.0	34	96	0	125	14	23	32	28	1.95
35397864--35397909	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
35405608--35405663	29	1.9	29	88	0	85	46	17	7	28	1.75
35415634--35415720	27	3.3	27	75	14	74	54	2	0	43	1.13
35415644--35415720	17	4.4	17	70	15	59	55	2	0	41	1.13
35417221--35417376	77	2.0	77	97	0	294	28	25	19	26	1.99
35420455--35420617	46	3.6	45	74	10	129	23	30	19	26	1.98
35424547--35424591	21	2.1	21	87	0	63	11	26	28	33	1.91
35426091--35426148	30	2.0	28	90	6	89	41	1	6	50	1.39
35427448--35427598	39	3.9	39	81	0	185	39	10	13	36	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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