genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65406337--65406687	47	7.4	47	95	1	603	29	29	7	32	1.86
65413069--65413279	17	11.9	18	72	22	128	36	11	15	36	1.83
65413076--65413318	35	7.0	35	97	1	438	37	11	14	36	1.83
65419983--65420124	44	3.3	44	68	13	132	30	23	20	26	1.98
65419975--65420338	85	4.3	87	84	7	457	30	22	21	24	1.99
65419975--65420338	167	2.2	167	83	7	452	30	22	21	24	1.99
65420345--65421054	207	3.4	206	93	0	1181	30	17	22	29	1.97
65427080--65427119	21	2.0	20	95	5	71	35	0	20	45	1.51
65427080--65427127	21	2.3	21	86	10	64	35	2	18	43	1.62
65431867--65431917	23	2.3	22	86	3	66	0	54	0	45	0.99
65431867--65431917	11	4.5	11	83	11	59	0	54	0	45	0.99
65432391--65432452	3	20.0	3	77	6	61	32	1	6	59	1.32
65432394--65432455	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
65432418--65432463	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
65432480--65432527	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
65434119--65434201	43	1.9	44	82	2	105	43	10	20	25	1.84
65440324--65440462	69	2.0	69	97	0	260	28	32	12	26	1.92
65441600--65441859	129	1.9	137	81	8	320	39	23	16	20	1.92
65442656--65442705	25	2.0	25	100	0	100	52	20	4	24	1.63
65444647--65444680	6	5.7	6	100	0	68	35	32	32	0	1.58
65457598--65457677	39	2.1	39	95	0	142	36	11	18	33	1.87
65458582--65458635	22	2.5	22	84	0	81	42	24	18	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65458838--65458897	22	2.7	22	80	10	61	35	20	21	23	1.96
65459044--65459168	42	3.0	42	88	1	171	28	31	20	20	1.97
65459406--65459740	54	6.2	54	78	6	284	32	8	19	39	1.82
65459436--65459535	28	3.6	28	78	9	98	31	7	17	45	1.75
65459408--65459775	81	4.5	80	76	8	280	32	8	18	39	1.82
65459405--65459750	27	12.8	27	78	8	242	32	9	18	39	1.83
65459554--65459775	27	8.3	26	76	7	135	32	8	19	39	1.82
65459764--65459840	27	2.9	27	90	0	118	28	22	16	32	1.96
65462393--65462443	25	2.0	25	100	0	102	27	47	3	21	1.68
65462560--65462610	22	2.3	22	89	0	75	47	17	19	15	1.83
65463020--65463176	41	3.8	41	88	0	224	26	26	22	24	2.00
65463420--65463727	27	11.4	25	73	13	145	30	8	20	40	1.82
65463503--65463735	54	4.3	54	79	4	177	30	7	21	41	1.80
65463505--65463735	81	2.9	79	82	4	246	29	7	21	41	1.80
65463720--65463799	27	3.0	27	80	7	90	26	20	20	33	1.96
65465115--65465171	22	2.5	21	80	13	60	15	3	7	73	1.18
65467370--65467827	47	9.7	47	97	0	844	32	8	30	29	1.87
65467946--65468024	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
65468431--65468522	46	2.0	46	100	0	184	23	21	26	28	1.99
65469937--65470039	43	2.4	43	98	0	197	21	15	35	27	1.93
65470021--65470094	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
65470405--65470547	40	3.6	40	78	8	130	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65470524--65470678	40	3.9	40	82	0	157	23	20	29	27	1.98
65473531--65473835	47	6.4	47	95	2	513	33	8	27	29	1.87
65473531--65473835	96	3.2	96	93	4	512	33	8	27	29	1.87
65477868--65477929	3	20.7	3	80	9	65	30	3	1	64	1.19
65477868--65477940	18	4.5	17	74	16	57	27	4	1	67	1.17
65477886--65477940	15	3.5	15	75	22	51	23	3	1	70	1.12
65482622--65482798	51	3.5	52	84	7	215	29	15	28	26	1.96
65493026--65493071	24	1.9	24	86	0	65	54	2	8	34	1.43
65493318--65493382	32	2.0	32	96	0	121	32	4	15	47	1.66
65493823--65493864	22	1.9	22	85	0	57	42	4	9	42	1.58
65495059--65495146	27	3.2	27	76	16	74	65	2	10	21	1.33
65495164--65495271	39	2.7	39	80	5	110	69	5	7	17	1.32
65495751--65495810	31	1.9	31	96	0	111	55	30	0	15	1.41
65496069--65496097	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
65502623--65502662	21	1.9	21	84	0	53	32	2	15	50	1.57
65512198--65512246	20	2.5	20	86	0	62	28	12	18	40	1.86
65512209--65512247	20	2.0	20	94	0	69	28	12	15	43	1.83
65512576--65512625	20	2.5	20	93	0	82	4	14	10	72	1.26
65517424--65517595	48	3.6	47	78	9	154	26	27	19	26	1.99
65517523--65517646	48	2.6	48	85	9	159	25	29	17	28	1.98
65519591--65519853	51	5.3	51	79	9	265	40	20	10	28	1.85
65519657--65519829	95	1.8	94	87	3	258	39	21	10	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65521190--65521250	32	1.9	32	89	0	95	29	8	24	37	1.84
65521236--65521299	33	1.9	34	90	3	103	31	9	26	32	1.88
65526437--65526486	20	2.5	19	84	9	64	68	8	2	22	1.26
65526433--65526536	46	2.3	45	86	5	138	63	6	2	26	1.34
65526522--65526587	24	2.6	24	83	9	69	65	0	4	30	1.13
65526684--65526739	25	2.2	27	87	9	82	62	5	3	28	1.34
65528396--65528679	132	2.2	131	85	1	372	29	19	21	29	1.98
65528479--65528679	44	4.6	44	77	6	169	28	19	21	30	1.97
65528919--65529275	44	8.1	44	72	7	231	29	23	16	30	1.96
65528932--65529242	131	2.3	133	85	4	396	28	24	17	29	1.97
65531110--65531162	27	2.0	27	100	0	106	28	22	15	33	1.94
65537394--65537438	19	2.4	19	88	7	65	46	6	17	28	1.73
65537910--65537963	26	2.0	26	85	7	72	20	33	3	42	1.70
65542100--65542277	27	6.6	27	83	5	189	28	28	15	26	1.96
65542121--65542276	82	1.9	81	85	6	217	28	28	16	26	1.97
65551499--65551523	13	1.9	13	100	0	50	8	48	20	24	1.76
65559171--65559218	20	2.4	20	100	0	96	12	31	35	20	1.90
65563085--65563311	48	4.7	48	83	2	251	24	15	32	28	1.95
65569151--65569271	57	2.1	57	85	7	158	29	9	24	35	1.88
65570886--65571161	48	5.8	48	81	4	315	26	16	30	27	1.97
65570887--65571161	144	1.9	144	86	3	392	26	16	30	27	1.97
65581116--65581233	58	2.0	58	100	0	236	13	23	16	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65581254--65581650	107	3.7	108	87	5	492	23	25	16	34	1.95
65581254--65581650	54	7.5	53	75	11	359	23	25	16	34	1.95
65581536--65581711	47	3.6	47	72	15	176	27	23	13	35	1.92
65581266--65581711	101	4.3	101	88	4	443	24	24	15	34	1.95
65581850--65581933	44	1.9	44	85	9	118	25	25	11	38	1.90
65587328--65587380	19	2.8	18	75	18	54	56	1	7	33	1.38
65593099--65593199	53	1.9	53	91	0	166	24	16	25	32	1.96
65607503--65608021	85	6.1	85	99	0	1029	38	8	26	26	1.85
65609191--65609372	79	2.3	81	83	7	221	24	23	27	24	2.00
65609191--65609374	40	4.6	40	82	9	207	24	22	27	25	2.00
65609243--65609397	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
65615852--65616710	85	10.1	85	100	0	1718	38	8	26	26	1.84
65617879--65618063	40	4.7	40	82	7	200	24	22	28	25	1.99
65617926--65618096	79	2.2	79	82	8	206	26	19	27	25	1.99
65623354--65623531	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65623375--65623530	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65625825--65625946	60	2.0	60	95	0	217	31	26	17	25	1.97
65626603--65627168	283	2.0	283	100	0	1132	30	26	16	26	1.96
65627140--65627796	327	2.0	327	99	0	1305	28	25	18	27	1.98
65638841--65638932	43	2.1	43	84	7	116	23	18	29	28	1.98
65650111--65650185	37	2.0	37	94	0	132	42	22	14	20	1.88
65655548--65655784	48	5.0	48	76	6	248	25	28	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65655547--65655784	95	2.5	96	87	2	336	26	28	18	26	1.98
65658158--65658366	41	5.2	40	84	3	107	25	27	23	23	2.00
65658181--65658366	41	4.6	41	87	3	243	24	26	24	24	2.00
65661660--65661772	56	2.0	56	92	0	190	25	20	25	28	1.99
65672917--65673183	40	6.6	40	83	6	331	23	22	28	25	1.99
65672921--65673162	83	2.9	83	97	0	448	21	22	29	26	1.99
65672917--65673183	123	2.2	121	86	7	362	23	22	28	25	1.99
65681048--65681271	40	5.6	40	87	6	310	24	23	27	25	2.00
65681052--65681271	83	2.7	80	89	5	311	23	24	27	24	2.00
65683775--65683816	20	2.1	20	95	0	75	42	9	16	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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