genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25791656--25791741	26	3.3	24	72	15	82	48	1	2	47	1.22
25791726--25791762	19	1.9	19	100	0	74	67	0	0	32	0.91
25792386--25792458	31	2.3	32	84	11	89	56	1	1	41	1.16
25792664--25792711	19	2.5	19	86	6	62	39	2	2	56	1.23
25805640--25805685	7	6.4	7	90	5	74	15	0	41	43	1.46
25805642--25805685	22	2.0	22	95	0	79	15	0	38	45	1.47
25805642--25805680	15	2.7	15	92	4	62	15	0	35	48	1.45
25807460--25807934	237	2.0	236	93	1	808	21	22	29	26	1.99
25809225--25809268	16	2.6	16	85	7	52	56	4	20	18	1.58
25809237--25809268	16	1.9	17	93	6	57	56	6	18	18	1.62
25809381--25809443	18	3.3	18	77	16	56	65	0	22	12	1.26
25817089--25817124	18	2.1	18	89	5	56	19	38	25	16	1.92
25821150--25821276	47	2.7	47	88	2	184	33	25	16	23	1.96
25828533--25828650	40	3.0	40	86	6	168	22	27	22	28	1.99
25836523--25836676	40	3.9	39	89	4	220	22	27	21	29	1.99
25836519--25836676	80	2.0	79	89	1	244	22	27	20	29	1.99
25841137--25841170	17	1.9	18	94	5	61	11	17	50	20	1.77
25848020--25848054	18	1.9	18	94	0	61	11	28	45	14	1.79
25857531--25857713	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
25857529--25857713	40	4.7	40	82	7	225	24	28	22	24	2.00
25861998--25862284	27	10.6	27	84	0	252	39	22	8	30	1.83
25861998--25862248	81	3.1	81	80	2	279	39	22	8	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25862277--25862606	27	12.3	27	86	2	405	38	20	19	22	1.93
25862277--25862623	107	3.2	107	89	3	486	38	19	19	22	1.94
25862289--25862625	81	4.2	81	87	3	457	38	18	19	22	1.94
25862908--25862955	20	2.4	20	82	0	60	14	18	29	37	1.91
25863188--25863291	27	3.9	27	81	5	111	21	22	19	37	1.94
25863420--25863481	25	2.5	25	83	0	79	19	20	14	45	1.85
25863464--25863532	6	11.3	6	79	14	79	15	17	14	52	1.75
25863436--25863511	31	2.5	31	88	0	107	15	21	15	47	1.82
25881872--25882048	27	6.5	26	81	3	138	25	15	27	30	1.96
25881899--25882048	55	2.8	54	83	4	167	27	15	28	28	1.96
25881872--25882027	82	1.9	81	83	6	199	26	16	27	30	1.96
25881868--25882048	82	2.2	81	79	4	195	26	16	27	30	1.96
25883046--25883088	23	1.9	22	86	13	61	25	6	23	44	1.78
25892141--25892260	53	2.3	53	80	2	134	37	19	25	17	1.93
25895742--25895822	27	2.9	27	78	9	83	34	18	24	22	1.96
25896540--25896690	27	5.6	27	82	0	176	27	21	16	33	1.95
25901968--25902049	27	3.0	27	80	8	94	34	20	24	20	1.97
25901995--25902132	67	2.0	67	87	2	195	31	23	27	18	1.97
25902712--25902765	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
25902768--25902965	27	7.3	27	82	1	209	27	18	17	36	1.93
25910384--25910448	22	3.0	22	81	0	85	15	23	26	35	1.94
25913787--25913838	22	2.4	21	83	6	59	19	25	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25915045--25915081	19	1.9	19	88	0	56	27	5	10	56	1.55
25915591--25915656	34	1.9	34	100	0	132	39	16	3	40	1.64
25920348--25920528	91	2.0	91	98	0	353	25	35	15	23	1.94
25924915--25925099	48	3.9	48	81	4	194	25	29	17	27	1.97
25928248--25928324	39	2.0	39	97	0	145	36	2	20	40	1.67
25930738--25930786	21	2.3	21	89	0	71	14	24	36	24	1.93
25933717--25933795	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
25933914--25934293	47	8.1	47	99	0	742	29	30	8	32	1.87
25936760--25937101	40	8.6	40	88	3	487	24	27	22	25	2.00
25936761--25937098	159	2.1	160	87	4	479	24	27	22	25	2.00
25938918--25938996	37	2.1	37	88	4	115	24	29	18	27	1.98
25939037--25939624	49	12.1	49	95	1	986	28	29	9	31	1.89
25943371--25943539	43	4.0	43	78	7	175	31	25	14	28	1.94
25943749--25944112	182	2.0	182	100	0	728	32	7	20	38	1.81
25944453--25944604	75	2.1	72	90	7	236	33	5	26	34	1.81
25946321--25946565	47	5.2	47	92	0	346	31	11	30	27	1.91
25946369--25946442	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
25946353--25946599	47	5.3	47	91	1	237	30	12	31	25	1.92
25958104--25958208	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
25959693--25959836	46	3.1	46	73	14	143	29	29	20	21	1.98
25961733--25962669	40	23.5	40	97	0	1734	23	20	27	28	1.99
25966730--25966851	46	2.6	47	86	10	162	29	19	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25966915--25967184	49	5.6	49	95	1	456	24	18	28	28	1.98
25969880--25970003	43	2.9	43	80	7	119	35	25	13	25	1.93
25975087--25975152	29	2.3	29	81	5	71	31	24	1	42	1.64
25982052--25982128	26	3.0	26	84	0	100	40	20	18	20	1.92
25982283--25982341	27	2.2	27	93	0	100	16	18	22	42	1.89
25986055--25986129	30	2.6	29	81	6	89	28	29	12	30	1.92
25997477--25997654	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25997478--25997633	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25997474--25997654	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26002199--26002531	47	7.1	47	98	0	639	32	8	29	29	1.87
26002650--26002728	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
26006075--26006126	26	2.0	25	82	14	61	15	15	21	48	1.81
26006443--26006509	29	2.3	29	86	0	89	25	28	17	28	1.98
26010080--26010191	29	3.9	29	77	8	104	28	30	14	26	1.95
26010068--26010178	58	1.9	57	85	8	154	27	30	16	25	1.96
26012005--26012034	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
26014388--26014424	18	2.1	18	100	0	74	43	0	29	27	1.55
26014560--26014604	15	3.0	15	90	0	63	13	15	13	57	1.65
26017503--26017792	50	5.7	50	75	7	228	25	18	25	31	1.98
26017550--26017740	102	1.9	102	85	2	267	27	20	23	28	1.99
26017993--26018022	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
26043108--26043305	44	4.6	43	82	10	235	25	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26043106--26043305	86	2.3	86	82	9	239	26	18	25	30	1.98
26049190--26049244	22	2.5	22	85	11	85	38	30	21	9	1.85
26055496--26055732	42	5.6	42	88	0	321	33	24	17	24	1.96
26060202--26060277	40	1.9	40	83	0	98	19	14	32	32	1.92
26063536--26063681	74	2.0	74	95	0	265	47	19	6	27	1.73
26064315--26064457	40	3.6	40	93	3	218	28	26	23	20	1.99
26079435--26079700	42	6.4	42	81	5	281	30	23	19	26	1.98
26107617--26107684	35	1.9	35	88	5	102	27	13	27	30	1.94
26110553--26110582	12	2.4	13	88	11	53	6	16	0	76	0.99
26111727--26111831	27	3.9	27	84	2	129	39	20	9	30	1.85
26111727--26111830	55	1.9	54	84	2	136	39	20	9	30	1.84
26112247--26112340	27	3.5	26	70	8	64	19	19	19	42	1.89
26116177--26116261	40	2.2	40	84	2	109	28	31	22	17	1.97
26116332--26116440	47	2.4	45	84	7	130	28	28	10	33	1.89
26118987--26119027	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
26122408--26122434	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
26123540--26123591	15	3.2	15	73	19	50	44	0	0	55	0.99
26127291--26127399	29	3.8	30	75	8	102	25	31	15	27	1.96
26127298--26127410	58	2.0	57	80	5	129	26	29	14	30	1.95
26127483--26127529	19	2.5	19	86	3	60	19	36	17	27	1.93
26128869--26128901	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
26136659--26136704	22	2.1	22	83	0	56	45	0	4	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26139994--26140149	42	3.7	42	81	5	170	28	15	25	30	1.96
26145016--26145381	48	7.7	47	73	13	256	27	19	29	23	1.98
26149908--26149993	45	1.9	45	92	4	147	36	24	13	25	1.93
26159804--26160352	46	12.0	46	90	1	771	40	14	22	21	1.90
26160633--26160665	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
26163412--26163465	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
26163402--26163500	30	3.3	30	95	0	180	26	50	6	17	1.69
26163986--26164115	25	5.6	24	74	10	83	33	6	3	56	1.42
26164129--26164170	22	1.9	22	90	0	66	28	2	7	61	1.35
26164135--26164199	26	2.5	25	85	5	76	29	4	6	60	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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