genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38811744--38811942	106	1.9	106	89	2	310	32	30	18	18	1.95
38814053--38814173	61	2.0	61	82	6	147	50	8	3	38	1.49
38816851--38816922	20	3.6	21	76	12	71	50	0	1	48	1.09
38816906--38816947	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
38816910--38816946	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
38818586--38818628	22	2.0	22	85	0	59	62	11	6	18	1.50
38819915--38820019	27	3.9	27	80	9	115	37	20	24	18	1.94
38827005--38827090	27	3.2	26	75	20	79	41	19	23	15	1.89
38827518--38827546	8	3.6	8	100	0	58	0	24	20	55	1.44
38828438--38828512	24	3.1	24	92	0	123	25	40	1	33	1.64
38843813--38843857	19	2.4	19	85	7	56	33	2	0	64	1.06
38845751--38845800	22	2.4	21	81	15	59	28	4	0	68	1.08
38850310--38850366	26	2.2	26	84	6	71	28	0	10	61	1.29
38851265--38851368	52	2.0	52	96	0	190	37	10	10	41	1.74
38851426--38851593	70	2.4	70	94	2	293	39	13	12	33	1.83
38855952--38856027	39	1.9	39	100	0	152	36	13	11	38	1.81
38856247--38856307	26	2.3	27	94	2	106	44	6	21	27	1.77
38856876--38857048	87	2.0	87	89	0	265	39	12	8	39	1.73
38857136--38857256	32	3.6	32	67	16	84	52	5	4	38	1.45
38857127--38857260	68	2.0	69	89	1	207	50	6	4	38	1.49
38857136--38857279	68	2.1	69	84	1	182	52	5	3	38	1.42
38868763--38868800	20	2.0	20	89	5	60	47	31	0	21	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38868770--38868806	20	1.9	19	89	10	58	45	29	0	24	1.53
38869807--38869839	13	2.4	14	90	5	50	66	3	0	30	1.06
38869848--38869880	6	5.5	6	96	0	57	63	0	3	33	1.10
38888339--38890113	295	6.0	295	100	0	3550	26	20	16	36	1.94
38898588--38898666	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
38898796--38899166	47	7.9	47	95	1	634	29	30	8	31	1.88
38902422--38902657	40	5.9	40	79	5	212	25	27	22	24	2.00
38902422--38902657	120	2.0	120	80	11	270	25	27	22	24	2.00
38902963--38903041	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
38903023--38903125	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
38904991--38905069	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
38905190--38905318	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
38917474--38917517	23	1.9	23	81	9	54	38	27	0	34	1.57
38934132--38934186	28	1.9	29	88	3	85	18	45	20	16	1.86
38935390--38935757	48	7.7	48	81	1	389	24	29	19	26	1.98
38935390--38935757	144	2.6	144	86	3	492	24	29	19	26	1.98
38937401--38937485	43	2.0	43	92	0	143	27	18	34	20	1.96
38943543--38943810	9	28.6	9	72	13	148	38	1	13	47	1.52
38943543--38943705	71	2.3	69	84	4	202	38	1	12	47	1.50
38943579--38943839	87	3.0	87	94	1	463	39	1	12	46	1.51
38943913--38943942	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
38944242--38944591	71	4.9	71	99	0	691	62	4	4	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38945058--38945086	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
38945287--38945655	183	2.0	183	97	0	693	42	14	15	27	1.86
38948585--38948633	15	3.5	15	73	21	61	28	0	53	18	1.45
38948584--38948636	26	2.0	26	100	0	106	30	0	49	20	1.50
38948914--38948983	28	2.5	27	79	9	77	38	28	1	31	1.66
38948948--38948991	21	2.1	21	86	0	61	34	31	2	31	1.70
38948958--38949003	21	2.2	21	84	3	58	41	28	2	28	1.68
38949212--38949245	7	4.9	7	96	0	59	32	52	0	14	1.42
38949351--38949816	41	11.4	41	88	0	691	23	26	18	32	1.97
38949351--38949788	123	3.6	123	100	0	876	24	26	17	31	1.97
38949871--38949896	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
38950160--38950202	22	2.0	22	86	9	61	25	6	16	51	1.69
38952678--38952709	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
38953945--38954029	29	2.9	29	81	6	93	30	14	18	36	1.91
38953962--38954032	29	2.4	29	88	4	99	32	12	19	35	1.90
38954316--38954370	19	2.9	19	72	5	58	38	0	0	61	0.96
38971573--38971710	69	2.0	69	95	0	249	33	21	13	31	1.92
38975623--38975748	40	3.2	40	88	1	191	27	26	21	23	1.99
38977045--38977078	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
38983595--38983880	40	7.2	40	95	1	486	29	27	19	24	1.98
38984534--38984567	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
38987225--38987583	93	3.9	93	97	0	666	28	31	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38987272--38987533	47	5.6	47	76	12	288	29	30	19	20	1.97
38987218--38987579	46	7.8	46	76	13	348	29	30	19	19	1.97
38989930--38989999	15	4.8	14	74	19	54	11	11	15	61	1.57
38990341--38990368	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
38997216--38997262	18	2.7	17	83	3	58	48	8	6	36	1.59
38997437--38997564	64	2.0	64	92	0	211	28	15	25	30	1.96
39004956--39005103	71	2.1	71	98	0	287	28	12	22	35	1.91
39006489--39006548	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
39017339--39017492	47	3.3	47	92	0	263	35	6	29	29	1.82
39021338--39021528	38	4.9	38	87	2	238	32	26	20	20	1.97
39021338--39021528	78	2.5	76	85	3	247	32	26	20	20	1.97
39029034--39029191	38	4.1	38	94	1	253	31	25	21	22	1.98
39030007--39030178	86	2.0	86	96	0	317	30	24	7	37	1.83
39031546--39032044	43	11.6	43	98	0	944	30	34	25	10	1.89
39032037--39032160	38	3.2	38	86	2	140	28	27	21	22	1.99
39042875--39042914	18	2.2	18	86	8	55	42	10	10	37	1.72
39043461--39043487	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
39051593--39051628	14	2.6	14	95	4	65	13	22	11	52	1.72
39061734--39061889	79	2.0	79	96	0	285	22	26	13	37	1.91
39066396--39066709	45	7.0	43	81	11	353	28	19	30	21	1.97
39067825--39067851	10	2.7	10	100	0	54	62	0	7	29	1.22
39085982--39086148	43	3.9	42	78	6	149	23	16	26	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39107957--39107996	21	1.9	21	84	0	53	42	10	22	25	1.84
39110072--39110214	24	6.0	24	90	4	218	29	18	21	30	1.97
39113359--39113405	21	2.2	21	92	0	76	23	14	36	25	1.93
39114177--39114283	19	5.8	18	69	18	69	49	2	2	44	1.31
39118820--39119164	176	2.0	176	99	0	681	42	16	6	34	1.73
39147490--39147700	35	6.0	35	90	0	305	16	15	28	39	1.89
39147490--39147714	105	2.1	105	89	2	344	15	14	29	40	1.87
39147692--39147782	36	2.5	36	90	0	146	13	8	38	39	1.75
39151803--39151841	20	2.0	19	90	5	60	28	7	15	48	1.72
39151807--39151860	20	2.7	20	82	0	63	29	5	14	50	1.66
39153526--39153646	59	2.1	59	98	0	233	24	27	6	41	1.80
39154396--39154425	12	2.5	12	94	0	51	10	26	36	26	1.88
39156095--39156148	26	2.1	26	96	0	99	40	12	14	31	1.84
39157625--39157792	30	5.6	30	74	9	126	23	25	11	38	1.89
39157622--39157878	91	2.8	91	82	2	275	22	26	12	39	1.89
39157776--39157861	30	2.8	30	83	1	100	18	26	12	41	1.87
39160311--39160356	24	1.9	24	86	8	67	41	4	0	54	1.20
39160814--39160866	22	2.3	22	90	6	79	50	22	0	26	1.49
39163341--39163426	40	2.2	39	80	2	100	25	16	27	30	1.97
39168248--39170474	47	47.1	47	99	0	4247	32	8	29	29	1.87
39170593--39170671	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
39172537--39172639	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39172621--39172694	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
39173007--39173282	40	6.9	40	87	3	353	25	22	27	25	2.00
39176582--39176993	47	8.8	47	96	0	734	31	8	31	29	1.86
39177112--39177190	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
39181218--39181286	31	2.2	31	81	0	75	28	40	14	15	1.87
39184784--39184819	6	6.0	6	100	0	72	16	0	0	83	0.65
39186916--39186967	20	2.5	20	84	3	77	25	13	13	48	1.79
39196360--39196400	20	2.0	21	86	13	59	34	0	26	39	1.57
39205565--39205701	63	2.2	63	82	0	157	29	21	21	27	1.99
39209871--39209977	39	2.7	39	89	0	151	31	28	20	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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