genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  298  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99001432--99001464	12	2.8	12	90	4	50	27	3	3	66	1.21
99001557--99001700	64	2.4	60	79	10	161	31	7	2	59	1.37
99014139--99014169	16	2.0	15	93	6	53	16	0	6	77	0.97
99014762--99014835	35	2.1	35	85	9	98	28	6	21	43	1.78
99014832--99014865	11	3.1	11	86	0	50	38	0	2	58	1.13
99021718--99022243	288	1.8	287	97	0	1007	42	5	18	33	1.74
99022223--99022256	13	2.6	13	100	0	68	44	0	5	50	1.26
99031901--99031936	16	2.2	16	100	0	72	38	0	30	30	1.58
99032886--99032923	19	2.0	19	94	0	67	34	10	13	42	1.78
99052842--99053109	26	10.3	26	74	4	191	32	29	15	22	1.95
99052875--99053109	52	4.5	52	78	4	215	33	29	16	21	1.95
99052875--99053088	78	2.7	78	78	2	225	34	29	15	20	1.93
99057270--99057431	43	3.8	42	82	7	177	32	23	13	30	1.93
99059459--99059670	49	4.4	49	75	9	183	24	28	20	26	1.99
99059415--99059608	98	2.0	97	80	7	214	26	27	20	25	1.99
99071143--99071284	49	2.9	49	89	2	194	23	19	27	29	1.98
99077646--99077869	26	8.6	26	74	6	125	31	25	13	28	1.94
99077703--99077852	52	2.9	52	80	4	151	32	24	12	30	1.92
99077652--99077869	78	2.8	78	75	3	197	32	25	13	28	1.94
99080863--99080888	13	2.0	13	100	0	52	23	30	0	46	1.53
99091987--99092046	23	2.6	23	75	15	61	53	8	8	30	1.60
99092869--99092924	27	2.1	27	93	0	94	37	17	17	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99103209--99103333	39	3.2	39	91	2	189	24	25	20	29	1.99
99109717--99109791	38	2.0	38	94	0	132	22	20	13	44	1.86
99111358--99111462	39	2.7	39	83	5	133	24	23	20	30	1.99
99123830--99124124	50	5.9	50	91	0	446	29	20	27	22	1.98
99125984--99126296	47	6.7	45	72	17	214	27	18	29	24	1.98
99126079--99126184	44	2.4	42	84	10	124	27	17	28	26	1.98
99142888--99142924	14	2.6	14	95	0	65	21	32	13	32	1.92
99144555--99144595	20	2.0	20	85	0	55	29	19	14	36	1.92
99148097--99148126	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
99157431--99157471	15	2.8	15	85	10	50	31	4	4	58	1.40
99160295--99160511	40	5.5	40	84	6	255	22	23	29	24	1.99
99160295--99160511	79	2.7	79	81	10	248	22	23	29	24	1.99
99160295--99160511	119	1.8	119	83	7	289	22	23	29	24	1.99
99166299--99166356	28	2.1	28	96	0	107	31	8	24	36	1.85
99179583--99179619	19	2.0	19	89	5	58	27	0	0	72	0.84
99192066--99192173	53	2.0	53	100	0	216	37	11	16	35	1.84
99195051--99195082	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
99195318--99195371	28	1.9	28	100	0	108	40	18	7	33	1.78
99198981--99199015	15	2.3	15	90	0	52	28	14	17	40	1.88
99205385--99205772	130	3.0	130	85	2	494	31	17	14	36	1.90
99205874--99206206	130	2.6	130	84	2	402	33	17	13	36	1.89
99210310--99210339	6	5.0	6	100	0	60	16	16	0	66	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99212994--99213063	25	2.8	25	84	0	95	25	24	22	27	2.00
99213109--99213190	21	3.9	21	90	0	119	35	17	9	37	1.82
99213109--99213188	5	15.4	5	72	12	63	36	17	8	37	1.81
99213109--99213196	10	8.6	10	77	15	83	36	17	9	37	1.81
99220909--99220997	6	14.7	6	90	6	144	50	15	16	16	1.78
99221385--99221764	27	14.1	27	84	1	431	40	7	21	30	1.81
99221385--99221764	54	7.1	54	87	0	494	40	7	21	30	1.81
99221385--99221764	81	4.7	81	86	0	485	40	7	21	30	1.81
99221760--99221883	27	4.6	27	78	8	112	29	9	21	39	1.85
99225334--99225412	39	2.0	39	97	0	149	31	12	16	39	1.86
99241557--99241613	26	2.2	25	81	9	62	19	24	19	36	1.94
99241690--99241776	24	3.6	24	77	10	79	17	26	21	34	1.95
99241577--99241772	73	2.7	73	74	10	166	19	25	22	32	1.97
99241691--99241794	48	2.1	49	81	10	115	19	25	21	33	1.97
99241764--99241828	25	2.6	25	80	4	69	26	21	15	36	1.93
99246208--99246245	3	12.7	3	94	0	67	65	0	0	34	0.93
99246339--99246583	81	3.0	81	97	1	456	32	23	8	35	1.85
99251077--99251103	13	2.1	13	100	0	54	70	7	0	22	1.12
99252249--99252458	110	1.9	106	90	3	330	32	16	23	26	1.96
99252835--99252859	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
99255980--99256087	45	2.4	45	82	0	117	31	20	25	23	1.98
99257786--99257834	19	2.5	19	87	9	64	48	22	6	22	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99259779--99259900	28	4.4	28	68	26	98	28	8	1	61	1.34
99259741--99259902	81	2.0	81	97	0	306	28	9	2	59	1.42
99259755--99259900	28	5.3	26	67	27	72	28	8	2	60	1.36
99263800--99263837	19	2.0	20	89	5	60	28	18	5	47	1.70
99271914--99272086	44	3.8	44	75	11	168	31	20	19	28	1.97
99271904--99272119	94	2.3	94	86	0	290	31	18	18	30	1.96
99272143--99272299	44	3.4	44	79	7	127	28	19	22	28	1.98
99272380--99272463	44	1.9	44	85	0	114	34	17	16	30	1.93
99273840--99273939	42	2.3	42	77	14	105	33	28	17	22	1.96
99274440--99274541	23	4.4	23	88	0	159	40	20	4	34	1.74
99280682--99280865	40	4.6	39	80	9	194	24	22	28	25	1.99
99280734--99280898	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
99283717--99283795	41	1.9	41	87	5	115	21	22	20	35	1.96
99284258--99284355	48	2.0	48	98	0	187	26	11	4	58	1.51
99284548--99284647	24	4.5	23	71	19	70	30	7	5	58	1.46
99285965--99286076	57	2.0	57	83	3	145	45	12	4	37	1.62
99286312--99286386	37	2.0	37	92	0	123	22	5	9	62	1.45
99286786--99286815	15	2.0	15	93	0	51	36	3	0	60	1.14
99287689--99287754	31	2.1	31	91	0	105	33	13	12	40	1.82
99289219--99289256	18	2.1	19	95	5	69	57	0	5	36	1.21
99289215--99289254	21	1.9	21	84	0	53	60	0	5	35	1.19
99289515--99289601	42	2.0	42	91	2	138	40	10	6	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99291322--99291807	131	3.7	132	80	4	479	36	18	19	26	1.94
99294431--99294514	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
99296002--99296054	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
99298958--99298999	15	2.7	15	77	22	50	26	9	0	64	1.24
99299990--99300229	127	1.9	127	83	5	315	28	14	18	38	1.90
99301225--99301276	20	2.7	19	85	5	77	48	3	0	48	1.20
99306077--99306900	180	4.6	179	84	2	1007	29	23	16	30	1.97
99306518--99306796	88	3.1	87	67	13	224	27	24	17	30	1.97
99306076--99306900	359	2.3	357	82	6	1054	29	23	16	30	1.97
99308043--99308087	23	2.0	23	100	0	90	4	26	24	44	1.72
99321307--99321347	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
99323077--99323168	39	2.4	39	92	3	159	19	20	28	31	1.97
99326130--99326210	39	2.1	39	100	0	162	50	19	0	29	1.48
99326767--99327092	131	2.5	130	85	4	437	35	20	17	26	1.95
99329677--99329825	15	10.0	14	78	18	142	16	8	21	53	1.68
99330233--99330280	25	1.9	25	95	0	87	29	10	31	29	1.90
99330862--99331127	54	5.0	54	87	9	395	38	16	15	29	1.90
99330985--99331081	47	2.1	47	94	0	167	39	12	17	30	1.87
99330862--99331127	101	2.5	104	89	5	403	38	16	15	29	1.90
99331107--99331140	13	2.5	14	85	9	52	64	5	8	20	1.43
99331074--99331459	89	4.4	89	76	7	394	34	18	15	31	1.92
99331282--99331314	13	2.5	13	95	0	57	60	9	15	15	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99331071--99331473	174	2.3	177	87	3	589	35	17	15	30	1.92
99331382--99331583	110	1.8	112	88	2	309	36	15	17	30	1.91
99331478--99332017	73	7.4	73	94	1	935	34	16	17	32	1.92
99331477--99332017	218	2.5	218	94	1	962	34	16	17	32	1.91
99331478--99332017	145	3.7	145	95	0	965	34	16	17	32	1.92
99334197--99334254	25	2.3	25	85	5	73	1	8	5	84	0.83
99334201--99334246	16	2.8	16	83	3	56	2	6	6	84	0.84
99364353--99364425	36	2.0	36	100	0	146	39	8	27	24	1.84
99365324--99365383	20	2.9	21	75	20	56	63	5	1	30	1.25
99365442--99365524	10	8.6	9	70	18	51	59	0	0	40	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322