genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57902760--57903229	261	1.8	261	79	6	558	29	15	14	40	1.86
57904723--57905046	162	2.0	162	100	0	648	42	25	4	26	1.75
57905515--57905613	42	2.3	43	82	6	121	33	26	17	23	1.96
57914226--57914271	24	1.9	24	90	0	74	36	8	10	43	1.71
57924953--57924999	21	2.3	20	82	7	58	12	2	8	76	1.09
57924947--57924999	9	5.3	10	78	13	56	13	1	7	77	1.06
57932660--57932755	48	2.0	48	93	0	165	26	12	18	42	1.86
57936983--57937013	6	5.0	6	96	4	53	64	3	0	32	1.09
57937901--57937994	41	2.3	41	85	7	120	19	20	25	35	1.96
57942134--57942297	44	3.8	42	80	10	154	26	15	24	32	1.95
57944659--57944736	33	2.4	33	77	12	88	25	25	16	32	1.96
57945579--57945615	19	1.9	19	94	0	65	59	8	21	10	1.56
57955966--57956177	40	5.3	40	85	3	259	24	20	27	28	1.99
57959430--57959477	24	2.0	24	100	0	96	41	25	12	20	1.87
57966456--57966492	14	2.9	14	80	19	53	0	51	10	37	1.37
57969112--57969392	39	7.2	39	92	0	445	23	23	28	23	1.99
57972997--57973070	21	3.5	21	84	0	76	20	33	22	22	1.97
57973016--57973080	21	3.1	21	81	0	76	16	30	26	26	1.97
57985297--57985521	40	5.7	40	85	4	249	24	20	28	26	1.99
57993259--57993468	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
57993206--57993468	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
57993259--57993503	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57996146--57996180	17	2.1	17	94	0	61	31	5	17	45	1.71
58003543--58003592	18	2.7	18	90	3	73	76	8	4	12	1.15
58003549--58003592	6	7.3	6	81	0	52	77	6	2	13	1.07
58008154--58008228	33	2.3	33	97	0	141	32	9	22	36	1.86
58009312--58009351	11	3.6	11	89	0	53	35	0	47	17	1.48
58014483--58014799	47	6.7	47	95	0	546	33	8	29	28	1.87
58014918--58014996	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
58019184--58019282	52	1.9	52	100	0	198	39	19	9	32	1.83
58025750--58025783	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
58045977--58046074	33	2.9	34	81	3	110	33	16	24	25	1.96
58047753--58047793	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
58053600--58053640	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
58059731--58059927	50	4.2	46	72	18	147	23	28	19	28	1.98
58064852--58064893	22	2.0	22	86	9	61	19	7	7	66	1.39
58084450--58084595	40	3.6	41	81	9	167	26	27	21	23	1.99
58088679--58088798	62	1.9	62	100	0	240	28	25	14	32	1.94
58091885--58092069	79	2.3	81	83	7	227	24	27	22	24	2.00
58091885--58092069	40	4.7	40	82	7	225	24	27	22	24	2.00
58093982--58094123	73	1.9	75	81	5	173	27	17	8	46	1.77
58098839--58099366	44	11.6	44	73	12	307	33	19	20	26	1.97
58098880--58099137	143	1.8	143	82	5	333	32	20	20	25	1.98
58099158--58099366	90	2.3	90	100	0	418	34	20	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58099158--58099391	46	5.2	46	81	3	262	34	20	17	28	1.95
58101121--58101162	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
58102599--58102754	85	1.8	84	81	9	192	25	17	25	32	1.97
58102592--58102762	43	4.0	41	71	15	141	26	16	25	31	1.97
58110251--58110361	42	2.6	43	81	7	129	25	18	23	32	1.97
58114119--58114179	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
58115378--58115522	40	3.6	40	85	0	191	33	26	17	21	1.96
58118395--58118566	43	4.1	42	76	8	161	27	13	25	33	1.94
58122191--58122224	17	2.0	17	88	11	52	17	29	5	47	1.71
58128621--58128665	21	2.1	21	87	0	63	44	13	8	33	1.75
58137842--58137966	6	20.3	6	73	16	105	48	13	19	19	1.81
58137851--58137966	25	4.7	25	86	3	155	48	12	19	18	1.81
58138084--58138191	27	4.0	26	85	5	135	36	21	24	18	1.95
58138735--58139273	108	5.0	108	92	0	749	25	19	17	37	1.93
58138731--58139276	27	20.2	27	85	1	639	26	19	17	37	1.93
58139262--58139332	27	2.6	27	77	0	88	29	1	22	46	1.60
58139325--58139544	27	8.3	27	80	10	231	31	11	18	38	1.86
58139325--58139544	53	4.1	54	85	6	263	31	11	18	38	1.86
58139320--58139544	80	2.8	78	81	9	258	31	11	18	39	1.85
58141042--58141211	43	4.0	43	79	4	164	25	15	26	32	1.95
58151469--58151548	41	2.0	41	90	5	126	30	15	17	37	1.90
58161983--58162030	24	2.0	24	95	0	87	35	20	10	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58162137--58162171	18	1.9	18	94	0	61	48	14	17	20	1.81
58162439--58162488	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
58162579--58162703	27	4.6	27	88	4	180	37	13	14	34	1.85
58165865--58165899	18	1.9	18	94	0	61	48	14	17	20	1.81
58166166--58166215	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
58166304--58166402	26	3.8	26	87	2	144	34	15	18	32	1.92
58169641--58169687	21	2.2	21	96	0	85	42	19	19	19	1.89
58173389--58173428	14	2.9	13	88	3	53	17	2	2	77	0.99
58180400--58180561	41	3.9	41	76	6	146	25	17	24	32	1.97
58180449--58180561	43	2.7	42	81	4	120	27	16	22	33	1.95
58187807--58187836	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
58188081--58188141	24	2.7	22	78	9	77	39	19	14	26	1.90
58188107--58188163	22	2.5	22	80	8	62	35	22	15	26	1.94
58195564--58195668	23	4.6	23	76	8	115	34	18	20	27	1.95
58195562--58195677	46	2.5	45	86	5	144	32	18	21	27	1.96
58201845--58201947	43	2.4	43	88	3	145	26	14	23	35	1.93
58202206--58202262	28	2.0	28	96	0	105	24	10	12	52	1.70
58210037--58210081	24	1.9	23	82	13	56	31	28	6	33	1.83
58217070--58217171	44	2.4	44	83	6	129	34	26	17	21	1.96
58227473--58227631	43	3.7	44	80	7	182	27	16	25	30	1.97
58231417--58231528	27	4.2	26	80	7	107	39	21	23	16	1.92
58236409--58236551	43	3.3	41	80	7	151	32	16	22	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58246749--58246825	6	14.4	5	75	17	59	76	0	5	18	0.96
58246749--58246825	35	2.2	35	84	9	95	76	0	5	18	0.96
58246776--58246825	5	9.8	5	85	14	59	80	0	2	18	0.82
58246759--58246826	6	11.5	6	83	9	70	79	0	4	16	0.89
58250543--58250575	13	2.6	13	90	4	50	48	15	0	36	1.45
58253812--58253877	33	2.0	33	88	5	98	31	18	12	37	1.87
58255982--58256068	44	2.0	44	97	0	165	43	21	9	25	1.82
58257245--58257333	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
58257245--58257324	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
58257256--58257333	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
58264120--58264228	53	2.1	53	94	0	191	43	7	21	28	1.79
58269252--58269418	43	3.9	43	75	6	151	28	14	24	31	1.95
58276508--58276557	20	2.5	20	96	0	91	40	40	4	16	1.67
58278346--58278395	23	2.4	22	83	12	61	14	26	38	22	1.91
58279473--58279599	50	2.5	50	86	7	161	23	27	18	30	1.97
58280321--58280345	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
58281362--58281394	15	2.1	17	88	11	52	12	9	15	63	1.51
58290723--58290753	13	2.4	13	94	0	53	19	32	32	16	1.94
58307510--58307770	50	5.5	50	75	12	158	21	27	19	31	1.97
58307459--58307775	50	6.7	46	72	11	151	21	28	20	29	1.98
58308490--58308515	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
58313741--58313846	41	2.6	41	83	3	124	27	16	23	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58313770--58313870	41	2.5	40	82	4	114	28	15	21	33	1.95
58315517--58315555	18	2.2	18	86	4	53	12	23	43	20	1.86
58323806--58324074	46	5.8	48	75	9	229	27	17	30	24	1.97
58329022--58329860	44	19.1	44	100	0	1678	38	4	11	45	1.60
58338615--58338698	36	2.3	36	81	4	89	36	8	15	39	1.78
58338632--58338699	18	3.8	18	71	7	57	38	5	13	42	1.68
58340078--58340295	46	4.7	46	84	7	307	28	26	22	23	1.99
58340129--58340299	93	1.8	93	98	0	333	28	25	21	23	1.99
58342141--58342197	17	3.4	17	71	9	53	33	10	12	43	1.76
58343670--58343797	42	3.0	42	76	5	123	26	17	25	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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