Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   

This is table  167  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
38
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0
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28
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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0
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1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.71
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30
1.9
30
85
0
80
31
24
6
37
1.82
54802107--54802147
11
3.4
12
86
10
57
29
4
0
65
1.13
54808358--54809077
359
2.0
359
99
0
1431
30
19
18
31
1.96
54810666--54810720
24
2.3
24
77
0
56
70
0
12
16
1.16
54810775--54810854
14
5.5
13
74
14
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75
2
2
20
1.04
54810777--54810867
37
2.7
32
75
15
76
73
2
2
21
1.05
54810790--54810867
16
4.6
17
76
14
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71
1
2
24
1.06
54810902--54810943
22
2.0
21
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4
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2
0
26
0.98
54817769--54817805
6
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6
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1.60
54817765--54817803
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12
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1.61
54819022--54819096
38
2.0
38
100
0
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1.76
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31
2.0
31
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3
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28
5
13
53
1.60
54827137--54827167
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2.8
11
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0
53
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0
0
32
0.91
54827707--54827777
30
2.3
30
79
13
74
40
9
1
47
1.45
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54830524--54830574
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2.1
23
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10
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56
0
1
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12
2.1
12
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0
50
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24
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1.94
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9
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9
92
0
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22
1.85
54833507--54833567
18
3.4
18
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0
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40
26
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22
1.85
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2.0
31
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0
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2.1
18
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0
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24
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1.83
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2.0
22
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4
1.60
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8
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0
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1.09
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17
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0
0
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9
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0
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1
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17
25
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0
106
0
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0
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2.5
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2
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2.1
31
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1.40
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26
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1.32
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9
5.1
9
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2
2
23
1.06
54860606--54860645
18
2.2
19
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4
73
72
0
2
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0.97
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25
2.0
25
88
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75
44
0
0
56
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25
2.1
26
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44
1
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54869033--54869073
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2.0
21
100
0
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43
2
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54874067--54874163
48
2.0
48
85
0
131
28
27
16
26
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54874167--54874504
48
7.0
48
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0
541
27
30
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23
1.97
54880055--54880109
22
2.5
22
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45
18
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10
1.82
54881285--54881329
5
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57
0
0
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7
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0
0
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32
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0
0
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0
0
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54897600--54897649
19
2.6
18
84
12
64
26
2
2
70
1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322