Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  51  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15652148--15652230
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2.2
38
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62
2
1
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1.16
15652606--15652667
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10
77
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33
0
3
62
1.11
15652758--15652818
9
6.7
9
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10
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31
3
3
62
1.27
15652797--15652835
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2.4
16
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0
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35
0
2
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1.10
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9
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70
17
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32
0
2
64
1.14
15652949--15653034
28
3.1
26
80
11
91
33
1
2
62
1.15
15652940--15653028
37
2.4
36
80
12
101
31
1
2
65
1.12
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19
2.1
19
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55
5
5
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2
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6.7
40
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360
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21
27
25
1.99
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2.5
118
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338
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21
27
25
1.99
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2.1
21
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1.98
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28
28
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1.98
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1.9
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26
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19
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2.0
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4
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2.9
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0
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47
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0
25
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3.2
26
98
0
155
30
7
25
36
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15711651--15711700
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2.7
19
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20
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42
2
2
54
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4.5
40
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24
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2.00
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2.1
17
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2.0
52
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0
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2.2
30
94
0
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31
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15747937--15747969
16
1.9
18
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11
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23
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22
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1.99
15754202--15754247
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3.2
14
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2
0
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1.05
15754177--15754262
30
2.9
29
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3
0
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1.12
15754622--15754818
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2.9
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92
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14
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4.0
67
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2116
39
15
9
35
1.80
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5.1
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42
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2.6
12
94
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29
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2.0
67
96
0
248
42
15
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39
1.64
15761421--15761463
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2.0
21
95
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20
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2.0
30
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2.4
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20
5
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15787618--15787689
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2.3
32
83
9
96
27
6
20
44
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15791779--15791859
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2.0
42
88
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1.91
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21
17
1.89
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1.9
63
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42
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1.88
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2.2
24
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1.88
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0
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16
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58
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1.20
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15812646--15812710
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5
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20
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4
18
1.13
15812657--15812710
22
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1.12
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17
17
17
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1.82
15813776--15813804
11
2.5
12
94
5
51
17
17
17
48
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15813796--15813896
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2.2
45
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3
132
22
18
18
39
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15820216--15820254
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2.3
17
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23
17
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0
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29
18
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1.9
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86
10
86
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18
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1.67
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10
108
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2
7
54
1.44
15841683--15841799
61
1.9
61
92
3
200
37
2
6
52
1.42
15846027--15846076
26
1.9
26
84
8
66
42
16
2
40
1.59
15848125--15848182
28
2.0
29
93
3
100
29
13
10
46
1.77
15854543--15854720
27
6.6
27
84
3
205
29
28
15
26
1.96
15854564--15854719
82
1.9
81
88
3
233
29
28
15
26
1.96
15867972--15868083
43
2.6
42
81
5
145
29
24
16
30
1.96
15872524--15872553
14
2.1
14
93
0
51
30
13
16
40
1.87
15880399--15880428
14
2.1
14
93
0
51
30
13
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40
1.87
15883830--15883862
17
1.9
17
88
11
50
9
33
15
42
1.78
15891597--15891629
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17
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11
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9
33
15
42
1.78
15898233--15898294
24
2.5
25
78
19
67
64
6
6
22
1.40
15903034--15903071
19
2.0
19
85
10
51
68
0
10
21
1.19
15910498--15910577
5
15.8
5
71
21
60
1
20
3
75
1.03
15910499--15910576
26
3.0
26
76
12
79
1
20
3
74
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15910551--15910602
19
2.6
19
85
11
61
7
11
3
76
1.12
15910745--15910772
3
9.3
3
100
0
56
67
0
0
32
0.91
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43
2.7
41
81
8
140
28
26
17
28
1.98
15915842--15915872
16
1.9
16
93
0
53
61
6
9
22
1.50
15928819--15928960
73
1.9
74
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4
261
35
7
9
46
1.66
15938450--15938588
46
2.9
49
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14
184
23
20
27
28
1.99
15949948--15950167
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4.8
44
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12
174
23
28
20
28
1.98
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1.8
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21
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1.99
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2.0
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31
0
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1.53
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2.1
22
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6
0
43
1.28
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2.0
28
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101
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3.5
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86
4
225
27
14
29
27
1.95
15983816--15983997
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3.6
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8
203
27
14
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28
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2.2
40
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0
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0
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2.0
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2.1
19
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0
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5
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35
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9
100
0
54
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0
0
88
0.50
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3.7
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23
25
23
2.00
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26
1.9
26
91
0
82
34
16
8
42
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16026506--16026669
42
3.9
42
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6
233
29
13
25
31
1.93
16026506--16026669
85
1.9
84
86
6
233
29
13
25
31
1.93
16027149--16027182
15
2.3
15
100
0
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29
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1.87
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2.0
25
100
0
100
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0
64
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0
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2
373
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27
20
20
1.98
16051896--16051920
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8.3
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100
0
50
0
32
0
68
0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322