genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22408756--22408803	24	2.0	24	95	0	87	22	29	31	16	1.96
22413235--22413373	42	3.3	42	76	0	152	32	17	24	25	1.97
22419569--22419601	15	2.2	15	94	0	57	45	6	15	33	1.70
22421501--22421544	20	2.1	21	84	12	56	38	4	2	54	1.33
22422841--22422921	18	4.3	20	75	16	75	23	30	4	40	1.76
22422839--22422921	38	2.2	37	81	8	96	22	30	4	42	1.74
22424987--22425097	27	4.1	27	82	5	136	19	22	20	36	1.95
22429919--22430112	102	1.9	102	100	0	388	32	4	23	39	1.75
22430109--22430360	40	6.2	40	91	1	405	24	21	29	24	1.99
22437963--22438363	200	2.0	200	98	0	766	34	14	21	29	1.93
22438478--22439386	80	11.4	80	99	0	1773	23	21	28	26	1.99
22442912--22443474	282	2.0	282	99	0	1117	30	18	22	28	1.98
22448245--22448271	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
22448753--22448903	27	5.6	27	82	4	178	27	15	27	30	1.96
22448754--22448903	82	1.8	81	88	4	230	26	15	27	30	1.96
22449875--22449990	58	2.0	58	93	0	196	33	18	16	31	1.93
22455248--22455644	199	2.0	198	93	1	670	28	26	15	29	1.96
22474203--22474235	14	2.4	14	100	0	66	36	27	6	30	1.81
22476677--22476714	20	1.9	20	94	0	67	23	7	0	68	1.16
22487594--22487664	36	2.0	35	97	0	124	21	29	2	45	1.66
22494259--22494318	15	3.8	15	71	16	50	46	23	1	28	1.62
22495787--22495986	50	3.9	50	81	6	206	28	21	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22495800--22495986	100	1.8	104	81	6	238	27	20	28	22	1.99
22495850--22496045	50	3.9	49	78	6	144	29	20	25	25	1.99
22503498--22503690	50	3.7	50	80	4	179	29	21	26	22	1.99
22512465--22512564	50	2.0	50	98	0	191	18	12	27	43	1.85
22512787--22512860	30	2.5	30	86	8	98	21	20	20	37	1.94
22515807--22515858	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
22521448--22521475	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
22522084--22522113	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
22532783--22532808	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
22534236--22534283	16	2.7	19	81	15	59	39	4	0	56	1.19
22537667--22537775	45	2.4	45	80	14	134	46	16	17	19	1.84
22537764--22537920	45	3.5	45	83	1	208	36	17	21	24	1.95
22537735--22537910	90	2.0	90	79	4	194	37	19	19	23	1.94
22537771--22537971	90	2.2	90	81	3	217	36	18	19	24	1.94
22540636--22540698	25	2.6	25	80	10	76	31	7	3	57	1.43
22540894--22540935	16	2.7	16	82	10	52	28	4	2	64	1.26
22545303--22545338	16	2.2	16	100	0	72	77	11	0	11	0.99
22545299--22545349	26	1.9	27	92	4	86	76	9	0	13	1.02
22545299--22545352	10	5.7	10	77	20	62	77	9	0	12	0.98
22545369--22545412	5	8.4	5	85	9	61	77	0	22	0	0.77
22545369--22545412	11	4.2	10	88	8	61	77	0	22	0	0.77
22545369--22545411	16	2.7	16	96	0	77	76	0	23	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22546359--22546454	48	2.0	48	89	0	147	45	18	21	13	1.84
22547298--22547344	24	2.0	24	95	0	85	40	14	19	25	1.90
22547827--22547948	44	2.7	45	79	2	120	28	23	22	25	1.99
22547677--22548667	143	7.0	143	87	2	1341	30	20	22	26	1.98
22548255--22548706	44	9.8	45	70	11	209	29	20	23	26	1.98
22550330--22550386	29	2.0	29	96	0	105	33	8	3	54	1.48
22550369--22550431	25	2.5	26	80	10	78	31	7	3	57	1.43
22550616--22550657	16	2.7	16	82	10	52	28	4	2	64	1.26
22556161--22556751	47	12.4	47	92	2	867	33	9	28	29	1.88
22556870--22556948	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22559915--22559952	19	1.9	20	89	10	60	31	7	2	57	1.41
22559968--22560010	24	1.9	23	86	13	63	60	6	2	30	1.35
22562021--22562098	6	12.2	6	77	12	66	5	12	3	78	1.06
22562022--22562081	14	4.5	13	79	10	68	3	15	3	78	1.01
22562020--22562104	39	2.2	40	93	2	145	4	15	3	76	1.09
22562030--22562113	39	2.2	38	82	8	98	8	15	3	72	1.22
22562815--22563072	43	6.0	43	75	8	195	27	27	18	26	1.98
22562866--22563071	42	4.8	42	79	7	191	28	28	16	26	1.97
22562866--22563075	85	2.5	85	83	3	278	27	28	17	26	1.98
22563672--22563697	5	5.2	5	100	0	52	80	19	0	0	0.71
22567280--22567420	7	19.7	7	69	7	50	43	32	1	22	1.62
22567324--22567355	15	2.2	14	94	5	55	37	40	0	21	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22567299--22567420	64	1.9	64	82	0	154	44	31	1	22	1.63
22567952--22567989	14	2.7	15	84	12	53	42	28	2	26	1.69
22568210--22568310	14	7.2	14	71	15	66	46	33	1	17	1.60
22568613--22568847	41	5.7	41	88	2	319	28	28	20	22	1.99
22568613--22568847	82	2.9	82	88	0	353	28	28	20	22	1.99
22568570--22568835	123	2.2	123	84	2	349	30	26	21	22	1.99
22568916--22569015	40	2.5	40	87	7	134	22	23	20	35	1.96
22569146--22569204	31	1.9	31	89	0	91	13	16	47	22	1.82
22572685--22572710	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22585266--22585297	11	2.9	11	90	0	55	28	6	0	65	1.16
22585813--22585886	32	2.2	33	90	4	114	31	4	21	43	1.71
22585910--22585985	29	2.7	28	83	4	91	31	6	15	46	1.72
22588878--22589010	53	2.5	53	80	2	142	27	18	15	39	1.91
22592241--22592366	62	2.0	62	93	0	216	38	23	7	30	1.84
22593142--22593212	28	2.5	28	86	8	101	30	11	26	30	1.91
22595141--22595181	19	2.2	19	86	0	55	46	14	7	31	1.72
22604340--22604551	31	6.8	31	73	2	138	23	39	14	22	1.91
22604340--22604545	93	2.2	93	79	0	223	24	39	14	21	1.91
22608348--22608448	30	3.4	30	69	4	87	26	26	14	31	1.95
22608851--22608875	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
22610819--22610864	16	3.1	14	82	14	56	76	2	17	4	1.06
22610800--22610864	31	2.1	30	83	13	80	75	3	16	4	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22610945--22611023	30	2.7	29	80	7	88	62	0	25	12	1.31
22615076--22615172	30	3.2	30	76	2	97	29	14	26	28	1.95
22619300--22619356	5	11.0	5	77	17	55	78	1	17	1	0.91
22619304--22619352	27	1.9	25	84	12	64	79	2	16	2	0.92
22620943--22621120	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22620964--22621119	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22622318--22622542	111	2.0	111	99	0	441	31	26	8	34	1.86
22624496--22624589	45	2.1	45	87	0	134	35	29	11	23	1.90
22630717--22630768	22	2.4	22	75	12	54	51	17	0	30	1.45
22646702--22646915	40	5.4	40	88	5	301	25	27	22	24	2.00
22653490--22653580	28	3.2	28	82	0	110	36	18	19	25	1.95
22658515--22659130	50	12.3	49	78	6	576	26	19	24	28	1.99
22658515--22659143	101	6.3	99	80	4	622	26	19	24	28	1.99
22658515--22659130	150	4.1	150	95	0	1108	26	19	24	28	1.99
22664820--22665151	49	6.7	50	83	5	413	27	19	22	29	1.98
22664822--22665151	100	3.3	100	91	2	506	27	20	22	29	1.98
22664820--22665164	150	2.3	150	85	3	410	27	19	22	29	1.98
22669392--22669539	29	5.2	29	77	7	133	27	14	31	27	1.95
22672339--22672440	53	1.9	53	91	0	168	17	24	16	41	1.90
22677517--22677708	47	4.1	47	92	1	287	33	10	29	26	1.90
22677544--22677618	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
22677682--22677864	46	4.0	46	92	0	276	34	9	31	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22686512--22686572	30	2.0	30	87	0	86	40	18	4	36	1.72
22687453--22687514	21	3.1	21	75	11	60	27	3	1	67	1.15
22687461--22687513	19	2.6	20	80	16	56	28	1	1	67	1.11
22689450--22689484	18	1.9	18	88	0	52	65	0	5	28	1.15
22689517--22689546	15	1.9	16	93	6	53	43	0	3	53	1.17
22689593--22689635	19	2.3	19	84	8	52	46	4	0	48	1.22
22690852--22690934	14	5.8	14	71	18	64	51	1	0	46	1.08
22690867--22690979	32	3.7	31	67	20	85	46	0	0	51	1.13
22690855--22690981	58	2.2	59	90	5	197	48	0	0	50	1.12
22692201--22692307	50	2.1	50	89	0	160	39	12	22	26	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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