genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  226  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74821030--74821813	398	2.0	386	90	4	1216	29	22	16	30	1.96
74822769--74823030	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
74824527--74824570	21	2.0	22	82	4	54	34	6	0	59	1.24
74824764--74824846	20	4.2	20	66	18	59	33	4	2	59	1.32
74824874--74824906	13	2.5	13	95	0	57	33	3	0	63	1.10
74825525--74825581	29	2.0	29	92	0	96	24	8	8	57	1.57
74825630--74825656	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
74833334--74833482	19	7.9	19	83	11	184	37	14	9	38	1.79
74833357--74833482	35	3.5	36	83	7	166	37	14	10	38	1.80
74833357--74833482	54	2.3	54	94	0	225	37	14	10	38	1.80
74833389--74833480	17	5.5	15	83	8	60	36	15	9	38	1.80
74836304--74837089	417	1.9	417	97	0	1473	32	18	18	30	1.95
74837783--74837878	11	8.5	11	69	17	63	61	1	3	34	1.19
74837743--74837860	45	2.6	45	81	13	113	59	2	4	33	1.30
74837783--74837878	25	4.3	23	74	16	94	61	1	3	34	1.19
74837828--74837880	9	5.7	9	82	6	61	62	0	1	35	1.06
74837936--74837981	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
74839881--74839979	30	3.3	30	88	0	153	18	4	49	28	1.65
74840295--74840392	11	8.5	11	70	16	65	62	1	4	32	1.21
74840255--74840366	45	2.4	45	81	12	120	58	2	4	34	1.33
74840255--74840374	25	5.1	24	70	16	90	59	2	5	33	1.33
74840329--74840400	29	2.5	30	82	8	87	61	4	2	31	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74840450--74840495	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
74840875--74840945	35	2.0	35	81	5	81	29	2	26	40	1.70
74841449--74841474	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
74864525--74864567	19	2.3	19	91	0	68	39	2	11	46	1.53
74868765--74868825	28	2.2	28	96	0	113	27	11	13	47	1.77
74871702--74871997	161	1.8	161	97	0	565	31	22	7	38	1.81
74872302--74872347	18	2.6	18	92	0	74	45	4	0	50	1.21
74873920--74874215	161	1.8	161	97	0	565	31	22	7	38	1.81
74874520--74874565	18	2.6	18	92	0	74	45	4	0	50	1.21
74878390--74879332	178	5.2	180	79	8	927	29	17	24	28	1.97
74878748--74879277	184	2.9	181	76	9	456	29	17	25	28	1.97
74888525--74888614	37	2.4	37	88	0	144	52	10	18	18	1.73
74889059--74889101	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
74889544--74889581	14	2.7	14	87	0	58	44	13	13	28	1.81
74899611--74899681	37	1.9	37	97	0	133	29	50	0	19	1.48
74899664--74899699	18	2.0	18	88	0	54	25	55	0	19	1.43
74899984--74900108	59	2.1	60	82	11	150	27	5	4	62	1.38
74900082--74900119	19	2.1	18	95	5	67	31	0	0	68	0.90
74899974--74900110	60	2.2	60	80	11	152	26	5	5	63	1.36
74900082--74900121	11	3.6	12	80	12	50	32	0	0	67	0.91
74900091--74900121	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
74900325--74900366	21	2.0	21	85	0	57	23	11	7	57	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74906896--74907080	50	3.7	50	99	0	361	16	32	23	26	1.96
74907175--74907206	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
74907418--74907475	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
74914749--74914983	51	4.6	51	100	0	470	18	25	27	28	1.98
74915082--74915113	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
74915323--74915382	30	2.0	30	87	3	86	30	23	3	43	1.70
74920664--74920718	28	2.0	28	81	0	65	47	1	3	47	1.30
74921441--74921473	15	2.3	15	89	5	50	39	3	3	54	1.31
74922450--74922480	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
74922573--74922629	26	2.1	27	81	12	64	50	1	3	43	1.29
74930519--74930694	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
74930515--74930686	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
74938341--74938468	64	2.0	64	93	0	220	31	17	14	37	1.89
74938530--74939096	177	3.2	177	92	0	920	29	20	22	28	1.98
74938983--74939077	43	2.2	45	80	14	110	33	20	18	27	1.96
74938938--74939232	131	2.2	132	87	0	439	30	18	22	28	1.97
74938761--74939384	308	2.0	310	86	1	869	31	18	21	28	1.97
74941123--74941181	31	1.9	31	89	6	93	37	8	0	54	1.31
74941123--74941185	27	2.2	29	81	18	71	36	7	0	55	1.29
74946031--74946089	22	2.7	21	86	5	73	32	0	3	64	1.10
74946198--74946255	29	2.0	29	100	0	116	31	17	20	31	1.96
74950780--74950813	17	2.1	15	89	10	50	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74951457--74951508	9	5.8	9	95	0	86	38	28	9	23	1.86
74952514--74952546	17	1.9	17	93	0	57	12	39	6	42	1.67
74954545--74954590	19	2.3	20	88	7	76	50	15	8	26	1.73
74955770--74955816	15	3.2	15	72	6	51	31	2	6	59	1.34
74960329--74960376	21	2.3	21	82	13	55	58	2	0	39	1.10
74963251--74963285	6	5.8	6	100	0	70	68	0	0	31	0.90
74968243--74968275	13	2.4	14	90	5	50	69	0	9	21	1.15
74975736--74975774	19	2.1	19	95	0	69	25	10	12	51	1.71
74977170--74977259	29	3.2	29	82	3	103	31	26	12	30	1.92
74997691--74997757	28	2.4	28	94	0	116	17	43	19	19	1.89
74998720--74998939	46	4.8	45	72	13	137	22	29	20	27	1.98
75017004--75017228	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
75016968--75017228	80	3.3	80	83	3	312	23	26	24	25	2.00
75019244--75019429	44	4.2	45	81	4	193	34	20	21	23	1.97
75020581--75020627	14	3.5	13	82	8	58	2	29	0	68	1.02
75034831--75034949	45	2.5	45	81	8	130	27	20	22	29	1.98
75035021--75035104	44	1.9	44	85	4	116	32	21	22	23	1.98
75047295--75047597	40	7.6	40	89	3	380	27	28	20	24	1.99
75055282--75055584	40	7.6	40	90	2	405	26	27	21	25	1.99
75055516--75055593	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
75060515--75060633	45	2.5	45	81	8	130	27	20	22	29	1.98
75060705--75060788	44	1.9	44	85	4	116	32	21	22	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75064982--75065053	23	3.1	23	70	4	56	43	22	16	18	1.88
75065549--75065623	25	3.0	25	88	0	114	30	18	22	28	1.97
75065544--75065663	50	2.4	50	80	2	143	32	21	20	25	1.97
75068744--75068915	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
75068746--75068968	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
75068744--75068968	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
75068900--75068977	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
75070638--75070697	30	2.0	30	93	0	102	43	13	18	25	1.86
75070846--75070887	20	2.2	18	87	8	57	61	2	0	35	1.09
75079484--75079718	48	4.9	48	81	1	274	26	28	18	26	1.98
75079482--75079718	96	2.5	97	88	1	361	27	27	18	26	1.98
75084333--75084370	15	2.5	15	95	0	67	44	7	0	47	1.32
75094235--75094293	13	4.5	13	81	8	66	8	42	20	28	1.81
75106580--75106662	41	2.0	41	95	0	148	26	19	26	27	1.99
75109663--75109709	23	2.0	23	95	0	85	42	2	12	42	1.55
75112558--75112653	40	2.4	40	86	8	133	28	28	16	27	1.97
75116308--75116382	17	4.1	17	68	17	51	14	28	40	17	1.89
75116738--75116834	39	2.5	38	86	5	124	11	11	41	36	1.77
75124270--75124437	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
75124293--75124437	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
75128791--75129435	129	5.0	128	91	2	990	48	17	6	27	1.72
75130246--75131029	140	5.9	131	79	10	665	31	22	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75130246--75131043	266	3.0	264	81	6	897	31	22	19	26	1.98
75130929--75131163	123	1.9	123	93	0	407	31	22	17	28	1.96
75133173--75133214	21	2.0	21	85	0	57	35	2	2	59	1.23
75133378--75133420	21	2.0	21	81	9	50	44	4	2	48	1.36
75137061--75137119	28	2.1	29	93	3	102	47	0	0	52	1.00
75137063--75137133	28	2.8	25	81	12	74	43	1	1	53	1.18
75140112--75140184	4	18.2	4	97	0	137	50	26	0	23	1.49
75150845--75150915	30	2.4	30	92	0	115	18	28	30	22	1.97
75150904--75150928	13	1.9	13	100	0	50	24	24	24	28	2.00
75151692--75151761	26	2.7	26	79	0	77	24	28	22	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322